

South Green
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South greenResponsable(s) scientifique
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2 noeuds hypermem, un Dell, un Fujitsu
Serveurs bases de données, et serveurs web
Lames de virtualisation
Stockages scratch et NAS
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![]() Visites annuelles : 14 614 an
Visites uniques : 10 228 an
Citations : 78
Dernière mise à jour : 02-04-2020
Banana Genome HubDescriptionbase de données de référence sur la génomique et génétique du bananier Conditions d'accèsPublique |
![]() Visites annuelles : 28 000 an
Visites uniques : 4 003 an
Citations : 46
Dernière mise à jour : 02-04-2020
Coffee Genome HubDescriptionThe Coffee Genome Hub is an integrated web-based database providing centralized access to coffee community genomics, genetics and breeding data and analysis tools to facilitate basic, translational and applied research in coffee. Conditions d'accèsPublique |
![]() Visites annuelles : Non renseignées
Visites uniques : Non renseignées
Citations : Non renseignées
Dernière mise à jour : 02-04-2020
Rice Genome HubDescriptionThe Rice Genome Hub is an integrative genome information system that allows centralized access to genomics and genetics data, and analytical tools to facilitate translational and applied research in rice. The hub is built using the Content Management System Drupal with the Tripal module that interacts with the Chado database. The Hub interface provides several functionalities (Blast, DotPlots, Gene Search, JBrowse, Primer Blaster, Primer Designer) to make it easy for querying, visualizing and downloading research data. We also plugged in-house tools developed by the South Green bioinformatics platform such as SNiPlay (detection and analyses of SNPs), Gigwa (filtering on genomic variations), daTALbase (exploration of data related to Xanthomonas TAL effectors), and DiffExDB (differential expression analysis). Conditions d'accèsPublique |
![]() Visites annuelles : 14 293 an
Visites uniques : 8 139 an
Citations : 194
Dernière mise à jour : 02-04-2020
GreenPhylDescriptionBase de données de génomique comparative pour l'analyse des familles de gènes chez les plantes et la détection d'ortologie Conditions d'accèsPublique |
![]() Visites annuelles : 123 000 an
Visites uniques : 3 299 an
Citations : 73
Dernière mise à jour : Non renseignée
SNiPlayDescriptiona web-based application for exploration and large scale analyses of genomic variations Conditions d'accèsPublique |
![]() Aucun site web renseignéVisites annuelles : 8 106 an
Visites uniques : 2 764 an
Citations : 10
Dernière mise à jour : Non renseignée
OryGenesDBDescriptionBase de données pour l'exploration de la génétique inverse du riz Conditions d'accèsPublique |
![]() Aucun site web renseignéVisites annuelles : 10 688 an
Visites uniques : 3 118 an
Citations : 4
Dernière mise à jour : Non renseignée
TropGeneDescriptionBase de ressources génétiques et génomiques des plantes tropicales Conditions d'accèsPublique |
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Visites uniques : Non renseignées
Citations : 2
Dernière mise à jour : 02-04-2020
AgroLDDescriptionAgroLD is a knowledge system that exploits the Semantic Web technology and some of the relevant standard domain ontologies, to integrate information on rice species and in this way facilitating the formulation of new scientific hypotheses. The objective of this effort is to provide the community with a platform for domain specific knowledge, capable of answering complex biological questions. Conditions d'accèsPublique |
![]() Aucun site web renseignéVisites annuelles : 5 117 an
Visites uniques : 3 347 an
Citations : 42
Dernière mise à jour : Non renseignée
OryzaTagLineDescriptionbase de données de caractérisation phénotypique d'une collection de lignées d'insertion de T-DNA du riz Conditions d'accèsPublique et privée |
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Citations : 19
Téléchargements : Non renseigné
GIGWADescriptionConditions d'accèsPublique |
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Visites uniques : Non renseignées
Citations : Non renseigné
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SG GalaxyDescriptionSouth Green server is dedicated to plant genome analysis, and offer some specific tools and workflows (SNP calling, SNP analysis, GWAS, phylogenetics, mosaic genome analysis…). Conditions d'accèsPublique |
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Visites uniques : Non renseignées
Citations : 19
Téléchargements : Non renseigné
TOGGLEDescriptionTOGGLE (TOolbox for Generic nGs anaLysEs) is a suite of tools able to design pipelines that manage large sets of NGS softwares and utilities. Moreover, TOGGLE offers an easy way to manipulate the various options of the different softwares through the pipelines in using a single basic configuration file, which can be changed for each assay without having to change the code itself. We also describe one implementation of TOGGLE in a complete analysis pipeline designed for SNP discovery for large sets of genomic data, ready to use in different environments (from a single machine to HPC clusters). Conditions d'accèsOpen source |
