

BiRD
- Information
- Infrastructure
- Data
- Tools
- Expertise
- Trainings
- Collaborations
- Ouverture
- Imports
- Gerer mes utilisateurs
Adress
Structure(s)
Unit:
Website
pf-bird.univ-nantes.frScientific leader(s)
Technical leader(s)
Certificat(s)
- Label IBiSA
Infrastructure
Effective storage
Cluster: cores number
Data collections number
CPU/hours a year
Bioinformatic tools number
Users number (last year)
Servers description
La BiRD met à la disposition de la communauté une infrastructure informatique équipée et sécurisée pour le calcul et l'hébergement des données scientifiques. L'environnement logiciel est en constante évolution avec l'ajout permanent de nouveaux outils en fonction des demandes.
- cluster de calcul ouvert à la communauté (hébergé dans le datacenter de l'université de Nantes) :
- 14 lames pour un total de 832 threads et 3.8 To de RAM
- Espace de stockage de 400Tb utiles (BeeGFS) associé et 250TB de stockage sécurisé.
- d'une plateforme de CLOUD sous OpenStack intégrée dans le projet Biosphère
- 160 coeurs
- 50 To de stockage
Access conditions
Pour toute demandes de comptes (cluster ou Galaxy) contacter pf-bird@univ-nantes.fr
La charte d'utilisation est disponible à cette adresse : http://www.pf-bird.univ-nantes.fr
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3SRP PipelineDescriptionAnalysis pipeline using Snakemake for transcriptome profiling by 3' RNA sequencing. Access conditionsThis pipeline is public, the source code is available here : https://gitlab.univ-nantes.fr/bird_pipeline_registry/srp-pipeline
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DEPIBDescriptionAnalysis pipeline using Snakemake for RNAseq analysis in order to find differentially expressed genes. Access conditionsThis pipeline is public, the source code is available here : https://gitlab.univ-nantes.fr/bird_pipeline_registry/RNAseq_quantif_pipe...
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microSysMicsDescriptionThis workflow provides an automated microbiome data analysis, starting with sequenced taxonomic markers (such as 16SrRNA) and using the standard QIIME2 toolbox to produce an abundance table and preliminary diversity, phylogeny and taxonomy analysis. Access conditionsThis pipeline is public, the source code is available here : https://gitlab.univ-nantes.fr/bird_pipeline_registry/microSysMics |
Domains of activity
- Biomedical
- Biology
- Computer Science
Description of expertise domains
Pour toutes ces applications, BiRD possède une expertise dans l'analyse de données à grande échelle et a développé des pipelines d’analyse bioinformatiques dédiés permettant de standardiser l’analyse depuis les données brutes jusqu’à l’interprétation biologique.
Ces services sont supportés par une infrastructure de calcul et de stockage dédiée directement connectée aux séquenceurs, accessible à distance à travers plusieurs services et ouverte à la communauté scientifique quelque soit sa tutelle.
La plateforme assure :
- un accompagnement des projets d'analyse de données en génomique, depuis la définition du projet jusqu'à l'obtention de données filtrées et de bonne qualité.
- la mise à disposition de la communauté scientifique une infrastructure et des ressources bioinformatiques adaptées (cluster calcul, stockage et CLOUD OpenStack) pour le traitement et l'analyse de données 'omics'.
- des formations dans le domaine de la Bioinformatique, (Analyse de données de transcriptome, Initiation au langage R ou à la ligne de commande).
Implantée au sein de la SFR Santé François Bonamy, la plateforme s'appuie sur les équipes de recherche en génétique et génomique humaine de l'UMR U1087, à laquelle elle est adossée. L'un des objectifs scientifiques de ces équipes est d'élucider les mécanismes moléculaires de pathologies cardiovasculaires (mort subite, arythmies, valvulopathies, anévrismes cérébraux, etc.). Les stratégies d'analyse mises en oeuvre s'appuient sur les technologies de criblage génomique à haut-débit couplées au développement de nouveaux outils bioinformatiques dédiés, dans le but d'identifier de nouveaux marqueurs de risque dans ces pathologies.
La plateforme est également co-dirigée scientiquement par le LS2N (Laboratoire des Sciences Numériques Nantes). Les travaux de recherche et développements de la plateforme BiRD sont menés en collaboration avec l’équipe ComBi dont les thématiques de recherche principales se concentrent autour de la génomique comparative et de la biologie des systèmes. Ensemble, ces deux laboratoires définissent les orientations stratégiques et scientifiques de BiRD, et coordonnent les ressources humaines et matérielles.
