GenOuest
- Information
- Infrastructure
- Data
- Tools
- Expertise
- Trainings
- Collaborations
- Ouverture
- Imports
- Gerer mes utilisateurs
Adress
263 avenue du Général Leclerc
Campus de Beaulieu 35000 Rennes
Structure(s)
INRIA
Unit:
INRIA Rennes Bretagne Atlantique IRISA UMR6074
Website
GENOUESTScientific leader(s)
Technical leader(s)
Certificat(s)
- CNOC (INRA)
- ISO 9001
- Label IBiSA
Infrastructure
Propriétaire
Effective storage
2 200.00 To
Cluster: cores number
1 600 cores
Data collections number
8
CPU/hours a year
4 000 000 H / an
Bioinformatic tools number
350
Users number (last year)
600
Servers description
Cluster de calcul
Les ressources de calcul sont accessibles de manière anonyme pour certains outils ou bien de manière authentifiée (ligne de commande ou portail Galaxy https://galaxy.genouest.org/).
Le cluster repose sur une quarantaine de serveurs proposant un ensemble de calcul basé sur les gestionnaires de tâche SGE et Slurm (passage progressif vers Slurm)
L'ensemble de calcul est associé à deux espaces de stockage: un espace à haute performance de 300 To et un espace conventionnel NFS de 1,9 Po.
Cloud
L'infrastructure genocloud, basée sur Openstack, est composée de 16 serveurs offrant 400 coeurs. Cet ensemble est associé à 300 To de stockage. Plusieurs images préconfigurées et thématiquement adaptées sont mises à la disposition des utilisateurs.
Access conditions
Ouverture gratuite d'un compte. La demande de compte s'effectue sur https://my.genouest.org
No website documentedAnnual visits: Not documented
Unique visits: Not documented
Quotes: 19
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CrispiDescriptionBase de données de séquences CRISPR. (mise en production en 2009). Access conditionsAccès libre. |
No website documentedAnnual visits: 2 588 an
Unique visits: 1 930 an
Quotes: 5
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AnnotQTLDescriptionOutil d’annotation fonctionnelle (mise en production en 2011). Access conditionsAccès libre. |
No website documentedAnnual visits: 4 672 an
Unique visits: 3 484 an
Quotes: 2
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CyanolyaseDescriptionBase de séquences et de motifs des phycobiline lyases (mise en production en 2012-13). Access conditionsAccès libre. |
No website documentedAnnual visits: 1 an
Unique visits: 141 an
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GAGDescriptionGenomic Annotation Gathering : base de données de références croisées. (mise en production en 2013). Access conditionsAccès libre. |
Annual visits: 6 943 an
Unique visits: 4 336 an
Quotes: 45
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AphidbaseDescriptionBanque de données génomique de référence pour plusieurs espèces de pucerons (Acyrthosiphon pisum, Myzus persicae) Access conditions |
No website documentedAnnual visits: 1 590 an
Unique visits: 829 an
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LepidoDBDescriptionBanque de données génomique de référence pour des lépidoptères ravageurs de cultures (Spodoptera frugiperda notamment). Access conditions |
Annual visits: Not documented
Unique visits: Not documented
Quotes: 35
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GermonlineDescriptionThe GermOnline 4.0 gateway is a cross-species microarray expression database focusing on germline development, meiosis and gametogenesis as well as the mitotic cell cycle. (created in 2009). Access conditionsFree access |
No website documentedAnnual visits: Not documented
Unique visits: Not documented
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Latest update: Not documented
Staphylococcal regulatory RNAsDescriptionThe ‘Staphylococcal Regulatory RNA Database’ compiled all published data in a single interface including genetic locations, sequences and other features. SRD proposes a simplified and unified identifier for Staphylococcal regulatory RNAs (srn) based on the sRNA’s genetic location in S. aureus strain N315 which served as a reference.
Launched in 2015.
