
PRABI-Lyon-Gerland
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PRABI-GerlandScientific leader(s)
Technical leader(s)
Certificat(s)
- Label IBiSA
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![]() Annual visits: 54 750 an
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Quotes: 97
Latest update: 28-12-2016
euHCVdbDescriptionBase de données européenne du virus de l’Hépatite C Access conditions(depuis mars 2005, 96445 entrées) |
![]() Annual visits: 743 an
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Latest update: 28-12-2016
BYKdbDescriptionBase de données des tyrosine kinases bactériennes. Access conditionshttps://bykdb.ibcp.fr (depuis juillet 2011) |
![]() Annual visits: 16 292 an
Unique visits: 1 561 an
Quotes: 18
Latest update: 28-12-2016
HBVdbDescriptionBase de connaissances du virus de l’Hépatite B. Access conditionshttps://hbvdb.ibcp.fr (depuis juillet 2012) |
![]() Annual visits: 1 116 an
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Latest update: 28-12-2016
BLC2dbDescriptionBase de données des protéines de la famille BCL-2 et des protéines BH3-only. Access conditionshttps://bcl2db.ibcp.fr (depuis juillet 2013) |
![]() Annual visits: 200 000 an
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Quotes: 2 892
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ESPript/ENDscriptDescriptionAccess conditionshttp://espript.ibcp.fr et http://endscript.ibcp.fr Le serveur ESPript/ENDscript est accessible gratuitement, via Internet et sans enregistrement, à la communauté scientifique pour un usage académique. |
![]() Annual visits: 16 419 an
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Quotes: 304
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Geno3D@DescriptionModélisation par homologie automatisée de la structure tridimensionnelle des protéines. Access conditionshttps://geno3d-prabi.ibcp.fr (depuis février 2001). |
![]() Annual visits: 480 414 an
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Quotes: 1 079
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NPS@DescriptionServeur intégré d’analyse de séquences des protéines. Access conditionshttps://npsa-prabi.ibcp.fr (depuis avril 1998). |
![]() Annual visits: 7 728 an
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Quotes: 97
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SuMODescriptionComparaisons par objets de surface et site de protéines. Access conditions |
Domains of activity
- Biomedical
- Biotechnology
- Biology
Description of expertise domains
Prédiction de structure de protéines [G. Deléage]
Modélisation moléculaire [E. Bettler, G. Deléage, R. Terreux]
Intégration de méthodes et serveurs Web [C. Combet, G Deléage]
Serveur Web 3D [E. Bettler, G. Deléage]
Drug design et QSAR (R. Terreux, J.A. Chemelle)
Mots clefs: Bioinformatique structurale, Prédiction de structure, Base de données structurales, Analyse de séquences, Modélisation moléculaire, docking moléculaire.
Principaux sites web: https://prabi.ibcp.fr (site en cours de refonte)
https://geno3d-prabi.ibcp.fr/
https://npsa-prabi.ibcp.fr/
http://sumo-pbil.ibcp.fr
http://espript.ibcp.fr
http://endscript.ibcp.fr
Méthodes de prédiction des structures secondaires de protéines.
Plusieurs méthodes originales ont été développées, Self Optimized Prediction Method (SOPM), génère automatiquement à partir de cette base de donnée, une "sous-base" rassemblant les 60 à 80 protéines les plus homologues ou appartenant à la même classe structurale que la protéine
étudiée. En effet, des protéines homologues ont généralement une structure assez proche (30% d'identité indique une architecture semblable). Après une phase d'apprentissage automatique sur cette "sous-base", en particulier d'optimisation des paramètres, la prédiction de la structure de la protéine est réalisée. La version SOPMA tire bénéfice des alignements multiples. La méthode MLRC combine les réseaux de neurones avec la méthode SOPMA.
[SOPMA] Self optimised Prediction Method (1995)
[SOPM] Self optimised Prediction Method (1994)
[DPM] Double prediction Method (1987)
[MLRC] Multivariate Linear Regression Combination (1999)
[AMPHIPASEEK] Prediction of membrane anchor helical peptides (2006)
Intégration de methodes- Webiciels
Serveur NPS@
Le PRABI Gerland a développé le premier serveur de mail Français pour la prédiction de structures secondaires de protéines (80 000 prédictions en tout). Ensuite ces méthodes ont été intégrées dans [NPS@ 2000]. Le serveur est actuellement dans sa version 3. Dans le cadre de RENABI-IFB, ce serveur généraliste de séquences couplé aux prédictions de structures sera mis à jour en termes d’ergonomie, d’interface et de conception. Mise à disposition d’outils et de services en ligne correspondant aux domaines d’expertise du laboratoire d’accueil de la PF.
