Outils mis à disposition par les plateformes IFB

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3SRP Pipeline

()

Analysis pipeline using Snakemake for transcriptome profiling by 3' RNA sequencing.

2 Mot(s)-clef(s) associé(s)

Analyse de données de séquençage NGS
Transcriptomique (RNA-seq)

Conditions d'utilisations

This pipeline is public, the source code is available here : https://gitlab.univ-nantes.fr/bird_pipeline_registry/srp-pipeline

Spécifications

Format(s) d'entrée des données :

Valeur non renseignée

Format(s) de sortie des données :

Valeur non renseignée

Type(s) d'application : Valeur non renseignée

Système(s) d'exploitation : Valeur non renseignée

License(s) : Valeur non renseignée

Version : Valeur non renseignée

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ACD Tools 2.0

()

A web-server for the generic analysis of large data sets of counts

1 Mot(s)-clef(s) associé(s)

Biostatistiques

Conditions d'utilisations

Gratuit

Spécifications

Format(s) d'entrée des données :

Valeur non renseignée

Format(s) de sortie des données :

Valeur non renseignée

Type(s) d'application : Valeur non renseignée

Système(s) d'exploitation : Valeur non renseignée

License(s) : Valeur non renseignée

Version : Valeur non renseignée

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ACNUC

()

Sequence retrieval system for the nucleotide (GenBank, EMBL) and protein (UniProt) sequence databases and for many other systems following the same formats. Full description available froim the software home page.

3 Mot(s)-clef(s) associé(s)

Développements technologiques de l‘Information et de la Communication
Données
Bases de données et systèmes d’informations

Conditions d'utilisations

Freely downloadable software licensed under the GNU General Public License (http://doua.prabi.fr/databases/acnuc) or on-line access through a web interafce (http://doua.prabi.fr/search/query_fam).

Spécifications

Format(s) d'entrée des données :

Valeur non renseignée

Format(s) de sortie des données :

Valeur non renseignée

Type(s) d'application : Valeur non renseignée

Système(s) d'exploitation : Valeur non renseignée

License(s) : Valeur non renseignée

Version : Valeur non renseignée

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ActivCollector

()

Estimation tools design of energy expenditure and energy intake.

1 Mot(s)-clef(s) associé(s)

Aucun des termes ci-dessus ne convient

Conditions d'utilisations

Gratuit

Spécifications

Format(s) d'entrée des données :

Valeur non renseignée

Format(s) de sortie des données :

Valeur non renseignée

Type(s) d'application : Valeur non renseignée

Système(s) d'exploitation : Valeur non renseignée

License(s) : Valeur non renseignée

Version : Valeur non renseignée

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ADE-4

()

R library for multivariate analysis and graphical display. Full description available from the software home page.

4 Mot(s)-clef(s) associé(s)

Biostatistiques
Analyses multivariées
Ecologie
Ecologie microbienne

Conditions d'utilisations

Freely available for download from any CRAN mirror.

Spécifications

Format(s) d'entrée des données :

Valeur non renseignée

Format(s) de sortie des données :

Valeur non renseignée

Type(s) d'application : Valeur non renseignée

Système(s) d'exploitation : Valeur non renseignée

License(s) : Valeur non renseignée

Version : Valeur non renseignée

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AGMIAL

()

AGMIAL, plate-forme d’annotation de génomes microbiens. Bryson K, Loux V, Bossy R, Nicolas P, Chaillou S, van de Guchte M, Penaud S, Maguin E, Hoebeke M, Bessières P, Gibrat JF: AGMIAL: implementing an annotation strategy for prokaryote genomes as a distributed system. Nucleic Acids Res 2006, 34:3533–3545.

3 Mot(s)-clef(s) associé(s)

Génomique (DNA-seq)
Analyse de génomes
Annotation structurale et fonctionnelle des génomes

Conditions d'utilisations

Le logiciel peut être téléchargé gratuitement sur le site http://genome.jouy.inra.fr/agmial. Il est également possible de demander l’installation d’une instance d’AGMIAL sur les machines de la plate-forme MIGALE.

Spécifications

Format(s) d'entrée des données :

Valeur non renseignée

Format(s) de sortie des données :

Valeur non renseignée

Type(s) d'application : Valeur non renseignée

Système(s) d'exploitation : Valeur non renseignée

License(s) : Valeur non renseignée

Version : Valeur non renseignée

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Ant-Motifs

()

Motifs extraction and supervised classification for proteins structure. Publications : R. Saidi, M. Maddouri, and E.M. Nguifo (2010) Protein sequences classification by means offeature extraction with substitution matrices. BMC bioinformatics, 11(1): 175. doi:10.1186/1471-2105-11-175 R. Saidi, W. Dhifli, M. Maddouri, and E.M. Nguifo. (2019) Efficiently Mining Recurrent Substructures from Protein Three-Dimensional Structure Graphs. J. Comput. Biol., 26 (6), 561-571. doi:10.1089/cmb.2018.0171

2 Mot(s)-clef(s) associé(s)

Analyse de séquences
Bioinformatique structurale

Conditions d'utilisations

Gratuit sur http://www.isima.fr/~mephu/FILES/AntMotif/

Spécifications

Format(s) d'entrée des données :

Valeur non renseignée

Format(s) de sortie des données :

Valeur non renseignée

Type(s) d'application : Valeur non renseignée

Système(s) d'exploitation : Valeur non renseignée

License(s) : Valeur non renseignée

Version : Valeur non renseignée

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Askomics

()

AskOmics is a visual SPARQL query builder for RDF database.

5 Mot(s)-clef(s) associé(s)

Analyse de données de séquençage NGS
Intégration de données hétérogènes
Représentation des connaissances
Ontologies
Web sémantique

Conditions d'utilisations

Free

Spécifications

Format(s) d'entrée des données :

Valeur non renseignée

Format(s) de sortie des données :

Valeur non renseignée

Type(s) d'application : Valeur non renseignée

Système(s) d'exploitation : Valeur non renseignée

License(s) : Valeur non renseignée

Version : Valeur non renseignée

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Aureme

()

The toolbox AuReMe allows for the Automatic Reconstruction of Metabolic networks based on the combination of multiple heteregeneous data and knowledge sources. Since 2016, the workflow has been made available as a Docker image to facilitate its distribution among the scientific community

4 Mot(s)-clef(s) associé(s)

Intégration de données hétérogènes
Biologie des systèmes
Modélisation des réseaux métaboliques
Analyse des réseaux métaboliques

Conditions d'utilisations

Free

Spécifications

Format(s) d'entrée des données :

Valeur non renseignée

Format(s) de sortie des données :

Valeur non renseignée

Type(s) d'application : Valeur non renseignée

Système(s) d'exploitation : Valeur non renseignée

License(s) : Valeur non renseignée

Version : Valeur non renseignée

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Autograph

()

AutoGRAPH is an integrated web server for multi-species comparative genomic analysis. It is designed for constructing and visualizing synteny maps between two or three species, determination and display of macrosynteny and microsynteny relationships among species, and for highlighting evolutionary breakpoints.

4 Mot(s)-clef(s) associé(s)

Analyse de séquences
Prédiction d'homologie/orthologie
Génomique comparative
Comparaison des génomes

Conditions d'utilisations

Free access.

Spécifications

Format(s) d'entrée des données :

Valeur non renseignée

Format(s) de sortie des données :

Valeur non renseignée

Type(s) d'application : Valeur non renseignée

Système(s) d'exploitation : Valeur non renseignée

License(s) : Valeur non renseignée

Version : Valeur non renseignée

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BCSearch

()

BCSearch is a fast and flexible approach to identify linear fragments similar to a query in large collections of structures. It addresses two basic questions: Among a subset of structures, what sequences are compatible with the conformation of my query ? Are there conformations similar to my query in other proteins ? Is it observed elsewhere ? BCSearch is based on a new similarity approach, based on a Binet Cauchy (BC) kernel. The approach measures the correlation between the volumes of all the tetraedron of the query and that of a target. The similarity (BCscore) is scored between -1 and 1, where a value of 1 corresponds to the exact same conformation than the query, and -1 to the mirror conformation. Values close to 0 correspond to unrelated fragments. The BCscore is more stringent than other criteria such as the alpha carbon RMS deviation. Particularly, fragments with partly dissimilar shapes are poorly scored and consequently collections of matches are usually less noisy, which makes them better suited for the analysis of the local structure-sequence relationship. In addition, since no superimposition is required, the similarity search is very fast, making possible to mine large collections of structures.