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Visites uniques : Non renseignées
Citations : 9
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VCFHunterDescriptionVCFhunter regroups several programs which principal aims are to map DNA and RNAseq data onto reference genome sequence, perform variant calling, manipulate vcf files, perform chromosome painting of accessions based on the contribution of ancestral groups, select marker for genetic map analysis and perform pairwise chromosome linkage of ordered markers. Conditions d'accès |
![]() Visites annuelles : Non renseignées
Visites uniques : Non renseignées
Citations : 192
Téléchargements : Non renseigné
RAP-GREENDescriptionRAP-Green permits to compare gene and species trees, infers duplication events, and provides confidence score in function conservation between genes, and is a new implementation and an improvement of the RAP software Conditions d'accèsOpen source |
Domaines d'activité
- Biotechnologie
- Biologie
- Agro-alimentaire
- Informatique
Description des expertises
South Green (SG) is a bioinformatics platform based on the Agropolis campus gathering Bioinformatics staff from CIRAD, IRD, INRAE and the Alliance Bioversity international-CIAT.
Based on this strong local community in the field of agriculture, food, biodiversity and environment, this network of national and international scope, develops bioinformatics applications and resources dedicated to genetics and genomics of tropical and Mediterranean plants.
South Green offers 3 types of services:
- Access to HPC infrastructures for calculation and storage with more than 400 analytical software
- Innovative open access scientific databases and tools
- A wide range of Bioinformatics Training at notional level and in the South
The objectives of South Green are:
- Provide services at the local, national and international level
- Promote the original tools from methods developed within the platform
- Propose a single web portal for access to the tools developed by the platform,
- Promote exchange and collaborative developments accross institutes
- Provide training for biologists and bioinformaticians,
- Ensure the maintenance and development, infrastructure and software applications via requests for funding in partnership,
- Ensure high quality process (e.g. certifications)
Mots clés:
- Analyse de données de séquençage NGS
- Analyse de séquences
- Bioinformatique structurale
- Développements technologiques de l‘Information et de la Communication
- Biodiversité
- Evolution et phylogénie
- Génomique comparative
Formation professionnelle
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Temps de formation : Non renseigné
Prochaine session : 04-10-2018
Analyse de données NGS dédiée à la génomique végétale en Afrique de l'OuestDescription
PrérequisAucun Programme
ObjectifsAprès la formation, les participants seront capables de :
Instructors
Conditions d'accèsNon renseigné |
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Temps de formation : Non renseigné
Prochaine session : 01-10-2018
Installing and Managing a High-Performance Computing (HPC) ClusterDescriptionThis course ran for 5 days covering all the concepts necessary to install and manage a high-performance computing (HPC) cluster. During this course, a HPC cluster were installed at CERAAS (Thiès, Sénégal) by the participants, IT managers from western africa (IRD, ISRA, CERAAS). Conditions d'accèsNon renseigné |
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Temps de formation : Non renseigné
Prochaine session : 23-04-2018
Metabarcoding analyses (using FROGS in Galaxy and Phyloseq)Description
PrerequisitesGalaxy, R knowledge Program
Learning objectives
Instructors
Conditions d'accèsNon renseigné |
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![]() Personnes formées : Non renseigné
Temps de formation : Non renseigné
Prochaine session : 12-03-2018
Linux For DummiesDescriptionThis course offers an introduction to work with Linux. We will describe the Linux environment, the first linux commands so participants can start to utilize command-line tools and feel comfortable using bioinformatics softwares through a linux terminal. PrerequisitesNo experience required Program
Learning objectivesAfter this course, participants should be able to:
Instructors
Conditions d'accèsNon renseigné |
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Temps de formation : Non renseigné
Prochaine session : 13-03-2018
Linux For JediDescriptionThis course offers to develop and enhance advanced Linux shell command line and scripting skills for the processing and analysis of NGS data. We will work on a HPC server and use linux powerful commands to allow to analyze big amount of biological data.
