Genotoul-bioinfo

Adresse postale
24 Chemin de Borde Rouge 31326 Castanet Tolosan
Structure(s) :
Non renseignée
Unité :
MIAT 0875
Responsable(s) scientifique
Responsable Scientifique
Non renseigné
Responsable(s) opérationnel
Responsable opérationnel
Non renseigné
Certificat(s)
  • CATI / CTAI
  • CNOC (INRA)
  • France-Génomique
  • ISO 9001
  • Label IBiSA
  • NF X50-900
  • PF stratégique nationale INRA
Type d'infrastructure
Propriétaire
Capacité de stockage
4 247.00 To
Ferme de calcul
3 040 cores
Heure de CPU
50 000 000 H / an
Outils bioinformatiques
758
Nombre d'utilisateurs
950
Description des serveurs
The platform has about twenty physical servers complemented by seventy-five virtual servers that provide the login services, development, inputs / outputs, relational databases, genomic databases, administration, supervision, web, virtualization, backup, project hosting, bioinformatics software. The primary server, serving as access to users is called "genologin."
Some examples (not exhaustive) web services hosted by the platform: NG6, galaxy, rnaspace, peroxibase, phyleasprog, Multalin, framed, MetExplore, Iccare, blast, emboss, BioMAJ ...
Additionally we host (formalization by convention) data, web sites or information systems or other platforms other research teams in the region: get-Plage, biochip, Anexplo, TOXALIM, hsern, sigenae: gbf , LRSV, genphyse
Some details:
● Cluster computing
  • 64 nodes IVYBRIDGE (20c) = 1280 cores (2560 threads), 16 Tera Octets RAM
  • 48 nodes BROADWELL (32c) = 1536 cores (3072 threads), 16 Tera Octets RAM
  • 1 node SMP1 = 48c /96 threads, 1.5 Tera Octets RAM
  • 1 node SMP2 = 96c / 192 threads, 3 Tera Octets RAM
  • Interconnection Infiniband (QDR) QDR (40Gbs) / FDR (56 Gbs)

● HPC Storage
→ 5 Peta Octets utiles (Spectrum Scale)
● NAS Storage
→ 3 bays ISILON (au total 1.8 Peta Octets useful)
→ 1 bay COMPELLENT/FLUIDFS (total of 300 Tera Octets useful)

● Server Virtualization
→ farm Vmware V6.7 3 servers
→ Bay DELL-MD discs (SAN mode) 40TB
→ 75 hosted virtual machines 

 

Condition d'accès

Free access for academic, paying for private companies.
Quotas (saved, not saved) set up for storage and the number of hours of calculation for academic (250GB respectively; 1TB and 100000h) and the private (the calculation - 500 hours - to test the infrastructure).
For storage, ability to "rent" disk space from 1TB for academic people.

Visites annuelles :
27 508 an
Visites uniques :
16 856 an
Citations :
42
Téléchargements :
Non renseigné

Dgenies

Description

D-GENIES is a standalone and WEB application performing large genome alignments using minimap2 software package and generating interactive dot plots. It enables users to sort query sequences along the reference , zoom in the plot and download several image, alignment or sequence files. D-GENIES is an easy to install open source software package (GPL) developed in Python and JavaScript.

Conditions d'accès

D-GENIES is an easy-to-install, open-source software package (GPL) developed in Python and JavaScript. The source code is freely available at https://github.com/genotoul-bioinfo/dgenies and it can be tested at http://dgenies.toulouse.inra.fr/.

Visites annuelles :
Non renseignées
Visites uniques :
Non renseignées
Citations :
13
Téléchargements :
Non renseigné

mixkernel

Description

Kernel-based methods are powerful methods for integrating heterogeneous types of data. mixKernel aims at providing methods to combine kernel for unsupervised exploratory analysis. Different solutions are provided to compute a meta-kernel, in a consensus way or in a way that best preserves the original topology of the data. mixKernel also integrates kernel PCA to visualize similarities between samples in a non linear space and from the multiple source point of view. Functions to assess and display important variables are also provided in the package.

Conditions d'accès

mixKernel is freely available on CRAN. It is fully compatible with the mixOmics package and a tutorial describing the approach can be found on mixOmics web site.

Visites annuelles :
37 976 an
Visites uniques :
69 155 an
Citations :
223
Téléchargements :
Non renseigné

Jvenn

Description

A javascript plugin for venn diagrams.

A demo is available here: http://bioinfo.genotoul.fr/jvenn/example.html

Conditions d'accès

The software package is available under the GNU General Public License (GPL) and can be downloaded from the gitlab forgemia : https://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/jvenn.

