Genotoul-bioinfo
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- Gerer mes utilisateurs
Adresse postale
24 Chemin de Borde Rouge 31326 Castanet Tolosan
Structure(s) :
Non renseignée
Unité :
MIAT 0875
Website
http://bioinfo.genotoul.fr/Responsable(s) scientifique
Responsable(s) opérationnel
Responsable opérationnel
Non renseignéCertificat(s)
- CATI / CTAI
- CNOC (INRA)
- France-Génomique
- ISO 9001
- Label IBiSA
- NF X50-900
- PF stratégique nationale INRA
Type d'infrastructure
Propriétaire
Capacité de stockage
3 200.00 To
Ferme de calcul
2 984 cores
Heure de CPU
20 000 000 H / an
Outils bioinformatiques
650
Nombre d'utilisateurs
850
Description des serveurs
● Stockage scratch HPC
→ 900 Tera Octets utiles
→ 25 Giga bits / seconde
● Stockage NAS
→ 3 baies ISILON (au total 1.8 Peta Octets utiles)
→ 2 baies COMPELLENT/FLUIDFS (au total 450 Tera Octets utiles)
→ Au total 3.2 Peta Octets utiles
The platform has about twenty physical servers complemented by seventy-five virtual servers that provide the login services, development, inputs / outputs, relational databases, genomic databases, administration, supervision, web, virtualization, backup, project hosting, bioinformatics software. The primary server, serving as access to users is called "genologin."
Some examples (not exhaustive) web services hosted by the platform: NG6, galaxy, rnaspace, peroxibase, phyleasprog, Multalin, framed, MetExplore, Iccare, blast, emboss, BioMAJ ...
Additionally we host (formalization by convention) data, web sites or information systems or other platforms other research teams in the region: get-Plage, biochip, Anexplo, TOXALIM, hsern, sigenae: gbf , LRSV, genphyse
Some details:
● Cluster computing
- 64 nodes IVYBRIDGE (20c) = 1280 cores (2560 threads), 16 Tera Octets RAM
- 48 nodes BROADWELL (32c) = 1536 cores (3072 threads), 12 Tera Octets RAM
- 1 node SMP1 = 120 coeurs, 3 Tera Octets RAM
- 1 node SMP2 = 48 coeurs, 1.5 Tera Octets RAM
- Interconnection Infiniband (QDR) QDR (40Gbs) / FDR (56 Gbs)
● HPC Storage
→ 900 Tera Octets useful
→ 25 Giga bits / seconde
● NAS Storage
→ 3 bays ISILON (au total 1.8 Peta Octets useful)
→ 2 bays COMPELLENT/FLUIDFS (total of 450 Tera Octets useful)
→ total of 3.2 Peta Octets useful
● Server Virtualization
→ farm Vmware 3 servers
→ Bay DELL-MD discs (SAN mode) 40TB
→ 75 hosted virtual machines
Condition d'accès
Free access for academic, paying for private companies.
Quotas (saved, not saved) set up for storage and the number of hours of calculation for academic (250GB respectively; 1TB and 100000h) and the private (the calculation - 500 hours - to test the infrastructure).
For storage, ability to "rent" disk space from 1TB for academic people.