Access conditionsFree access Available at http://srd.genouest.org/
|
No website documentedAnnual visits: Not documented
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Latest update: 21-01-2016
eDystrophinDescriptioneDystrophin is a locus specific database for in-frame mutations and SNPs found in the DMD gene and the associated dystrophin variants Access conditionsAccès libre |
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Unique visits: Not documented
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Latest update: Not documented
Dog CNV databaseDescriptionDoG_CNV is the Database of Genomic Copy Number Variants in the canine genome. Access conditionsFree access |
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Quotes: 4
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ReproGenomics ViewerDescriptionThe ReproGenomics Viewer (RGV) is a cross-species genomic toolbox for the reproductive community. The system is based on the implementation of a JBrowse genome browser and a Galaxy bioinformatics workflow environment. Mis en place en 2015 Access conditionsAccès libre |
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LogolDescriptionLangage pour la recherche de motifs complexes. Interface web évoluée et téléchargement possible. La ressource a été mise en ligne en 2013 pour une première phase d’utilisation interne pour finaliser les développements et aboutir à un système stable. Access conditionsUtilisation interne. Accès libre. |
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Unique visits: 2 833 an
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e-BGODescriptionPortail de collaboration scientifique (mise en production en 2013). Access conditionsAccès public. |
No website documentedAnnual visits: Not documented
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Quotes: 11
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BioQualiDescriptionPlugin de visualisation et d’analyse de réseaux pour Cytoscape (mis en production en 2009). Access conditionsAccès libre. |
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Quotes: 11
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BioMAJDescription
BioMAJ (BIOlogie Mise A Jour) is a workflow engine dedicated to data synchronization and processing.
The software automates the update cycle and the supervision of the locally mirrored databank repository. The software is free and released under AGPL v3 based licence. Access conditionsTéléchargement libre : https://github.com/genouest/biomaj |
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BioMAJ2GalaxyDescriptionBioMAJ2Galaxy makes it possible to configure BioMAJ to automatically download some reference data, to then convert them and/or index it in various formats, and then make this data available in a Galaxy server using data libraries or data managers. Access conditionsTéléchargement libre : https://github.com/genouest/biomaj2galaxy |
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GO-DockerDescriptionIt is a cluster management tool using Docker as execution/isolation system. The software does not manage however itself the dispatch of the commands on the remote nodes. For this, it integrates with container management tools (Docker Swarm, Apache Mesos, ...) Access conditionsTéléchargement libre : http://www.genouest.org/godocker/index.html |
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BioShaDockDescriptionBioShaDock is a bioinformatics-focused Docker registry, which provides a local and fully controlled environment to build and publish bioinformatic software as portable Docker images. It provides a number of improvements over the base Docker registry on authentication and permissions management, that enable its integration in existing bioinformatic infrastructures such as computing platforms. The metadata associated with the registered images are domain-centric, including for instance concepts defined in the EDAM ontology, a shared and structured vocabulary of commonly used terms in bioinformatics. The registry also includes user defined tags to facilitate its discovery, as well as a link to the tool description in the ELIXIR registry if it already exists. Access conditionsAccès libre sur docker-ui.france-bioinformatique.fr |
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PepPSYDescriptionPepPSy has been developed as a user-friendly gene expression-based prioritization system, to help investigators to determine in which human tissues they should look for an unseen protein and curators to quickly look at available transcriptomics/proteomics data for a list of proteins. Access conditionsAccès libre |
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GO2PubDescriptionGO2PUB to automatically enrich PubMed queries with gene names, symbols and synonyms annotated by a GO term of interest or one of its descendants Access conditionsAccès libre |
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AutographDescriptionAutoGRAPH is an integrated web server for multi-species comparative genomic analysis. It is designed for constructing and visualizing synteny maps between two or three species, determination and display of macrosynteny and microsynteny relationships among species, and for highlighting evolutionary breakpoints. Access conditionsFree access. |
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AskomicsDescriptionAskOmics is a visual SPARQL query builder for RDF database. Access conditionsFree |
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CaspoDescriptionThe caspo pipeline is dedicated to automated reasoning on logical signaling networks Access conditionsFree |
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CadbiomDescriptionCADBIOM is an open source modelling software. Based on Guarded transition semantic, it gives a formal framework to help the modelling of biological systems such as cell signaling network. Access conditionsFree |
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ProtomataDescriptionGiven a sample of (unaligned) sequences belonging to a structural or functional family of proteins, Protomata-Learner infers automata characterizing the family. Automata are graphical models representing a (potentially infinite) set of sequences. Access conditionsFree |
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CesGODescriptionCeSGO offers a complete Virtual Research Environment (VRE) for Life Sciences. This VRE is based on a collaborative environment built on Wordpress and BuddyPress. It associated to the data sharing services of Owncloud and the SEEK platform. Main site : https://www.cesgo.org/en/ Collaborative platform : https://www.cesgo.org/collaboration Data management platform : https://data-access.cesgo.org Scientific data platform : https://seek.cesgo.org/
Access conditions |
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AuremeDescriptionThe toolbox AuReMe allows for the Automatic Reconstruction of Metabolic networks based on the combination Access conditionsFree |
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MiniaDescriptionMinia is a short-read assembler based on a de Bruijn graph, capable of assembling a human genome on a desktop computer in a day. The output of Minia is a set of contigs. Minia produces results of similar contiguity and accuracy to other de Bruijn assemblers (e.g. Velvet). Access conditionsFree |
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Unique visits: Not documented
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GATBDescriptionThe Genome Analysis Toolbox with de-Bruijn graph (GATB) provides a set of highly efficient algorithms to analyse NGS datasets. These methods enable the analysis of data sets of any size on multi-core desktop computers, including very huge amount of reads data coming from any kind of organisms such as bacteria, plants, animals and even complex samples (e.g. metagenomes).