PrerequisitesBasic knowledge of Linux (Linux for dummies required) Program
Learning objectivesAfter this course, participants should be able to:
Instructors
Conditions d'accèsNon renseigné |
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Temps de formation : Non renseigné
Prochaine session : 02-10-2017
Survival Guide for Perl applied to BioinformaticsDescription
PrerequisitesBasic knowledge of Linux (Linux for dummies required) Program
Learning objectives
Instructors
Conditions d'accèsNon renseigné |
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Temps de formation : Non renseigné
Pas de nouvelle session prévue
Training courses in bioinformatics applied to Musa GenomeDescription18-22 Novembre 2013 Conditions d'accèsNon renseigné |
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Temps de formation : Non renseigné
Pas de nouvelle session prévue
Formation galaxyDescriptionOctobre 2013 Juin 2012 Conditions d'accèsNon renseigné |
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Temps de formation : Non renseigné
Pas de nouvelle session prévue
Formation bioinformatique LMI LAPSE DakarDescriptionNovembre 2013 Conditions d'accèsNon renseigné |
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![]() Aucun site web renseignéPersonnes formées : Non renseigné
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Pas de nouvelle session prévue
Formation bioinformatique IRD MontpellierDescriptionSeptembre 2013 (25 personnes) et Octobre 2012 (32 personnes) Conditions d'accèsNon renseigné |
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Pas de nouvelle session prévue
Formation introduction à la bioinformatique, DassaDescriptionJuillet 2013 Conditions d'accèsNon renseigné |
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Temps de formation : Non renseigné
Pas de nouvelle session prévue
Bioinformatics School, Sao PauloDescription21-26 novembre 2011 Conditions d'accèsNon renseigné |
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Temps de formation : Non renseigné
Pas de nouvelle session prévue
Bioinformatique appliquée à l'analyse de séquences biologiques, MontpellierDescription06-10 juin 2011 Conditions d'accèsNon renseigné |
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Pas de nouvelle session prévue
Formation ARCAD SP1-SP4, Analyse de données de polymorphisme, MontpellierDescription09-13 Mai 2011 Conditions d'accèsNon renseigné |
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Pas de nouvelle session prévue
Bioinformatique appliquée, Analyse de séquences, MontpellierDescription21-25 février 2011 Conditions d'accèsNon renseigné |
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Temps de formation : Non renseigné
Pas de nouvelle session prévue
Encontro França-Brasil de BIoinformatica, Universidad Estadual de Santa Cruz (UESC)Description08-12 novembre 2010 Conditions d'accèsNon renseigné |
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Temps de formation : Non renseigné
Prochaine session : 16-03-2018
RNASeq analyses (using Galaxy and TOGGLe)Description
PrerequisitesWorkflow management system (Galaxy, TOGGLe) Program
Learning objectives
Instructors
Conditions d'accèsNon renseigné |
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Temps de formation : Non renseigné
Prochaine session : 23-03-2018
Initiation to NGS Workflow Managers developed within the South Green Platform: Galaxy and TOGGLeDescriptionThis course introduces the 2 commonly used workflow managers in the South Green Bioformatics platform, both in a theoretical and practical way, with hands-on practice sessions. It will help you to quickly develop and run your own pipelines using these tools through an graphical user or command-line interface.
PrerequisitesPrior knowledge of workflow managers not necessary Basic knowledge of Linux (Linux for dummies required) - TOGGLe practical Program
Learning objectives
Instructors
Conditions d'accèsNon renseigné |
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Temps de formation : Non renseigné
Prochaine session : 15-03-2018
Introduction to High-performance computingDescription
PrerequisitesLinux Basics Program
Learning objectivesAfter this course, participants should be able to:
Instructors
Conditions d'accèsNon renseigné |
Formation universitaire
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Temps de formation : Non renseigné
Pas de nouvelle session prévue
SUPAGRODescriptionFévrier 2012, 2013 et 2014 Conditions d'accèsNon renseigné |
Publications internes
Droc, G., Lariviere, D., Guignon, V., Yahiaoui, N., This, D., Garsmeur, O., Dereeper, A., Hamelin, C., Argout, X., Dufayard, J.-F., Lengelle, J., Baurens, F.-C., Cenci, A., Pitollat, B., D'Hont, A., Ruiz, M., Rouard, M., Bocs, S. The Banana Genome Hub. Database (2013) doi:10.1093/database/bat035
Guignon V, Droc G, Alaux M, Baurens FC, Garsmeur O, Poiron C, Carver T, Rouard M, Bocs S (2012) Chado Controller: advanced annotation management with a community annotation system. Bioinformatics. doi:10.1093/bioinformatics/bts046
Hamelin C, Sempéré G, Jouffe V, Ruiz M. TropGeneDB, the multi-tropical crop information system updated and extended. Nucleic Acids Res. 2013;41(Database issue):D1172-5
Peralta M, Combes M-, Cenci A, Lashermes P, Dereeper A. SNiPloid: A Utility to Exploit High-Throughput SNP Data Derived from RNA-Seq in Allopolyploid Species. International Journal of Plant Genomics. 2013;2013.
