PRABI-Lyon-Grenoble
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Adresse postale
43 boulevard du 11 Novembre 1918
Université Claude Bernard – Lyon 1 69622 Villeurbanne
Structure(s) :
CNRS
Unité :
LBBE, UMR 5558
Website
PRABI-DouaResponsable(s) scientifique
Responsable(s) opérationnel
Responsable opérationnel
Non renseignéCertificat(s)
Non renseigné
Equipe
- Perrière Guy
- Boussau Bastien
- Brochier Armanet Céline
- Charles Hubert
- Daubin Vincent
- De Vienne Damien
- Dray Stéphane
- Duret Laurent
- Fey Jonathan
- Flandrois Jean Pierre
- Fournier Amandine
- Gouy Manolo
- Gueguen Laurent
- Jacob Laurent
- Kahn Daniel
- Lacroix Vincent
- Lartillot Nicolas
- Lerat Emmanuelle
- Marais Gabriel
- Mary Arnaud
- Miele Vincent
- Penel Simon
- Picard Franck
- Sagot Marie France
- Siberchicot Aurélie
- Sinaimeri Blerina
- Tannier Eric
- Thioulouse Jean
- Veber Philippe
Type d'infrastructure
Propriétaire
Capacité de stockage
515.00 To
Ferme de calcul
1 032 cores
Collection de données
10
Heure de CPU
3 850 000 H / an
Outils bioinformatiques
120
Nombre d'utilisateurs
150
Description des serveurs
L’infrastructure informatique de la composante PRABI-Doua est commune avec celle de la composante PRABI-AMSB et elle comprend:
- Un serveur NFS.
- Un serveur postgreSQL,
- Trois serveurs Web (service général, ProDom et BiBI).
- Un serveur de soumission de tâches sur le cluster.
Cette i'infrastructure comprend également un cluster de calcul hébergé dans une salle machine séparée. Les caractéristiques de ce cluster sont les suivantes :
- 26 nœuds de calcul (dont deux avec 1 To de RAM).
- 96 processeurs
- 1032 cœurs/threads.
- 7 To RAM totale.
- 215 To utile de stockage haute performance (4 tiroirs Panasas PAS11).
- 300 To utiles de de stockage «froid» (baie Dell MD3060e + 1 PowerEdge R730.
Les services proposés comprennent l'accès aux banques de données de séquences «généralistes» (GenBank, EMBL, Ensembl, RefSeq, UniProt), à des banques de données spécialisées développées localement (ProDom, HOGENOM) ainsi qu'a un très large panel de programmes utilisés en bioinformatique.
Condition d'accès
Collaboration scientifique avec le PRABI-Doua ou le PRABI-AMSB. Dans ce cas l'accès aux cluster de calcul et aux moyens de stockage est gratuit.
Visites annuelles : 160 000 an
Visites uniques : Non renseignées
Citations : 800
Dernière mise à jour : 01-12-2015
ProDomDescriptionBase de données de domaines protéiques construite à partir des séquences d'UniProt Conditions d'accèsAccès libre en ligne |
Visites annuelles : 11 869 888 an
Visites uniques : 22 180 an
Citations : 231
Dernière mise à jour : 25-03-2013
HOGENOMDescriptionBanque de données de familles de gènes homologues Conditions d'accèsAccès libre en ligne. |
Visites annuelles : 109 556 an
Visites uniques : Non renseignées
Citations : 148
Dernière mise à jour : 04-03-2015
PRIAMDescriptionEnzyme-specific profiles for metabolic metabolic pathway prediction. Conditions d'accèsAccès en ligne gratuit. |
Visites annuelles : 154 145 an
Visites uniques : Non renseignées
Citations : 94
Téléchargements : Non renseigné
leBiBIDescriptionOnline system (associated with various sequence databases) devoted to bacterial taxonomic identification. Conditions d'accèsFree online access. |
Visites annuelles : Non renseignées
Visites uniques : Non renseignées
Citations : 3 066
Téléchargements : 21 450
SeaViewDescriptionSeaView is a multiplatform, graphical user interface for multiple sequence alignment and molecular phylogeny. Full description available from the software home page. Conditions d'accèsFreely downloadable software licensed under the GNU General Public Licence. |
Visites annuelles : Non renseignées
Visites uniques : Non renseignées
Citations : Non renseigné
Téléchargements : Non renseigné