Access conditionsFreely available. |
Domains of activity
- Biomedical
- Agri-food
- Environment
- Biotechnology
- Biology
Description of expertise domains
La plate-forme GenOuest plusieurs catégories de prestations : 1) une infrastructure bio-informatique : il s’agit de proposer un environnement bio-informatique complet au sein duquel les utilisateurs pourront évoluer en autonomie complète ou bien en recourant au support proposé par les personnels de la plate-forme. 2) le développement d’applications bioinformatiques : pour certains projets le nécessitant, des environnements spécifiques, des interfaces ou des bases de données sont développés
par les ingénieurs de la plate-forme. 3) une expertise et une consultance : pour certains projets les scientifiques font appel à la plate-forme GenOuest pour bénéficier d’une expertise en bio-informatique pour l’analyse de leurs données ou bien pour élaborer des stratégies d’analyse bioinformatiques. 4) Du transfert technologique : du fait de son implantation au sein d’un institut de recherche en informatique et bio-informatique, la plate-forme est en mesure de réaliser un transfert technologique des nouveaux outils directement issus de la recherche. 5) Des formations : un ensemble de formation est proposé par la plate-forme GenOuest 6) De l’hébergement scientifique : en partenariat avec les ingénieurs de la plate-forme les utilisateurs peuvent mettre en place de nouvelles ressources et/ou valoriser leurs travaux scientifiques grâce à la mise en place de sites ou applications web.
D’autre part, GenOuest réalise des recherches et développements autour de plusieurs axes principaux :
Les développements axés principalement sur l’analyse de séquences biologiques (Logol, DrMotifs), l'intégration des données biologiques (BioMAJ, SeqCrawler, Danaïdes), mais aussi sur l'utilisation de méta-données en biologie (EMME).
Les développements technologiques sur des outils ou environnements facilitant l'administration et l'exploitation des applications de bioinformatique (BioMAJ, MobyleNet, Galaxy) ou explorer nouveau paradigme de calcul pour la bioinformatique (genocloud, Grisbi).
Les deux axes précédents sont fédérés dans le projet e-biogenouest qui, centré sur les environnements virtuels de recherche, va exploiter les diverses avancées réalisées précédemment (gestion de données biologiques, portails, etc.)
La plate-forme est en interaction étroite avec les deux équipes de bioinformatique locales, Dyliss et GenScale, qui elles même collaborent et organisent des séminaires communs.
L’équipe Dyliss se spécialise sur l'analyse de séquences et la biologie des systèmes en utilisant des systèmes formels pour caractériser les facteurs génétiques qui contrôlent les réponses phénotypiques en fonction de l’environnement. L’équipe GenScale se concentre sur l'analyse des données génomiques à grande échelle en développant des algorithmes optimisés (CPU et mémoire), et qui peuvent également être exécutés dans des environnements parallèles.
Les domaines d’expertise de ces deux équipes contribuent à renforcer l’expertise de la plate-forme GenOuest et permettent de proposer des outils innovants.
La plate-forme GenOuest est également associée de manière très étroite avec la plate-forme INRA Bipaa qui propose des ressources bioinformatiques pour la génomique et la post-génomique des insectes.
D’un point de vue thématique les outils et méthodes développés au sein de ce groupe d’une cinquantaine de personnes trouvent leur application dans les domaines traditionnels de Biogenouest : Mer, Agronomie, Santé, Environnement.
