RPBS

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Adresse postale

35 rue Hélène Brion 75013 Paris

Structure(s) :

INSERM, Université Paris-Diderot

Unité :

UMR-S 973

Website

RPBS

Responsable(s) scientifique

Tufféry Pierre

Responsable(s) opérationnel

Rey Julien

Certificat(s)

Label IBiSA

Equipe

Type d'infrastructure

Propriétaire

Capacité de stockage

70.00 To

Ferme de calcul

960 cores

Collection de données

Heure de CPU

913 000 H / an

Outils bioinformatiques

Nombre d'utilisateurs

Description des serveurs

Salle serveur de 40m²
Architecture de type PAAS (Platform As A Service)
Ferme de calcul hétérogène (noeuds 12 coeurs / 48Go de RAM, noeud 60 coeurs / 512 Go de RAM, noeud GPU en cours d'installation) sur un réseau interne 10Gb
Espace disque de travail de 30To sous LustreFS
Espace de stockage NFS de 2x30To
Gestion logicielle avec SaltStack
Encapsulation des services dans des conteneurs Docker
Gestionnaire de tâches: Slurm

Condition d'accès

Accès libre via le portail Mobyle
Accès en tant qu'utilisateur enregistré via le portail Mobyle
Accès direct à la ressource sur demande
Hébergement de matériel propriétaire en mode PAAS

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Visites annuelles :

130 an

Visites uniques :

130 an

Citations :

Dernière mise à jour :

Non renseignée

BactPepDB

Description

BactPepDB is a database of predicted peptides from an exhaustive survey of complete prokaryote genomes. It provides insights about candidate peptides, and provides information about their conservation, together with some of their expected biological/structural features. The BactPepDB interface allows to search for candidate peptides in the database, or to search for peptides similar to a query, according to the multiple properties predicted or related to genomic localization.

Conditions d'accès

Service en ligne en accès libre.
Possibilité d'analyse spécifique sur demande.

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Visites annuelles :

1 791 an

Visites uniques :

1 433 an

Citations :

Dernière mise à jour :

Non renseignée

SPROUTS

Description

SPROUTS has been designed to give scientists access to data related to protein folding prediction. In this scope, we processed a set of proteins on five different tools devoted to the prediction of stability changes upon point mutation. We also propose the results obtained with two methods devoted for one to the direct prediction of residues involved in the core of a protein structure and for the other, the characterization of fragments which ends are assumed to be part of the folding nucleus.

Conditions d'accès

Service en ligne en accès libre.

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Visites annuelles :

140 an

Visites uniques :

60 an

Citations :

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Non renseigné

BCSearch

Description

BCSearch is a fast and flexible approach to identify linear fragments similar to a query in large collections of structures. It addresses two basic questions:

Among a subset of structures, what sequences are compatible with the conformation of my query ?
Are there conformations similar to my query in other proteins ? Is it observed elsewhere ?

BCSearch is based on a new similarity approach, based on a Binet Cauchy (BC) kernel. The approach measures the correlation between the volumes of all the tetraedron of the query and that of a target. The similarity (BCscore) is scored between -1 and 1, where a value of 1 corresponds to the exact same conformation than the query, and -1 to the mirror conformation. Values close to 0 correspond to unrelated fragments. The BCscore is more stringent than other criteria such as the alpha carbon RMS deviation. Particularly, fragments with partly dissimilar shapes are poorly scored and consequently collections of matches are usually less noisy, which makes them better suited for the analysis of the local structure-sequence relationship. In addition, since no superimposition is required, the similarity search is very fast, making possible to mine large collections of structures.

Conditions d'accès

Service en ligne en accès libre.

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Visites annuelles :

2 470 an

Visites uniques :

960 an

Citations :

345

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Non renseigné

fpocket

Description

Service en ligne libre d'accès.

Conditions d'accès

Service en ligne en accès libre.

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Visites annuelles :

6 400 an

Visites uniques :

960 an

Citations :

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Non renseigné

Frog2

Description

Frog is intended to generate 3D for drugs, usually described using a 1D or 2D representation. Frog performs isomer identification from ambiguous compound description. Frog is able to generate multi-conformations per isomer.

Conditions d'accès

Service en ligne en accès libre.

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Visites annuelles :

10 000 an

Visites uniques :

3 200 an

Citations :

Non renseigné

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HCA

Description

Hydrophobic cluster analysis.