Keywords:
- Analyse de données de séquençage NGS
- Transcriptomique (RNA-seq)
- Analyse différentielle de l’expression des gènes
- Analyse de variants
- Panels (amplicons, captures)
- Exomes
- Génomes complets
- Métagénomique, métatranscriptomique
- Apprentissage automatique
- Extraction de connaissances
- Intégration de données hétérogènes
- Représentation des connaissances
- Ontologies
- Web sémantique
- Biologie des systèmes
- Fonctionnement des systèmes biologiques complexes
- Génie métabolique
- Analyse et modélisation multi-échelle
- Modélisation des réseaux métaboliques
- Modélisation des réseaux de régulation
- Modélisation des systèmes
- Systèmes dynamiques
- Développements technologiques de l‘Information et de la Communication
- Outils
- Intégration d'outils
- Interopérabilité
- Développement de workflows
- Données
- Intégration de données
- Gestion et transfert de données
- Environnements de calcul
- Cluster
- Cloud
- Ecologie
- Biodiversité
- Ecologie microbienne
- Modélisation en écologie
Formation professionnelle
![]() Trainees: 20 trainees / year
Training time: 1 day(s) / year
No upcoming session scheduled
Initiation to R languageDescriptionOBJECTIFS : Access conditionsCette formation est ouverte à tous (public et privé) sans restriction de tutelle et accessible par la formation continue de l'Université de Nantes. |
![]() Trainees: 10 trainees / year
Training time: 3 day(s) / year
No upcoming session scheduled
RNASeq data analysisDescription
Objectifs :
Alternance entre parties théoriques et parties pratiques. Pre-requis : savoir utiliser la ligne de commande ou avoir suivi la formation "Initiation à la ligne de commande".
Access conditionsCette formation est ouverte à tous (public et privé) sans restriction de tutelle et accessible par la formation continue de l'Université de Nantes. |
![]() Trainees: Not documented
Training time: Not documented
No upcoming session scheduled
Command line initiationDescriptionObjectifs :
Access conditionsCette formation est ouverte à tous (public et privé) sans restriction de tutelle et accessible par la formation continue de l'Université de Nantes. |
Internal publications
External publications
Publications with the hosting laboratory
Users distribution
Explanation about this distribution:
La plate-forme BiRD fait partie du réseau des plates-formes de Biogenouest (régions Bretagne et Pays de Loire). De ce fait, elle entretient un rapport privilégié avec les laboratoires membres de Biogenouest mais est ouverte plus largement à toute autre structure académique ou privée.
Platform's own projects
Développement de pipelines d'analyse :
- 3'seq RNA profiling
- SingleCell transcriptomics
- Microbiote analysis
Collaborations
National projets
International and European projects
ELIXIR Interoperabillity Platform
Projects with industry
Collaboration projects not founded through an external organism
INEX-MED
Mibiogate
Philippe works more specifically in the analysis and interpretation of transcriptomic data from host organs in the context of stress studies on barriers.
Erwan works on the implementation of tools for the analysis and integration of metagenomic, biological and clinical data for the study of chronic pathologies and more particularly on the development of a complete metagenomic analysis pipeline (from raw sequences to the construction of gene catalogues, the reconstruction of genomes and the generation of tables of abundance at the taxonomic and functional level).
Mibiogate is a project to study biological barriers and their microbiota in the development of chronic diseases, supported by the Pays de la Loire Region. The consortium created aims to structure a research network specialized in the study of the dysfunctions of the biological barriers of the different organs in chronic pathologies of interest.
CEPH Recherche
IFB Biosphere
Provision of services not founded through an external organism
Animations (Workshops, Work-groups, seminars, conferences ... )
- P’tits dej de la bioinfo : rendez-vous qui réunissent des acteurs de la bioinformatique de la région nantaise pour discuter autour d’un thème d’actualité bioinformatique, dans un cadre informel et amical, autour d’un croissant et un café.
- Journée animation des plateformes de l’axe Bioinformatique Biogenouest.
- Tutos Bioinfo : cycle de tutoriels sur des outils utiles en Bioinformatique, sous forme de mini-TP (code fourni sur Gitlab avec des données test).