Keywords:
- Analyse de données de séquençage NGS
- Analyse de séquences
- Algorithmique des séquences
- Recherche de motifs
- Apprentissage automatique
- Intégration de données hétérogènes
- Représentation des connaissances
- Ontologies
- Web sémantique
- Biologie des systèmes
- Modélisation des réseaux métaboliques
- Modélisation des réseaux de régulation
- Modélisation des systèmes
- Développements technologiques de l‘Information et de la Communication
- Outils
- Intégration d'outils
- Interopérabilité
- Interfaces, portails web
- Développement de workflows
- Données
- Intégration de données
- Gestion et transfert de données
- Bases de données et systèmes d’informations
- Environnements de calcul
- Cluster
- Cloud
Formation professionnelle
No website documentedTrainees: 45 trainees / year
Training time: 1 day(s) / year
No upcoming session scheduled
Initiation à la plateforme web GALAXY : L’analyse de données biologiques pour tous !DescriptionPrésentation L’analyse des données biologiques nécessite de plus en plus l’utilisation de ressources et d’environnements informatiques difficiles à maîtriser pour le biologiste. Objectifs Prise en main de l’environnement Galaxy et des différentes fonctionnalités proposées. Organisation pédagogique La formation comprendra un exposé théorique avec démonstrations pratiques complété par une rapide application sur la manipulation de données de régions génomiques. Public visé Chercheurs et ingénieurs, biologistes et bio-informaticiens possédant des compétences en développement bio-informatique souhaitant intégrer des outils dans le portail web Galaxy. Pré-requis Aucun. Access conditionsPas de pré-requis. |
No website documentedTrainees: 13 trainees / year
Training time: 1 day(s) / year
No upcoming session scheduled
Analyse de données RNAseq sous GalaxyDescriptionL’analyse des données biologiques nécessite de plus en plus l’utilisation de ressources et d’environnements informatiques difficiles à maîtriser pour le biologiste. Objectifs Prise en main de l’environnement Galaxy et des différentes fonctionnalités proposées. Organisation pédagogique La formation est exclusivement orientée pratique! Il s’agir d’utiliser des données de RNAseq fournies par l’UMR 0598 Agrocampus-Ouest / INRA pour utiliser les outils classiques d’analyse de données RNAseq (Tophat, flagstat, Cufflinks, Cuffcompare, Cuffdiff, ou htseq-count, Deseq…) Public visé Chercheurs et ingénieurs, biologistes souhaitant s’initier à l’analyse de données RNAseq. Access conditionsPas de pré-requis. |
No website documentedTrainees: 20 trainees / year
Training time: 1 day(s) / year
No upcoming session scheduled
Initiation à l’analyse de données de type RAD par le pipeline Stacks sous la plateforme web d’analyse de données GalaxyDescriptionCette formation initie l’utilisation de Stacks dans l’environnement Galaxy. Objectifs Principe de l’analyse de données RAD-seq via Stacks. Organisation pédagogique La formation comprendra un exposé théorique avec démonstrations pratiques. Le programme : Public visé Chercheurs et ingénieurs, biologistes et bio-informaticiens souhaitant analyser des données de type RAD-seq dans le portail web Galaxy. Access conditions
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No website documentedTrainees: 6 trainees / year
Training time: 1 day(s) / year
No upcoming session scheduled
HUBzero : Plateforme web open-source de collaboration scientifiqueDescriptionLes projets de recherche sont de plus en plus multi-disciplinaires et multi-site. Afin de faciliter la gestion de groupe, la gestion de projet et le partage de ressources, de nombreux outils généraux ou dédiés entreprise existent. HUBzero représente la meilleure solution open-source et dédiée science. Nous proposons de vous présenter son fonctionnement global à travers une démonstration interactive. Prise en main de l’environnement HUBzero et des différentes fonctionnalités proposées. Organisation pédagogique La formation est exclusivement orientée démonstration! Public visé Chercheurs et ingénieurs, biologistes souhaitant s’initier à l’utilisation d’HUBzero pour la gestion de groupes et de projets et le partage de ressources. Access conditionsNot documented |
No website documentedTrainees: 10 trainees / year
Training time: 1 day(s) / year
No upcoming session scheduled
Intégration d’outils dans la plateforme web GALAXYDescriptionNot documentedAccess conditionsNot documented |
Internal publications
Seqcrawler: biological data indexing and browsing platform. Olivier Sallou, Anthony Bretaudeau, Aurelien Roult - BMC Bioinformatics (2012) vol. 13 (1) pp. 175-175
Obadia, T., Sallou, O., Ouedraogo, M., Guernec, G. & Lecerf, F. The GAG database: A new resource to gather genomic annotation cross-references. Gene, (2013).
CyanoLyase: a database of phycobilin lyase sequences, motifs and functions. A Bretaudeau, F Coste, F Humily, L Garczarek, G Le Corguille, C Six, M Ratin, O Collin, W. M Schluchter, F Partensky. Nucleic Acids Research (2013) vol. 41 (D1) pp. D396-D401
Bretaudeau, A., et al. (2015). "BioMAJ2Galaxy: automatic update of reference data in Galaxy using BioMAJ." Gigascience 4: 22.