2 Mot(s)-clef(s) associé(s)

Bioinformatique structurale
Analyse des structures, recherche d'homologues et de motifs structuraux

Conditions d'utilisations

Service en ligne en accès libre.

Spécifications

Format(s) d'entrée des données :

Valeur non renseignée

Format(s) de sortie des données :

Valeur non renseignée

Type(s) d'application : Valeur non renseignée

Système(s) d'exploitation : Valeur non renseignée

License(s) : Valeur non renseignée

Version : Valeur non renseignée

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BioMAJ

()

BioMAJ (BIOlogie Mise A Jour) is a workflow engine dedicated to data synchronization and processing. The software automates the update cycle and the supervision of the locally mirrored databank repository. The software is free and released under AGPL v3 based licence.

2 Mot(s)-clef(s) associé(s)

Données
Gestion et transfert de données

Conditions d'utilisations

Téléchargement libre : https://github.com/genouest/biomaj

Spécifications

Format(s) d'entrée des données :

Valeur non renseignée

Format(s) de sortie des données :

Valeur non renseignée

Type(s) d'application : Valeur non renseignée

Système(s) d'exploitation : Valeur non renseignée

License(s) : Valeur non renseignée

Version : Valeur non renseignée

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BioMAJ2Galaxy

()

BioMAJ2Galaxy makes it possible to configure BioMAJ to automatically download some reference data, to then convert them and/or index it in various formats, and then make this data available in a Galaxy server using data libraries or data managers.

2 Mot(s)-clef(s) associé(s)

Gestion et transfert de données
Bases de données et systèmes d’informations

Conditions d'utilisations

Téléchargement libre : https://github.com/genouest/biomaj2galaxy

Spécifications

Format(s) d'entrée des données :

Valeur non renseignée

Format(s) de sortie des données :

Valeur non renseignée

Type(s) d'application : Valeur non renseignée

Système(s) d'exploitation : Valeur non renseignée

License(s) : Valeur non renseignée

Version : Valeur non renseignée

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BioNJ

()

Méthode de distance pour l'inférence d'arbres phylogénétiques.

3 Mot(s)-clef(s) associé(s)

Evolution et phylogénie
Evolution moléculaire
Gènes et génomes

Conditions d'utilisations

Gratuit via le site web de la plateforme.

Spécifications

Format(s) d'entrée des données :

Valeur non renseignée

Format(s) de sortie des données :

Valeur non renseignée

Type(s) d'application : Valeur non renseignée

Système(s) d'exploitation : Valeur non renseignée

License(s) : Valeur non renseignée

Version : Valeur non renseignée

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BioShaDock

()

BioShaDock is a bioinformatics-focused Docker registry, which provides a local and fully controlled environment to build and publish bioinformatic software as portable Docker images. It provides a number of improvements over the base Docker registry on authentication and permissions management, that enable its integration in existing bioinformatic infrastructures such as computing platforms. The metadata associated with the registered images are domain-centric, including for instance concepts deﬁned in the EDAM ontology, a shared and structured vocabulary of commonly used terms in bioinformatics. The registry also includes user deﬁned tags to facilitate its discovery, as well as a link to the tool description in the ELIXIR registry if it already exists.

6 Mot(s)-clef(s) associé(s)

Développements technologiques de l‘Information et de la Communication
Outils
Intégration d'outils
Environnements de calcul
Cluster
Cloud

Conditions d'utilisations

Accès libre sur docker-ui.france-bioinformatique.fr

Spécifications

Format(s) d'entrée des données :

Valeur non renseignée

Format(s) de sortie des données :

Valeur non renseignée

Type(s) d'application : Valeur non renseignée

Système(s) d'exploitation : Valeur non renseignée

License(s) : Valeur non renseignée

Version : Valeur non renseignée

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Cadbiom

()

CADBIOM is an open source modelling software. Based on Guarded transition semantic, it gives a formal framework to help the modelling of biological systems such as cell signaling network.

3 Mot(s)-clef(s) associé(s)

Biologie des systèmes
Modélisation des réseaux de régulation
Modélisation des systèmes

Conditions d'utilisations

Free

Spécifications

Format(s) d'entrée des données :

Valeur non renseignée

Format(s) de sortie des données :

Valeur non renseignée

Type(s) d'application : Valeur non renseignée

Système(s) d'exploitation : Valeur non renseignée

License(s) : Valeur non renseignée

Version : Valeur non renseignée

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Carnac

()

Carnac is a software tool for analysing the hypothetical secondary structure of a family of homologous RNA. It aims at predicting if the sequences actually share a common secondary structure. When this structure exists, Carnac is then able to correctly recover a large amount of the folded stems. The input is a set of single-stranded RNA sequences that need not to be aligned. The folding strategy relies on a thermodynamic model with energy minimization. It combines information coming from locally conserved elements of the primary structure and mutual information between sequences with covariations too.

1 Mot(s)-clef(s) associé(s)

Analyse de séquences

Conditions d'utilisations

Carnac peut être utilisé via une interface web ou être téléchargé pour être installé localement (un compilateur C est nécessaire). Une version exécutable sous Windows est également disponible.

Spécifications

Format(s) d'entrée des données :

Valeur non renseignée

Format(s) de sortie des données :

Valeur non renseignée

Type(s) d'application : Valeur non renseignée

Système(s) d'exploitation : Valeur non renseignée

License(s) : Valeur non renseignée

Version : Valeur non renseignée

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Caspo

()

The caspo pipeline is dedicated to automated reasoning on logical signaling networks

3 Mot(s)-clef(s) associé(s)

Biologie des systèmes
Modélisation des systèmes
Systèmes dynamiques

Conditions d'utilisations

Free

Spécifications

Format(s) d'entrée des données :

Valeur non renseignée

Format(s) de sortie des données :

Valeur non renseignée

Type(s) d'application : Valeur non renseignée

Système(s) d'exploitation : Valeur non renseignée

License(s) : Valeur non renseignée

Version : Valeur non renseignée

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CesGO

()

CeSGO offers a complete Virtual Research Environment (VRE) for Life Sciences. This VRE is based on a collaborative environment built on Wordpress and BuddyPress. It associated to the data sharing services of Owncloud and the SEEK platform. Main site : https://www.cesgo.org/en/ Collaborative platform : https://www.cesgo.org/collaboration Data management platform : https://data-access.cesgo.org Scientific data platform : https://seek.cesgo.org/

6 Mot(s)-clef(s) associé(s)

Développements technologiques de l‘Information et de la Communication
Intégration d'outils
Interfaces, portails web
Intégration de données
Gestion et transfert de données
Bases de données et systèmes d’informations

Conditions d'utilisations
Valeur non renseignée

Spécifications

Format(s) d'entrée des données :

Valeur non renseignée

Format(s) de sortie des données :

Valeur non renseignée

Type(s) d'application : Valeur non renseignée

Système(s) d'exploitation : Valeur non renseignée

License(s) : Valeur non renseignée

Version : Valeur non renseignée

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Clust&See

()

Clust&See est un plug-in Cytoscape dans lequel plusieurs algorithmes de partitionnement de graphes et OCG sont implémentés. Il permet d'identifier, de visualier et d'analyser les classes de sommets obtenus. La partition obtenue est visualisée sour la forme d'un graphe quotient. Cet outil permet d'étudier en détail les liens entre sommlets, arêtes, classes et partitions.

3 Mot(s)-clef(s) associé(s)

Biologie des systèmes
Fonctionnement des systèmes biologiques complexes
Analyse et modélisation multi-échelle

Conditions d'utilisations

Libre sur http://tagc.univ-mrs.fr/tagc/index.php/clustnsee et sur l'App store de Cytoscape http://apps.cytoscape.org/apps/clustnsee.

