

PRABI-AMSB
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Adresse postale
Structure(s) :
Unité :
Website
PRABI-AMSBResponsable(s) scientifique
Responsable(s) opérationnel
Certificat(s)
- France-Génomique
- Label IBiSA
Type d'infrastructure
Capacité de stockage
Ferme de calcul
Heure de CPU
Outils bioinformatiques
Nombre d'utilisateurs
Description des serveurs
![]() Visites annuelles : Non renseignées
Visites uniques : Non renseignées
Citations : Non renseignées
Dernière mise à jour : 01-03-2020
VirHostNet 2.0DescriptionUne base de données dédiée à la biocuration et à l'intégration des interactions protéine-protéine virus/hôte. Conditions d'accès |
Domaines d'activité
- Environnement
- Biologie
Description des expertises
Les domaines de compétences du PRABI-AMSB comprennent la phylogénie moléculaire, les statistiques, l’écologie, la virologie et la microbiologie ainsi que l’analyse de données biomédicales. Par ailleurs les méthodologies utilisées sont celles de la génomique, la transcriptomique, la métagénomique/métatranscriptomique, ainsi que la biologie des systèmes.
Mots clés:
- Analyse de données de séquençage NGS
- Méthodologie
- Assemblage de génomes et transcriptomes
- Génomique (DNA-seq)
- Analyse de génomes
- Transcriptomique (RNA-seq)
- Analyse différentielle de l’expression des gènes
- Analyses de transcrits et transcrits variants
- Analyse de variants
- Génomes complets
- Métagénomique, métatranscriptomique
- Analyse de séquences
- Algorithmique des séquences
- Alignement (multiple) de séquences
- Annotation de séquences
- Recherche de motifs
- Prédiction d'homologie/orthologie
- Biologie des systèmes
- Fonctionnement des systèmes biologiques complexes
- Modélisation des réseaux de régulation
- Modélisation des systèmes
- Biostatistiques
- Statistique descriptive
- Tests statistiques
- Régression
- Analyses multivariées
- Réduction de dimension
- Curation de collections de données
- Développements technologiques de l‘Information et de la Communication
- Outils
- Interfaces, portails web
- Développement de workflows
- Données
- Bases de données et systèmes d’informations
- Cluster
- Cloud
- Parallélisation
- Ecologie
- Biodiversité
- Ecologie microbienne
- Modélisation en écologie
- Evolution et phylogénie
- Evolution moléculaire
- Gènes et génomes
- Phylogénomique
- Arbre de la vie
- Super-arbres et réconciliations
- Détection de sélection
- Génomique comparative
- Comparaison des génomes
- Génomique : Puces
- Métabolomique et fluxomique
Formation professionnelle
![]() Personnes formées : 10 personnes / an
Temps de formation : 3 jour(s) / an
Prochaine session : 18-10-2017
Introduction au logiciel RDescription
Objectifs de la formation
Conditions d'accèsInformations et inscriptions: http://www.biosciencesco.fr/formation-continue/bio-informatique/formation-au-logiciel-r/
|
![]() Personnes formées : 12 personnes / an
Temps de formation : Non renseigné
Prochaine session : 15-11-2017
Analyse de données RNA-seq sous l’environnement GalaxyDescription
Objectifs de la formation
Durée de la formation : 2,5 jours Conditions d'accèsInformations et inscriptions: http://www.biosciencesco.fr/formation-continue/bio-informatique/analyse-... |
Publications internes
Publications externes
Publications avec le laboratoire d'hébergement
Remerciements
Répartition des utilisateurs
Description de la répartition :
Projets propres de la plateforme
Aucun (ou non renseigné)