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BiRD

Adress
IRS UN, 8 Quai Moncousu 44000 Nantes
Structure(s)
INSERM, CNRS
Unit:
UMR INSERM 1087/CNRS 6291, UMS INSERM 016/CNRS 3556
[field_pole_regional_de_rattachem]
Website
pf-bird.univ-nantes.fr
Scientific leader(s)
Technical leader(s)
Certificat(s)
  • Label IBiSA
Team
Infrastructure
Propriétaire
Effective storage
700.00 To
Cluster: cores number
992 cores
Data collections number
8
CPU/hours a year
3 559 638 H / an
Bioinformatic tools number
23
Users number (last year)
117
Servers description

La BiRD met à la disposition de la communauté une infrastructure informatique équipée et sécurisée pour le calcul et l'hébergement des données scientifiques. L'environnement logiciel est en constante évolution avec l'ajout permanent de nouveaux outils en fonction des demandes.


Access conditions

Pour toute demandes de comptes (cluster ou Galaxy) contacter pf-bird@univ-nantes.fr

La charte d'utilisation est disponible à cette adresse : http://www.pf-bird.univ-nantes.fr
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3SRP Pipeline

Description

Analysis pipeline using Snakemake for transcriptome profiling by 3' RNA sequencing.

Access conditions

This pipeline is public, the source code is available here : https://gitlab.univ-nantes.fr/bird_pipeline_registry/srp-pipeline

 
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DEPIB

Description

Analysis pipeline using Snakemake for RNAseq analysis in order to find differentially expressed genes.

Access conditions

This pipeline is public, the source code is available here : https://gitlab.univ-nantes.fr/bird_pipeline_registry/RNAseq_quantif_pipe...

 
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microSysMics

Description

This workflow provides an automated microbiome data analysis, starting with sequenced taxonomic markers (such as 16SrRNA) and using the standard QIIME2 toolbox to produce an abundance table and preliminary diversity, phylogeny and taxonomy analysis.

Access conditions

This pipeline is public, the source code is available here : https://gitlab.univ-nantes.fr/bird_pipeline_registry/microSysMics
Domains of activity
  • Biomedical
  • Biology
  • Computer Science
Description of expertise domains
La plateforme BiRD conseille, propose et développe des services en bioinformatique : analyse de données de séquençage pour la détection de variants, l'étude du transcriptome ou du microbiote. Pour cela elle travaille aux cotés de la plateforme Génomique qui prend en charge les projets de préparations de librairies et séquençage.

Pour toutes ces applications, BiRD possède une expertise dans l'analyse de données à grande échelle et a développé des pipelines d’analyse bioinformatiques dédiés permettant de standardiser l’analyse depuis les données brutes jusqu’à l’interprétation biologique.

Ces services sont supportés par une infrastructure de calcul et de stockage dédiée directement connectée aux séquenceurs, accessible à distance à travers plusieurs services et ouverte à la communauté scientifique quelque soit sa tutelle.

La plateforme assure :

  • un accompagnement des projets d'analyse de données en génomique, depuis la définition du projet jusqu'à l'obtention de données filtrées et de bonne qualité.
  • la mise à disposition de la communauté scientifique une infrastructure et des ressources bioinformatiques adaptées (cluster calcul, stockage et CLOUD OpenStack) pour le traitement et l'analyse de données 'omics'.
  • des formations dans le domaine de la Bioinformatique, (Analyse de données de transcriptome, Initiation au langage R ou à la ligne de commande).
 

Implantée au sein de la SFR Santé François Bonamy, la plateforme s'appuie sur les équipes de recherche en génétique et génomique humaine de l'UMR U1087, à laquelle elle est adossée. L'un des objectifs scientifiques de ces équipes est d'élucider les mécanismes moléculaires de pathologies cardiovasculaires (mort subite, arythmies, valvulopathies, anévrismes cérébraux, etc.). Les stratégies d'analyse mises en oeuvre s'appuient sur les technologies de criblage génomique à haut-débit couplées au développement de nouveaux outils bioinformatiques dédiés, dans le but d'identifier de nouveaux marqueurs de risque dans ces pathologies.

La plateforme est également co-dirigée scientiquement par le LS2N (Laboratoire des Sciences Numériques Nantes). Les travaux de recherche et développements de la plateforme BiRD sont menés en collaboration avec l’équipe ComBi dont les thématiques de recherche principales se concentrent autour de la génomique comparative et de la biologie des systèmes. Ensemble, ces deux laboratoires définissent les orientations stratégiques et scientifiques de BiRD, et coordonnent les ressources humaines et matérielles.

