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RPBSResponsable(s) scientifique
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Outils bioinformatiques
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Description des serveurs
- Salle serveur de 40m²
- Architecture de type PAAS (Platform As A Service)
- Ferme de calcul hétérogène (noeuds 12 coeurs / 48Go de RAM, noeud 60 coeurs / 512 Go de RAM, noeud GPU en cours d'installation) sur un réseau interne 10Gb
- Espace disque de travail de 30To sous LustreFS
- Espace de stockage NFS de 2x30To
- Gestion logicielle avec SaltStack
- Encapsulation des services dans des conteneurs Docker
- Gestionnaire de tâches: Slurm
Condition d'accès
- Accès libre via le portail Mobyle
- Accès en tant qu'utilisateur enregistré via le portail Mobyle
- Accès direct à la ressource sur demande
- Hébergement de matériel propriétaire en mode PAAS
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Citations : 4
Dernière mise à jour : Non renseignée
BactPepDBDescriptionBactPepDB is a database of predicted peptides from an exhaustive survey of complete prokaryote genomes. It provides insights about candidate peptides, and provides information about their conservation, together with some of their expected biological/structural features. The BactPepDB interface allows to search for candidate peptides in the database, or to search for peptides similar to a query, according to the multiple properties predicted or related to genomic localization. Conditions d'accès
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Visites uniques : 1 433 an
Citations : 25
Dernière mise à jour : Non renseignée
SPROUTSDescriptionSPROUTS has been designed to give scientists access to data related to protein folding prediction. In this scope, we processed a set of proteins on five different tools devoted to the prediction of stability changes upon point mutation. We also propose the results obtained with two methods devoted for one to the direct prediction of residues involved in the core of a protein structure and for the other, the characterization of fragments which ends are assumed to be part of the folding nucleus. Conditions d'accèsService en ligne en accès libre. |
![]() Visites annuelles : 140 an
Visites uniques : 60 an
Citations : 2
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BCSearchDescriptionBCSearch is a fast and flexible approach to identify linear fragments similar to a query in large collections of structures. It addresses two basic questions:
BCSearch is based on a new similarity approach, based on a Binet Cauchy (BC) kernel. The approach measures the correlation between the volumes of all the tetraedron of the query and that of a target. The similarity (BCscore) is scored between -1 and 1, where a value of 1 corresponds to the exact same conformation than the query, and -1 to the mirror conformation. Values close to 0 correspond to unrelated fragments. The BCscore is more stringent than other criteria such as the alpha carbon RMS deviation. Particularly, fragments with partly dissimilar shapes are poorly scored and consequently collections of matches are usually less noisy, which makes them better suited for the analysis of the local structure-sequence relationship. In addition, since no superimposition is required, the similarity search is very fast, making possible to mine large collections of structures. Conditions d'accèsService en ligne en accès libre. |
![]() Visites annuelles : 2 470 an
Visites uniques : 960 an
Citations : 345
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fpocketDescriptionService en ligne libre d'accès. Conditions d'accèsService en ligne en accès libre. |
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Citations : 64
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Frog2DescriptionFrog is intended to generate 3D for drugs, usually described using a 1D or 2D representation. Frog performs isomer identification from ambiguous compound description. Frog is able to generate multi-conformations per isomer. Conditions d'accèsService en ligne en accès libre. |
![]() Aucun site web renseignéVisites annuelles : 10 000 an
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Citations : Non renseigné
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HCADescriptionHydrophobic cluster analysis. Conditions d'accèsService en ligne en accès libre. |
![]() Visites annuelles : 260 an
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Citations : 2
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HHalign-KbestDescriptionHHalign-Kbest is useful to automatically obtain optimized alignments and models in case of low sequence identity (<35%) between a query and a template protein. It can generate k suboptimal (e.g. top-k scoring) alignments rather than only the optimal one which may contain small to large errors. Conditions d'accèsService en ligne en accès libre. |
![]() Visites annuelles : 1 120 an
Visites uniques : 310 an
Citations : 4