Visites annuelles : 11 561 an
Visites uniques : 8 952 an
Citations : 14
Téléchargements : Non renseigné
DgeniesDescriptionD-GENIES is a standalone and WEB application performing large genome alignments using minimap2 software package and generating interactive dot plots. It enables users to sort query sequences along the reference , zoom in the plot and download several image, alignment or sequence files. D-GENIES is an easy to install open source software package (GPL) developed in Python and JavaScript. Conditions d'accèsD-GENIES is an easy-to-install, open-source software package (GPL) developed in Python and JavaScript. The source code is freely available at https://github.com/genotoul-bioinfo/dgenies and it can be tested at http://dgenies.toulouse.inra.fr/. |
Visites annuelles : Non renseignées
Visites uniques : Non renseignées
Citations : 14
Téléchargements : Non renseigné
mixkernelDescriptionKernel-based methods are powerful methods for integrating heterogeneous types of data. mixKernel aims at providing methods to combine kernel for unsupervised exploratory analysis. Different solutions are provided to compute a meta-kernel, in a consensus way or in a way that best preserves the original topology of the data. mixKernel also integrates kernel PCA to visualize similarities between samples in a non linear space and from the multiple source point of view. Functions to assess and display important variables are also provided in the package. Conditions d'accèsmixKernel is freely available on CRAN. It is fully compatible with the mixOmics package and a tutorial describing the approach can be found on mixOmics web site. |
Visites annuelles : Non renseignées
Visites uniques : Non renseignées
Citations : Non renseigné
Téléchargements : 1 124
JvennDescriptionA javascript plugin for venn diagrams. A demo is available here: http://bioinfo.genotoul.fr/jvenn/example.html Conditions d'accèsThe software package is available under the GNU General Public License (GPL) and can be downloaded from the gitlab forgemia : https://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/jvenn. |
Visites annuelles : 4 720 an
Visites uniques : 2 250 an
Citations : 17
Téléchargements : 1 982
RNAbrowse nouvelle versionDescription35 instances including 10 Sigenae. Conditions d'accèsThe software package is available under the GNU General Public License (GPL) and can be downloaded from the gitlab formia : https://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/ngspipelines. |
Visites annuelles : 17 558 an
Visites uniques : 14 318 an
Citations : 27
Téléchargements : Non renseigné
RNAspaceDescriptionRNAspace is a platform which aims at providing an integrated environment for non-coding RNA annotation. Conditions d'accèsRNAspace is an open source project. It is developed in Python. It is copyrighted with the GNU General Public License, and is free (in the GNU sense) for all to use, and is in constant development. RNAspace is hosted at Sourceforge. It is also available as a web server at rnaspace.org |
Visites annuelles : 33 094 an
Visites uniques : 18 359 an
Citations : 40
Téléchargements : 1 543
NG6DescriptionThe platform works in tight collaboration with the GeT sequencing platform for the management and the analysis of data produced by their Roche 454 and Illumina HiSeq sequencers. Conditions d'accèsThe NG6 code is freely available on the gitlab formia : https://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/ng6. To ease the installation, the package and all its dependencies are also available as a virtual machine. Installing and maintaining the system would require expertise in Linux system administration. |
Visites annuelles : 9 963 an
Visites uniques : 4 112 an
Citations : 6
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Galaxy (piloté par Sigenae)DescriptionGalaxy is a workbench available for biologists from Sigenae Platform. Galaxy objectives are:
Conditions d'accèsAvailable on a web site with login and password. |
Visites annuelles : 325 an
Visites uniques : 194 an
Citations : Non renseigné
Téléchargements : Non renseigné
Interface web blastDescriptionConditions d'accèsAvailable on the web site. |
Visites annuelles : 14 274 an
Visites uniques : 10 059 an
Citations : Non renseigné
Téléchargements : Non renseigné
Interface web EmbossDescriptionemboss tools interface. Conditions d'accèsSite web |
Visites annuelles : Non renseignées
Visites uniques : Non renseignées
Citations : 2
Téléchargements : 1 357
JFlowDescriptionWorkflow management system in JS using Makeflow/Weaver Conditions d'accèsThe software package is available under the GNU General Public License (GPL) and can be downloaded from the gitlab forgemia : https://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/jflow. |
Domaines d'activité
- Biomédical
- Agro-alimentaire
- Environnement
- Biotechnologie
- Biologie
Description des expertises
The areas of expertise of GenoToul bioinfo platform are:
- The processing of data from the high-throughput sequencing: assembly, annotation, analysis of expression (RNAseq, de novo RNAseq, sRNAseq), metagenomics analysis of variants, méthylSeq.
- Bioinformatics analysis of ncRNA: annotation, prediction, search targets, in archaea, bacteria, plants and animals.
