

PRABI-Lyon-Grenoble
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- Infrastructure
- Data
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- Expertise
- Trainings
- Collaborations
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- Imports
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Adress
Structure(s)
Unit:
Website
PRABI-DouaScientific leader(s)
Technical leader(s)
Technical leader
Not documentedCertificat(s)
Team
- Perrière Guy
- Boussau Bastien
- Brochier Armanet Céline
- Charles Hubert
- Daubin Vincent
- De Vienne Damien
- Dray Stéphane
- Duret Laurent
- Fey Jonathan
- Flandrois Jean Pierre
- Fournier Amandine
- Gouy Manolo
- Gueguen Laurent
- Jacob Laurent
- Kahn Daniel
- Lacroix Vincent
- Lartillot Nicolas
- Lerat Emmanuelle
- Marais Gabriel
- Mary Arnaud
- Miele Vincent
- Penel Simon
- Picard Franck
- Sagot Marie France
- Siberchicot Aurélie
- Sinaimeri Blerina
- Tannier Eric
- Thioulouse Jean
- Veber Philippe
Infrastructure
Effective storage
Cluster: cores number
Data collections number
CPU/hours a year
Bioinformatic tools number
Users number (last year)
Servers description
L’infrastructure informatique de la composante PRABI-Doua est commune avec celle de la composante PRABI-AMSB et elle comprend:
- Un serveur NFS.
- Un serveur postgreSQL,
- Trois serveurs Web (service général, ProDom et BiBI).
- Un serveur de soumission de tâches sur le cluster.
Cette i'infrastructure comprend également un cluster de calcul hébergé dans une salle machine séparée. Les caractéristiques de ce cluster sont les suivantes :
- 26 nœuds de calcul (dont deux avec 1 To de RAM).
- 96 processeurs
- 1032 cœurs/threads.
- 7 To RAM totale.
- 215 To utile de stockage haute performance (4 tiroirs Panasas PAS11).
- 300 To utiles de de stockage «froid» (baie Dell MD3060e + 1 PowerEdge R730.
Les services proposés comprennent l'accès aux banques de données de séquences «généralistes» (GenBank, EMBL, Ensembl, RefSeq, UniProt), à des banques de données spécialisées développées localement (ProDom, HOGENOM) ainsi qu'a un très large panel de programmes utilisés en bioinformatique.
Access conditions
Collaboration scientifique avec le PRABI-Doua ou le PRABI-AMSB. Dans ce cas l'accès aux cluster de calcul et aux moyens de stockage est gratuit.
![]() Annual visits: 160 000 an
Unique visits: Not documented
Quotes: 800
Latest update: 01-12-2015
ProDomDescriptionBase de données de domaines protéiques construite à partir des séquences d'UniProt Access conditionsAccès libre en ligne |
![]() Annual visits: 11 869 888 an
Unique visits: 22 180 an
Quotes: 231
Latest update: 25-03-2013
HOGENOMDescriptionBanque de données de familles de gènes homologues Access conditionsAccès libre en ligne. |
![]() Annual visits: 109 556 an
Unique visits: Not documented
Quotes: 148
Latest update: 04-03-2015
PRIAMDescriptionEnzyme-specific profiles for metabolic metabolic pathway prediction. Access conditionsAccès en ligne gratuit. |
![]() Annual visits: 154 145 an
Unique visits: Not documented
Quotes: 94
Downloads: Not documented
leBiBIDescriptionOnline system (associated with various sequence databases) devoted to bacterial taxonomic identification. Access conditionsFree online access. |
![]() Annual visits: Not documented
Unique visits: Not documented
Quotes: 3 066
Downloads: 21 450
SeaViewDescriptionSeaView is a multiplatform, graphical user interface for multiple sequence alignment and molecular phylogeny. Full description available from the software home page. Access conditionsFreely downloadable software licensed under the GNU General Public Licence. |
![]() Annual visits: Not documented
Unique visits: Not documented
Quotes: Not documented
Downloads: Not documented
seqinRDescriptionR library for sequence analysis. Full description available from the software home page. Access conditionsFreely available for download from any CRAN (Comprehensive R Archive Network) mirror. |
![]() Annual visits: Not documented
Unique visits: Not documented
Quotes: 1 350
Downloads: Not documented
ACNUCDescriptionSequence retrieval system for the nucleotide (GenBank, EMBL) and protein (UniProt) sequence databases and for many other systems following the same formats. Full description available froim the software home page. Access conditionsFreely downloadable software licensed under the GNU General Public License (http://doua.prabi.fr/databases/acnuc) or on-line access through a web interafce (http://doua.prabi.fr/search/query_fam). |
![]() Annual visits: Not documented
Unique visits: Not documented
Quotes: 1 993
Downloads: Not documented
ADE-4DescriptionR library for multivariate analysis and graphical display. Full description available from the software home page. Access conditionsFreely available for download from any CRAN mirror. |
Domains of activity
- Biomedical
- Agri-food
- Environment
- Biology
Description of expertise domains
Les thématiques de recherche du PRABI-Doua s’organisent autour d’un point de vue méthodologique, qui affirme l’importance de la modélisation tant mathématique qu’informatique et d’une perspective évolutive qui organise les recherches indépendamment du niveau d’organisation biologique. C’est dans la synergie entre des problématiques biologiques propres et des développements méthodologiques que naît la plus grande part des résultats scientifiques de cette composante. Parmi les thématiques abordées figurent en particulier:
- Phylogénie et évolution moléculaire.
