
TAGC-BCF
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TAGCResponsable(s) scientifique
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![]() Aucun site web renseignéVisites annuelles : Non renseignées
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Dernière mise à jour : Non renseignée
MoonDBDescription"MoonDB" est une base de données publique hébergée par le TAGC. Cette base de données donne accès à un ensemble de protéines humaines dites "Moonlighting". Ces protéines ont été soit extraites de la litterature soit prédites par les analyses au sein du TAGC (décrite dans Chapple et al., en révision à Nature Communication). "MoonDB" rassemble toutes les informations extraites de base de données externes (Uniprot, Gene Ontology, OMIM, HPO) ou des analyses sys-mentionnées. Conditions d'accèsAccès web libre sans identification sur http://tagc.univ-mrs.fr/MoonDB |
![]() Visites annuelles : 17 570 an
Visites uniques : 5 246 an
Citations : 25
Dernière mise à jour : Non renseignée
ReMapDescriptionReMap est une analyse intégrative de toutes les données ChIP-seq de facteur de transcription, données publiques (GEO, ArrayExpress) et non-ENCODE. A cela, et pour complémenter notre catalogue, nous avons ajouté les données d'ENCODE. Nous obtenons un catalogue d'environ 9 millions de sites de fixation au travers de 234 facteurs de transcription. Toutes ces données sont disponibles sur le site ReMap. Conditions d'accèsLibre à partir de http://tagc.univ-mrs.fr/remap |
![]() Visites annuelles : 180 000 an
Visites uniques : Non renseignées
Citations : 2 819
Téléchargements : Non renseigné
Regulatory Sequence Analysis Tools (RSAT)DescriptionRegulatory Sequence Analysis Tools (RSAT), a software suite dedicated to the detection of cis-regulatory elements in genomic sequences. Conditions d'accèsAccès libre sous cinq modalités:
|
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Visites uniques : Non renseignées
Citations : 79
Téléchargements : Non renseigné
OCGDescriptionOCG est un algorithme d'analyse de graphes qui identifie des classes chevauchantes de sommets par optimisation de la modularité de l'ensemble des classes. Conditions d'accèsTéléchargement du code source à partir de http://tagc.univ-mrs.fr/tagc/index.php/research/network-bioinformatics/c... |
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Visites uniques : Non renseignées
Citations : 28
Téléchargements : 1 284
Clust&SeeDescriptionClust&See est un plug-in Cytoscape dans lequel plusieurs algorithmes de partitionnement de graphes et OCG sont implémentés. Il permet d'identifier, de visualier et d'analyser les classes de sommets obtenus. La partition obtenue est visualisée sour la forme d'un graphe quotient. Cet outil permet d'étudier en détail les liens entre sommets, arêtes, classes et partitions. Conditions d'accèsLibre sur http://tagc.univ-mrs.fr/tagc/index.php/clustnsee et sur l'App store de Cytoscape http://apps.cytoscape.org/apps/clustnsee. |
![]() Visites annuelles : 17 570 an
Visites uniques : 5 246 an
Citations : 25
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ReMapDescriptionReMap est une analyse intégrative de toutes les données ChIP-Seq de facteur de transcription, données publiques (GEO, ArrayExpress) et non-ENCODE. A cela, et pour complémenter notre catalogue, nous avons ajouté les données d'ENCODE. Nous obtenons un catalogue d'environ 9 millions de sites de fixation au travers de 234 facteurs de transcription. Toutes ces données sont disponibles sur le site ReMap. Conditions d'accèsLibre à partir de http://tagc.univ-mrs.fr/remap |
![]() Aucun site web renseignéVisites annuelles : 10 an
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Citations : Non renseigné