Spécifications

Format(s) d'entrée des données :

Valeur non renseignée

Format(s) de sortie des données :

Valeur non renseignée

Type(s) d'application : Valeur non renseignée

Système(s) d'exploitation : Valeur non renseignée

License(s) : Valeur non renseignée

Version : Valeur non renseignée

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CompPhy

()

Serveur collaboratif de comparaison de phylogénies.

5 Mot(s)-clef(s) associé(s)

Evolution et phylogénie
Evolution moléculaire
Gènes et génomes
Phylogénomique
Super-arbres et réconciliations

Conditions d'utilisations

Gratuit via le site web de la plateforme.

Spécifications

Format(s) d'entrée des données :

Valeur non renseignée

Format(s) de sortie des données :

Valeur non renseignée

Type(s) d'application : Valeur non renseignée

Système(s) d'exploitation : Valeur non renseignée

License(s) : Valeur non renseignée

Version : Valeur non renseignée

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CRAC

()

CRAC proposes a novel way of analyzing reads that integrates genomic locations and local coverage, and delivers all above mentioned predictions in a single step. CRAC uses a double k-mer profiling approach to detect candidate mutations, indels, splice or fusion junctions in each single read.

1 Mot(s)-clef(s) associé(s)

Analyse de données de séquençage NGS

Conditions d'utilisations

Gratuit via le site de la plateforme.

Spécifications

Format(s) d'entrée des données :

Valeur non renseignée

Format(s) de sortie des données :

Valeur non renseignée

Type(s) d'application : Valeur non renseignée

Système(s) d'exploitation : Valeur non renseignée

License(s) : Valeur non renseignée

Version : Valeur non renseignée

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CRAC

()

Méthode d'analyse de données RNA-seq.

4 Mot(s)-clef(s) associé(s)

Analyse de données de séquençage NGS
Transcriptomique (RNA-seq)
Analyse différentielle de l’expression des gènes
Analyses de transcrits et transcrits variants

Conditions d'utilisations

Gratuit via le site de la plateforme.

Spécifications

Format(s) d'entrée des données :

Valeur non renseignée

Format(s) de sortie des données :

Valeur non renseignée

Type(s) d'application : Valeur non renseignée

Système(s) d'exploitation : Valeur non renseignée

License(s) : Valeur non renseignée

Version : Valeur non renseignée

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DEPIB

()

Analysis pipeline using Snakemake for RNAseq analysis in order to find differentially expressed genes.

2 Mot(s)-clef(s) associé(s)

Analyse de données de séquençage NGS
Transcriptomique (RNA-seq)

Conditions d'utilisations

This pipeline is public, the source code is available here : https://gitlab.univ-nantes.fr/bird_pipeline_registry/RNAseq_quantif_pipe...

Spécifications

Format(s) d'entrée des données :

Valeur non renseignée

Format(s) de sortie des données :

Valeur non renseignée

Type(s) d'application : Valeur non renseignée

Système(s) d'exploitation : Valeur non renseignée

License(s) : Valeur non renseignée

Version : Valeur non renseignée

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DiNAMO

()

The DiNAMO software implements an exhaustive algorithm to detect over-represented IUPAC motifs in a set of DNA sequences. It has two modes: scanning mode, where all windows are parsed, or fixed-position mode, where only motifs occurring at a specific position in the sequences are taken into account. DiNAMO can be used in a variety of applications, such as ChIP-seq peak analysis for transcription factor binding sites identification, or finding motifs that induce systematic sequencing errors.

1 Mot(s)-clef(s) associé(s)

Analyse de séquences

Conditions d'utilisations

Aucune

Spécifications

Format(s) d'entrée des données :

Valeur non renseignée

Format(s) de sortie des données :

Valeur non renseignée

Type(s) d'application : Valeur non renseignée

Système(s) d'exploitation : Valeur non renseignée

License(s) : Valeur non renseignée

Version : Valeur non renseignée

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DroPNet

()

Drosophila Protein Network allows the generation and analysis of protein-protein interaction (PPI) networks. This platform will help integrating user experimental data with various available PPI databases. Publication : Y. Renaud, A. Baillif, J-B. Perez, M. Agier, E. Mephu Nguifo, V. Mirouse (2012) DroPNet: a web portal for integrated analysis of Drosophila protein-protein interaction networks. Nucleic Acids Research, 40(Web Server issue):W134-9, Oxford. doi:10.1093/nar/gks434

2 Mot(s)-clef(s) associé(s)

Bioimagerie
Protéomique

Conditions d'utilisations

Gratuit sur http://dropnet.isima.fr/site/

Spécifications

Format(s) d'entrée des données :

Valeur non renseignée

Format(s) de sortie des données :

Valeur non renseignée

Type(s) d'application : Valeur non renseignée

Système(s) d'exploitation : Valeur non renseignée

License(s) : Valeur non renseignée

Version : Valeur non renseignée

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e-BGO

()

Portail de collaboration scientifique (mise en production en 2013).

2 Mot(s)-clef(s) associé(s)

Interfaces, portails web
Bases de données et systèmes d’informations

Conditions d'utilisations

Accès public.

Spécifications

Format(s) d'entrée des données :

Valeur non renseignée

Format(s) de sortie des données :

Valeur non renseignée

Type(s) d'application : Valeur non renseignée

Système(s) d'exploitation : Valeur non renseignée

License(s) : Valeur non renseignée

Version : Valeur non renseignée

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ESPript/ENDscript

()

Valeur non renseignée

5 Mot(s)-clef(s) associé(s)

Analyse de séquences
Alignement (multiple) de séquences
Recherche de motifs
Bioinformatique structurale
Analyse des structures, recherche d'homologues et de motifs structuraux

Conditions d'utilisations

http://espript.ibcp.fr et http://endscript.ibcp.fr

Le serveur ESPript/ENDscript est accessible gratuitement, via Internet et sans enregistrement, à la communauté scientifique pour un usage académique.

Spécifications

Format(s) d'entrée des données :

Valeur non renseignée

Format(s) de sortie des données :

Valeur non renseignée

Type(s) d'application : Valeur non renseignée

Système(s) d'exploitation : Valeur non renseignée

License(s) : Valeur non renseignée

Version : Valeur non renseignée

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FastME

()

Méthode de distance pour l'inférence d'arbres phylogénétiques.

3 Mot(s)-clef(s) associé(s)

Evolution et phylogénie
Evolution moléculaire
Gènes et génomes

Conditions d'utilisations

Gratuit via le site web de la plateforme.

Spécifications

Format(s) d'entrée des données :

Valeur non renseignée

Format(s) de sortie des données :

Valeur non renseignée

Type(s) d'application : Valeur non renseignée

Système(s) d'exploitation : Valeur non renseignée

License(s) : Valeur non renseignée

Version : Valeur non renseignée

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fpocket

()

fpocket is a very fast, open source protein pocket (cavity) detection algorithm based on Voronoi tessellation. It was developed in the C programming language and is currently available as command line driven program, and from now as a web server too.

2 Mot(s)-clef(s) associé(s)

Bioinformatique structurale
Prédictions des propriétés structurales

Conditions d'utilisations

Service en ligne en accès libre.

Spécifications

Format(s) d'entrée des données :

Valeur non renseignée

Format(s) de sortie des données :

Valeur non renseignée

Type(s) d'application : Valeur non renseignée

Système(s) d'exploitation : Valeur non renseignée

License(s) : Valeur non renseignée

Version : Valeur non renseignée

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Frog2

()

Frog is intended to generate 3D for drugs, usually described using a 1D or 2D representation. Frog performs isomer identification from ambiguous compound description. Frog is able to generate multi-conformations per isomer.

2 Mot(s)-clef(s) associé(s)

Bioinformatique structurale
Prédictions des propriétés structurales

Conditions d'utilisations

Service en ligne en accès libre.