 

Keywords:
  • Analyse de données de séquençage NGS
  • Transcriptomique (RNA-seq)
  • Analyse différentielle de l’expression des gènes
  • Analyse de variants
  • Panels (amplicons, captures)
  • Exomes
  • Génomes complets
  • Métagénomique, métatranscriptomique
  • Apprentissage automatique
  • Extraction de connaissances
  • Intégration de données hétérogènes
  • Représentation des connaissances
  • Ontologies
  • Web sémantique
  • Biologie des systèmes
  • Fonctionnement des systèmes biologiques complexes
  • Génie métabolique
  • Analyse et modélisation multi-échelle
  • Modélisation des réseaux métaboliques
  • Modélisation des réseaux de régulation
  • Modélisation des systèmes
  • Systèmes dynamiques
  • Développements technologiques de l‘Information et de la Communication
  • Outils
  • Intégration d'outils
  • Interopérabilité
  • Développement de workflows
  • Données
  • Intégration de données
  • Gestion et transfert de données
  • Environnements de calcul
  • Cluster
  • Cloud
  • Ecologie
  • Biodiversité
  • Ecologie microbienne
  • Modélisation en écologie

Formation professionnelle

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Trainees:
20 trainees / year
Training time:
1 day(s) / year
No upcoming session scheduled

Initiation to R language

Description

OBJECTIFS :
* Acquérir les bases d’utilisation du langage R
* Expérimenter les principales fonctionnalités de R
* Etre autonome dans la manipulation de données
* Réaliser des analyses statistiques simples, construire des graphiques
* Apprendre à créer des fonctions

Access conditions

Cette formation est ouverte à tous (public et privé) sans restriction de tutelle et accessible par la formation continue de l'Université de Nantes.
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Trainees:
10 trainees / year
Training time:
3 day(s) / year
No upcoming session scheduled

RNASeq data analysis

Description
Objectifs :
  • Comprendre les principales étapes d'analyse de données RNAseq pour une étude d'expression différentielle
  • Savoir réaliser une analyse en ligne de commande avec Snakemake

Alternance entre parties théoriques et parties pratiques.

Pre-requis : savoir utiliser la ligne de commande ou avoir suivi la formation "Initiation à la ligne de commande".

 

Access conditions

Cette formation est ouverte à tous (public et privé) sans restriction de tutelle et accessible par la formation continue de l'Université de Nantes.
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Trainees:
Not documented
Training time:
Not documented
No upcoming session scheduled

Command line initiation

Description

Objectifs :

  • Connaitre les principes et les avantages du système Linux
  • Connaitre et savoir utiliser les principales commandes du bash
  • Savoir lancer des programmes avec des arguments
  • Acquérir de l'autonomie pour effectuer des analyses bioinformatique en ligne de commande.

 