Mots clés:
- Analyse de données de séquençage NGS
- Génomique (DNA-seq)
- Analyse de génomes
- Annotation structurale et fonctionnelle des génomes
- Transcriptomique (RNA-seq)
- Analyse différentielle de l’expression des gènes
- Analyses de transcrits et transcrits variants
- Analyse de variants
- Exomes
- Génomes complets
- Petits et longs ARN non-codants
- Profils de méthylation
- Métagénomique, métatranscriptomique
- Analyse de séquences
- Alignement (multiple) de séquences
- Annotation de séquences
- Recherche de motifs
- Prédiction d'homologie/orthologie
- Biostatistiques
- Statistique descriptive
- Tests statistiques
- Régression
- Analyses multivariées
- Interopérabilité
- Interfaces, portails web
- Développement de workflows
- Cluster
- Evolution et phylogénie
- Evolution moléculaire
- Phylogénomique
- Détection de sélection
- Génomique comparative
- Comparaison des génomes
Formation professionnelle
Personnes formées : 10 personnes / an
Temps de formation : 1 jour(s) / an
Prochaine session : 14-10-2019
Linux/UnixDescriptionCette formation présente les points suivants : comment accéder à la plate‐forme, comment utiliser un environnement Unix, comment créer et manipuler et transférer des fichiers en ligne de commande de votre ordinateur à notre cluster et réciproquement. Cette formation est issue d'une collaboration entre les plateformes Bioinfo Genotoul et Sigenae. Conditions d'accèsS’inscrire (via le site web) et payer 165 euros la journée pour un académique et 550 euros la journée pour un privé. |
Personnes formées : 10 personnes / an
Temps de formation : 1 jour(s) / an
Prochaine session : 15-10-2019
ClusterDescriptionCette formation explique comment on se sert du cluster et des banques de données installées sur la plate-forme. Vous apprendre comment lancer des jobs sur le cluster en parrallèle et comment suivre leur exécution. Cette formation est issue d'une collaboration entre les plateformes Bioinfo Genotoul et Sigenae. Conditions d'accèsS’inscrire (via le site web) et payer 165 euros la journée pour un académique et 550 euros la journée pour un privé |
Personnes formées : 10 personnes / an
Temps de formation : 1 jour(s) / an
Pas de nouvelle session prévue
Read alignment and SNP callingDescriptionThis training session, organized jointly with the Sigenae platform, is designed to help you deal with NGS data, in particular Roche 454 and Illumina Solexa technologies. You will discover the new sequence formats, the new assembly formats and the known biases of these technologies. You will use mapping on reference genome software, polymorphisms detection (with the GATK pipeline), polymorphisms annotation and alignment visualization software. Organized jointly by the Sigenae and bioinfo genotoul platforms. Conditions d'accèsYou need to register (via the website) and pay 165 euros a day for academic and 550 euros a day for a private. |
Personnes formées : 10 personnes / an
Temps de formation : 1 jour(s) / an
Pas de nouvelle session prévue
RNASeq alignment and transcripts assemblies with statisticsDescriptionThis training session is designed to help you deal with sequences from the SGS (Second Generation Sequencing) particularly Illumina platforms (GAIIx, HiSeq). You will discover the new sequence file formats, learn about the usual biases of this data type and run different kind of analysis such as spliced alignment on a reference genome, novel gene and transcript discovery, expression quantification of the genes and transcripts. Organized jointly by the Sigenae and bioinfo genotoul platforms. Conditions d'accèsYou need to register (via the website) and pay 165 euros a day for academic and 550 euros a day for a private. |
Personnes formées : 10 personnes / an
Temps de formation : 1 jour(s) / an
Pas de nouvelle session prévue
sRNASeqDescriptionLors de cette formation, après une présentation des formats, nous abordons le nettoyage des séquences, l’alignement sur un génome de référence, la détection et l’annotation des miRNA connus et non encore répertoriés et la quantification de leur expression. Cette formation est issue d'une collaboration entre les plateformes Bioinfo Genotoul et Sigenae et l'unité MIAT. Conditions d'accèsS’inscrire (via le site web) et payer 165 euros la journée pour un académique et 550 euros la journée pour un privé. |
Personnes formées : 0 personnes / an
Temps de formation : 0 jour(s) / an
Pas de nouvelle session prévue
RNAseq de novo assemblyDescriptionThis training session has been designed to give you an overview of the methods and tools used to de novo assemble transcriptomic short reads. You will learn how to pre-process your raw data (fastq files), how an assembler works and how to use it. Finally you will learn how to assess the quality of your assemblies in order to choose the best one. Organized jointly by the Sigenae and bioinfo genotoul platforms. Conditions d'accèsYou need to register (via the website) and pay 165 euros a day for academic and 550 euros a day for a private. |
Personnes formées : 10 personnes / an