Conditions d'accès

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Visites annuelles :

260 an

Visites uniques :

70 an

Citations :

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HHalign-Kbest

Description

HHalign-Kbest is useful to automatically obtain optimized alignments and models in case of low sequence identity (<35%) between a query and a template protein. It can generate k suboptimal (e.g. top-k scoring) alignments rather than only the optimal one which may contain small to large errors.

Conditions d'accès

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Visites annuelles :

1 120 an

Visites uniques :

310 an

Citations :

Téléchargements :

Non renseigné

InterEvDock2

Description

InterEvDock is a server for protein docking running the InterEvScore potential specifically designed to integrate evolutionary information in the docking process. The InterEvScore potential was developed for heteromeric protein interfaces and combines a residue-based multi-body statistical potential with evolutionary information derived from the multiple sequence alignments of each partner in the complex.

Conditions d'accès

Service en ligne en accès libre.

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Visites annuelles :

5 100 an

Visites uniques :

1 000 an

Citations :

Téléchargements :

Non renseigné

MTiAutoDock/MTiOpenScreen

Description

MTiAutoDock and MTiOpenScreen are two services dedicated to small molecule docking and chemical library virtual screening.

Conditions d'accès

Service en ligne en accès libre.

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Visites annuelles :

30 000 an

Visites uniques :

3 900 an

Citations :

377

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PEP-FOLD

Description

PEP-FOLD is a de novo approach aimed at predicting peptide structures from amino acid sequences.

This method, based on structural alphabet SA letters to describe the conformations of four consecutive residues, couples the predicted series of SA letters to a greedy algorithm and a coarse-grained force field.

Conditions d'accès

Service en ligne en accès libre.

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Visites annuelles :

1 482 an

Visites uniques :

347 an

Citations :

Téléchargements :

Non renseigné

PEP-SiteFinder

Description

PEP-SiteFinder is a service aimed at identifying patches on a protein surface, which a peptide of specified sequence is likely to interact with.

Conditions d'accès

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Visites annuelles :

340 an

Visites uniques :

26 an

Citations :

Non renseigné

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SA-Frag

Description

SA-Frag is a service that will, given an amino acid sequence, return 3D fragments predicted to match the various positions of the sequence. SA-Frag will thus return an alignement of the fragments identified with the query and a collection of 3D structures corresponding to the fragments in the PDB format.

Conditions d'accès

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Visites annuelles :

640 an

Visites uniques :

130 an

Citations :

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SABBAC

Description

SABBAC is an on-line service devoted to protein backbone reconstruction from alpha-carbon trace. It is based on the assembly of fragments issued from library of reduced size, resulting from the encoding of the protein trace in an HMM-derived structural alphabet.

Conditions d'accès

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Visites annuelles :

310 an

Visites uniques :

170 an

Citations :

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Non renseigné

wwLig-CSRre

Description

wwLigCSRre is intended for searching banks for compounds similar to a query, based on both coordinates and physico-chemical properties of atoms.

Conditions d'accès

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Domaines d'activité

Biologie
Informatique
Biomédical

Description des expertises

Bioinformatique Structurale : analyse et modélisation de la structure et de la fonction des protéines, des peptides. Complexes protéiques, peptide-protéine. Criblage in silico.

Modélisation comparative de la structure des protéines
Recherche de similitudes structurales
Modélisation de la structure de complexes protéiques
Modélisation de novo de la structure des peptides
Criblage in silico (structure-based)
Impact structural de mutations ponctuelles

Mots clés:

Bioinformatique structurale
Analyse des structures, recherche d'homologues et de motifs structuraux
Prédictions des propriétés structurales
Modélisation comparative et de novo de structures
Modélisation des interactions protéines/protéines, protéines/peptides et protéines/acides nucléiques
Analyse des propriétés dynamiques et thermodynamiques des structures
Criblage virtuel
Librairies de petits composés chimiques, 2D/3D, ADME/tox
Criblage basé sur la structure

Formation professionnelle

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Personnes formées :

15 personnes / an

Temps de formation :

1 jour(s) / an

Pas de nouvelle session prévue

Python avancé

Description

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Conditions d'accès

Non renseigné

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Personnes formées :

15 personnes / an

Temps de formation :

1 jour(s) / an

Pas de nouvelle session prévue

Introduction au portail MOBYLE

Description

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Formation universitaire

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Personnes formées :

15 personnes / an

Temps de formation :

1 jour(s) / an

Pas de nouvelle session prévue

Criblage de petits composés

Description

Non renseigné

Conditions d'accès

Non renseigné

Publications internes

Lamiable A, Thévenet P, Rey J, Vavrusa M, Derreumaux P, Tufféry P.
PEP-FOLD3: faster de novo structure prediction for linear peptides in solution and in complex.
Nucleic Acids Res. 2016 Jul 8;44(W1):W449-54.

