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Structure(s) :
Unité :
Responsable(s) scientifique
Responsable(s) opérationnel
Certificat(s)
Type d'infrastructure
Capacité de stockage
Ferme de calcul
Nombre d'utilisateurs
Description des serveurs
Cluster : 300 CPU cores (2.4 GHz Intel Xeon) + 8 GPU (Nvidia Tesla K40M)
Databases : MySQL, PostgreSQL
Tools : NAMD, Autodock, Gold, Hex, Parafit, KBDOCK, Kpax, ECDomainMiner, Coron, Knime
Condition d'accès
Compte local requis pour faire tourner les calculs lourds ou les logiciels commerciaux ; libre accès externe pour Hex, KBDOCK, Kpax
![]() Visites annuelles : 3 600 an
Visites uniques : Non renseignées
Citations : 36
Dernière mise à jour : 18-01-2017
KBDOCKDescription3D database system that defines and spatially clusters protein binding sites for knowledge-based protein docking Conditions d'accèsFree service : no login or registration required. |
![]() Visites annuelles : 18 000 an
Visites uniques : 5 000 an
Citations : 720
Téléchargements : 43 000
HexDescriptionAb initio rigid body protein-protein docking. Conditions d'accèsFree licence for academic use |
![]() Visites annuelles : 5 000 an
Visites uniques : Non renseignées
Citations : 266
Téléchargements : 0
HexServerDescriptionAb initio rigid body protein-protein docking using GPU. Conditions d'accèsFree service: no login or registration required |
![]() Visites annuelles : 400 an
Visites uniques : 50 an
Citations : 15
Téléchargements : 200
KpaxDescriptionFast protein structure alignment (pairwise, multiple, flexible) and database search (e.g. CATH, SCOP, ECOD, Pfam). Conditions d'accèsNo-cost licence for academic use. |
Domaines d'activité
- Biomédical
- Biologie
Description des expertises
1. La modélisation 3D des protéines et de leurs interactions, avec en particulier la simulation de dynamiques moléculaires (logiciel NAMD), et la mise à disposition de programmes ultra-rapides de docking rigide et de comparaison de formes, exécutés sur des clusters mixtes (CPU et GPU).
2. L’extraction de connaissances à partir de données biologiques ou biomédicales, avec en particulier la mise en œuvre de méthodes de fouille de données symboliques et/ou relationnelles, en utilisant une suite logicielle construite dans l’équipe Orpailleur autour de la recherche de motifs fréquents et de l’analyse formelle de concept (suite CORON), ainsi que des workflows d’apprentissage (à partir de la plateforme KNIME).
Mots clés:
- Bioinformatique structurale
- Modélisation des interactions protéines/protéines, protéines/peptides et protéines/acides nucléiques
Publications internes
Publications externes
R. Gerbier, V. Leroux, P. Couvineau, R. Alvear-Perez, B. Maigret, C. Llorens- Cortes, X. Iturrioz, “New structural insights into the apelin receptor: identification of key residues for apelin binding”, FASEB Journal 29, 1, January 2015, p. 314–322.
T. Bourquard, F. Landomiel, E. Reiter, P. Crépieux, D. W. Ritchie, J. Azé, A. Poupon, “Unraveling the molecular architecture of a G protein-coupled receptor/ - arrestin/Erk module complex”, Scientific Reports, June 2015, p. 5:10760. http://hal-lirmm.ccsd.cnrs.fr/lirmm-01162594.
Ferrari F, Paris C, Maigret B, Bidouil C, Delaunay S, Humeau C, Chevalot I. Molecular rules for chemo- and regio-selectivity of Candida antarctica lipase B in peptide acylation reactions. Journal of Molecular Catalysis B – Enzymatic. 2014 101:122-132.
S. Roselli, A. Olry, S. Vautrin, O. Coriton, D.W. Ritchie, G. Galati, N. Navrot, C. Krieger, G. Vialart, H. Bergès, F. , Bourgaud, A. Hehn (2017). A bacterial artificial chromosome (BAC) genomic approach reveals partial clustering of the furanocoumarin pathway genes in parsnip. The Plant Journal, in press. DOI: 10.1111/tpj.13450.