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InterEvDock2DescriptionInterEvDock is a server for protein docking running the InterEvScore potential specifically designed to integrate evolutionary information in the docking process. The InterEvScore potential was developed for heteromeric protein interfaces and combines a residue-based multi-body statistical potential with evolutionary information derived from the multiple sequence alignments of each partner in the complex. Conditions d'accèsService en ligne en accès libre. |
![]() Visites annuelles : 5 100 an
Visites uniques : 1 000 an
Citations : 14
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MTiAutoDock/MTiOpenScreenDescriptionMTiAutoDock and MTiOpenScreen are two services dedicated to small molecule docking and chemical library virtual screening. Conditions d'accèsService en ligne en accès libre. |
![]() Visites annuelles : 30 000 an
Visites uniques : 3 900 an
Citations : 377
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PEP-FOLDDescriptionPEP-FOLD is a de novo approach aimed at predicting peptide structures from amino acid sequences. This method, based on structural alphabet SA letters to describe the conformations of four consecutive residues, couples the predicted series of SA letters to a greedy algorithm and a coarse-grained force field. Conditions d'accèsService en ligne en accès libre. |
![]() Aucun site web renseignéVisites annuelles : 1 482 an
Visites uniques : 347 an
Citations : 1
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PEP-SiteFinderDescriptionPEP-SiteFinder is a service aimed at identifying patches on a protein surface, which a peptide of specified sequence is likely to interact with. Conditions d'accèsService en ligne en accès libre. |
![]() Aucun site web renseignéVisites annuelles : 340 an
Visites uniques : 26 an
Citations : Non renseigné
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SA-FragDescriptionSA-Frag is a service that will, given an amino acid sequence, return 3D fragments predicted to match the various positions of the sequence. SA-Frag will thus return an alignement of the fragments identified with the query and a collection of 3D structures corresponding to the fragments in the PDB format. Conditions d'accèsService en ligne en accès libre. |
![]() Visites annuelles : 640 an
Visites uniques : 130 an
Citations : 67
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SABBACDescriptionSABBAC is an on-line service devoted to protein backbone reconstruction from alpha-carbon trace. It is based on the assembly of fragments issued from library of reduced size, resulting from the encoding of the protein trace in an HMM-derived structural alphabet. Conditions d'accèsService en ligne en accès libre. |
![]() Visites annuelles : 310 an
Visites uniques : 170 an
Citations : 11
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wwLig-CSRreDescriptionwwLigCSRre is intended for searching banks for compounds similar to a query, based on both coordinates and physico-chemical properties of atoms. Conditions d'accèsService en ligne en accès libre. |
Domaines d'activité
- Biologie
- Informatique
- Biomédical
Description des expertises
Bioinformatique Structurale : analyse et modélisation de la structure et de la fonction des protéines, des peptides. Complexes protéiques, peptide-protéine. Criblage in silico.
- Modélisation comparative de la structure des protéines
- Recherche de similitudes structurales
- Modélisation de la structure de complexes protéiques
- Modélisation de novo de la structure des peptides
- Criblage in silico (structure-based)
- Impact structural de mutations ponctuelles
Mots clés:
- Bioinformatique structurale
- Analyse des structures, recherche d'homologues et de motifs structuraux
- Prédictions des propriétés structurales
- Modélisation comparative et de novo de structures
- Modélisation des interactions protéines/protéines, protéines/peptides et protéines/acides nucléiques
- Analyse des propriétés dynamiques et thermodynamiques des structures
- Criblage virtuel
- Librairies de petits composés chimiques, 2D/3D, ADME/tox
- Criblage basé sur la structure
Formation professionnelle
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Temps de formation : 1 jour(s) / an
Pas de nouvelle session prévue
Python avancéDescriptionNon renseignéConditions d'accèsNon renseigné |
![]() Personnes formées : 15 personnes / an
Temps de formation : 1 jour(s) / an
Pas de nouvelle session prévue
Introduction au portail MOBYLEDescriptionNon renseignéConditions d'accèsNon renseigné |
Formation universitaire
![]() Aucun site web renseignéPersonnes formées : 15 personnes / an
Temps de formation : 1 jour(s) / an
Pas de nouvelle session prévue
Criblage de petits composésDescriptionNon renseignéConditions d'accèsNon renseigné |
Publications internes
Lamiable A, Thévenet P, Rey J, Vavrusa M, Derreumaux P, Tufféry P.
PEP-FOLD3: faster de novo structure prediction for linear peptides in solution and in complex.