Serveur Web ESPript/ENDscript
A partir d’une protéine de structure connue (code ou fichier PDB), le serveur ENDscript produit, en quelques secondes et de manière automatisée, plusieurs illustrations téléchargeables dans des formats usuels (PostScript, PDF, PNG et TIFF) :
1/ Une première figure, générée par le logiciel ESPript, présente la séquence de la protéine d’intérêt agrémentée de ses éléments de structure secondaire, de l’accessibilité au solvant et de l’hydropathie par résidu. Si disponibles, sont aussi représentés les contacts cristallographiques et non-cristallographiques protéine/protéine et/ou protéine/ligand ainsi que les résidus impliqués dans des ponts disulfures.
2/ Une seconde figure ESPript montre, en plus des informations précédentes, un alignement multiple de séquences des protéines homologues coloré en fonction de la conservation des résidus et agrémenté des éléments de structure secondaire de ces dernières si leurs structures sont connues.
3/ Deux représentations 3D interactives visualisables par le logiciel PyMOL : a) une représentation en ruban, colorée en fonction de la conservation de séquence. b) une représentation en tube dont le diamètre est proportionnel à la déviation structurale (rmsd) entre la protéine d’intérêt et les protéines homologues de structure connue. De plus, si disponible, peuvent être affichés : l’assemblage de l’unité biologique, les modèles RMN multiples, les ligands et les résidus en contact avec ces derniers.
Le serveur ESPript permet, en complément d’ENDscript ou de manière autonome, de représenter des alignements multiples de séquences avec la possibilité d’ajouter des marqueurs définis par l’utilisateur de manière à produire des figures facilitant l’analyse ou dédiées aux communications scientifiques.
Modélisation moléculaire
Un serveur Web de modélisation moléculaire automatique de structure 3D de protéines appelé geno3D est disponible depsuis 2002 qui permet aux biologistes et biochimistes d'obtenir un modèle 3D de qualité si la séquence "query" présente plus de 35% d'identité avec une protéine de structure 3D connue. Le principe de cette modélisation consiste à appliquer les techniques de modélisation sous contraintes à la protéine à modéliser (de type RMN) à partir d'un jeu de contraintes calculées sur l'empreinte structurale. Plusieurs empreintes sont utilisables, le ligand (si présent) est replacé dans les modèles, 10 modèles sont générés. Les résultats sont proposés sous la forme d’une archive récupérable et les résultats sont conservés 8 jours sur le serveur. Ce serveur génère 100 modèles/mois. Un système intégré de modélisation moléculaire (MAGOS ) à grande échelle de protéomes entiers a été utilisé pour des protéomes de virus (modeome3D) et de plantes (arabidome3D).
Docking et sites 3D- chemo-informatique
Une méthode bioinformatique SUMO a été développée permettant de détecter des sites 3D fonctionnels communs à plusieurs protéines. L’approche a fait l’objet d’un brevet déposé par le CNRS et d'un serveur Web pour rendre utilisable la méthode par la communauté académique.
Dans un travail récent, nous avons réévalué les paramètres et avons montré que la qualité de comparaison était améliorée tout comme la rapidité du calcul. Cette méthode a été appliquée pour établir une classification des antibiotiques à noyau ß lactame.
Keywords:
- Analyse de séquences
- Algorithmique des séquences
- Alignement (multiple) de séquences
- Annotation de séquences
- Recherche de motifs
- Prédiction d'homologie/orthologie
- Bioinformatique structurale
- Analyse des structures, recherche d'homologues et de motifs structuraux
- Prédictions des propriétés structurales
- Modélisation comparative et de novo de structures
- Modifications post-traductionnelles
Formation professionnelle
![]() Trainees: 36 trainees / year
Training time: 2 day(s) / year
No upcoming session scheduled
Fc3-BioDescription1 à 4 séances de deux jours par an Access conditionsNot documented |
Formation universitaire
![]() No website documentedTrainees: 230 trainees / year
Training time: Not documented
No upcoming session scheduled
TP de Modélisation moléculaire (QSAR, DOCKING)DescriptionFaculté de pharmacie, L2 Access conditionsNot documented |
![]() No website documentedTrainees: 340 trainees / year
Training time: Not documented
No upcoming session scheduled
TP de bio-informatiqueDescription
Alignement multiple de séquence, utilisation de BLAST, FASTA, et Geno3D.
Faculté de pharmacie, L3 Access conditionsNot documented |
Internal publications
External publications
Publications with the hosting laboratory
Development
Users distribution
Explanation about this distribution:
Cette répartition a été calculée à partir de l’usage des services offerts sur le Web.
Platform's own projects
Not Documented
Collaborations
National projets
International and European projects
Projects with industry
Collaboration projects not founded through an external organism
Provision of services not founded through an external organism
Animations (Workshops, Work-groups, seminars, conferences ... )
La plateforme est étroitement associée à la recherche du laboratoire d’accueil car elle ne dispose pas de personnel affecté en propre.