Spécifications

Format(s) d'entrée des données :

Valeur non renseignée

Format(s) de sortie des données :

Valeur non renseignée

Type(s) d'application : Valeur non renseignée

Système(s) d'exploitation : Valeur non renseignée

License(s) : Valeur non renseignée

Version : Valeur non renseignée

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GalaxEast

()

The objective of GalaxEast (http://www.galaxeast.fr) is to provide a reliable public Galaxy instance, with guaranteed availability and accessibility. GalaxEast offers a catalogue of about a hundred tools, mainly for handling of sequencing data (ChIP-seq, RNA-seq and DNAseq) high speed. The addition of proteomic and spectroscopy data analysis tools is planned for 2014. The tools come from both the official Galaxy toolshed and the developments of bioinformaticians from the local community. The new tools will be made available in the platform toolshed. The platform has a wiki that allows users to find documentation and request the addition of new tools and genomes.

1 Mot(s)-clef(s) associé(s)

Analyse de données de séquençage NGS

Conditions d'utilisations

Accès ouvert à la communauté académique française.

Accès facilité via les connexions rapides (ex : Osiris, Renater)

Spécifications

Format(s) d'entrée des données :

Valeur non renseignée

Format(s) de sortie des données :

Valeur non renseignée

Type(s) d'application : Valeur non renseignée

Système(s) d'exploitation : Valeur non renseignée

License(s) : Valeur non renseignée

Version : Valeur non renseignée

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Galaxy@CBiB

()

Galaxy analysis server. Bioinformatics tools made available on the Toolshed: 400 tested bricks.

2 Mot(s)-clef(s) associé(s)

Analyse de données de séquençage NGS
Analyse de séquences

Conditions d'utilisations

Libre sur le web, sur demande pour avoir un espace de travail plus conséquent.

Spécifications

Format(s) d'entrée des données :

Valeur non renseignée

Format(s) de sortie des données :

Valeur non renseignée

Type(s) d'application : Valeur non renseignée

Système(s) d'exploitation : Valeur non renseignée

License(s) : Valeur non renseignée

Version : Valeur non renseignée

Informations de contact
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GATB

()

The Genome Analysis Toolbox with de-Bruijn graph (GATB) provides a set of highly efficient algorithms to analyse NGS datasets. These methods enable the analysis of data sets of any size on multi-core desktop computers, including very huge amount of reads data coming from any kind of organisms such as bacteria, plants, animals and even complex samples (e.g. metagenomes).

10 Mot(s)-clef(s) associé(s)

Analyse de données de séquençage NGS
Méthodologie
Assemblage de génomes et transcriptomes
Alignements de lectures sur des génomes
Analyse de variants
Exomes
Génomes complets
Métagénomique, métatranscriptomique
Analyse de séquences
Algorithmique des séquences

Conditions d'utilisations

Freely available.

Spécifications

Format(s) d'entrée des données :

Valeur non renseignée

Format(s) de sortie des données :

Valeur non renseignée

Type(s) d'application : Valeur non renseignée

Système(s) d'exploitation : Valeur non renseignée

License(s) : Valeur non renseignée

Version : Valeur non renseignée

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Geno3D@

()

Modélisation par homologie automatisée de la structure tridimensionnelle des protéines.

4 Mot(s)-clef(s) associé(s)

Bioinformatique structurale
Analyse des structures, recherche d'homologues et de motifs structuraux
Prédictions des propriétés structurales
Modélisation comparative et de novo de structures

Conditions d'utilisations

https://geno3d-prabi.ibcp.fr (depuis février 2001).

Spécifications

Format(s) d'entrée des données :

Valeur non renseignée

Format(s) de sortie des données :

Valeur non renseignée

Type(s) d'application : Valeur non renseignée

Système(s) d'exploitation : Valeur non renseignée

License(s) : Valeur non renseignée

Version : Valeur non renseignée

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GIGWA

()

Valeur non renseignée

6 Mot(s)-clef(s) associé(s)

Génomique (DNA-seq)
Analyse de variants
Intégration d'outils
Interopérabilité
Interfaces, portails web
Bases de données et systèmes d’informations

Conditions d'utilisations

Publique

Spécifications

Format(s) d'entrée des données :

Valeur non renseignée

Format(s) de sortie des données :

Valeur non renseignée

Type(s) d'application : Valeur non renseignée

Système(s) d'exploitation : Valeur non renseignée

License(s) : Valeur non renseignée

Version : Valeur non renseignée

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GO-Docker

()

It is a cluster management tool using Docker as execution/isolation system. The software does not manage however itself the dispatch of the commands on the remote nodes. For this, it integrates with container management tools (Docker Swarm, Apache Mesos, ...)

4 Mot(s)-clef(s) associé(s)

Développements technologiques de l‘Information et de la Communication
Environnements de calcul
Cluster
Cloud

Conditions d'utilisations

Téléchargement libre : http://www.genouest.org/godocker/index.html

Spécifications

Format(s) d'entrée des données :

Valeur non renseignée

Format(s) de sortie des données :

Valeur non renseignée

Type(s) d'application : Valeur non renseignée

Système(s) d'exploitation : Valeur non renseignée

License(s) : Valeur non renseignée

Version : Valeur non renseignée

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GO2Pub

()

GO2PUB to automatically enrich PubMed queries with gene names, symbols and synonyms annotated by a GO term of interest or one of its descendants

6 Mot(s)-clef(s) associé(s)

Intégration de données hétérogènes
Ontologies
Développements technologiques de l‘Information et de la Communication
Données
Intégration de données
Bases de données et systèmes d’informations

Conditions d'utilisations

Accès libre

Spécifications

Format(s) d'entrée des données :

Valeur non renseignée

Format(s) de sortie des données :

Valeur non renseignée

Type(s) d'application : Valeur non renseignée

Système(s) d'exploitation : Valeur non renseignée

License(s) : Valeur non renseignée

Version : Valeur non renseignée

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GoArrays

()

Microarray probe design application. It enables the design of specific probes of each gene in an entire genome, with an original approach. The use of specific microarray technology requires a very detailed attention for the design of specific probes spotted on the solid phase. These problems are far from being commonplace since they refer to complex physicochemical constraints. We propose a new approach to design oligonucleotides which combines good specificity with a potentially high sensitivity. This approach is original in the biological point of view as far as in the algorithmic point of view, and is particularly adapted when dealing with a complex target mixture (where it’s difficult to find specific sequences fo all genes). Publication : Rimour, S., D. Hill, C. Militon, and P. Peyret (2005) GoArrays: highly dynamic and efficient microarray probe design. Bioinformatics (Oxford, England) 21:1094-1103. doi:10.1093/bioinformatics/bti112

1 Mot(s)-clef(s) associé(s)

Analyse de données de séquençage NGS

Conditions d'utilisations

Gratuit sur http://g2im.u-clermont1.fr/serimour/goarrays.html

Spécifications

Format(s) d'entrée des données :

Valeur non renseignée

Format(s) de sortie des données :

Valeur non renseignée

Type(s) d'application : Valeur non renseignée

Système(s) d'exploitation : Valeur non renseignée

License(s) : Valeur non renseignée

Version : Valeur non renseignée

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Hex

()

Ab initio rigid body protein-protein docking.

2 Mot(s)-clef(s) associé(s)

Bioinformatique structurale
Prédictions des propriétés structurales

Conditions d'utilisations

Free licence for academic use

Spécifications

Format(s) d'entrée des données :

Valeur non renseignée

Format(s) de sortie des données :

Valeur non renseignée

Type(s) d'application : Valeur non renseignée

Système(s) d'exploitation : Valeur non renseignée

License(s) : Valeur non renseignée

Version : Valeur non renseignée

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HexServer

()

Ab initio rigid body protein-protein docking using GPU.