Temps de formation : 1 jour(s) / an
Pas de nouvelle session prévue
Sequences alignment and phylogenyDescriptionIl s’agit d’une initiation à l’étude de l’évolution des séquences. Cette formation ne nécessite pas de connaître la ligne de commande. Les apprenants, au cours de cette journée, constituent leur set de données, effectuent l’alignement, le vérifient et le corrigent. Cette première étape conditionne l'obtention d'un arbre de bonne qualité. Organisée par le CATI Bios4Biol. Conditions d'accèsS’inscrire (via le site web) et payer 165 euros la journée pour un académique et 550 euros la journée pour un privé. |
Personnes formées : 10 personnes / an
Temps de formation : 1 jour(s) / an
Pas de nouvelle session prévue
Methods for phylogenetics trees constructionDescriptionAu cours de cette formation, nous présentons les différents modèles d’évolution de séquences et comment choisir celui qui convient le mieux. Nous présentons aussi les différentes méthodes d’inférence phylogénétique ainsi que les tests de robustesse de l’arbre. Organisée par le CATI Bios4Biol. Conditions d'accèsS’inscrire (via le site web) et payer 165 euros la journée pour un académique et 550 euros la journée pour un privé. |
Personnes formées : 10 personnes / an
Temps de formation : 1 jour(s) / an
Pas de nouvelle session prévue
Phylogenomy and selection pressureDescription
il s’agit de deux demi-journées séparées. Une demie-‐journée sur les aspects phylogénomiques et une demi-journée sur la détection de pression de sélection. Sur les aspects phylogénomiques nous traiterons des problèmes liés à l’échantillonnage des gènes et des espèces et nous mettrons en oeuvre différentes méthodes d’inférence phylogénomiques basées sur les séquences. Nous discuterons des méthodes basées sur d’autres caractéristiques génomiques. Organisée par le CATI Bios4Biol.
La partie consacrée à la détection de sélection dans un alignement de séquences se fera avec le logiciel PAML4. Conditions d'accèsS’inscrire (via le site web) et payer 165 euros la journée pour un académique et 550 euros la journée pour un privé. |
Personnes formées : 20 personnes / an
Temps de formation : 2 jour(s) / an
Pas de nouvelle session prévue
Galaxy : first stepDescriptionLe programme de cette introduction à Galaxy est le suivant : présentation de Galaxy, se connecter à l’instance toulousaine, commencer à utiliser certains outils bioinformatiques standards, la gestion des fichiers dans galaxy. Découvrir les bonnes pratiques dans Galaxy. Cette formation est issue d'une collaboration entre les plateformes Bioinfo Genotoul et Sigenae. Conditions d'accèsS’inscrire (via le site web) et payer 165 euros la journée pour un académique et 550 euros la journée pour un privé. |
Personnes formées : 20 personnes / an
Temps de formation : 2 jour(s) / an
Prochaine session : 08-10-2018
Galaxy : Reads alignment and SNP callingDescriptionidem formation ligne de commande mais avec galaxy. Cette formation est issue d'une collaboration entre les plateformes Bioinfo Genotoul et Sigenae. Conditions d'accèsS’inscrire (via le site web) et payer 165 euros la journée pour un académique et 550 euros la journée pour un privé. |
Personnes formées : 20 personnes / an
Temps de formation : 2 jour(s) / an
Pas de nouvelle session prévue
Galaxy : RNASeq alignment and transcripts assembliesDescriptionidem formation ligne de commande mais avec galaxy. Cette formation est issue d'une collaboration entre les plateformes Bioinfo Genotoul et Sigenae. Conditions d'accèsS’inscrire (via le site web) et payer 165 euros la journée pour un académique et 550 euros la journée pour un privé. |
Personnes formées : 10 personnes / an
Temps de formation : 1 jour(s) / an
Pas de nouvelle session prévue
Galaxy : sRNAseqDescriptionidem formation ligne de commandes mais avec Galaxy. Cette formation est issue d'une collaboration entre les plateformes Bioinfo Genotoul et Sigenae. Conditions d'accèsS’inscrire (via le site web) et payer 165 euros la journée pour un académique et 550 euros la journée pour un privé. |
Personnes formées : 20 personnes / an
Temps de formation : 8 jour(s) / an
Prochaine session : 01-07-2019
FROGS formation : tools for bioinformatics and statistics analyses with amplicon metagenomics dataDescriptionThe Toulouse Genopole bioinformatics platform, Sigenae and NED (GenPhySE) organize a series of training courses to familiarize yourself with the various resources it provides. These resources are currently: the hardware infrastructure, biological data banks and widely used bioinformatics softwares. This training session, organized by Bioinfo Genotoul, Sigenae and NED (GenPhySE), is designed to help you to deal with NGS data of 16S, 18S … DNA produced with MiSeq from Illumina and Roche 454 technologies in the Galaxy workbench. You will discover how to use our Galaxy instance, clean reads, clusterize them, do the taxonomic affiliation and perform statistics to interpret your results with the FROGS pipeline (http://frogs.toulouse.inra.fr/).