Wollbrett J, Larmande P, de Lamotte F, Ruiz M. Clever generation of rich SPARQL queries from annotated relational schema: application to Semantic Web Service creation for biological databases. BMC Bioinformatics. 2013;14:126.
Droc, G., Lariviere, D., Guignon, V., Yahiaoui, N., This, D., Garsmeur, O., Dereeper, A., Hamelin, C., Argout, X., Dufayard, J.-F., Lengelle, J., Baurens, F.-C., Cenci, A., Pitollat, B., D'Hont, A., Ruiz, M., Rouard, M., Bocs, S. The Banana Genome Hub. PAG XXII. San Diego; 2014.
Dereeper, A. et al. The Coffee Genome Hub. PAG XXII. San Diego; 2014.
Garsmeur O, Droc G, Woltinge D, Van-Oeveren J, Martin G, Harrison B, et al. Whole Genome Profiling to Generate a Core Physical Map of the Gene Rich Part of the Sugarcane Genome. San Diego; 2014.
Maillol V, Bacilieri R, Bocs S, Boursiquot J-, Carrier G, Dereeper A, et al. Role of Galaxy in a bioinformatic plant breeding platform. In: Galaxy Community Conference. Chicago; 2012.
Guignon V, Cenci A, Rouard M. Exchange your knowledge en plant gene families. International Biocuration Conference (ISB2014) 2014.
Lariviere D, Dufayard JF, Bocs S, This D. Integrative System For Gene Family Gathering and Analysis In A Context of Crops’ Stress Response Study. PAG XXII. San Diego; 2014.
Monat C, Tranchant-Dubreuil C, Lorieux M, Ghesquière A, Ruiz M, Sabot F. African Rices Genome Projects : GLASS and Irigin. PAG XXII. San Diego; 2014
Network, South Green The South Green Bioinformatics platform. PAG XXII. San Diego, 2014.
Dereeper, A., Bocs, S., Rouard, M., Guignon, V., Ravel, S., Tranchant-Dubreuil, C., ... & Droc, G. (2015). The coffee genome hub: a resource for coffee genomes. Nucleic acids research, 43(D1), D1028-D1035.
Publications externes
Carrier G, Le Cunff L, Dereeper A, Legrand D, Sabot F, Bouchez O, et al. Transposable elements are a major cause of somatic polymorphism in Vitis vinifera L. PLoS ONE. 2012;7(3):e32973.
D’Hont A, Denoeud F, Aury JM., Baurens FC, Carreel F, Garsmeur O, Noel B, Bocs S, Droc G, Rouard M, et al. (2012) The banana (Musa acuminata) genome and the evolution of monocotyledonous plants. Nature, 10.1038/nature11241
Dussert S, Guerin C, Andersson M, Joët T, Tranbarger TJ, Pizot M, et al. Comparative transcriptome analysis of three oil palm fruit and seed tissues that differ in oil content and fatty acid composition. Plant Physiol. 2013;162(3):1337-58.
Frouin J, Filloux D, Taillebois J, Grenier C, Montes F, de Lamotte F, et al. Positional cloning of the rice male sterility gene ms-IR36, widely used in the inter-crossing phase of recurrent selection schemes. Molecular Breeding. 2013:1-13
Gébelin V, Leclercq J, Leclercq J, Argout X, Chaidamsari T, Hu S, et al. The small RNA profile in latex from Hevea brasiliensis trees is affected by tapping panel dryness. Tree Physiol. 2013;33(10):1084-98.
Hippolyte I, Jenny C, Gardes L, Bakry F, Rivallan R, Pomies V, et al. Foundation characteristics of edible Musa triploids revealed from allelic distribution of SSR markers. Ann Bot. 2012
Nabholz B, Sarah G, Sabot F, Ruiz M, Adam H, Nidelet S, et al. Transcriptome population genomics reveals severe bottleneck and domestication cost in the African rice (O. glaberrima). Molecular Ecology. 2014
Pérez-Quintero AL, Rodriguez-R LM, Dereeper A, López C, Koebnik R, Szurek B, et al. An improved method for TAL effectors DNA-binding sites prediction reveals functional convergence in TAL repertoires of Xanthomonas oryzae strains. PLoS ONE. 2013;8(7):e68464.