Sallou, O., & Monjeaud, C. (2015, September). GO-Docker: Batch scheduling with containers. In IEEE Cluster 2015.
Moreews, F., Sallou, O., Ménager, H., Monjeaud, C., Blanchet, C., & Collin, O. (2015). BioShaDock: a community driven bioinformatics shared Docker-based tools registry. F1000Research, 4.
External publications
The ReproGenomics Viewer: an integrative cross-species toolbox for the reproductive science community. Darde T., Sallou, O., Becker, E., Evrard, B., Monjeaud, C., Le Bras, Y., Jegou, B., Collin, O., Rolland, A. D., Chalmel, F., Nucleic Acids Res.2015 Apr 16. pii: gkv345.
The BioMart community portal: an innovative alternative to large, centralized data repositories. Smedley, D., et al. (2015) - Nucleic Acids Res.
Boyer, F., Mercier, C., Bonin, A., Le Bras, Y., Taberlet, P., & Coissac, E. (2015). obitools: a unix‐inspired software package for DNA metabarcoding. Molecular ecology resources.
SRD: a Staphylococcus regulatory RNA database. Sassi M., Augagneur Y., Mauro T., Ivain L., Chabelskaya S., Hallier M., Sallou O., Felden B. RNA. 2015 Mar 24.
The first complete chloroplast genome of the Genistoid legume Lupinus luteus: evidence for a novel major lineage-specific rearrangement and new insights regarding plastome evolution in the legume family. G. E. Martin, M. Rousseau-Gueutin, S. Cordonnier, O. Lima, S. Michon-Coudouel, D. Naquin, J. Ferreira De Carvalho, M. L. Anouche, A. Salmon, A. Anouche. Ann Bot 113(7): 1197-1210.
High-Resolution Profiling of Novel Transcribed Regions During Rat Spermatogenesis. Chalmel F, Lardenois A, Evrard B, Rolland AD, Sallou O, Dumargne MC, Coiffec I, Collin O, Primig M, Jégou B. Biol. Reprod. biolreprod.114.118166– (2014).
Masculinization of the x chromosome in the pea aphid. J. Jaquiéry, C. Rispe, D. Roze, F. Legeai, G. Le Trionnaire, S. Stoeckel, L. Mieuzet, C. Da Silva, J. Poulain, N. Prunier-Leterme, B. Ségurens, D. Tagu, J.-C. Simon, PLoS Genet. 9, e1003690 (2013).
LIMLE, a New Molecule Over-Expressed following Activation, Is Involved in the Stimulatory Properties of Dendritic Cells. L. Le Texier, J. Durand, A. Lavault, P. Hulin, O. Collin, Y. Le Bras, M.-C. Cuturi, E. Chiffoleau, PLoS One 9, e93894 (2014).
Development of genomic resources for the tick Ixodes ricinus: isolation and characterization of Single Nucleotide Polymorphisms
The duplicated genes database: identification and functional annotation of co-localised duplicated genes across genomes. Marion Ouedraogo, Charles Bettembourg, Anthony Bretaudeau, Olivier Sallou, Christian Diot, Olivier Demeure, Frédéric Lecerf - PLoS One (2012) vol. 7 (11) pp. e50653
GPSy: a cross-species gene prioritization system for conserved biological processes--application in male gamete development. Ramona Britto, Olivier Sallou, Olivier Collin, Grégoire Michaux, Michael Primig, Frédéric Chalmel - Nucleic Acids Research (2012) vol. 40 (Web Server issue) pp. W458-65
PHYMYCO-DB: a curated database for analyses of fungal diversity and evolution. Stéphane Mahé, Marie Duhamel, Thomas Le Calvez, Laetitia Guillot, Ludmila Sarbu, Anthony Bretaudeau, Olivier Collin, Alexis Dufresne, E Toby Kiers, Philippe Vandenkoornhuyse - PLoS ONE (2012) vol. 7 (9) pp. e43117
Fitness of Macrolide Resistant Campylobacter coli and Campylobacter jejuni. Salman Zeitouni, Olivier Collin, Mathieu Andraud, Gwennola Ermel, Isabelle Kempf.- Microbial drug resistance (Larchmont, NY) (2012) pp.