- Génomique comparative (organismes eucaryotes et procaryotes).
- Eléments transposables.
- Intreractions hôtes-parasites.
- Statistiques appliquées à l'écologie et l'évolution.
- Analyse statistique de données en grandes dimensions pour la génomique.
Keywords:
- Analyse de séquences
- Algorithmique des séquences
- Biostatistiques
- Statistique descriptive
- Tests statistiques
- Régression
- Analyses multivariées
- Réduction de dimension
- Inférence et analyse des réseaux biologiques
- Développements technologiques de l‘Information et de la Communication
- Outils
- Interfaces, portails web
- Développement de workflows
- Données
- Bases de données et systèmes d’informations
- Environnements de calcul
- Cluster
- Cloud
- Ecologie
- Génétique des populations
- Biodiversité
- Ecologie microbienne
- Modélisation en écologie
- Evolution moléculaire
- Gènes et génomes
- Datation des spéciations
- Phylogénomique
- Arbre de la vie
- Super-arbres et réconciliations
- Détection de sélection
- Génomique comparative
- Comparaison des génomes
Formation professionnelle
![]() Trainees: 8 trainees / year
Training time: 4 day(s) / year
No upcoming session scheduled
Introduction to molecular phylogenyDescriptionTraining organized by CNRS Entreprises Access conditionsSome knowledge in mathematics and statistics. |
Internal publications
External publications
Publications with the hosting laboratory
Flandrois, J.P., Perrière, G. and Gouy, M. (2015) leBIBIQBPP: a set of databases and a webtool for automatic phylogenetic analysis of prokaryotic sequences. BMC Bioinformatics, 16, 251.
Anselmetti, Y., Berry, V., Chauve, C., Chateau, A., Tannier, E. and Berard, S. (2015) Ancestral gene synteny reconstruction improves extant species scaffolding. BMC genomics, 16(Suppl. 10), S11.
Baudet, C., Donati, B., Sinaimeri, B., Crescenzi, P., Gautier, C., Matias, C. and Sagot, M.F. (2015) Cophylogeny Reconstruction via an Approximate Bayesian Computation. Syst. Biol., 64, 416-431.
Biller, P., Guéguen, L. and Tannier, E. (2015) Moments of genome evolution by Double Cut-and-Join. BMC Bioinformatics, 16(Suppl. 14), S7.
Semeria, M., Tannier, E. and Guéguen, L. (2015) Probabilistic modeling of the evolution of gene synteny within reconciled phylogenies. BMC Bioinformatics, 16(Suppl. 14), S5.
Szöllosi, G.J., Tannier, E., Daubin, V. and Boussau, B. (2015) The inference of gene trees with species trees. Syst. Biol., 64, e42-62.
Donati, B., Baudet, C., Sinaimeri, B., Crescenzi, P. and Sagot, M.F. (2015) EUCALYPT: efficient tree reconciliation enumerator. Algo. Mol. Biol., 10, 3.
Bosi, E., Donati, B., Galardini, M., Brunetti, S., Sagot, M.F., Lio, P., Crescenzi, P., Fani, R. and Fondi, M. (2015) MEDUSA: a multi-draft based scaffolder. Bioinformatics, 31, 2443-2451.
Dray, S. and Josse, J. (2015) Principal component analysis with missing values: a comparative survey of methods. Plant Ecol., 216, 657-667.
Dray, S., Pavoine, S. and Aguirre de Carcer, D. (2015) Considering external information to improve the phylogenetic comparison of microbial communities: a new approach based on constrained Double Principal Coordinates Analysis (cDPCoA). Mol. Ecol. Resour., 15, 242-249.
Users distribution
Explanation about this distribution:
Les seuls services proposés par la composante PRABI-Doua correspondent aux service en ligne (accès aux banques de données, recherche de similarités, identification taxonomique, téléchargement de logiciels, etc.) ce qui explique le caractère international de l’accès.
Platform's own projects
Une vingtaine de logiciels développés et maintenus
Collaborations
National projets
En moyenne 4 par an.
International and European projects
Un ERC.
Projects with industry
Collaboration projects not founded through an external organism
Provision of services not founded through an external organism
Animations (Workshops, Work-groups, seminars, conferences ... )
Organisation de plusieurs séminaires ou workshop chaque année.