Conditions d'accèsS’inscrire (via le site web) et payer 165 euros la journée pour un académique et 550 euros la journée pour un privé. |
Personnes formées : 10 personnes / an
Temps de formation : 1 jour(s) / an
Prochaine session : 17-10-2019
RNASeq alignment and transcripts assembliesDescriptionThis training session is designed to help you deal with sequences from the SGS (Second Generation Sequencing) particularly Illumina platforms (GAIIx, HiSeq). You will discover the new sequence file formats, learn about the usual biases of this data type and run different kind of analysis such as spliced alignment on a reference genome, novel gene and transcript discovery, expression quantification of the genes and transcripts. Organized jointly by the MIAT unit and bioinfo genotoul platforms. Conditions d'accèsYou need to register (via the website) and pay 165 euros a day for academic and 550 euros a day for a private. |
Formation universitaire
Aucun site web renseignéPersonnes formées : 12 personnes / an
Temps de formation : 6 jour(s) / an
Pas de nouvelle session prévue
Master Bioinfo ToulouseDescriptionCette formation est issue d'une collaboration entre les plateformes Bioinfo Genotoul et Sigenae. Conditions d'accèsNon renseigné |
Publications internes
Nous ne mentionnons ici que les publications en lien direct avec la PF. Voir par exemple aussi les publications de l’équipe Sigenae, qui s’appuie sur les équipements de la PF pour l’hébergement de son SI et la réalisation de ses traitements : http://www.sigenae.org/index.php?id=156
Mariette J, Noirot C, Nabihoudine I, Bardou P, Hoede C, Djari A, Cabau C, Klopp C. (2014) RNAbrowse: RNA-Seq De Novo Assembly Results Browser. PLoS ONE 9(5): e96821. doi: 10.1371/journal.pone.0096821.
Philippe Bardou, Jérôme Mariette, Frédéric Escudié, Christophe Djemiel and Christophe Klopp. jvenn: an interactive Venn diagram viewer. BMC Bioinformatics 2014, 15:293 doi:10.1186/1471-2105-15-293.
Jérôme Mariette, Frédéric Escudié, Philippe Bardou, Ibouniyamine Nabihoudine, Céline Noirot, Marie-Stéphane Trotard, Christine Gaspin and Christophe Klopp. Jflow: a workflow management system for web applications. Bioinformatics. 2015. doi 10.1093/bioinformatics/btv589
Jérôme Mariette, Madalina Olteanu, Nathalie Villa-Vialaneix. 2016. Efficient interpretable variants of online SOM for large dissimilarity data. Neurocomputing. doi:10.1016/j.neucom.2016.11.014.
Escudié F, Auer L, Bernard M, Mariadassou M, Cauquil L, Vidal K, Maman S, Hernandez-Raquet G, Combes S, Pascal G. FROGS: Find, Rapidly, OTUs with Galaxy Solution. Bioinformatics. 2018 Apr 15;34(8):1287-1294. doi: 10.1093/bioinformatics/btx791. PubMed PMID: 29228191
Mariette J, Villa-Vialaneix N. Unsupervised multiple kernel learning for heterogeneous data integration. Bioinformatics. 2018 Mar 15;34(6):1009-1015. doi: 10.1093/bioinformatics/btx682. PubMed PMID: 29077792.
Mariette, J. and Villa-Vialaneix, N. Unsupervised multiple kernel learning for heterogeneous data integration. Bioinformatics. 2017. btx682. doi: 10.1093/bioinformatics/btx682
Mariette, J., Olteanu, M. and Villa-Vialaneix, N., Efficient interpretable variants of online SOM for large dissimilarity data. Neurocomputing, 225, pp.31-48., 2017; doi:10.1016/j.neucom.2016.11.014.