Transcriptome de novo assembly from next-generation sequencing and comparative analyses in the hexaploid salt marsh species Spartina maritima and Spartina alterniflora (Poaceae). Ferreira de Carvalho J, Poulain J, Da Silva C, Wincker P, Michon-Coudouel S, Dheilly A, Naquin D, Boutte J, Salmon A, Ainouche M Heredity (Edinb). 110, 181–93 (2013).
Rousseau-Gueutin, M., Bellot, S., Martin, G. E., Boutte, J., Chelaifa, H., Lima, O., ... & Ainouche, M. (2015). The chloroplast genome of the hexaploid Spartina maritima (Poaceae, Chloridoideae): Comparative analyses and molecular dating. Molecular phylogenetics and evolution, 93, 5-16.
Publications with the hosting laboratory
Abdou-Arbi, O., Lemosquet, S., Van Milgen, J., Siegel, A. & Bourdon, J. Exploring metabolism flexibility in complex organisms through quantitative study of precursor sets for system outputs. BMC Syst. Biol. 8, 8 (2014).
Blavy, P., Gondret, F., Lagarrigue, S., van Milgen, J. & Siegel, A. Using a large-scale knowledge database on reactions and regulations to propose key upstream regulators of various sets of molecules participating in cell metabolism. BMC Syst. Biol. 8, 32 (2014).
Andrieux, G., Le Borgne, M. & Théret, N. An integrative modeling framework reveals plasticity of TGF-beta signaling. BMC Syst. Biol. 8, 30 (2014).
Chikhi, R. & Rizk, G. Space-efficient and exact de Bruijn graph representation based on a Bloom filter. Algorithms Mol. Biol. 8, 22 (2013).
Guziolowski, C. et al. Exhaustively characterizing feasible logic models of a signaling network using Answer Set Programming. Bioinformatics 29, 2320–2326 (2013).
Transcriptomic profiling of the reproductive mode switch in the pea aphid in response to natural autumnal photoperiod Le Trionnaire G, Jaubert-Possamai S, Bonhomme J, Gauthier JP, Guernec G, Le Cam A, Legeai F, Monfort J, Tagu D.. J Insect Physiol. 2012 Dec;58(12):1517-24.
Candidate chemosensory genes in female antennae of the noctuid moth Spodoptera littoralis Jacquin-Joly E, Legeai F, Montagné N, Monsempes C, François MC, Poulain J,Gavory F, Walker WB 3rd, Hansson BS, Larsson MC.. Int J Biol Sci.2012;8(7):1036-50.
Comparison of gene repertoires and patterns of evolutionary rates in eight aphid species that differ by reproductive mode. Ollivier M, Gabaldón T, Poulain J, Gavory F, Leterme N, Gauthier JP, Legeai F, Tagu D, Simon JC, Rispe C. Genome Biol Evol. 2012;4(2):155-67.
Accelerated evolution of sex chromosomes in aphids, an x0 system. Jaquiéry J, Stoeckel S, Rispe C, Mieuzet L, Legeai F, Simon JC. Mol Biol Evol. 2012 Feb;29(2):837-47.
Candidate Chemosensory Genes In The Stemborer Sesamia nonagrioides, Glaser N, Gallot A, Legeai F, Montagné N, Poivet E, Harry M, Calatayud P-A, Jacquin-Joly E. Int J Biol Sci 2013; 9(5):481-495
A Comparison of the Olfactory Gene Repertoires of Adults and Larvae in the Noctuid Moth Spodoptera littoralis. Poivet E, Gallot A, Montagné N, Glaser N, Legeai F, Jacquin-Joly E. PLoS One. 2013;8(4):e60263
GOUIN, Anaïs, BRETAUDEAU, Anthony, LABADIE, K., et al. Improvement of the assembly of heterozygous genomes of non-model organisms, a case study of the genomes of two Spodoptera frugiperda host strains. In : Arthropod Genomics 2015. 2015.
Dumas, P., Legeai, F., Lemaitre, C., Scaon, E., Orsucci, M., Labadie, K., ... & Aury, J. M. (2015). Spodoptera frugiperda (Lepidoptera: Noctuidae) host-plant variants: two host strains or two distinct species?. Genetica, 143(3), 305-316.
Acknowledgement
- Noiret et al. (2016) Robust identification of Ptbp1-dependent splicing events by a junction-centric approach in Xenopus laevis. Dev Biol. 2016 Aug 19. pii: S0012-1606(16)30197-X
- Le Tonquèze et al. (2016) Identification of CELF1 RNA targets by CLIP-seq in human HeLa cells. Genom Data. 2016 Apr 19;8:97-103. doi: 10.1016/j.gdata.2016.04.009. eCollection 2016 Jun.