2 Mot(s)-clef(s) associé(s)

Bioinformatique structurale
Prédictions des propriétés structurales

Conditions d'utilisations

Free service: no login or registration required

Spécifications

Format(s) d'entrée des données :

Valeur non renseignée

Format(s) de sortie des données :

Valeur non renseignée

Type(s) d'application : Valeur non renseignée

Système(s) d'exploitation : Valeur non renseignée

License(s) : Valeur non renseignée

Version : Valeur non renseignée

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HHalign-Kbest

()

HHalign-Kbest is useful to automatically obtain optimized alignments and models in case of low sequence identity (<35%) between a query and a template protein. It can generate k suboptimal (e.g. top-k scoring) alignments rather than only the optimal one which may contain small to large errors.

2 Mot(s)-clef(s) associé(s)

Bioinformatique structurale
Modélisation comparative et de novo de structures

Conditions d'utilisations

Service en ligne en accès libre.

Spécifications

Format(s) d'entrée des données :

Valeur non renseignée

Format(s) de sortie des données :

Valeur non renseignée

Type(s) d'application : Valeur non renseignée

Système(s) d'exploitation : Valeur non renseignée

License(s) : Valeur non renseignée

Version : Valeur non renseignée

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HiSpOD

()

Software dedicated for the microbial ecology and environmental studies. The software use individual nucleic sequences or consensus sequences produced by multiple alignments to design degenerate probes in order to target gene families covering many exhaustive formatted database dedicated to microbial ecology containing about 10 million coding sequences (CDS) and their putative 5’ and 3’ untranslated regions (UTR). Potential cross-hybridizations identified by the program are clustered and results are organized in order to simplifyuser interpretation. Publications : Dugat-Bony E., Missaoui M., Peyretaillade E. , Biderre-Petit C. , Bouzid O., Gouinaud C. , Hill D. , and Peyret P. (2011) HiSpOD: probe design for functional DNA microarrays. Bioinformatics (Oxford, England) 27:641-648. doi:10.1093/bioinformatics/btq712 Parisot N., Peyretaillade E., Dugat-Bony E., Denonfoux J., Mahul A., and Peyret P. (2016) Probe Design Strategies for Oligonucleotide Microarrays. Methods in Molecular Biology, 1368: 67-82. doi: 10.1007/978-1-4939-3136-1_6

2 Mot(s)-clef(s) associé(s)

Analyse de séquences
Génomique : Puces

Conditions d'utilisations

Gratuit sur http://g2im.u-clermont1.fr/hispod/index.php

Spécifications

Format(s) d'entrée des données :

Valeur non renseignée

Format(s) de sortie des données :

Valeur non renseignée

Type(s) d'application : Valeur non renseignée

Système(s) d'exploitation : Valeur non renseignée

License(s) : Valeur non renseignée

Version : Valeur non renseignée

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Integron Finder

()

IntegronFinder is a program that detects integrons in DNA sequences. The program is available on a webserver (galaxy), or by command line (IntegronFinder on github). Integrons are major genetic element, notorious for their major implication in the spread of antibiotic resistance genes. More generally, integrons are gene-capturing device, whose broader evolutionary role remains poorly understood. IntegronFinder is able to detect with high accuracy integron in DNA sequences. It is accurate because it combines the use of HMM profiles for the detection of the essential protein, the site-specific integron integrase, and the use of Covariance Models for the detection of the recombination site, the attC site. IntegronFinder can also annotate gene cassettes (CDS nearby attC sites) using Resfams, a database of HMM profiles aiming at annotating antibiotic resistance genes. This database is provided but the user can add any other HMM profiles database of its own interest.

2 Mot(s)-clef(s) associé(s)

Annotation de séquences
Recherche de motifs

Conditions d'utilisations

Integron_Finder is released under the GPLv3 license and is available here: https://github.com/gem-pasteur/Integron_Finder

Spécifications

Format(s) d'entrée des données :

Valeur non renseignée

Format(s) de sortie des données :

Valeur non renseignée

Type(s) d'application : Valeur non renseignée

Système(s) d'exploitation : Valeur non renseignée

License(s) : Valeur non renseignée

Version : Valeur non renseignée

Informations de contact
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InterEvDock2

()

InterEvDock is a server for protein docking running the InterEvScore potential specifically designed to integrate evolutionary information in the docking process. The InterEvScore potential was developed for heteromeric protein interfaces and combines a residue-based multi-body statistical potential with evolutionary information derived from the multiple sequence alignments of each partner in the complex.

2 Mot(s)-clef(s) associé(s)

Bioinformatique structurale
Modélisation comparative et de novo de structures

Conditions d'utilisations

Service en ligne en accès libre.

Spécifications

Format(s) d'entrée des données :

Valeur non renseignée

Format(s) de sortie des données :

Valeur non renseignée

Type(s) d'application : Valeur non renseignée

Système(s) d'exploitation : Valeur non renseignée

License(s) : Valeur non renseignée

Version : Valeur non renseignée

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KASpOD

()

Program for designing signature sequences for various applications including in phylogenetic or functional microarray experiments. Publication: Parisot, N., J. Denonfoux, E. Dugat-Bony, P. Peyret, and E. Peyretaillade (2012) KASpOD--a web service for highly specific and explorative oligonucleotide design. Bioinformatics (Oxford, England) 28:3161-3162.doi:10.1093/bioinformatics/bts597

2 Mot(s)-clef(s) associé(s)

Analyse de séquences
Génomique : Puces

Conditions d'utilisations

Gratuit sur http://g2im.u-clermont1.fr/kaspod/

Spécifications

Format(s) d'entrée des données :

Valeur non renseignée

Format(s) de sortie des données :

Valeur non renseignée

Type(s) d'application : Valeur non renseignée

Système(s) d'exploitation : Valeur non renseignée

License(s) : Valeur non renseignée

Version : Valeur non renseignée

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Kpax

()

Fast protein structure alignment (pairwise, multiple, flexible) and database search (e.g. CATH, SCOP, ECOD, Pfam).

2 Mot(s)-clef(s) associé(s)

Analyse des structures, recherche d'homologues et de motifs structuraux
Modélisation comparative et de novo de structures

Conditions d'utilisations

No-cost licence for academic use.

Spécifications

Format(s) d'entrée des données :

Valeur non renseignée

Format(s) de sortie des données :

Valeur non renseignée

Type(s) d'application : Valeur non renseignée

Système(s) d'exploitation : Valeur non renseignée

License(s) : Valeur non renseignée

Version : Valeur non renseignée

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leBiBI

()

Online system (associated with various sequence databases) devoted to bacterial taxonomic identification.

2 Mot(s)-clef(s) associé(s)

Analyse de données de séquençage NGS
Métagénomique, métatranscriptomique

Conditions d'utilisations

Free online access.

Spécifications

Format(s) d'entrée des données :

Valeur non renseignée

Format(s) de sortie des données :

Valeur non renseignée

Type(s) d'application : Valeur non renseignée

Système(s) d'exploitation : Valeur non renseignée

License(s) : Valeur non renseignée

Version : Valeur non renseignée

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Logol

()

Langage pour la recherche de motifs complexes. Interface web évoluée et téléchargement possible. La ressource a été mise en ligne en 2013 pour une première phase d’utilisation interne pour finaliser les développements et aboutir à un système stable.

2 Mot(s)-clef(s) associé(s)

Analyse de séquences
Recherche de motifs

Conditions d'utilisations

Utilisation interne.

Accès libre.

Spécifications

Format(s) d'entrée des données :

Valeur non renseignée

Format(s) de sortie des données :

Valeur non renseignée

Type(s) d'application : Valeur non renseignée

Système(s) d'exploitation : Valeur non renseignée

License(s) : Valeur non renseignée

Version : Valeur non renseignée

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LoRDEC

()

Logiciel de correction des longs reads.

5 Mot(s)-clef(s) associé(s)

Analyse de données de séquençage NGS
Méthodologie
Alignements de lectures sur des génomes
Génomique (DNA-seq)
Transcriptomique (RNA-seq)

Conditions d'utilisations

Gratuit depuis le site web de la plateforme.