Publications externes
Belkorchia A, Pombert JF, Polonais V, Parisot N, Delbac F, Brugère JF, Peyret P, Gaspin C, Peyretaillade E. Comparative genomics of microsporidian genomes reveals a minimal non-coding RNA set and new insights for transcription in minimal eukaryotic genomes. DNA Res. 2017 Jun 1;24(3):251-260
Urriza MG, Gassie C, Bouchez O, Klopp C, Guyoneaud R. Draft Genome Sequence of Desulfovibrio BerOc1, a Mercury-Methylating Strain. Genome Announc. 2017;5: e01483-16. doi:10.1128/genomeA.01483-16
Panicz R, Klopp C, Igielski R, Hofsoe P, Sadowski J, Coller Jr JA. Tench (Tinca tinca) high-throughput transcriptomics reveal feed dependent gut profiles. Aquaculture. 2017;479: 200–207. doi:10.1016/j.aquaculture.2017.05.047
Nouwen N, Arrighi J-F, Cartieaux F, Chaintreuil C, Gully D, Klopp C, et al. The role of rhizobial (NifV) and plant (FEN1) homocitrate synthases in Aeschynomene /photosynthetic Bradyrhizobium symbiosis. Scientific Reports. 2017;7: 448. doi:10.1038/s41598-017-00559-0
Murat F, Armero A, Pont C, Klopp C, Salse J. Reconstructing the genome of the most recent common ancestor of flowering plants. Nat Genet. 2017;49: 490–496. doi:10.1038/ng.3813
Mercière M, Boulord R, Carasco-Lacombe C, Klopp C, Lee Y-P, Tan JS, et al. About Ganoderma boninense in oil palm plantations of Sumatra and peninsular Malaysia: Ancient population expansion, extensive gene flow and large scale dispersion ability. Fungal Biology. 2017; doi:10.1016/j.funbio.2017.01.001
Jean-Yves Mazzitelli, Elsa Bonnafe, Christophe Klopp, Frédéric Escudier and Florence Geret. De novo transcriptome sequencing and analysis of freshwater snail (Radix balthica) to discover genes and pathways affected by exposure to oxazepam. Ecotoxicology. 2017;26: 127–140. doi:10.1007/s10646-016-1748-1
Cabau C, Escudié F, Djari A, Guiguen Y, Bobe J, Klopp C. Compacting and correcting Trinity and Oases RNA-Seq de novo assemblies. PeerJ. 2017;5: e2988. doi:10.7717/peerj.2988
Jadwiga Rzeznik-Orignac, Dimitri Kalenitchenko, Jérôme Mariette, Jean-Yves Bodiou, Nadine Le Bris, Evelyne Derelle. Comparison of meiofaunal diversity by combined morphological and molecular approaches in a shallow Mediterranean sediment. Marine Biology. 2017; 164:40. doi:10.1007/s00227-017-3074-4
Christophe Bécavin, Mikael Koutero, Nicolas Tchitchek, Franck Cerutti, Pierre Lechat, Nicolas Maillet, Claire Hoede, Hélène Chiapello, Christine Gaspin, Pascale Cossart. Listeriomics: an Interactive Web Platform for Systems Biology of Listeria. mSystems Mar 2017, 2 (2) e00186-16; DOI: 10.1128/mSystems.00186-16.
Laura Payton, Mickael Perrigault, Claire Hoede, Jean-Charles Massabuau, Mohamedou Sow, Arnaud Huvet, Floriane Boullot, Caroline Fabioux, Hélène Hegaret & Damien Tran; Remodeling of the cycling transcriptome of the oyster Crassostrea gigas by the harmful algae Alexandrium minutum; Scientific Reports | 7: 3480 | 2017; DOI:10.1038/s41598-017-03797;
Noé Cochetel, Frédéric Escudié, Sarah Jane Cookson, Zhanwu Dai, Philippe Vivin, Pierre-François Bert, Mindy Stephania Muñoz, Serge Delrot, Christophe Klopp, Nathalie Ollat, Virginie Lauvergeat; Root transcriptomic responses of grafted grapevines to heterogeneous nitrogen availability depend on rootstock genotype. J Exp Bot; 2017; doi: 10.1093/jxb/erx224
Gaulin E, Pel MJC, Camborde L, San-Clemente H, Courbier S, Dupouy MA, Lengellé J, Veyssiere M, Le Ru A, Grandjean F, Cordaux R, Moumen B, Gilbert C, Cano LM, Aury JM, Guy J, Wincker P, Bouchez O, Klopp C, Dumas B. Genomics analysis of Aphanomyces spp. identifies a new class of oomycete effector associated with host adaptation. BMC Biol. 2018 Apr 18;16(1):43. doi: 10.1186/s12915-018-0508-5. PubMed PMID: 29669603; PubMed Central PMCID: PMC5907361