seqinRDescriptionR library for sequence analysis. Full description available from the software home page. Conditions d'accèsFreely available for download from any CRAN (Comprehensive R Archive Network) mirror. |
Visites annuelles : Non renseignées
Visites uniques : Non renseignées
Citations : 1 350
Téléchargements : Non renseigné
ACNUCDescriptionSequence retrieval system for the nucleotide (GenBank, EMBL) and protein (UniProt) sequence databases and for many other systems following the same formats. Full description available froim the software home page. Conditions d'accèsFreely downloadable software licensed under the GNU General Public License (http://doua.prabi.fr/databases/acnuc) or on-line access through a web interafce (http://doua.prabi.fr/search/query_fam). |
Visites annuelles : Non renseignées
Visites uniques : Non renseignées
Citations : 1 993
Téléchargements : Non renseigné
ADE-4DescriptionR library for multivariate analysis and graphical display. Full description available from the software home page. Conditions d'accèsFreely available for download from any CRAN mirror. |
Domaines d'activité
- Biomédical
- Agro-alimentaire
- Environnement
- Biologie
Description des expertises
Les thématiques de recherche du PRABI-Doua s’organisent autour d’un point de vue méthodologique, qui affirme l’importance de la modélisation tant mathématique qu’informatique et d’une perspective évolutive qui organise les recherches indépendamment du niveau d’organisation biologique. C’est dans la synergie entre des problématiques biologiques propres et des développements méthodologiques que naît la plus grande part des résultats scientifiques de cette composante. Parmi les thématiques abordées figurent en particulier:
- Phylogénie et évolution moléculaire.
- Génomique comparative (organismes eucaryotes et procaryotes).
- Eléments transposables.
- Intreractions hôtes-parasites.
- Statistiques appliquées à l'écologie et l'évolution.
- Analyse statistique de données en grandes dimensions pour la génomique.
Mots clés:
- Analyse de séquences
- Algorithmique des séquences
- Biostatistiques
- Statistique descriptive
- Tests statistiques
- Régression
- Analyses multivariées
- Réduction de dimension
- Inférence et analyse des réseaux biologiques
- Développements technologiques de l‘Information et de la Communication
- Outils
- Interfaces, portails web
- Développement de workflows
- Données
- Bases de données et systèmes d’informations
- Environnements de calcul
- Cluster
- Cloud
- Ecologie
- Génétique des populations
- Biodiversité
- Ecologie microbienne
- Modélisation en écologie
- Evolution moléculaire
- Gènes et génomes
- Datation des spéciations
- Phylogénomique
- Arbre de la vie
- Super-arbres et réconciliations
- Détection de sélection
- Génomique comparative
- Comparaison des génomes
Formation professionnelle
Personnes formées : 8 personnes / an
Temps de formation : 4 jour(s) / an
Pas de nouvelle session prévue
Introduction to molecular phylogenyDescriptionTraining organized by CNRS Entreprises Conditions d'accèsSome knowledge in mathematics and statistics. |
Publications internes
Publications externes
Publications avec le laboratoire d'hébergement
Berthoumieux, S., Brilli, M., Kahn, D., de Jong, H. and Cinquemani, E. (2013) On the identifiability of metabolic network models. J. Math. Biol., 67, 1795-1832.
Bernard, E., Jacob, L., Mairal, J. and Vert, J.P. (2014) Efficient RNA isoform identification and quantification from RNA-Seq data with network flows. Bioinformatics, 30, 2447-2455.
Frenkel-Morgenstern, M., Gorohovski, A., Lacroix, V., Rogers, M., Ibanez, K., Boullosa, C., Andres Leon, E., Ben-Hur, A. and Valencia, A. (2013) ChiTaRS: a database of human mouse and fruit fly chimeric transcripts and RNA-sequencing data. Nucleic Acids Res., 41, D142-151.