Visites annuelles :
Non renseignées
Visites uniques :
Non renseignées
Citations :
15
Téléchargements :
Non renseigné

RNAbrowse nouvelle version

Description

35 instances including 10 Sigenae.
Transcriptome analysis based on a de novo assembly of next generation RNA sequences is now performed routinely in many laboratories. The generated results, including contig sequences, quantification figures, functional annotations and variation discovery outputs are usually bulky and quiet diverse. RNAbrowse is an user oriented storage and visualisation environment permitting to explore the data in a top-down manner, going from general graphical views to all possible details. The software package is based on biomart, easy to install and populate with local data.

Conditions d'accès

The software package is available under the GNU General Public License (GPL) and can be downloaded from the gitlab formia : https://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/ngspipelines.
Available on web sites for users.

Visites annuelles :
11 183 an
Visites uniques :
7 544 an
Citations :
31
Téléchargements :
Non renseigné

RNAspace

Description

RNAspace is a platform which aims at providing an integrated environment for non-coding RNA annotation.
The increasing number of ncRNA discovered since 2000 and the lack of user friendly tools for finding and annotating them, have made necessary to propose to biologists an in silico environment allowing structural and functional annotations of these molecules with regard to available protein genes annotation environments.
RNAspace makes available a variety of ncRNA gene finders and ncRNA databases as well as user-friendly tools to explore computed results including comparison, visualization and edition of putative RNAs. RNAspace also allows to export putative RNAs in various formats.

Conditions d'accès

RNAspace is an open source project. It is developed in Python. It is copyrighted with the GNU General Public License, and is free (in the GNU sense) for all to use, and is in constant development. RNAspace is hosted at Sourceforge. It is also available as a web server at rnaspace.org

Visites annuelles :
28 559 an
Visites uniques :
14 823 an
Citations :
26
Téléchargements :
Non renseigné

NG6

Description

The platform works in tight collaboration with the GeT sequencing platform for the management and the analysis of data produced by their Roche 454 and Illumina HiSeq sequencers.
NG6 is an extensible sequencing provider oriented LIMS. It includes read quality control and first level analysis processes which ease the data validation made jointly by the sequencing facility staff ant the end-users. It provides a secured user-friendly interface to visualize and download the raw sequences files and the analysis results.

Conditions d'accès

The NG6 code is freely available on the gitlab formia : https://forgemia.inra.fr/genotoul-bioinfo/ng6. To ease the installation, the package and all its dependencies are also available as a virtual machine. Installing and maintaining the system would require expertise in Linux system administration.
Available by the web site for users

Visites annuelles :
2 085 an
Visites uniques :
286 an
Citations :
48
Téléchargements :
Non renseigné

Galaxy (piloté par Sigenae)

Description

Galaxy is a workbench available for biologists from Sigenae Platform. Galaxy objectives are:

  • Make bioinfo Linux tools accessible to biogists.
  • Hide the complexity of the infrastructure.
  • Allow creation, execution and sharing of workflows.
Conditions d'accès

Available on a web site with login and password.

Visites annuelles :
765 an
Visites uniques :
689 an
Citations :
Non renseigné
Téléchargements :
Non renseigné

Interface web blast

Description

Web blast interface

Conditions d'accès

Available on the web site.

Visites annuelles :
662 an
Visites uniques :
468 an
Citations :
Non renseigné
Téléchargements :
Non renseigné

Interface web Emboss

Description

emboss tools interface.

Conditions d'accès

Site web

Domaines d'activité
  • Biomédical
  • Agro-alimentaire
  • Environnement
  • Biotechnologie
  • Biologie
Description des expertises

The areas of expertise of GenoToul bioinfo platform are:
- The processing of data from the high-throughput sequencing: assembly, annotation, analysis of expression (RNAseq, de novo RNAseq, sRNAseq), metagenomics analysis of variants, epigenetic.
- Bioinformatics analysis of ncRNA: annotation, prediction, search targets, in archaea, bacteria, plants and animals.

- Biostatistic : integration of heterogeneous data

Mots clés:
  • Analyse de données de séquençage NGS
  • Méthodologie
  • Assemblage de génomes et transcriptomes
  • Alignements de lectures sur des génomes
  • Génomique (DNA-seq)
  • Analyse de génomes
  • Annotation structurale et fonctionnelle des génomes
  • Transcriptomique (RNA-seq)
  • Analyse différentielle de l’expression des gènes
  • Analyses de transcrits et transcrits variants
  • Analyse de variants
  • Exomes
  • Génomes complets
  • Petits et longs ARN non-codants
  • Profils de méthylation
  • Métagénomique, métatranscriptomique
  • Analyse de séquences
  • Alignement (multiple) de séquences
  • Annotation de séquences
  • Recherche de motifs
  • Prédiction d'homologie/orthologie
  • Biostatistiques
  • Statistique descriptive
  • Tests statistiques
  • Régression
  • Analyses multivariées
  • Interopérabilité
  • Interfaces, portails web
  • Développement de workflows
  • Intégration de données
  • Cluster
  • Evolution et phylogénie
  • Evolution moléculaire
  • Phylogénomique
  • Détection de sélection
  • Génomique comparative
  • Comparaison des génomes