Ranwez V, Holtz Y, Sarah G, Ardisson M, Santoni S, Glémin S, et al. Disentangling homeologous contigs in allo-tetraploid assembly: application to durum wheat. BMC Bioinformatics. 2013;14(Suppl 15):S15
Wei F-, Droc G, Guiderdoni E, Hsing Y-. International Consortium of Rice Mutagenesis: resources and beyond. Rice (N Y). 2013;6(1):39.
Publications avec le laboratoire d'hébergement
Combes M-, Dereeper A, Severac D, Bertrand B, Lashermes P. Contribution of subgenomes to the transcriptome and their intertwined regulation in the allopolyploid Coffea arabica grown at contrasted temperatures. New Phytol. 2013;200(1):251-60.
Coudert Y, Dievart A, Droc G, Gantet P. ASL/LBD phylogeny suggests that genetic mechanisms of root initiation downstream of auxin are distinct in lycophytes and euphyllophytes. Mol Biol Evol. 2013;30(3):569-72.
Courtois B, Audebert A, Dardou A, Roques S, Ghneim-Herrera T, Droc G, et al. Genome-wide association mapping of root traits in a japonica rice panel. PLoS ONE. 2013;8(11):e78037
Courtois B, Frouin J, Greco R, Bruschi G, Droc G, Hamelin C, et al. Genetic Diversity and Population Structure in a European Collection of Rice. Crop Sci.. 2012;52(4):1663-75.
Dereeper A, Guyot R, Tranchant-Dubreuil C, Anthony F, Argout X, de Bellis F, et al. BAC-end sequences analysis provides first insights into coffee (Coffea canephora P.) genome composition and evolution. Plant Mol Biol. 2013;83(3):177-89.
Duan C, Argout X, Gébelin V, Summo M, Dufayard JF, Leclercq J, et al. Identification of the Hevea brasiliensis AP2/ERF superfamily by RNA sequencing. BMC Genomics. 2013;14:30
Lacape J-, Claverie M, Vidal RO, Carazzolle MF, Guimarães Pereira GA, Ruiz M, et al. Deep sequencing reveals differences in the transcriptional landscapes of fibers from two cultivated species of cotton. PLoS ONE. 2012;7(11):e48855
Lorieux M, Blein M, Lozano J, Bouniol M, Droc G, Dievart A, et al. In-depth molecular and phenotypic characterization in a rice insertion line library facilitates gene identification through reverse and forward genetics approaches. Plant Biotechnol J. 2012;10(5):555-68.
Mieulet D, Diévart A, Droc G, Lanau N, Guiderdoni E. Reverse genetics in rice using Tos17. Methods Mol Biol. 2013;1057:205-21
Sabot F. Tos17 rice element: incomplete but effective. Mob DNA. 2014;5(1):10.
Répartition des utilisateurs
Description de la répartition :
Projets propres de la plateforme
Aucun (ou non renseigné)
Collaborations
Projets d'ANR
ANR MSD-MIND
ANR GNPAnnot: a community annotation system
ANR MusaTract: sequencing project of the banana genome
ANR CoffeaSeq: sequencing project of the coffee tree genome
Projets européens et internationaux
CGIAR Research: Programmes TRB et GRISP
GLASS
IRIGIN
EURIGEN: Genotyping for the Conservation and Valorization of European Rice Germplasm
EURoot: Enhancing resource Uptake from Roots under stress in cereal crops
Projets avec des industriels
GreenPhyl: Biodiversity, CIRAD, Syngenta
Projets de collaboration non financés par un organisme extérieur
Prestations de service non financés par un organisme extérieur
Animations
Contribution aux séminaires de l'IBC: http://www.ibc-montpellier.fr/events/seminars/plenary-sessions
Groupe de travail Galaxy-IFB: http://www.ifb-galaxy.org/index.html
Workshop on Crop Ontology and Phenotyping Data Interoperability (CIRAD Montpelllier, Avril 2014)
Workshop Semantic for Biodiversity dans le cadre de ECCB2013 (Montpellier, Mars 2013)