Access conditions

Cette formation est ouverte à tous (public et privé) sans restriction de tutelle et accessible par la formation continue de l'Université de Nantes.
Internal publications
Le Scouarnec, S., M. Karakachoff, J-B. Gourraud, P. Lindenbaum, S. Bonnaud, V. Portero, L. Duboscq-Bidot, X. Daumy, F. Simonet, R. Teusan, et al., "Testing the burden of rare variation in arrhythmia-susceptibility genes provides new insights into molecular diagnosis for Brugada syndrome", Human Molecular Genetics, vol. 24, no. 10, pp. 2757–2763, 2015.
Group, the. D. E. S. I. R., M. Karakachoff, N. Duforet-Frebourg, F. Simonet, S. Le Scouarnec, N. Pellen, S. Lecointe, E. Charpentier, F. Gros, S. Cauchi, et al., "Fine-scale human genetic structure in Western France", European Journal of Human Genetics, vol. 23, no. 6, pp. 831–836, 2015.
Gaignard, A., H. Skaf-Molli, and A. Bihouée, "From scientific workflow patterns to 5-star linked open data", {TaPP} 2016: 8th {USENIX} {Workshop} on the {Theory} and {Practice} of {Provenance}, Washington D.C., United States, 2016.
Sanchez-Castro, M., H. Eldjouzi, E. Charpentier, P-F. Busson, Q. Hauet, P. Lindenbaum, B. Delasalle-Guyomarch, A. Baudry, O. Pichon, C. Pascal, et al., "Search for Rare Copy-Number Variants in Congenital Heart Defects Identifies Novel Candidate Genes and a Potential Role for FOXC1 in Patients With Coarctation of the Aorta", Circulation: Cardiovascular Genetics, vol. 9, no. 1, pp. 86–94, 2016.
Lefebvre, M., J. Bourdon, C. Guziolowski, and A. Gaignard, "Regulation and signalization graph assembly through Linked Open Data", {JOBIM} 2017, Lille, France, 2017.
Daumy, X., M-Y. Amarouch, P. Lindenbaum, S. Bonnaud, E. Charpentier, B. Bianchi, S. Nafzger, E. Baron, S. Fouchard, A. Thollet, et al., "Targeted resequencing identifies TRPM4 as a major gene predisposing to progressive familial heart block type I", International Journal of Cardiology, vol. 207, pp. 349–358, mar, 2016.
Isidor, B., S. Küry, J. A. Rosenfeld, T. Besnard, S. Schmitt, S. Joss, S. J. Davies, R. Roger Lebel, A. Henderson, C. P. Schaaf, et al., "De Novo Truncating Mutations in the Kinetochore-Microtubules Attachment Gene \textitCHAMP1} Cause Syndromic Intellectual Disability", Human Mutation, vol. 37, no. 4, pp. 354–358, 2016.
Gaignard, A., K. Belhajjame, and H. Skaf-Molli, "SHARP: Harmonizing and Bridging Cross-Workflow Provenance", The {Semantic} {Web}: {ESWC} 2017 {Satellite} {Events}, vol. 10577, Cham, Springer International Publishing, pp. 219–234, 2017.
Gaignard, A., K. Belhajjame, and H. Skaf-Molli, "SHARP: Harmonizing Galaxy and Taverna workflow provenance", {SeWeBMeDA} 2017 : {Semantic} {Web} solutions for large-scale {BioMedical} {Data} {Analtics} - 14th {ESWC} 2017, Portoroz, Slovenia, 2017.
Gaignard, A., Sharing massive data analysis: from provenance to linked experiment reports, France, 2018.
External publications
Pierre, A. Saint, J. Giemza, I. Alves, M. Karakachoff, M. Gaudin, P. Amouyel, J-F. Dartigues, C. Tzourio, M. Monteil, P. Galan, et al., "Correction: The genetic history of France", European Journal of Human Genetics, pp. 1–1, mar, 2020.
Pham, T. Ha, S. Lecomte, R. Le Guevel, A. Lardenois, B. Evrard, F. Chalmel, F. Ferriere, P. Balaguer, T. Efstathiou, and F. Pakdel, "Characterization of Glyceollins as Novel Aryl Hydrocarbon Receptor Ligands and Their Role in Cell Migration", International Journal of Molecular Sciences, vol. 21, no. 4, pp. 1368, jan, 2020.
Montassier, E., G. A. Al-Ghalith, C. Mathé, Q. Le Bastard, V. Douillard, A. Garnier, R. Guimon, B. Raimondeau, Y. Touchefeu, E. Duchalais, et al., "Distribution of Bacterial α1,3-Galactosyltransferase Genes in the Human Gut Microbiome", Frontiers in Immunology, vol. 10, 2020.
Lecomte, E., B. Tournaire, B. Cogné, J-B. Dupont, P. Lindenbaum, M. Martin-Fontaine, F. Broucque, C. Robin, M. Hebben, O-W. Merten, et al., "Advanced Characterization of DNA Molecules in rAAV Vector Preparations by Single-stranded Virus Next-generation Sequencing", Molecular Therapy - Nucleic Acids, vol. 4, pp. e260, 2015.
Douanne, T., J. Gavard, and N. Bidère, "The paracaspase MALT1 cleaves the LUBAC subunit HOIL1 during antigen receptor signaling", Journal of Cell Science, vol. 129, no. 9, pp. 1775–1780, may, 2016.
Küry, S., G. M. van Woerden, T. Besnard, M. Proietti Onori, X. Latypova, M. C. Towne, M. T. Cho, T. E. Prescott, M. A. Ploeg, S. Sanders, et al., "De Novo Mutations in Protein Kinase Genes CAMK2A and CAMK2B Cause Intellectual Disability", The American Journal of Human Genetics, vol. 101, no. 5, pp. 768–788, 2017.