Kim, S.Y., Jacob, L. and Speed, T.P. (2014) Combining calls from multiple somatic mutation-callers. BMC Bioinformatics, 15, 154.
Rajaraman, A., Tannier, E. and Chauve, C. (2013) FPSAC: fast phylogenetic scaffolding of ancient contigs. Bioinformatics, 29, 2987-2994.
Mirarab, S., Bayzid, M.S., Boussau, B. and Warnow, T. (2014) Statistical binning enables an accurate coalescent-based estimation of the avian tree. Science, 346, 1250463.
Uricaru, R., Rizk, G., Lacroix, V., Quillery, E., Plantard, O., Chikhi, R., Lemaitre, C. and Peterlongo, P. (2014) Reference-free detection of isolated SNPs. Nucleic Acids Res., 43, e11.
Sjostrand, J., Tofigh, A., Daubin, V., Arvestad, L., Sennblad, B. and Lagergren, J. (2014) A Bayesian method for analyzing lateral gene transfer. Syst. Biol., 63, 409-420.
Flandrois, J.P., Perrière, G. and Gouy, M. (2015) leBIBIQBPP: a set of databases and a webtool for automatic phylogenetic analysis of prokaryotic sequences. BMC Bioinformatics, 16, 251.
Anselmetti, Y., Berry, V., Chauve, C., Chateau, A., Tannier, E. and Berard, S. (2015) Ancestral gene synteny reconstruction improves extant species scaffolding. BMC genomics, 16(Suppl. 10), S11.
Baudet, C., Donati, B., Sinaimeri, B., Crescenzi, P., Gautier, C., Matias, C. and Sagot, M.F. (2015) Cophylogeny Reconstruction via an Approximate Bayesian Computation. Syst. Biol., 64, 416-431.
Biller, P., Guéguen, L. and Tannier, E. (2015) Moments of genome evolution by Double Cut-and-Join. BMC Bioinformatics, 16(Suppl. 14), S7.
Semeria, M., Tannier, E. and Guéguen, L. (2015) Probabilistic modeling of the evolution of gene synteny within reconciled phylogenies. BMC Bioinformatics, 16(Suppl. 14), S5.
Szöllosi, G.J., Tannier, E., Daubin, V. and Boussau, B. (2015) The inference of gene trees with species trees. Syst. Biol., 64, e42-62.
Donati, B., Baudet, C., Sinaimeri, B., Crescenzi, P. and Sagot, M.F. (2015) EUCALYPT: efficient tree reconciliation enumerator. Algo. Mol. Biol., 10, 3.
Bosi, E., Donati, B., Galardini, M., Brunetti, S., Sagot, M.F., Lio, P., Crescenzi, P., Fani, R. and Fondi, M. (2015) MEDUSA: a multi-draft based scaffolder. Bioinformatics, 31, 2443-2451.
Dray, S. and Josse, J. (2015) Principal component analysis with missing values: a comparative survey of methods. Plant Ecol., 216, 657-667.
Dray, S., Pavoine, S. and Aguirre de Carcer, D. (2015) Considering external information to improve the phylogenetic comparison of microbial communities: a new approach based on constrained Double Principal Coordinates Analysis (cDPCoA). Mol. Ecol. Resour., 15, 242-249.
Répartition des utilisateurs
Internationaux
0 %
Nationaux
0 %
Régionaux
15 %
Locaux
85%
Description de la répartition :
Les seuls services proposés par la composante PRABI-Doua correspondent aux service en ligne (accès aux banques de données, recherche de similarités, identification taxonomique, téléchargement de logiciels, etc.) ce qui explique le caractère international de l’accès.
Projets propres de la plateforme
Une vingtaine de logiciels développés et maintenus
Collaborations
Projets d'ANR
En moyenne 4 par an.
Projets européens et internationaux
Un ERC.
Projets avec des industriels
Projets de collaboration non financés par un organisme extérieur
Prestations de service non financés par un organisme extérieur
Non renseigné
Animations
Organisation de plusieurs séminaires ou workshop chaque année.
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