Spécifications

Format(s) d'entrée des données :

Valeur non renseignée

Format(s) de sortie des données :

Valeur non renseignée

Type(s) d'application : Valeur non renseignée

Système(s) d'exploitation : Valeur non renseignée

License(s) : Valeur non renseignée

Version : Valeur non renseignée

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LSD

()

LEAST-SQUARES METHODS TO ESTIMATE RATES AND DATES FROM SERIAL PHYLOGENIES

1 Mot(s)-clef(s) associé(s)

Datation des spéciations

Conditions d'utilisations

Gratuit via le site web de la plateforme.

Spécifications

Format(s) d'entrée des données :

Valeur non renseignée

Format(s) de sortie des données :

Valeur non renseignée

Type(s) d'application : Valeur non renseignée

Système(s) d'exploitation : Valeur non renseignée

License(s) : Valeur non renseignée

Version : Valeur non renseignée

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macsyfinder

()

Detection of macromolecular systems in protein datasets using systems modelling and similarity search. MacSyFinder is a program to model and detect macromolecular systems, genetic pathways in protein datasets. In prokaryotes, these systems have often evolutionarily conserved properties: they are made of conserved components, and are encoded in compact loci (conserved genetic architecture). The user models these systems with MacSyFinder to reflect these conserved features, and to allow their efficient detection. Criteria for systems detection include component content (quorum), and genomic co-localization. Each component corresponds to a hidden Markov model (HMM) protein profile to perform homology searches with the program Hmmer . Homepage : https://github.com/gem-pasteur/macsyfinder

2 Mot(s)-clef(s) associé(s)

Analyse de séquences
Annotation de séquences

Conditions d'utilisations

freely available (GPLv2)

Spécifications

Format(s) d'entrée des données :

Valeur non renseignée

Format(s) de sortie des données :

Valeur non renseignée

Type(s) d'application : Valeur non renseignée

Système(s) d'exploitation : Valeur non renseignée

License(s) : Valeur non renseignée

Version : Valeur non renseignée

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MEMHDX

()

MEMHDX allows users to perfom an automated workflow to analyze, validate and visualize large HDX-MS datasets. The input file is the output of DynamX software from Waters. Output files provide a plot of the data, the fitted model for each peptide, a plot of the calculated p -values, and a global visualization of the experiment. User could also obtain an overview of all peptides on the 3D structure. ref: Véronique Hourdel, Stevenn Volant, Darragh P. O’Brien, Alexandre Chenal, Julia Chamot-Rooke, Marie-Agnès Dillies, Sébastien Brier; MEMHDX: an interactive tool to expedite the statistical validation and visualization of large HDX-MS datasets. Bioinformatics 2016; 32 (22): 3413-3419. doi: 10.1093/bioinformatics/btw420

2 Mot(s)-clef(s) associé(s)

Biostatistiques
Interfaces, portails web

Conditions d'utilisations

MEMHDX is freely available as a web tool at http://memhdx.c3bi.pasteur.fr/

Spécifications

Format(s) d'entrée des données :

Valeur non renseignée

Format(s) de sortie des données :

Valeur non renseignée

Type(s) d'application : Valeur non renseignée

Système(s) d'exploitation : Valeur non renseignée

License(s) : Valeur non renseignée

Version : Valeur non renseignée

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MICADo

()

Mutation discovery in target PacBio cancer data with an alignment free method.

3 Mot(s)-clef(s) associé(s)

Analyse de données de séquençage NGS
Méthodologie
Analyse de variants

Conditions d'utilisations

Public.

Spécifications

Format(s) d'entrée des données :

Valeur non renseignée

Format(s) de sortie des données :

Valeur non renseignée

Type(s) d'application : Valeur non renseignée

Système(s) d'exploitation : Valeur non renseignée

License(s) : Valeur non renseignée

Version : Valeur non renseignée

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MicroAnnot

()

Pipeline dedicated to microsporidian genome annotation under Galaxy. Not already published.

1 Mot(s)-clef(s) associé(s)

Analyse de séquences

Conditions d'utilisations

Gratuit sur http://galaxy01.calcul.crri.fr/

Spécifications

Format(s) d'entrée des données :

Valeur non renseignée

Format(s) de sortie des données :

Valeur non renseignée

Type(s) d'application : Valeur non renseignée

Système(s) d'exploitation : Valeur non renseignée

License(s) : Valeur non renseignée

Version : Valeur non renseignée

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MicroScope

()

Located at Genoscope (CEA sequencing center for environmental genomics), the LABGeM bioinformatics team has developed MicroScope, a web-based platform for prokaryotic genome analysis and expert functional annotation. MicroScope combines tools and graphical interfaces to analyze genomes and to perform manual curation of gene function in a comparative and metabolic context. This platform provides data from completed and ongoing genome projects together with post-genomic experiments (i.e. transcriptomics, re-sequencing of evolved strains) allowing users to improve the understanding of gene functions. Expert annotations are continuously gathered in the MicroScope database contributing to the improvement of the quality of microbial genome annotations, and thus to the predicted metabolic networks. MicroScope can be used as a community resource for comparative analysis and annotation of publicly available genomes but also as a private resource with restricted access rights on genomic data. In addition, we regularly hold professional trainings sessions on the use of MicroScope platform.

33 Mot(s)-clef(s) associé(s)

Analyse de données de séquençage NGS
Alignements de lectures sur des génomes
Génomique (DNA-seq)
Analyse de génomes
Annotation structurale et fonctionnelle des génomes
Transcriptomique (RNA-seq)
Analyse différentielle de l’expression des gènes
Analyse de variants
Génomes complets
Métagénomique, métatranscriptomique
Analyse de séquences
Algorithmique des séquences
Alignement (multiple) de séquences
Annotation de séquences
Recherche de motifs
Prédiction d'homologie/orthologie
Biologie des systèmes
Modélisation des réseaux métaboliques
Outils
Intégration d'outils
Interopérabilité
Interfaces, portails web
Développement de workflows
Données
Intégration de données
Gestion et transfert de données
Bases de données et systèmes d’informations
Environnements de calcul
Cluster
Parallélisation
Génomique comparative
Comparaison des génomes
Comparaison des voies fonctionnelles et régulatrices

Conditions d'utilisations

Free for academics.

Sales quote available on demand for non-academics

Service features:

Microbial genome annotation (complete, WGS or metagenome-assembled genomes)

Comparative genomics and pangenomics

Function and biological process predictions

Metabolic network reconstruction

Analysis of transcriptomics data

Variant calling of evolved strains

Technical support

Trainings on prokaryotic genome annotation and on the curation of metabolic networks

More details here.

Spécifications

Format(s) d'entrée des données :

Valeur non renseignée

Format(s) de sortie des données :

Valeur non renseignée

Type(s) d'application : Valeur non renseignée

Système(s) d'exploitation : Valeur non renseignée

License(s) : Valeur non renseignée

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microSysMics

()

This workflow provides an automated microbiome data analysis, starting with sequenced taxonomic markers (such as 16SrRNA) and using the standard QIIME2 toolbox to produce an abundance table and preliminary diversity, phylogeny and taxonomy analysis.

1 Mot(s)-clef(s) associé(s)

Métagénomique, métatranscriptomique

Conditions d'utilisations

This pipeline is public, the source code is available here : https://gitlab.univ-nantes.fr/bird_pipeline_registry/microSysMics

Spécifications

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Valeur non renseignée

Format(s) de sortie des données :

Valeur non renseignée

Type(s) d'application : Valeur non renseignée

Système(s) d'exploitation : Valeur non renseignée

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Minia

()

Minia is a short-read assembler based on a de Bruijn graph, capable of assembling a human genome on a desktop computer in a day. The output of Minia is a set of contigs. Minia produces results of similar contiguity and accuracy to other de Bruijn assemblers (e.g. Velvet).

