

PRABI-AMSB
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Adress
Structure(s)
Unit:
Website
PRABI-AMSBScientific leader(s)
Technical leader(s)
Certificat(s)
- France-Génomique
- Label IBiSA
Infrastructure
Effective storage
Cluster: cores number
CPU/hours a year
Bioinformatic tools number
Users number (last year)
Servers description
Access conditions
FR BioEEnvis members and/or collaboration with PRABI-AMSB - PRABI-LBBE.
![]() Annual visits: Not documented
Unique visits: Not documented
Quotes: Not documented
Latest update: 01-03-2020
VirHostNet 2.0DescriptionUne base de données dédiée à la biocuration et à l'intégration des interactions protéine-protéine virus/hôte. Access conditions |
Domains of activity
- Environment
- Biology
Description of expertise domains
Les domaines de compétences du PRABI-AMSB comprennent la phylogénie moléculaire, les statistiques, l’écologie, la virologie et la microbiologie ainsi que l’analyse de données biomédicales. Par ailleurs les méthodologies utilisées sont celles de la génomique, la transcriptomique, la métagénomique/métatranscriptomique, ainsi que la biologie des systèmes.
Keywords:
- Analyse de données de séquençage NGS
- Méthodologie
- Assemblage de génomes et transcriptomes
- Génomique (DNA-seq)
- Analyse de génomes
- Transcriptomique (RNA-seq)
- Analyse différentielle de l’expression des gènes
- Analyses de transcrits et transcrits variants
- Analyse de variants
- Génomes complets
- Métagénomique, métatranscriptomique
- Analyse de séquences
- Algorithmique des séquences
- Alignement (multiple) de séquences
- Annotation de séquences
- Recherche de motifs
- Prédiction d'homologie/orthologie
- Biologie des systèmes
- Fonctionnement des systèmes biologiques complexes
- Modélisation des réseaux de régulation
- Modélisation des systèmes
- Biostatistiques
- Statistique descriptive
- Tests statistiques
- Régression
- Analyses multivariées
- Réduction de dimension
- Curation de collections de données
- Développements technologiques de l‘Information et de la Communication
- Outils
- Interfaces, portails web
- Développement de workflows
- Données
- Bases de données et systèmes d’informations
- Cluster
- Cloud
- Parallélisation
- Ecologie
- Biodiversité
- Ecologie microbienne
- Modélisation en écologie
- Evolution et phylogénie
- Evolution moléculaire
- Gènes et génomes
- Phylogénomique
- Arbre de la vie
- Super-arbres et réconciliations
- Détection de sélection
- Génomique comparative
- Comparaison des génomes
- Génomique : Puces
- Métabolomique et fluxomique
Formation professionnelle
![]() Trainees: 10 trainees / year
Training time: 3 day(s) / year
Upcoming session : 18-10-2017
Introduction au logiciel RDescription
Objectifs de la formation
Access conditionsInformations et inscriptions: http://www.biosciencesco.fr/formation-continue/bio-informatique/formation-au-logiciel-r/
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![]() Trainees: 12 trainees / year
Training time: Not documented
Upcoming session : 15-11-2017
Analyse de données RNA-seq sous l’environnement GalaxyDescription
Objectifs de la formation
Durée de la formation : 2,5 jours Access conditionsInformations et inscriptions: http://www.biosciencesco.fr/formation-continue/bio-informatique/analyse-... |
Internal publications
External publications
Publications with the hosting laboratory
Acknowledgement
Users distribution
Explanation about this distribution:
Platform's own projects
Not Documented