- Boutet et al. (2016) "SNP discovery and genetic mapping using genotyping by sequencing of whole genome genomic DNA from a pea RIL population. " BMC Genomics (2016) 17:121
- Loux, V., et al. (2015). "Mutations and genomic islands can explain the strain dependency of sugar utilization in 21 strains of Propionibacterium freudenreichii." BMC Genomics 16(1): 296.
- Chevignon, G., Cambier, S., Da Silva, C., Poulain, J., Drezen, J. M., Huguet, E., & Moreau, S. (2015). Transcriptomic response of Manduca sexta immune tissues to parasitization by the bracovirus associated wasp Cotesia congregata. Insect biochemistry and molecular biology.
- Becker, E., Liu, Y., Lardenois, A., Walther, T., Horecka, J., Stuparevic, I., ... & Primig, M. (2015). Integrated RNA-and protein profiling of fermentation and respiration in diploid budding yeast provides insight into nutrient control of cell growth and development. Journal of proteomics, 119, 30-44.
- Liu, Y., Stuparevic, I., Xie, B., Becker, E., Law, M. J., & Primig, M. (2015). The conserved histone deacetylase Rpd3 and the DNA binding regulator Ume6 repress BOI1's meiotic transcript isoform during vegetative growth in Saccharomyces cerevisiae. Molecular microbiology.
- Silva, L. G., Genteluci, G. L., de Mattos, M. C., Glatthardt, T., Figueiredo, A. M. S., & Ferreira-Carvalho, B. T. (2015). Group C Streptococcus dysgalactiae subsp. equisimilis in south-east Brazil: Genetic diversity, resistance profile, and the first report of human and equine isolates belonging to the same MLST lineage. Journal of medical microbiology,
- Lardenois, A., Stuparevic, I., Liu, Y., Law, M. J., Becker, E., Smagulova, F., ... & Primig, M. (2015). The conserved histone deacetylase Rpd3 and its DNA binding subunit Ume6 control dynamic transcript architecture during mitotic growth and meiotic development. Nucleic acids research, 43(1), 115-128.
- Gaboyer, F., Burgaud, G., & Alain, K. (2015). Physiological and evolutionary potential of microorganisms from the Canterbury 1 Basin subseafloor, a metagenomic approach 2. FEMS Microbiology Ecology, fiv029.
- Stuparevic, I., Becker, E., Law, M. J., & Primig, M. (2015). The histone deacetylase Rpd3/Sin3/Ume6 complex represses an acetate-inducible isoform of VTH2 in fermenting budding yeast cells. FEBS letters, 589(8), 924-932.
- Emily, M., Talvas, A. & Delamarche, C. MetAmyl: a METa-predictor for AMYLoid proteins. PLoS One 8, e79722 (2013).
- Mathieu et al. Expression screening of cancer/testis genes in prostate cancer identifies nr6a1 as a novel marker of disease progression and aggressiveness. Prostate. 2013 Jul;73(10):1103-14
- Chalmel et al. Genome-wide identification of Sox8-, and Sox9-dependent genes during early post-natal testis development in the mouse. Andrology. 2013 Mar;1(2):281-92.
- Genomic analysis of the biocontrol strain Pseudomonas fluorescens Pf29Arp with evidence of T3SS and T6SS gene expression on plant roots
- Genome scans reveal candidate regions involved in the adaptation to host plant in the pea aphid complex. J Jaquiéry, S Stoeckel, P Nouhaud, L Mieuzet, F Mahéo, F Legeai, N Bernard, A Bonvoisin, R Vitalis, J-C Simon - Mol Ecol (2012) vol. 21 (21) pp. 5251-64
- Nicolas et al. Assessment of the structural and functional impact of in-frame mutations of the DMD gene, using the tools included in the eDystrophin online database. Orphanet J Rare Dis (2012) vol. 7 pp. 45
- Bettembourg et al. GO2PUB: Querying PubMed with semantic expansion of gene ontology terms. J Biomed Semantics (2012) vol. 3 (1) pp. 7
- Chalmel et al. Global human tissue profiling and protein network analysis reveals distinct levels of transcriptional germline-specificity and identifies target genes for male infertility. Hum Reprod (2012) vol. 27 (11) pp. 3233-48
- Salmon et al. Targeted capture of homoeologous coding and noncoding sequence in polyploid cotton. G3 (Bethesda) (2012) vol. 2 (8) pp. 921-30
- A new twist to coiled coil. Le Rumeur et al. FEBS Lett (2012) vol. 586 (17) pp. 2717-22
- The bioinformatics tool box for reproductive biology. Primig M. Biochimica et biophysica acta (2012) pp. Global human tissue profiling and protein network analysis reveals distinct levels of transcriptional germline-specificity and identifies target genes for male infertility. Chalmel et al. Hum Reprod (2012) vol. 27 (11) pp. 3233-48
Development
GenOuest porte divers développements centrés sur la gestion des ressources (BioMAJ, BioMAJ2Galaxy, SeqCrawler, etc.), sur le calcul (GO-Docker, BioShaDock) et sur la collaborarion (utilisation de HubZero, ISAtools, Galaxy).