5 Mot(s)-clef(s) associé(s)

Analyse de données de séquençage NGS
Méthodologie
Assemblage de génomes et transcriptomes
Analyse de séquences
Algorithmique des séquences

Conditions d'utilisations

Free

Spécifications

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MIX

()

Finishing of genome assemblies

2 Mot(s)-clef(s) associé(s)

Analyse de données de séquençage NGS
Méthodologie

Conditions d'utilisations

Public

Spécifications

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Valeur non renseignée

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Mobyle

()

Mobyle is a framework and web portal specifically aimed at the integration of bioinformatics software and databanks. Mobyle is the successor of Pise and the RPBS server, previous systems that provided web environments to define and execute bioinformatics analyses. Functionalities: data reusability: the tagging of the user data facilitates the reuse of input values or results between different programs. automatic data validation and format conversion: the description of the expected data and their format allows to verify and convert input values if necessary. service discovery and workflow authoring assistance: services are provided through a searchable menu; furthermore, type compatibility mechanisms between results and potential program inputs let users either interactively pipe tasks or build complete workflows before to run them. Based on extensive user studies, we developed the end-user interface as a Web Portal that provides a global and integrated view of all the elements needed to perform analyses, such as the available programs, the submitted jobs and the data of interest. References: Bertrand Néron, Hervé Ménager, Corinne Maufrais, Nicolas Joly, Julien Maupetit, Sébastien Letort, Sébastien Carrere, Pierre Tuffery, and Catherine Letondal Mobyle: a new full web bioinformatics framework Bioinformatics (2009); 25 (22): 3005-3011. doi:10.1093/bioinformatics/btp493.

9 Mot(s)-clef(s) associé(s)

Développements technologiques de l‘Information et de la Communication
Outils
Intégration d'outils
Interopérabilité
Interfaces, portails web
Données
Intégration de données
Environnements de calcul
Cluster

Conditions d'utilisations

The Mobyle framework is developped under the GPLv2 license.

Spécifications

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Format(s) de sortie des données :

Valeur non renseignée

Type(s) d'application : Valeur non renseignée

Système(s) d'exploitation : Valeur non renseignée

License(s) : Valeur non renseignée

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MPscan

()

Méthode de mapping de reads sur un génome sans index.

3 Mot(s)-clef(s) associé(s)

Analyse de données de séquençage NGS
Méthodologie
Alignements de lectures sur des génomes

Conditions d'utilisations

Gratuit via le site web de la plateforme.

Spécifications

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MSDA

()

A software suite and databases for the interpretation of data from proteomic analyses by mass spectrometry (database search tools, de novo sequencing pipeline, extraction of protein functional annotations, extraction of spectra based on spectral quality criteria,...). Carapito et al. Proteomics. 2014 14:1014-1019.

1 Mot(s)-clef(s) associé(s)

Protéomique

Conditions d'utilisations

Accès libre web.

Spécifications

Format(s) d'entrée des données :

Valeur non renseignée

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Valeur non renseignée

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Système(s) d'exploitation : Valeur non renseignée

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MTiAutoDock/MTiOpenScreen

()

MTiAutoDock and MTiOpenScreen are two services dedicated to small molecule docking and chemical library virtual screening.

4 Mot(s)-clef(s) associé(s)

Bioinformatique structurale
Criblage virtuel
Librairies de petits composés chimiques, 2D/3D, ADME/tox
Criblage basé sur la structure

Conditions d'utilisations

Service en ligne en accès libre.

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NGS-QC Generator

()

ANALYSIS OF THE DATA NGS - QUALITY CONTROL OF READINGS Universal quality control system for ChIP-seq and NGS 'enrichment-based' data (www.ngs-qc.org). The NGS-QC database hosts QC descriptors for 6066 publicly available data sets. Mendoza-Parra et al. A quality control system for profiles obtained by ChIP sequencing Nucleic Acids Res. 2013 41:e196. NB : content continuously updated to maintain coverage of all public data sets

1 Mot(s)-clef(s) associé(s)

Analyse de données de séquençage NGS

Conditions d'utilisations

Accès libre Web pour la communauté académique. Un accès premium est également disponible sur demande

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NPS@

()

Serveur intégré d’analyse de séquences des protéines.

8 Mot(s)-clef(s) associé(s)

Analyse de séquences
Algorithmique des séquences
Alignement (multiple) de séquences
Annotation de séquences
Recherche de motifs
Prédiction d'homologie/orthologie
Bioinformatique structurale
Prédictions des propriétés structurales

Conditions d'utilisations

https://npsa-prabi.ibcp.fr (depuis avril 1998).

Spécifications

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Nucbase

()

Program designed to make an exhaustive search for sequence matches and to align short sequence reads from large nucleic acid databases to genomes or input sequences. Publication : Dufourt, J., P. Pouchin, P. Peyret, E. Brasset, and C. Vaury (2013) NucBase, an easy to use read mapper for small RNAs. Mobile DNA 4(1):1.doi:10.1186/1759-8753-4-1

1 Mot(s)-clef(s) associé(s)

Aucun des termes ci-dessus ne convient

Conditions d'utilisations

Gratuit sur https://grr.gred-clermont.fr/nucbase

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NucleusJ

()

Plugin for 3D image analysis. - Publication : Poulet, A., I. Arganda-Carreras, D. Legland, A. V. Probst, P. Andrey, and C. Tatout (2015) NucleusJ: an ImageJ plugin for quantifying 3D images of interphase nuclei. Bioinformatics (Oxford, England) 31(7):1144-1146. doi:10.1093/bioinformatics/btu774

1 Mot(s)-clef(s) associé(s)

Aucun des termes ci-dessus ne convient

Conditions d'utilisations

Gratuit sur http://imagejdocu.tudor.lu/doku.php?id=plugin:stacks:nuclear_analysis_pl...

Wiki ImageJ requis.

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OCG

()

OCG est un algorithme d'analyse de grapghe qui identifie des classes chevauchantes de sommlets par optimisation de la modularité de l'ensemble des classes.

2 Mot(s)-clef(s) associé(s)

Fonctionnement des systèmes biologiques complexes
Analyse et modélisation multi-échelle

Conditions d'utilisations

Téléchargement du code source à partir de http://tagc.univ-mrs.fr/tagc/index.php/research/network-bioinformatics/c...

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ORDO

()

Orphanet Rare Disease Ontology: Nomenclature, classifications and scientific data on rare diseases exploitable in an ontological form in OWL format. Elaborated in partnership with the European Bioinformatics Institute (EBI ; Contact Helen Parkinson). Available since January 2014.

13 Mot(s)-clef(s) associé(s)

Apprentissage automatique
Extraction de connaissances
Intégration de données hétérogènes
Représentation des connaissances
Ontologies
Web sémantique
Curation de collections de données
Développements technologiques de l‘Information et de la Communication
Outils
Intégration d'outils
Données
Intégration de données
Bases de données et systèmes d’informations

Conditions d'utilisations

Téléchargement en accès libre sur Orphadata.org,
Téléchargement et utilisation possible à partir de Bioportal.

Mise à disposition d’un sparql EndPoint.

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OrthoInspector

()

Rapid detection of orthology and inparalogy relations. Linard B, et al. OrthoInspector: comprehensive orthology analysis and visual exploration. BMC Bioinformatics. 2011 Jan 10;12:11.

1 Mot(s)-clef(s) associé(s)

Analyse de séquences

Conditions d'utilisations

Téléchargeable.