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GeVarA (Genome Variant Analyser)DescriptionCe logiciel, écrit en Java, est un outil graphique dédié à la visualisation et à l'analyse des résultats produits par le pipeline de recherche de variants mis en oeuvre sur la PF. GeVarA est basé sur la notion de projet regroupant un ensemble d'échantillons. Au sein d'un projet, l'utilisateur peut sélectionner les variants sur la base de leur absence ou de leur présence dans les échantillons, à l'état homo ou hétérozygote. Les variants obtenus sont ensuite filtrés en fonction de divers critères tels que la couverture, l'hétérozygosité, la présence dans dbSNP ou le déséquilibre de brin. Les alignements correspondant aux variants sélectionnés peuvent ensuite être visualisés, grâce à l'intégration du logiciel IGV dans GeVarA, afin de juger de leur qualité. Enfin, des liens vers dbSNP, Ensembl et UCSC Génome Browser sont proposés pour documenter les variants et les gènes impactés. Conditions d'accèsTout client de la PF, dans le cadre d'une prestation de recherche de variants, peut utiliser GeVarA. Le logiciel est fourni, avec les données de séquençage, sur un support externe (clef ou disque dur USB). |
![]() Aucun site web renseignéVisites annuelles : 1 600 an
Visites uniques : Non renseignées
Citations : 42
Téléchargements : Non renseigné
TBrower (TranscriptomeBrowser)DescriptionCe logiciel, écrit en Java, est un outil graphique dédié à la fouille de données biopuces. Il permet de rechercher les contextes biologiques dans lesquels un ensemble de gène est co-régulé. La recherche s'appuie sur une base de données contenant des signatures transcriptionnelles (environ 31000) isolées par l'algorithme DBF-MCL dans environ 3000 jeux de données de biopuces. TBrowser dispose d'un moteur de recherche évolué permettant d'effectuer des recherches booléennes complexes avec en entrée un ensemble d'identifiants de gènes (symbole, Entrez ID, sondes affymetrix, ...) ou de termes d'annotation (GO, KEGG, ...). TBrowser est un outil extensible via une architecture de plugins. L'un des pluings, InteractomeBrowser, permet de contextualiser un ensemble de gènes en générant une treemap reflétant l'arborescence de l'ontologie GO 'cellular components'. Il permet par ailleurs de recherche des intéractions prédites ou validées expérimentalement dans une base de données contenant plus de 1,5*106 intéractions. Conditions d'accèsLogiciel libre d'accès sur http://tagc.univ-mrs.fr/tbrowser |
Domaines d'activité
- Biomédical
- Biologie
Description des expertises
The expertise of the TAGC-BCF s'articulent autour de la génomique et la bioinformatique appliquées à l'étude des pathologies. Notre approche est multidisciplinaire et s'appuie sur la biologie des systèmes.
Nos domaines d'expertise sont notamment:
- l'analyse de données de séquencage haut débit:
- recherche et analyse de régions régulatrices
- recherche de variants génétiques et régulateurs
- analyse du transcriptome
- épigénétique
- analyse et modélisation de réseaux d'intéractions
- analyse statistique de données génomiques
- intégration de données publiques
- fouille de données
- génétique humaine
- génétique des organismes modèles eucaryotes
Mots clés:
- Analyse de données de séquençage NGS
- Méthodologie
- Assemblage de génomes et transcriptomes
- Alignements de lectures sur des génomes
- Génomique (DNA-seq)
- Analyse de génomes
- Annotation structurale et fonctionnelle des génomes
- Transcriptomique (RNA-seq)
- Analyse différentielle de l’expression des gènes
- Analyses de transcrits et transcrits variants
- Analyse de variants
- Panels (amplicons, captures)
- Exomes
- Génomes complets
- Analyse de la régulation de l’expression des gènes
- Chip-seq
- Petits et longs ARN non-codants
- Profils de méthylation
- Accessibilité de la chromatine
- Analyse de séquences
- Algorithmique des séquences