Nucleic Acids Res. 2016 Jul 8;44(W1):W449-54.
Guyon F, Martz F, Vavruša M, Bécot J, Rey J, Tufféry P.
BCSearch: fast structural fragment mining over large collections of protein structures.
Nucleic Acids Res. 2015 Jul 1;43(W1):W378-82.
Saladin A, Rey J, Thevenet P, Zacharias M, Moroy G, Tufféry P.
PEP-SiteFinder: a tool for the blind indentification of peptide binding sites on protein surfaces.
Nucleic Acids Res. 2014 Jul;42(Web Server issue):W221-6.
Shen Y, Maupetit J, Derreumaux P, Tufféry P.
Improved PEP-FOLD approach for peptide and miniprotein structure prediction
J. Chem. Theor. Comput. 2014; 10:4745-4758
Rey J, Deschavanne P, Tufféry P.
BactPepDB: a database of predicted peptides from an exhaustive survey of complete prokaryote genomes.
Database (Oxford). 2014 Nov 6;2014. pii: bau106. doi: 10.1093/database/bau106. Print 2014.
Thévenet P, Shen Y, Maupetit J, Guyon F, Derreumaux P, Tufféry P.
PEP-FOLD: an updated de novo structure prediction server for both linear and disulfide bonded cyclic peptides.
Nucleic Acids Res. 2012 Jul;40(Web Server issue):W288-93.
Shen Y, Picord G, Guyon F, Tufféry P.
Detecting protein candidate fragments using a structural alphabet profile comparison approach.
PLoS One. 2013 Nov 26;8(11)
Publications externes
Yu J, Picord G, Tufféry P, Guerois R.
HHalign-KBest: exploring sub-optimal alignments for remote homology comparative modeling
Bioinformatics. 2015 Dec 1;31(23):3850-2.
Yu J, Vavrusa M, Andreani J, Rey J, Tufféry P, Guerois R.
InterEvDock: A docking server to predict the structure of protein-protein interactions using evolutionary information.
Nucleic Acids Res. 2016 Jul 8;44(W1):W542-9.
Schmidtke P, Le Guilloux V, Maupetit J, Tufféry P.
fpocket: online tools for protein ensemble pocket detection and tracking.
Nucleic Acids Res. 2010 Jul;38(Web Server issue):W582-9.
Acuña R, Lacroix Z, Papandreou N, Chomilier J.
Protein intrachain contact prediction with most interacting residues (MIR).
Bio-Algorithms and Med-Systems 2014 Nov 27;10(4):227-242
Lonquety M, Lacroix Z, Papandreou N, and Chomilier J.
SPROUTS: a database for the evaluation of protein stability upon point mutation.
Nucleic Acids Res. 2009 Jan;37(Database issue):D374-9.
Publications avec le laboratoire d'hébergement
Labbé C, Rey J, Lagorce D, Vavruša M, Becot J, Sperandio O, Villoutreix B, Tufféry P, Miteva M.
MTiOpenScreen: a web server for structure-based virtual screening.
Nucleic Acids Res. 2015 Jul 1;43(W1):W448-54.
Lagorce D, Sperandio O, Baell JB, Miteva MA, Villoutreix BO.
FAF-Drugs3: a web server for compound property calculation and chemical library design.
Nucleic Acids Res. 2015 Jul 1;43(W1):W200-7.
Miteva MA, Guyon F, Tufféry P.
Frog2: Efficient 3D conformation ensemble generator for small compounds.
Nucleic Acids Res. 2010 Jul;38(Web Server issue):W622-7.
Développement
PEP-FOLD (APP)
Répartition des utilisateurs
Description de la répartition :
La répartition présentée est celle de l'accès au portail Mobyle et donc aux accès via le Web.
Projets propres de la plateforme
Mobyle (2006-2014) : environnement de déploiement et d'execution automatisés sur le Web
MobyleNet (2009-2011) : réseau de portails Web
Collaborations
Projets d'ANR
IA Bioinformatique BipBip (Biology in processors Bayesian inference paradigm)
Projets européens et internationaux
Projets avec des industriels
Projets de collaboration non financés par un organisme extérieur
Prestations de service non financés par un organisme extérieur
Animations
Coordination du workpackage Bioinformatique Structurale du projet IFB