Guyon F, Martz F, Vavruša M, Bécot J, Rey J, Tufféry P.
BCSearch: fast structural fragment mining over large collections of protein structures.
Nucleic Acids Res. 2015 Jul 1;43(W1):W378-82.

Saladin A, Rey J, Thevenet P, Zacharias M, Moroy G, Tufféry P.
PEP-SiteFinder: a tool for the blind indentification of peptide binding sites on protein surfaces.
Nucleic Acids Res. 2014 Jul;42(Web Server issue):W221-6.

Shen Y, Maupetit J, Derreumaux P, Tufféry P.
Improved PEP-FOLD approach for peptide and miniprotein structure prediction
J. Chem. Theor. Comput. 2014; 10:4745-4758

Rey J, Deschavanne P, Tufféry P.
BactPepDB: a database of predicted peptides from an exhaustive survey of complete prokaryote genomes.
Database (Oxford). 2014 Nov 6;2014. pii: bau106. doi: 10.1093/database/bau106. Print 2014.

Thévenet P, Shen Y, Maupetit J, Guyon F, Derreumaux P, Tufféry P.
PEP-FOLD: an updated de novo structure prediction server for both linear and disulfide bonded cyclic peptides.
Nucleic Acids Res. 2012 Jul;40(Web Server issue):W288-93.

Shen Y, Picord G, Guyon F, Tufféry P.
Detecting protein candidate fragments using a structural alphabet profile comparison approach.
PLoS One. 2013 Nov 26;8(11)

Publications externes

Yu J, Picord G, Tufféry P, Guerois R.
HHalign-KBest: exploring sub-optimal alignments for remote homology comparative modeling
Bioinformatics. 2015 Dec 1;31(23):3850-2.

Yu J, Vavrusa M, Andreani J, Rey J, Tufféry P, Guerois R.
InterEvDock: A docking server to predict the structure of protein-protein interactions using evolutionary information.
Nucleic Acids Res. 2016 Jul 8;44(W1):W542-9.

Schmidtke P, Le Guilloux V, Maupetit J, Tufféry P.
fpocket: online tools for protein ensemble pocket detection and tracking.
Nucleic Acids Res. 2010 Jul;38(Web Server issue):W582-9.

Acuña R, Lacroix Z, Papandreou N, Chomilier J.
Protein intrachain contact prediction with most interacting residues (MIR).
Bio-Algorithms and Med-Systems 2014 Nov 27;10(4):227-242

Lonquety M, Lacroix Z, Papandreou N, and Chomilier J.
SPROUTS: a database for the evaluation of protein stability upon point mutation.
Nucleic Acids Res. 2009 Jan;37(Database issue):D374-9.

Publications avec le laboratoire d'hébergement

Labbé C, Rey J, Lagorce D, Vavruša M, Becot J, Sperandio O, Villoutreix B, Tufféry P, Miteva M.
MTiOpenScreen: a web server for structure-based virtual screening.
Nucleic Acids Res. 2015 Jul 1;43(W1):W448-54.

Lagorce D, Sperandio O, Baell JB, Miteva MA, Villoutreix BO.
FAF-Drugs3: a web server for compound property calculation and chemical library design.
Nucleic Acids Res. 2015 Jul 1;43(W1):W200-7.

Miteva MA, Guyon F, Tufféry P.
Frog2: Efficient 3D conformation ensemble generator for small compounds.
Nucleic Acids Res. 2010 Jul;38(Web Server issue):W622-7.

Développement

PEP-FOLD (APP)

Répartition des utilisateurs

Internationaux

81 %

Nationaux

14 %

Régionaux

3 %

Locaux

Description de la répartition :

La répartition présentée est celle de l'accès au portail Mobyle et donc aux accès via le Web.

Projets propres de la plateforme

Mobyle (2006-2014) : environnement de déploiement et d'execution automatisés sur le Web

MobyleNet (2009-2011) : réseau de portails Web

Collaborations

Projets d'ANR

IA Bioinformatique BipBip (Biology in processors Bayesian inference paradigm)

Projets européens et internationaux

Non renseigné

Projets avec des industriels

Non renseigné

Projets de collaboration non financés par un organisme extérieur

Non renseigné

Prestations de service non financés par un organisme extérieur

Non renseigné

Animations

Coordination du workpackage Bioinformatique Structurale du projet IFB

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