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PANAM

()

PANAM makes it possible to analyse a large dataset of 18S rRNA in a simple and rapid way. It assigns taxonomy to reads generated by next generation sequencing technologies or to near-full-length sequences, and permits to define environmental clades. A readme file text that contains instructions to set up PANAM is available in the package (Taib et al. 2013). Publication : Taib, N., J. F. Mangot, Domaizon, I., Bronner G., and Debroas D. (2013) Phylogenetic affiliation of SSU rRNA genes generated by massively parallel sequencing: new insights into the freshwater protist diversity. PloS one 8:e58950.doi:10.1371/journal.pone.0058950

1 Mot(s)-clef(s) associé(s)

Aucun des termes ci-dessus ne convient

Conditions d'utilisations

Gratuit sur https://code.google.com/p/panam-phylogenetic-annotation/

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PanGeneHome

()

PanGeneHome is a web server dedicated to the analysis of available microbial pangenomes. Several standalone tools (e.g. PGAP, PANNOTATOR, PanGP, Roary and BPGA) and web servers (e.g. Panseq, PGAT and PanWeb) dedicated to pangenome analysis have been developed recently and offer the possibility to compute pangenome analysis for genomes provided by a user. For all these tools and servers, users have to collect genomes and manage to run the tools, which implies a significant effort on the user side. To tackle this problem, we developped PanGeneHome, the only web site offering pre-computed pangenome analysis with up-to-date and large scale data. PanGeneHome provides an easy way to get a glimpse on the pangenome of a microbial group of interest, the analysis being precomputed and available for 615 taxa, covering 182 species and 49 orders. Considering the fast growing number of microbial genomes, the PanGeneHome tool will need to be updated regularly. Publication: Loiseau C., Hatte V., Andrieu C., Barlet L., Cologne A., De Oliveira R., Ferrato-Berberian L., Gardon H., Lauber D., Molinier M., Monnerie S., N 'Gou K., Penaud B., Pereira O., Picarle J., Septier A., Mahul A., Charvy J.-C. and Enault F. (2018) Journal of Bioinformatics, Computational and Systems Biology. arXiv:1805.05597

3 Mot(s)-clef(s) associé(s)

Analyse de séquences
Evolution et phylogénie
Génomique comparative

Conditions d'utilisations

Gratuit

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PEP-FOLD

()

PEP-FOLD is a de novo approach aimed at predicting peptide structures from amino acid sequences. This method, based on structural alphabet SA letters to describe the conformations of four consecutive residues, couples the predicted series of SA letters to a greedy algorithm and a coarse-grained force field.

2 Mot(s)-clef(s) associé(s)

Bioinformatique structurale
Modélisation comparative et de novo de structures

Conditions d'utilisations

Service en ligne en accès libre.

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PepPSY

()

PepPSy has been developed as a user-friendly gene expression-based prioritization system, to help investigators to determine in which human tissues they should look for an unseen protein and curators to quickly look at available transcriptomics/proteomics data for a list of proteins.

3 Mot(s)-clef(s) associé(s)

Prédiction d'homologie/orthologie
Comparaison des voies fonctionnelles et régulatrices
Protéogénomique

Conditions d'utilisations

Accès libre

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PepTeam

()

PepTeam is a tool for biomarker discovery from the analysis of in-vivo screened repertoire of phage displayed libraries that has been sequenced by NGS.

3 Mot(s)-clef(s) associé(s)

Analyse de séquences
Algorithmique des séquences
Recherche de motifs

Conditions d'utilisations

Public.

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PhylArray

()

Program for designing oligonucleotide probes (from 16S rRNA) for use in phylogenetic microarray experiments. Publication : Militon, C., S. Rimour, M. Missaoui, C. Biderre, V. Barra, D. Hill, A. Mone, G. Gagne, H. Meier, E. Peyretaillade, and P. Peyret (2007) PhylArray: phylogenetic probe design algorithm for microarray. Bioinformatics (Oxford, England) 23:2550-2557. doi:10.1093/bioinformatics/btm392

1 Mot(s)-clef(s) associé(s)

Aucun des termes ci-dessus ne convient

Conditions d'utilisations

Gratuit sur http://g2im.u-clermont1.fr/serimour/phylarray/

Spécifications

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phylogeny.fr

()

Pipeline d'analyse phylogénétique.

3 Mot(s)-clef(s) associé(s)

Evolution et phylogénie
Evolution moléculaire
Gènes et génomes

Conditions d'utilisations

Gratuit via le site web de la plateforme.

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Phylogeny.fr/ Blast-Explorer

()

Robust Phylogenetic Analysis For The Non-Specialist

3 Mot(s)-clef(s) associé(s)

Analyse de séquences
Evolution et phylogénie
Génomique comparative

Conditions d'utilisations

Gratuit

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PhyML

()

Inférence d'arbres phylogénétiques en maximum de vraisemblance.

3 Mot(s)-clef(s) associé(s)

Evolution et phylogénie
Evolution moléculaire
Gènes et génomes

Conditions d'utilisations

Gratuit via le site web de la plateforme.

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PhySIC_IST

()

Méthode de super-arbre

3 Mot(s)-clef(s) associé(s)

Evolution et phylogénie
Phylogénomique
Super-arbres et réconciliations

Conditions d'utilisations

Gratuit via le site web de la plateforme.

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PipeAlign

()

An online workflow for Multiple Sequence Alignment. Plewniak F, et al. PipeAlign: A new toolkit for protein family analysis. Nucleic Acids Res. 2003 Jul 1;31(13):3829-32.

1 Mot(s)-clef(s) associé(s)

Analyse de séquences

Conditions d'utilisations

Accès web.

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proteINSIDE

()

ProteINSIDE is a workflow to analyse lists of protein or gene identifiers from ruminant species and gather biological information provided by functional annotations, putative secretion of proteins and proteins interactions networks. ProteINSIDE gets results from several software and databases with a single query. From a unique list, ProteINSIDE uses orthologs identifiers within well studied species (Human, Rat or Mouse) to extend analyses and biological information retrieval. Publications: Kaspric N., Picard B., Reichstadt M., Tournayre J., and Bonnet M. (2015) ProteINSIDE to Easily Investigate Proteomics Data from Ruminants: Application to Mine Proteome of Adipose and Muscle Tissues in Bovine Foetuses. PLoS ONE 10(5): e0128086. doi:10.1371/journal.pone.0128086 Kaspric N., Reichstadt M., Picard B., Tournayre J., and Bonnet M. (2015) Protein Function Easily Investigated by Genomics Data Mining Using the ProteINSIDE Online Tool. Genomics and Computational Biology, [S.l.], v. 1, n. 1, p. e16, sep. 2015. ISSN 2365-7154

2 Mot(s)-clef(s) associé(s)

Génomique comparative
Protéomique

Conditions d'utilisations

Gratuit sur https://www.proteinside.org

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Protomata

()

Given a sample of (unaligned) sequences belonging to a structural or functional family of proteins, Protomata-Learner infers automata characterizing the family. Automata are graphical models representing a (potentially infinite) set of sequences.

4 Mot(s)-clef(s) associé(s)

Analyse de séquences
Alignement (multiple) de séquences
Recherche de motifs
Prédiction d'homologie/orthologie

Conditions d'utilisations

Free

Spécifications

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QOD

()

Comparaison multiple de génomes.

2 Mot(s)-clef(s) associé(s)

Génomique comparative
Comparaison des génomes

Conditions d'utilisations

Gratuit via le site de la plateforme.

Spécifications

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Valeur non renseignée

Format(s) de sortie des données :

Valeur non renseignée

Type(s) d'application : Valeur non renseignée

Système(s) d'exploitation : Valeur non renseignée

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Outils mis à disposition par les plateformes IFB

3SRP Pipeline

ACD Tools 2.0

ACNUC

ActivCollector

ADE-4

AGMIAL

Ant-Motifs

Askomics

Aureme

Autograph

BCSearch

BioMAJ

BioMAJ2Galaxy

BioNJ

BioShaDock

Cadbiom

Carnac

Caspo

CesGO

Clust&See

CompPhy

CRAC

CRAC

DEPIB

DiNAMO

DroPNet

e-BGO

ESPript/ENDscript

FastME

fpocket

Frog2

GalaxEast

Galaxy@CBiB

GATB

Geno3D@

GIGWA

GO-Docker

GO2Pub

GoArrays

Hex

HexServer

HHalign-Kbest

HiSpOD

Integron Finder

InterEvDock2

KASpOD

Kpax

leBiBI

Logol

LoRDEC

LSD

macsyfinder

MEMHDX

MICADo

MicroAnnot

MicroScope

microSysMics

Minia

MIX

Mobyle

MPscan

MSDA

MTiAutoDock/MTiOpenScreen

NGS-QC Generator

NPS@

Nucbase

NucleusJ

OCG

ORDO

OrthoInspector

PANAM

PanGeneHome

PEP-FOLD

PepPSY

PepTeam

PhylArray

phylogeny.fr

Phylogeny.fr/ Blast-Explorer

PhyML