
PRABI-Lyon-Gerland
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PRABI-GerlandResponsable(s) scientifique
Responsable(s) opérationnel
Certificat(s)
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![]() Visites annuelles : 54 750 an
Visites uniques : Non renseignées
Citations : 97
Dernière mise à jour : 28-12-2016
euHCVdbDescriptionBase de données européenne du virus de l’Hépatite C Conditions d'accès(depuis mars 2005, 96445 entrées) |
![]() Visites annuelles : 743 an
Visites uniques : 3 681 an
Citations : 14
Dernière mise à jour : 28-12-2016
BYKdbDescriptionBase de données des tyrosine kinases bactériennes. Conditions d'accèshttps://bykdb.ibcp.fr (depuis juillet 2011) |
![]() Visites annuelles : 16 292 an
Visites uniques : 1 561 an
Citations : 18
Dernière mise à jour : 28-12-2016
HBVdbDescriptionBase de connaissances du virus de l’Hépatite B. Conditions d'accèshttps://hbvdb.ibcp.fr (depuis juillet 2012) |
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Visites uniques : 1 237 an
Citations : Non renseignées
Dernière mise à jour : 28-12-2016
BLC2dbDescriptionBase de données des protéines de la famille BCL-2 et des protéines BH3-only. Conditions d'accèshttps://bcl2db.ibcp.fr (depuis juillet 2013) |
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Visites uniques : 40 000 an
Citations : 2 892
Téléchargements : Non renseigné
ESPript/ENDscriptDescriptionConditions d'accèshttp://espript.ibcp.fr et http://endscript.ibcp.fr Le serveur ESPript/ENDscript est accessible gratuitement, via Internet et sans enregistrement, à la communauté scientifique pour un usage académique. |
![]() Visites annuelles : 16 419 an
Visites uniques : 5 837 an
Citations : 304
Téléchargements : Non renseigné
Geno3D@DescriptionModélisation par homologie automatisée de la structure tridimensionnelle des protéines. Conditions d'accèshttps://geno3d-prabi.ibcp.fr (depuis février 2001). |
![]() Visites annuelles : 480 414 an
Visites uniques : Non renseignées
Citations : 1 079
Téléchargements : Non renseigné
NPS@DescriptionServeur intégré d’analyse de séquences des protéines. Conditions d'accèshttps://npsa-prabi.ibcp.fr (depuis avril 1998). |
![]() Visites annuelles : 7 728 an
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Citations : 97
Téléchargements : Non renseigné
SuMODescriptionComparaisons par objets de surface et site de protéines. Conditions d'accès |
Domaines d'activité
- Biomédical
- Biotechnologie
- Biologie
Description des expertises
Prédiction de structure de protéines [G. Deléage]
Modélisation moléculaire [E. Bettler, G. Deléage, R. Terreux]
Intégration de méthodes et serveurs Web [C. Combet, G Deléage]
Serveur Web 3D [E. Bettler, G. Deléage]
Drug design et QSAR (R. Terreux, J.A. Chemelle)
Mots clefs: Bioinformatique structurale, Prédiction de structure, Base de données structurales, Analyse de séquences, Modélisation moléculaire, docking moléculaire.
Principaux sites web: https://prabi.ibcp.fr (site en cours de refonte)
https://geno3d-prabi.ibcp.fr/
https://npsa-prabi.ibcp.fr/
http://sumo-pbil.ibcp.fr
http://espript.ibcp.fr
http://endscript.ibcp.fr
Méthodes de prédiction des structures secondaires de protéines.
Plusieurs méthodes originales ont été développées, Self Optimized Prediction Method (SOPM), génère automatiquement à partir de cette base de donnée, une "sous-base" rassemblant les 60 à 80 protéines les plus homologues ou appartenant à la même classe structurale que la protéine
étudiée. En effet, des protéines homologues ont généralement une structure assez proche (30% d'identité indique une architecture semblable). Après une phase d'apprentissage automatique sur cette "sous-base", en particulier d'optimisation des paramètres, la prédiction de la structure de la protéine est réalisée. La version SOPMA tire bénéfice des alignements multiples. La méthode MLRC combine les réseaux de neurones avec la méthode SOPMA.
[SOPMA] Self optimised Prediction Method (1995)
[SOPM] Self optimised Prediction Method (1994)
[DPM] Double prediction Method (1987)
[MLRC] Multivariate Linear Regression Combination (1999)
[AMPHIPASEEK] Prediction of membrane anchor helical peptides (2006)
Intégration de methodes- Webiciels
Serveur NPS@
Le PRABI Gerland a développé le premier serveur de mail Français pour la prédiction de structures secondaires de protéines (80 000 prédictions en tout). Ensuite ces méthodes ont été intégrées dans [NPS@ 2000]. Le serveur est actuellement dans sa version 3. Dans le cadre de RENABI-IFB, ce serveur généraliste de séquences couplé aux prédictions de structures sera mis à jour en termes d’ergonomie, d’interface et de conception. Mise à disposition d’outils et de services en ligne correspondant aux domaines d’expertise du laboratoire d’accueil de la PF.