C. Ambroset, C. Coluzzi, G. Guédon, M.-D. Devignes, V. Leroux, T. Lacroix, S. Payot, N. Leblond-Bourget. New Insights into the Classification and Integration Specificity of Streptococcus Integrative Conjugative Elements through Extensive Genome Exploration. Frontiers. Microbiology, 2016, 6:1483. DOI: 10.3389/FMICB.2015.01483.
E. Bresso, V. Leroux, M. Urban, K. E. Hammond-Kosack, B. Maigret, N. F. Martins. Structure-based virtual screening of hypothetical inhibitors of the enzyme longiborneol synthase—a potential target to reduce Fusarium head blight disease. Journal of Molecular Modeling, 2016, 22(7) DOI: 10.1007/s00894-016-3021-1.
M. Martins, E. Bresso, R. C. Togawa, M. Urban, J. Antoniw, B. Maigret, K. Hammond-Kosack. Searching for Novel Targets to Control Wheat Head Blight Disease – Protein Identification, 3D Modeling and Virtual Screening, in Advances in Microbiology, 2016, 6(11): 811-830. DOI: 10.4236/aim.2016.611079.
H. De Almeida, V. Leroux, F. N. Motta, P. G Rellier, B. Maigret, J. M. Santana, I. M. D. Bastos. Identification of novel Trypanosoma cruzi prolyl oligopeptidase inhibitors by structure-based virtual screening. Journal of Computer-Aided Molecular Design, 2016 DOI: 10.1007/S10822-016-9985-1.
Publications avec le laboratoire d'hébergement
V. Pérez-Nueno, A. S. Karaboga, M. Souchet, D. Ritchie, “GESSE: Predicting Drug Side Effects from Drug–Target Relationships”, Journal of Chemical Information and Modeling 55, 9, August 2015, p. 1804–1823, https://hal.inria.fr/hal-01216493.
M. El Houasli, B. Maigret, M.-D. Devignes, A. W. Ghoorah, S. Grudinin, D.W. Ritchie (2016). Modeling and Minimising CAPRI Round 30 Symmetrical Protein Complexes from CASP-11 Structural Models. Proteins, Structure, Function, Bioinformatics, 2016, 84, in press. DOI: 10.1002/prot.25182.
A.W. Ghoorah, M.-D. Devignes, M. Smail-Tabbone, D.W. Ritchie. Classification and Exploration of 3D Protein Domain Interactions Using Kbdock. In Methods in Molecular Biology 1415 - Data Mining Techniques for the Life Sciences (Eds. O. Carugo and F. Eisenhaber), 2016, 2, 91-105.
Développement
Répartition des utilisateurs
Description de la répartition :
Ces chiffres sont des estimations car aucun login n'est nécessaire pour utiliser Hex ou KBDOCK, par exemple, qui sont principalement utilisés par des utilisateurs externes.
Projets propres de la plateforme
Mise en place de l'environnement de travail Galaxy (CDD IFB Antoine Chemardin)
Collaborations
Projets d'ANR
ANR: ANR-11-MONU-006-01/2/3 to: S. Grudinin, D.W. Ritchie, V. Gordeliy, 01/11/11-30/10/15, €358K. PEPSI – Expansions Polynomiales de Structures de Protéines et Interactions.
Projets européens et internationaux
Collaboration avec le Brésil (via l'accueil de doctorants et de chercheurs invités pour travailler 1 à 6 mois sur la plateforme MBI): University of Mato Grosso State, University of Maringá, Embrapa, and University of Brasilia. Criblage virtuel de molécules anti-fongiques.
Projets avec des industriels
Collaboration avec la start-up Harmonic Pharma qui utilise ponctuellement les ressources de calcul, dans le cadre des projets BioProLor (Projet AME Lorraine : 2009-2013) et Le Bois Santé (projet FUI-14 : 2013-2015).
Projets de collaboration non financés par un organisme extérieur
Prestations de service non financés par un organisme extérieur
Animations
Organised conference : SFCi 2013 6èmes journées de la Société Française de Chémoinformatique
(SFCi) http://sfci2013.loria.fr/
Organised workshop : Journée Charles Hermite – Inférence Ancestrale et Relations Évolutives en
Biologie http://www.fr-hermite.univ-lorraine.fr/content/Journee-scientifique-FCH-...
Organised workshop : « Computational Challenges in Structural Biology »
http://ccsb2012.loria.fr/