Persyn, E., M. Karakachoff, S. Le Scouarnec, C. Le Clézio, D. Campion, F. Exome Consortium, J-J. Schott, R. Redon, L. Bellanger, and C. Dina, "DoEstRare: A statistical test to identify local enrichments in rare genomic variants associated with disease", PLOS ONE, vol. 12, no. 7, pp. e0179364, jul, 2017.
Portero, V., S. Le Scouarnec, Z. Es‐Salah‐Lamoureux, S. Burel, J‐B. Gourraud, S. Bonnaud, P. Lindenbaum, F. Simonet, J. Violleau, E. Baron, et al., "Dysfunction of the Voltage‐Gated K $^\textrm+}$ Channel β2 Subunit in a Familial Case of Brugada Syndrome", Journal of the American Heart Association, vol. 5, no. 6, 2016.
Rimbert, A., M. Pichelin, S. Lecointe, M. Marrec, S. Le Scouarnec, E. Barrak, M. Croyal, M. Krempf, H. Le Marec, R. Redon, et al., "Identification of novel APOB mutations by targeted next-generation sequencing for the molecular diagnosis of familial hypobetalipoproteinemia", Atherosclerosis, vol. 250, pp. 52–56, jul, 2016.
Leroy, T., C. Roux, L. Villate, C. Bodénès, J. Romiguier, J. A. P. Paiva, C. Dossat, J-M. Aury, C. Plomion, and A. Kremer, "Extensive recent secondary contacts between four European white oak species", New Phytologist, vol. 214, no. 2, pp. 865–878, apr, 2017.
Rabe, M., S. Dumont, A. Álvarez-Arenas, H. Janati, J. Belmonte-Beitia, G. F. Calvo, C. Thibault-Carpentier, Q. Séry, C. Chauvin, N. Joalland, et al., "Identification of a transient state during the acquisition of temozolomide resistance in glioblastoma", Cell Death & Disease, vol. 11, no. 1, pp. 1–14, jan, 2020.
Meistermann, D., S. Loubersac, A. Reignier, J. Firmin, V. Francois Campion, S. Kilens, Y. Lelièvre, J. Lammers, M. Feyeux, P. Hulin, et al., "Spatio-temporal analysis of human preimplantation development reveals dynamics of epiblast and trophectoderm", bioRxiv, pp. 604751, 2019.
Cohen-Boulakia, S., K. Belhajjame, O. Collin, J. Chopard, C. Froidevaux, A. Gaignard, K. Hinsen, P. Larmande, Y. Le Bras, F. Lemoine, et al., "Scientific workflows for computational reproducibility in the life sciences: Status, challenges and opportunities", Future Generation Computer Systems, vol. 75, pp. 284–298, oct, 2017.
Bézie, S., D. Meistermann, L. Boucault, S. Kilens, J. Zoppi, E. Autrusseau, A. Donnart, V. Nerrière-Daguin, F. Bellier-Waast, E. Charpentier, et al., "Ex Vivo Expanded Human Non-Cytotoxic CD8+CD45RClow/− Tregs Efficiently Delay Skin Graft Rejection and GVHD in Humanized Mice", Frontiers in Immunology, vol. 8, pp. 2014, 2018.
Nicol, B., M. Salou, I. Vogel, A. Garcia, E. Dugast, J. Morille, S. Kilens, E. Charpentier, A. Donnart, S. Nedellec, et al., "An intermediate level of CD161 expression defines a novel activated, inflammatory, and pathogenic subset of CD8 + T cells involved in multiple sclerosis", Journal of Autoimmunity, vol. 88, pp. 61–74, 2018.
Tessoulin, B., A. Moreau-Aubry, G. Descamps, P. Gomez-Bougie, S. Maïga, A. Gaignard, D. Chiron, E. Ménoret, S. Le Gouill, P. Moreau, et al., "Whole-exon sequencing of human myeloma cell lines shows mutations related to myeloma patients at relapse with major hits in the DNA regulation and repair pathways", Journal of Hematology & Oncology, vol. 11, no. 1, pp. 137, dec, 2018.
Maniangou, B., N. Legrand, M. Alizadeh, U. Guyet, C. Willem, G. David, E. Charpentier, A. Walencik, C. Retière, and K. Gagne, "Killer Immunoglobulin-Like Receptor Allele Determination Using Next-Generation Sequencing Technology", Frontiers in Immunology, vol. 8, pp. 547, may, 2017.
Oizel, K., C. Chauvin, L. Oliver, C. Gratas, F. Geraldo, U. Jarry, E. Scotet, M. Rabe, M-C. Alves-Guerra, R. Teusan, et al., "Efficient Mitochondrial Glutamine Targeting Prevails Over Glioblastoma Metabolic Plasticity", Clinical Cancer Research, vol. 23, no. 20, pp. 6292–6304, 2017.
Picarda, E., S. Bézie, L. Boucault, E. Autrusseau, S. Kilens, D. Meistermann, B. Martinet, V. Daguin, A. Donnart, E. Charpentier, et al., "Transient antibody targeting of CD45RC induces transplant tolerance and potent antigen-specific regulatory T cells", JCI Insight, vol. 2, no. 3, feb, 2017.
Consortium, T. Milieu Int, S. Kilens, D. Meistermann, D. Moreno, C. Chariau, A. Gaignerie, A. Reignier, Y. Lelièvre, M. Casanova, C. Vallot, et al., "Parallel derivation of isogenic human primed and naive induced pluripotent stem cells", Nature Communications, vol. 9, no. 1, pp. 360, 2018.
 