La plupart des logiciels développés au sein de la plate-forme et du laboratoire d’accueil font l’objet de dépôts APP.
- GenOuest : 4 (BioMAJ, ManBand, SeqCrawler, Cassiopee)
- Dyliss/GenOuest : 1 (Logol)
- GenScale : 9 (PLAST, MapSembler, GASSST, Minia, DSK, GATB CORE, Minia-GATB, TakeABreak, Bloocoo)
D’autre part, l’outil BioMAJ a été packagé pour des distributions Debian et est disponible au sein des distributions Debian-med et Ubuntu.
Users distribution
International
2 %
National
15 %
Regional
61 %
Local
22%
Explanation about this distribution:
Les chiffres donnés ci-dessus correspondent aux personnes accédant de manière authentifiée à l’environnement offert par la plate-forme. La partie locale correspond, outre les besoins propres des développements de la plate-forme, à deux équipes de recherche en bioinformatique de l’Irisa/Inria qui apportent des contributions régulières d’outils originaux à la plate-forme.
Platform's own projects
- DrMotifs : mise en place d’un portail de recherche et découverte de motifs (financement IBISA 2010)
- EMME : environnement de gestion des métadonnées expérimentales (financement IBISA 2012)
- e-Biogenouest : mise en place d’un environnement virtuel de recherche (financement Région Bretagne et Région Pays de la Loire 2011-2014)
- Genocloud : mise en place d’un environnement cloud expérimental pour la bioinformatique (auto-financement et financement Région Bretagne 2014)
- Hadoopizer : développement d’un framework pour l’utilisation du map-reduce en bioinformatique (financement Région Bretagne 2013)
- BioMAJ : outil de gestion des banques de données biologiques (financement INRIA 2009)
- CPER CeSGO : développement d'une plate-forme e-Science centrée sur les Sciences de la Vie (2015-2018)
- GO-Docker : gestionnaire de tâches sous Docker (auto-financement 2015)
Collaborations
National projets
- PELICAN : ANR 2012
- ECS : ANR 2012
- Rapsodyn : PIA : Optimisation de la teneur et du rendement en huile chez le colza cultivé sous contrainte azotée.
- France Génomique : PIA :
- BioDataCloud : PIA : Developpement de l'Economie Numerique «Cloud computing» Call, n.3 - Big data
- Projet INCa : «Structuration du séquençage de nouvelle génération à visée diagnostique en cancérologie»
A ces projets viennent s’ajouter les projets dans lesquels est impliquée Bipaa : -LepidOLF (ANR) - mirnADAPT (ANR) - Spéciaphid (ANR) - ADA-Spodo (ANR)
International and European projects
- Projet Excelerate
Projects with industry
Collaboration projects not founded through an external organism
Provision of services not founded through an external organism
Not documented
Animations (Workshops, Work-groups, seminars, conferences ... )
Groupe de travail Galaxy Grand Ouest : la plate-forme GenOuest est à l’origine des activités de ce groupe de travail qui va tout naturellement interagir avec le groupe de travail Galaxy de l’IFB.
Journée d’animation de l’axe bioinformatique de Biogenouest : Depuis 10 ans la plate-forme organise annuellement, en octobre-novembre, des rencontres à Rennes. Ces rencontres, ciblées sur un thème d’actualité, rassemblent de 80 à 100 personnes en moyenne.
Journée d’animation du projet fédérateur e-Biogenouest : Dans le cadre du projet E-science, une journée d’animation a été proposée en juin 2013. Cette journée a rassemblé plus de 80 personnes.
Participation au groupe de travail GRISBI : Depuis le projet GRISBI , la plate-forme GenOuest participe aux diverses réunions du groupe de travail.
La plate-forme GenOuest participe régulièrement au congrès Gen2Bio que ce soit pour des ateliers ou des conférences .
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