

MicroScope
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Adresse postale
Structure(s) :
Unité :
Website
MicroScopeResponsable(s) scientifique
Responsable(s) opérationnel
Certificat(s)
- France-Génomique
- ISO 9001
- Label IBiSA
- NF X50-900
![]() Visites annuelles : 55 000 an
Visites uniques : 11 000 an
Citations : 910
Téléchargements : Non renseigné
MicroScopeDescriptionLocated at Genoscope (CEA sequencing center for environmental genomics), the LABGeM bioinformatics team has developed MicroScope, a web-based platform for prokaryotic genome analysis and expert functional annotation. MicroScope combines tools and graphical interfaces to analyze genomes and to perform manual curation of gene function in a comparative and metabolic context. This platform provides data from completed and ongoing genome projects together with post-genomic experiments (i.e. transcriptomics, re-sequencing of evolved strains) allowing users to improve the understanding of gene functions. Expert annotations are continuously gathered in the MicroScope database contributing to the improvement of the quality of microbial genome annotations, and thus to the predicted metabolic networks. MicroScope can be used as a community resource for comparative analysis and annotation of publicly available genomes but also as a private resource with restricted access rights on genomic data. In addition, we regularly hold professional trainings sessions on the use of MicroScope platform. Conditions d'accès
Service features:
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Domaines d'activité
- Biomédical
- Agro-alimentaire
- Environnement
- Biotechnologie
Description des expertises
- Tools and databases for bacterial genome annotation and comparative genomics
- Metabolic network reconstruction
- Curation of metabolic data
- Discovery of new enzymatic activities
- Quantitative transcriptomics via RNA-seq
- Variant analysis
- Pangenomics and (meta)genomics analyses
Mots clés:
- Analyse de données de séquençage NGS
- Méthodologie
- Alignements de lectures sur des génomes
- Génomique (DNA-seq)
- Analyse de génomes
- Transcriptomique (RNA-seq)
- Analyse différentielle de l’expression des gènes
- Analyses de transcrits et transcrits variants
- Analyse de variants
- Génomes complets
- Métagénomique, métatranscriptomique
- Algorithmique des séquences
- Alignement (multiple) de séquences
- Annotation de séquences
- Recherche de motifs
- Prédiction d'homologie/orthologie
- Apprentissage automatique
- Extraction de connaissances
- Intégration de données hétérogènes
- Représentation des connaissances
- Biologie des systèmes
- Modélisation des réseaux métaboliques
- Modélisation des systèmes
- Curation de collections de données
- Développements technologiques de l‘Information et de la Communication
- Outils
- Intégration d'outils
- Interopérabilité
- Interfaces, portails web
- Développement de workflows
- Intégration de données
- Gestion et transfert de données
- Bases de données et systèmes d’informations
- Génomique comparative
- Comparaison des génomes
- Comparaison des voies fonctionnelles et régulatrices
Formation professionnelle
![]() Personnes formées : 30 personnes / an
Temps de formation : 10 jour(s) / an
Pas de nouvelle session prévue
Formations à la plate-forme MicroscopeDescriptionThe LABGeM team at Genoscope regularly organizes training courses dedicated to the analysis of bacterial genomes via the use of the MicroScope platform at the University of Évry.
Each session is made up of half theory and half practical work. During the training, participants have the opportunity to work on their own data during practical work.
Conditions d'accèsFor more information and registration : https://labgem.genoscope.cns.fr/professional-trainings/microscope-professional-trainings/. |
Formation universitaire
![]() Personnes formées : 50 personnes / an
Temps de formation : Non renseigné
Pas de nouvelle session prévue
Formation universitaireDescriptionLABGeM's researchers are involved in different training programs in collaboration with :
Conditions d'accèsNon renseigné |
Publications internes
Vallenet, D., Belda, E., Calteau, A., Cruveiller, S., Engelen, S., Lajus, A., Le Fevre, F., Longin, C., Mornico, D., Roche, D., Rouy, Z., Salvignol, G., Scarpelli, C., Thil Smith, A. A., Weiman, M. & Médigue, C. (2013).
"MicroScope--an integrated microbial resource for the curation and comparative analysis of genomic and metabolic data." Nucleic Acids Res 41(Database issue): D636-647.
Belda, E., Sekowska, A., Le Fevre, F., Morgat, A., Mornico, D., Ouzounis, C., Vallenet, D., Médigue, C. & Danchin, A. (2013). "An updated metabolic view of the Bacillus subtilis 168 genome." Microbiology 159(Pt 4): 757-770.
Publications externes
Publications avec le laboratoire d'hébergement
Répartition des utilisateurs
Description de la répartition :
From <400 user accounts in 2006, MicroScope counts >4200 personal accounts at present time. The number of registered users has doubled since 2013, and the platform has even widened its international popularity with 64% of accounts outside France.
Many international projects are conducted through the platform involving users from distant geographic areas. Although authentication is not required to navigate in MicroScope, it allows users to annotate genes and save data on their personal session.
On average per month, we count 360 active accounts (i.e. the user logged in at least once in the month).
Projets propres de la plateforme
- Tools for bacterial genome annotation and comparative genomics
- Metabolic network reconstruction
- Curation of metabolic data
- Discovery of new enzymatic activities
- Quantitative transcriptomics via RNA-seq
- Variant analysis
- Pangenomics and (meta)genomics analyses
Collaborations
Projets d'ANR
REPLICOLSCOPE (ANR GENOM 2011-2015) ; VIBRIOGEN: (ANR Blanc 2011-2015) ; SHAPE (ANR BioAdapt 2012-2016) ; BugInACell (ANR Blanc 013-2017) ; BLUE ENZYMES (ANR “Sécurité alimentaire et défi démographique” 2014-2018) ; MOPAD (projet BPI 2014-2017)
France Génomique (FG) - Développements méthodologiques pour le workpackage 2.7.2 de FG: annotation et analyse de métagénomes (2012-2016)
Institut Français de Bioinformatique (IFB) – Développements méthodologiques pour la thématique “Microbial bioinformatics” de l’IFB (2013-2016)
SYNBIOWATCH (NRBC programme transversal du CEA 2011-2015)
Projets européens et internationaux
MetaCat (EU ERA NET 2015) ; ELIXIR (WS « Data and Resources »)
Projets avec des industriels
Contrat de service avec DANONE RESEARCH (depuis 2010)
MOPAD (projet BPI en partenariat avec LIMAGRAIN & BIOVITIS Sept. 2014-2017)