Serveur Web ESPript/ENDscript
A partir d’une protéine de structure connue (code ou fichier PDB), le serveur ENDscript produit, en quelques secondes et de manière automatisée, plusieurs illustrations téléchargeables dans des formats usuels (PostScript, PDF, PNG et TIFF) :
1/ Une première figure, générée par le logiciel ESPript, présente la séquence de la protéine d’intérêt agrémentée de ses éléments de structure secondaire, de l’accessibilité au solvant et de l’hydropathie par résidu. Si disponibles, sont aussi représentés les contacts cristallographiques et non-cristallographiques protéine/protéine et/ou protéine/ligand ainsi que les résidus impliqués dans des ponts disulfures.
2/ Une seconde figure ESPript montre, en plus des informations précédentes, un alignement multiple de séquences des protéines homologues coloré en fonction de la conservation des résidus et agrémenté des éléments de structure secondaire de ces dernières si leurs structures sont connues.
3/ Deux représentations 3D interactives visualisables par le logiciel PyMOL : a) une représentation en ruban, colorée en fonction de la conservation de séquence. b) une représentation en tube dont le diamètre est proportionnel à la déviation structurale (rmsd) entre la protéine d’intérêt et les protéines homologues de structure connue. De plus, si disponible, peuvent être affichés : l’assemblage de l’unité biologique, les modèles RMN multiples, les ligands et les résidus en contact avec ces derniers.
Le serveur ESPript permet, en complément d’ENDscript ou de manière autonome, de représenter des alignements multiples de séquences avec la possibilité d’ajouter des marqueurs définis par l’utilisateur de manière à produire des figures facilitant l’analyse ou dédiées aux communications scientifiques.
Modélisation moléculaire
Un serveur Web de modélisation moléculaire automatique de structure 3D de protéines appelé geno3D est disponible depsuis 2002 qui permet aux biologistes et biochimistes d'obtenir un modèle 3D de qualité si la séquence "query" présente plus de 35% d'identité avec une protéine de structure 3D connue. Le principe de cette modélisation consiste à appliquer les techniques de modélisation sous contraintes à la protéine à modéliser (de type RMN) à partir d'un jeu de contraintes calculées sur l'empreinte structurale. Plusieurs empreintes sont utilisables, le ligand (si présent) est replacé dans les modèles, 10 modèles sont générés. Les résultats sont proposés sous la forme d’une archive récupérable et les résultats sont conservés 8 jours sur le serveur. Ce serveur génère 100 modèles/mois. Un système intégré de modélisation moléculaire (MAGOS ) à grande échelle de protéomes entiers a été utilisé pour des protéomes de virus (modeome3D) et de plantes (arabidome3D).
Docking et sites 3D- chemo-informatique
Une méthode bioinformatique SUMO a été développée permettant de détecter des sites 3D fonctionnels communs à plusieurs protéines. L’approche a fait l’objet d’un brevet déposé par le CNRS et d'un serveur Web pour rendre utilisable la méthode par la communauté académique.
Dans un travail récent, nous avons réévalué les paramètres et avons montré que la qualité de comparaison était améliorée tout comme la rapidité du calcul. Cette méthode a été appliquée pour établir une classification des antibiotiques à noyau ß lactame.
Mots clés:
- Analyse de séquences
- Algorithmique des séquences
- Alignement (multiple) de séquences
- Annotation de séquences
- Recherche de motifs
- Prédiction d'homologie/orthologie
- Bioinformatique structurale
- Analyse des structures, recherche d'homologues et de motifs structuraux
- Prédictions des propriétés structurales
- Modélisation comparative et de novo de structures
- Modifications post-traductionnelles
Formation professionnelle
![]() Personnes formées : 36 personnes / an
Temps de formation : 2 jour(s) / an
Pas de nouvelle session prévue
Fc3-BioDescription1 à 4 séances de deux jours par an Conditions d'accèsNon renseigné |
Formation universitaire
![]() Aucun site web renseignéPersonnes formées : 230 personnes / an
Temps de formation : Non renseigné
Pas de nouvelle session prévue
TP de Modélisation moléculaire (QSAR, DOCKING)DescriptionFaculté de pharmacie, L2 Conditions d'accèsNon renseigné |
![]() Aucun site web renseignéPersonnes formées : 340 personnes / an
Temps de formation : Non renseigné
Pas de nouvelle session prévue
TP de bio-informatiqueDescription
Alignement multiple de séquence, utilisation de BLAST, FASTA, et Geno3D.
Faculté de pharmacie, L3 Conditions d'accèsNon renseigné |
Publications internes
Publications externes
Publications avec le laboratoire d'hébergement
Développement
Répartition des utilisateurs
Description de la répartition :
Cette répartition a été calculée à partir de l’usage des services offerts sur le Web.
Projets propres de la plateforme
Aucun (ou non renseigné)
Collaborations
Projets d'ANR
Projets européens et internationaux
Projets avec des industriels
Projets de collaboration non financés par un organisme extérieur
Prestations de service non financés par un organisme extérieur
Animations
La plateforme est étroitement associée à la recherche du laboratoire d’accueil car elle ne dispose pas de personnel affecté en propre.