PRABI-AMSB

Adresse postale
Université Claude Bernard – Lyon 1
43 boulevard du 11 Novembre 1918 69622 Villeurbanne
Structure(s) :
CNRS
Unité :
Université Lyon 1
Website
PRABI-AMSB
Responsable(s) scientifique
Responsable Scientifique
Non renseigné
Responsable(s) opérationnel
Responsable opérationnel
Non renseigné
Certificat(s)
  • France-Génomique
  • Label IBiSA
Type d'infrastructure
Propriétaire
Capacité de stockage
515.00 To
Ferme de calcul
1 032 cores
Heure de CPU
3 800 000 H / an
Outils bioinformatiques
30
Nombre d'utilisateurs
150
Description des serveurs
L’infrastructure informatique de la composante PRABI-AMSB est commune avec celle de la composante PRABI-LBBE. 

Visites annuelles :
Non renseignées
Visites uniques :
Non renseignées
Citations :
Non renseignées
Dernière mise à jour :
01-03-2020

VirHostNet 2.0

Description

Une base de données dédiée à la biocuration et à l'intégration des interactions protéine-protéine virus/hôte.

Conditions d'accès
Domaines d'activité
  • Environnement
  • Biologie
Description des expertises

Les domaines de compétences du PRABI-AMSB comprennent la phylogénie moléculaire, les statistiques, l’écologie, la virologie et la microbiologie ainsi que l’analyse de données biomédicales. Par ailleurs les méthodologies utilisées sont celles de la génomique, la transcriptomique, la métagénomique/métatranscriptomique, ainsi que la biologie des systèmes.

Mots clés:
  • Analyse de données de séquençage NGS
  • Méthodologie
  • Assemblage de génomes et transcriptomes
  • Génomique (DNA-seq)
  • Analyse de génomes
  • Transcriptomique (RNA-seq)
  • Analyse différentielle de l’expression des gènes
  • Analyses de transcrits et transcrits variants
  • Analyse de variants
  • Génomes complets
  • Métagénomique, métatranscriptomique
  • Analyse de séquences
  • Algorithmique des séquences
  • Alignement (multiple) de séquences
  • Annotation de séquences
  • Recherche de motifs
  • Prédiction d'homologie/orthologie
  • Biologie des systèmes
  • Fonctionnement des systèmes biologiques complexes
  • Modélisation des réseaux de régulation
  • Modélisation des systèmes
  • Biostatistiques
  • Statistique descriptive
  • Tests statistiques
  • Régression
  • Analyses multivariées
  • Réduction de dimension
  • Curation de collections de données
  • Développements technologiques de l‘Information et de la Communication
  • Outils
  • Interfaces, portails web
  • Développement de workflows
  • Données
  • Bases de données et systèmes d’informations
  • Cluster
  • Cloud
  • Parallélisation
  • Ecologie
  • Biodiversité
  • Ecologie microbienne
  • Modélisation en écologie
  • Evolution et phylogénie
  • Evolution moléculaire
  • Gènes et génomes
  • Phylogénomique
  • Arbre de la vie
  • Super-arbres et réconciliations
  • Détection de sélection
  • Génomique comparative
  • Comparaison des génomes
  • Génomique : Puces
  • Métabolomique et fluxomique

Formation professionnelle

Personnes formées :
10 personnes / an
Temps de formation :
3 jour(s) / an
Prochaine session :
18-10-2017

Introduction au logiciel R

Description
Objectifs de la formation
  • Acquérir les compétences nécessaires à l’utilisation du logiciel R
  • Connaître les principales analyses statistiques nécessaires en biologie et les utiliser sous R
  • Réaliser des graphiques sous R
  • Connaitre les bibliothèques R utiles en Biologie
Conditions d'accès

Informations et inscriptions:

http://www.biosciencesco.fr/formation-continue/bio-informatique/formation-au-logiciel-r/

 

Personnes formées :
12 personnes / an
Temps de formation :
Non renseigné
Prochaine session :
15-11-2017

Analyse de données RNA-seq sous l’environnement Galaxy

Description
Objectifs de la formation
  • Acquérir les connaissances générales sur les méthodes de séquençage à haut-débit.
  • Connaître les caractéristiques des données obtenues dans le cadre de l’analyse du transcriptome (RNA-seq).
  • Savoir planifier une expérience simple de type RNA-seq en fonction de ses objectifs scientifiques et des caractéristiques et contraintes expérimentales.
  • Connaître les principales méthodes et outils d’analyse des données RNA-seq . Pouvoir les mettre en oeuvre dans un cas simple via un serveur web Galaxy.
  • Pouvoir visualiser les résultats dans un navigateur de génome.

Durée de la formation : 2,5 jours

Conditions d'accès

Informations et inscriptions:

http://www.biosciencesco.fr/formation-continue/bio-informatique/analyse-...

Publications internes
Publications externes
Billoir, E., V. Navratil, and B. J. Blaise, "Sample size calculation in metabolic phenotyping studies", Brief Bioinform, vol. 16, no. 5, pp. 813-9, Sep, 2015.
Guirimand, T., S. Delmotte, and V. Navratil, "VirHostNet 2.0: surfing on the web of virus/host molecular interactions data", Nucleic Acids Res, vol. 43, no. Database issue, pp. D583-7, Jan, 2015.
Publications avec le laboratoire d'hébergement
Remerciements
 
Répartition des utilisateurs
Internationaux
0 %
Nationaux
100 %
Régionaux
90 %
Locaux
80%
Description de la répartition :
Non renseigné
Projets propres de la plateforme
(2)

Aucun (ou non renseigné)

Collaborations
Projets d'ANR
Non renseigné
Projets européens et internationaux
Non renseigné
Projets avec des industriels
Non renseigné
Projets de collaboration non financés par un organisme extérieur
Non renseigné
Prestations de service non financés par un organisme extérieur
Non renseigné
Animations
Non renseigné
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