- Alignement (multiple) de séquences
- Annotation de séquences
- Recherche de motifs
- Apprentissage automatique
- Intégration de données hétérogènes
- Ontologies
- Bioinformatique structurale
- Analyse des structures, recherche d'homologues et de motifs structuraux
- Prédictions des propriétés structurales
- Modélisation comparative et de novo de structures
- Modifications post-traductionnelles
- Modélisation des interactions protéines/protéines, protéines/peptides et protéines/acides nucléiques
- Biologie des systèmes
- Fonctionnement des systèmes biologiques complexes
- Analyse et modélisation multi-échelle
- Modélisation des réseaux métaboliques
- Modélisation des réseaux de régulation
- Systèmes dynamiques
- Biostatistiques
- Statistique descriptive
- Tests statistiques
- Régression
- Analyses multivariées
- Réduction de dimension
- Inférence et analyse des réseaux biologiques
- Statistique génétique
- Cartographie
- Clonage positionnel
- Localisation de QTL
- Curation de collections de données
- Développements technologiques de l‘Information et de la Communication
- Outils
- Intégration d'outils
- Interopérabilité
- Interfaces, portails web
- Développement de workflows
- Données
- Intégration de données
- Gestion et transfert de données
- Bases de données et systèmes d’informations
- Environnements de calcul
- Cluster
- Cloud
- GPU
- Parallélisation
- Ecologie
- Génétique des populations
- E-learning
- Evolution moléculaire
- Gènes et génomes
- Datation des spéciations
- Détection de sélection
- Génomique comparative
- Comparaison des génomes
- Comparaison des voies fonctionnelles et régulatrices
- Génomique : Puces
- Biopuces ADN
- Génotypage
- Biopuces ARN
- Expression
- Métabolomique et fluxomique
- Analyse des réseaux métaboliques
- Protéomique
- Data identity and mapping (database search engine, spectral library search, de novo sequencing)
- Analyse différentielle statistique
- Analyse de second niveau
Formation universitaire
![]() Aucun site web renseignéPersonnes formées : Non renseigné
Temps de formation : Non renseigné
Pas de nouvelle session prévue
Licence en siences de la vie, Aix-Marseille (AMU)DescriptionLicence 2 bioinformatique appliquée (Van Helden J) Conditions d'accèsNon renseigné |
![]() Aucun site web renseignéPersonnes formées : Non renseigné
Temps de formation : Non renseigné
Pas de nouvelle session prévue
Master de Bioinformatique, Biochimie Structurale et GénomiqueDescriptionAnalyse statistique des données génomiques. Méthodes bioinformatiques pour la cis-régulation. Méthodes bioinformatiques pour la génomique et la protéomique. Projet informatique lié à la biologie Ecole doctorale des sciences de la vie et de la santé, AMU Conditions d'accèsNon renseigné |
![]() Aucun site web renseignéPersonnes formées : Non renseigné
Temps de formation : Non renseigné
Pas de nouvelle session prévue
Ecole d'ingénieurs polytech, filière génie biologique-biotechnologique, AMUDescriptionBioinformatique: bases de données et programmation Conditions d'accèsNon renseigné |
Publications internes
Publications externes
Bond J, Bergon A, Durand A, Tigaud I, Thomas X, Asnafi V, Spicuglia S, Macintyre E
"Cryptic XPO1-MLLT10 translocation is associated with HOXA locus deregulation in T-cells"
(2014) ALL. Blood 124(19):3023-5
PMID: 25377562
Katsogiannou M, Andrieu C, Baylot V, Baudot A, Dusetti NJ, Gayet O, Finetti P, Garrido C, Birnbaum D, Bertucci F, Brun C, Rocchi P
"The functional landscape of Hsp27 reveals new cellular processes such as DNA repair and alternative splicing and proposes novel anticancer targets"
(2014) Mol Cell Proteomics
PMID: 25277244
Ballester B, Medina-Rivera A, Schmidt D, Gonzàlez-Porta M, Carlucci M, Chen X, Chessman K, Faure AJ, Funnell AP, Goncalves A, Kutter C, Lukk M, Menon S, McLaren WM, Stefflova K, Watt S, Weirauch MT, Crossley M, marioni KC, Odom DT, Flicek P, Wilson MD