Choque E, Klopp C, Valiere S, Raynal J, Mathieu F. Whole-genome sequencing of Aspergillus tubingensis G131 and overview of its secondary metabolism potential. BMC Genomics. 2018 Mar 15;19(1):200. doi: 10.1186/s12864-018-4574-4. PubMed PMID:29703136
Fumey J, Hinaux H, Noirot C, Thermes C, Rétaux S, Casane D. Evidence for late Pleistocene origin of Astyanax mexicanus cavefish. BMC Evol Biol. 2018 Apr 18;18(1):43. doi: 10.1186/s12862-018-1156-7. PubMed PMID: 29665771; PubMed Central PMCID: PMC5905186
Plomion C, Aury JM, Amselem J, Leroy T, Murat F, Duplessis S, Faye S, Francillonne N, Labadie K, Le Provost G, Lesur I, Bartholomé J, Faivre-Rampant P, Kohler A, Leplé JC, Chantret N, Chen J, Diévart A, Alaeitabar T, Barbe V, Belser C, Bergès H, Bodénès C, Bogeat-Triboulot MB, Bouffaud ML, Brachi B, Chancerel E, Cohen D, Couloux A, Da Silva C, Dossat C, Ehrenmann F, Gaspin C, Grima-Pettenati J, Guichoux E, Hecker A, Herrmann S, Hugueney P, Hummel I, Klopp C, Lalanne C, Lascoux M, Lasserre E, Lemainque A, Desprez-Loustau ML, Luyten I, Madoui MA, Mangenot S, Marchal C, Maumus F, Mercier J, Michotey C, Panaud O, Picault N, Rouhier N, Rué O, Rustenholz C, Salin F, Soler M, Tarkka M, Velt A, Zanne AE, Martin F, Wincker P, Quesneville H, Kremer A, Salse J. Oak genome reveals facets of long lifespan. Nat Plants. 2018 Jun 18. doi: 10.1038/s41477-018-0172-3. PubMed PMID: 29915331.
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Dominguez Del Angel V, Hjerde E, Sterck L, Capella-Gutierrez S, Notredame C, Vinnere Pettersson O, Amselem J, Bouri L, Bocs S, Klopp C, Gibrat JF, Vlasova A, Leskosek BL, Soler L, Binzer-Panchal M, Lantz H. Ten steps to get started in Genome Assembly and Annotation. F1000Res. 2018 Feb 5;7. pii: ELIXIR-148. doi: 10.12688/f1000research.13598.1. eCollection 2018. PubMed PMID: 29568489; PubMed Central PMCID: PMC5850084.
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Publications avec le laboratoire d'hébergement
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Mariette, J., Olteanu, M. and Villa-Vialaneix, N., Efficient interpretable variants of online SOM for large dissimilarity data. Neurocomputing, 225, pp.31-48.; 2017; doi:10.1016/j.neucom.2016.11.014.
Mariette, J. and Villa-Vialaneix, N. Unsupervised multiple kernel learning for heterogeneous data integration. Bioinformatics. 2017. btx682. doi: 10.1093/bioinformatics/btx682
Mariette J, Villa-Vialaneix N. Unsupervised multiple kernel learning for heterogeneous data integration. Bioinformatics. 2018 Mar 15;34(6):1009-1015. doi: 10.1093/bioinformatics/btx682. PubMed PMID: 29077792.
Remerciements
Publications 2017 : http://bioinfo.genotoul.fr/index.php/about-us/publications-2/2017-2/
Publications 2018 : http://bioinfo.genotoul.fr/index.php/about-us/publications-2/2018-2/
Répartition des utilisateurs
Internationaux
1 %
Nationaux
52 %
Régionaux
10 %
Locaux
37%
Description de la répartition :
Non renseigné
Projets propres de la plateforme
(10)
1 active and 9 in the maintenance
Collaborations
Projets d'ANR
(4)
Currently 4 ANR projects, 1 LABEX, 1 FEDE4R / Région Occitanie.
Projets européens et internationaux
(1)
Salhostrop accepted in 2016
Projets avec des industriels
Quelques locations de CPU et de stockage
Projets de collaboration non financés par un organisme extérieur
(36)
Prestations de service non financés par un organisme extérieur
(0)
Non renseigné
Animations
- Regional Day bioinfo / biostat (1 / year since 2009 except in 2013)
⁃ JOBIM '13 (Participation of the whole team in the organization of this event)
⁃ Workshop "Bioinformatics of ncRNA"
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