Publications with the hosting laboratory
 
Users distribution
International
3 %
National
17 %
Regional
27 %
Local
53%
Explanation about this distribution:

La plate-forme BiRD fait partie du réseau des plates-formes de Biogenouest (régions Bretagne et Pays de Loire). De ce fait, elle entretient un rapport privilégié avec les laboratoires membres de Biogenouest mais est ouverte plus largement à toute autre structure académique ou privée.
Platform's own projects
(3)

Développement de pipelines d'analyse :

  • 3'seq RNA profiling
  • SingleCell transcriptomics
  • Microbiote analysis
Collaborations
National projets
Not documented
International and European projects
(1)

ELIXIR Interoperabillity Platform

The goal of the Interoperability Platform is to help people and machines to discover, access, integrate and analyse biological data. It encourages the life science community to adopt standardised file formats, metadata, vocabularies and identifiers and works internationally to achieve its goals.
Projects with industry
Not documented
Collaboration projects not founded through an external organism
(5)

INEX-MED

Alban Gaignard leads INEX-MED project : INtegration and EXploration of heterogeneous bio-MEDical data. The objective of this pilot project supported by the IFB is to develop a sustainable infrastructure for integration, exploitation and modelling (semantic/statistical) on heterogeneous data sources and multi-site computing infrastructures in the biomedical area.
 

Mibiogate

Philippe Bordron and Erwan Delage are involved in the Mibiogate project.
Philippe works more specifically in the analysis and interpretation of transcriptomic data from host organs in the context of stress studies on barriers.
Erwan works on the implementation of tools for the analysis and integration of metagenomic, biological and clinical data for the study of chronic pathologies and more particularly on the development of a complete metagenomic analysis pipeline (from raw sequences to the construction of gene catalogues, the reconstruction of genomes and the generation of tables of abundance at the taxonomic and functional level).

Mibiogate is a project to study biological barriers and their microbiota in the development of chronic diseases, supported by the Pays de la Loire Region. The consortium created aims to structure a research network specialized in the study of the dysfunctions of the biological barriers of the different organs in chronic pathologies of interest.

 

CEPH Recherche

CEPH Recherche : Pilot project for the secure storage of massive research data using CEPH technology on a principle of sharing equipment and staff of partner members : CCIPL, BiRD, LS2N, CEISAM, DSIN.
 

IFB Biosphere

IFB Biosphère : French Institute of Bioinformatics (IFB) provides life scientists with a federation of clouds, Biosphere, and bioinformatics cloud services to analyze life science data. Biosphere is used for scientific production in the life sciences, developments, and to support events like cloud and scientific training sessions, hackathons or workshops.
 
 
Provision of services not founded through an external organism
(45)
En 2019, 45 projets académiques en prestation de bio-analyse ont été menés dont : - 2 projets de génotypage - 1 projets de RNAseq - 42 projets de 3'Seq-RNA Profiling
Animations (Workshops, Work-groups, seminars, conferences ... )
  • P’tits dej de la bioinfo : rendez-vous qui réunissent des acteurs de la bioinformatique de la région nantaise pour discuter autour d’un thème d’actualité bioinformatique, dans un cadre informel et amical, autour d’un croissant et un café.
  • Journée animation des plateformes de l’axe Bioinformatique Biogenouest.
  • Tutos Bioinfo : cycle de tutoriels sur des outils utiles en Bioinformatique, sous forme de mini-TP (code fourni sur Gitlab avec des données test).

 

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