"Multi-species, multi-transcription factor binding highlights conserved control of tissue-specific biological pathways"
(2014) Elife 3
PMID: 25279814
Amrani A, Bergon A, Holota H, Tamburini C, Garel M, Ollivier B, Imbert J, Dolla A, Pradel N
"Transcriptiomics reveal several gene expression patterns in the piezophile desulfovibrio hydrothermalis in response to hydrostatic pressure"
(2014) PLoS One 9(9):e106831
PMID: 25215865
Alpern D, Langer D, Ballester B, Le Gras S, Romier C, Mengus G, Davidson I
"TAF4, a subunit of transcription factor II D, directs promoter occupancy of nuclear receptor HNF4A during post-natal hepatocyte differenciation"
(2014) Elife
PMID: 25209997
Erkosa Combe B, Defaye A, Bozonnet N, Puthier D, Royet J, Leulier F
"Drosophilia microbiota modulates host metabolic gene expression via IMD/NFK-B signaling"
(2014) PLoS One 9(4):e94729
PMID: 24733183
Souiai O, Guerfali F, Ben Miled S, Brun C, Benkahla A
"In silico prediction of proetein-protein interactions in human macrophage"
(2014) BMC Res Notes 7(1):157
PMID: 24636261
Collares CV, Evangelista AF, Xavier DJ, Rassi DM, Arns T, Foss-Freitas MC, Foss MC, Puthier D, Sakamoto-Hojo ET, Passos GA, Donadi EA
"Identifying common and specific microRNAs expressed in peripheral blodd mononuclear cell of type 1, type 2 and gestational diabetes mellitus patients"
(2013) BMC Res Notes 6:491
PMID: 24279768
Montellier E, Broussouar F, Rousseaux S, Zhang K, Buchou T, Fenaille F, Shiota H, Debernardi A, Hery P, Curtet S, Jamshidikia M, Barral S, Holota H, Bergon A, Lopez F, Guardiola P, Pernet K, Imbert J, Petocsa C, Tan M, Zhao Y, Gerard M, Khochbins S
"Chromatin-to-nucleoprotamine transition is controlled by the histone H2B bariant TH2B"
(2013) Genes Dev
PMID: 23884607
Spicuglia S, Maqbool MA, Puthier D, Andrau JC
"An update on recent methods applied for deciphering the diversity of the noncoding RNA genome structure and function"
(2013) Methods
DOI: S1046-2023(13)00107-2.10.1016/j.ymeth.2013.04.003
PMID: 23597756
Funnell AP, Wilson MD, Ballester B, Mak KS, Burdach J, Magnan N, Pearson RC, Lemaigre FP, Stowell KM, Odom DT, Flicek P, Crossley M
"A CpG mutational hotspot in a ONECUT binding site accounts for the prevalent variant of hemophilia B Leyden"
(2013) AM J Hum Genet 92(3):460-7
PMID: 23472758
Sawan C, Hernandez-Vargas H, Murr R, Lopez F, Vaissiere F, Ghantous AY, Cuenin C, Imbert J, Want ZQ, Ren B, Herceg Z
"HAT cofactor Trrap maintains self-renewal and restricts differenciation of embryonic stem cells"
(2013) Stem Cells
PMID: 23362228
Publications avec le laboratoire d'hébergement
Via A, Uyar B, Crun C, Zanzoni A
"How pathogens use linear lotifs to perturb host cell networks"
(2014) Trends Biochem Sci
PMID: 24575989
Griffon A, Barbier Q, Dalino J, Van Helden J, Spicuglia S, Ballester B
"Integrative analysis of public ChIP-Seq experiments reveals a complex multi-cell regulatory landscape"
(2014) Nucleic Acid Res
PMID: 25477382
Lepoivre C, Belhocine M, Bergon A, Griffon A, Tammine M, Vanhille L, Zacarias-Cabeza J, Caribal MA, Koch F, maqbool MA, Fenouil R, Loriod B, Holota H, Gut M, Gut I, Imbert J, Andrau JC, Puthier D, Spicuglia S
"Divergent transciption is associated with promoters of transcriptional regulators"
(2013) BMC Genomics 14(1):914
PMID: 24365181
Spinelli L, Gambette P, Chapple CE, Robisson B, Baudot A, Garrete H, Tichit L, Guénocher A, Brun C
"Clust&see: A Cytoscape plugin for the identification, visualization and manipulation of network cluster"
(2013) Biosystems 113(2):91-95
PMID: 23743336
Darbo E, Herrmann C, Lecuit T, Thieffry D, Van Helden J
"Transcriptional and epigenetic signatures of zygotic genome activation during early drosophilia embryogenesis"
(2013) BMC Genomics 14(1):226
PMID: 23560912