Formation professionnelle

Personnes formées :
10 personnes / an
Temps de formation :
1 jour(s) / an
Prochaine session :
14-10-2019

Linux/Unix

Description

Cette formation présente les points suivants : comment   accéder   à   la   plate­‐forme,   comment   utiliser   un environnement Unix, comment créer et manipuler et transférer des fichiers en ligne de commande de votre ordinateur à notre cluster et réciproquement. Cette formation est issue d'une collaboration entre les plateformes Bioinfo Genotoul et Sigenae.

Conditions d'accès

S’inscrire (via le site web) et payer 165 euros la journée pour un académique et 550 euros la journée pour un privé.

Personnes formées :
10 personnes / an
Temps de formation :
1 jour(s) / an
Prochaine session :
15-10-2019

Cluster

Description

Cette formation explique comment on se sert du cluster et des banques de données installées sur la plate-forme. Vous apprendre comment   lancer   des   jobs   sur   le  cluster en parrallèle et comment suivre leur exécution. Cette formation est issue d'une collaboration entre les plateformes Bioinfo Genotoul et Sigenae.

Conditions d'accès

S’inscrire (via le site web) et payer 165 euros la journée pour un académique et 550 euros la journée pour un privé

Personnes formées :
10 personnes / an
Temps de formation :
1 jour(s) / an
Pas de nouvelle session prévue

Read alignment and SNP calling

Description

This training session, organized jointly with the Sigenae platform, is designed to help you deal with NGS data, in particular Roche 454 and Illumina Solexa technologies. You will discover the new sequence formats, the new assembly formats and the known biases of these technologies. You will use mapping on reference genome software, polymorphisms detection (with the GATK pipeline), polymorphisms annotation and alignment visualization software. Organized jointly by the Sigenae and bioinfo genotoul platforms.

Conditions d'accès

You need to register (via the website) and pay 165 euros a day for academic and 550 euros a day for a private.

Personnes formées :
10 personnes / an
Temps de formation :
1 jour(s) / an
Pas de nouvelle session prévue

RNASeq alignment and transcripts assemblies with statistics

Description

This training session is designed to help you deal with sequences from the SGS (Second Generation Sequencing) particularly Illumina platforms (GAIIx, HiSeq). You will discover the new sequence file formats, learn about the usual biases of this data type and run different kind of analysis such as spliced alignment on a reference genome, novel gene and transcript discovery, expression quantification of the genes and transcripts. Organized jointly by the Sigenae and bioinfo genotoul platforms.

Conditions d'accès

You need to register (via the website) and pay 165 euros a day for academic and 550 euros a day for a private.

Personnes formées :
10 personnes / an
Temps de formation :
1 jour(s) / an
Pas de nouvelle session prévue

sRNASeq

Description

Lors de cette formation, après une présentation des  formats, nous abordons le nettoyage des séquences, l’alignement sur un génome de référence, la détection et l’annotation des miRNA connus et non encore répertoriés et la quantification de leur expression. Cette formation est issue d'une collaboration entre les plateformes Bioinfo Genotoul et Sigenae et l'unité MIAT.

Conditions d'accès

S’inscrire (via le site web) et payer 165 euros la journée pour un académique et 550 euros la journée pour un privé.

Personnes formées :
0 personnes / an
Temps de formation :
0 jour(s) / an
Pas de nouvelle session prévue

RNAseq de novo assembly

Description

This training session has been designed to give you an overview of the methods and tools used to de novo assemble transcriptomic short reads. You will learn how to pre-process your raw data (fastq files), how an assembler works and how to use it. Finally you will learn how to assess the quality of your assemblies in order to choose the best one. Organized jointly by the Sigenae and bioinfo genotoul platforms.

Conditions d'accès

You need to register (via the website) and pay 165 euros a day for academic and 550 euros a day for a private.

Personnes formées :
10 personnes / an
Temps de formation :
1 jour(s) / an
Pas de nouvelle session prévue

Sequences alignment and phylogeny

Description

Il  s’agit  d’une initiation à l’étude de l’évolution des séquences. Cette formation ne nécessite pas de connaître la ligne de commande. Les apprenants, au cours de cette journée, constituent leur set de données, effectuent l’alignement, le vérifient et le corrigent. Cette première étape conditionne l'obtention d'un arbre de bonne qualité. Organisée par le CATI Bios4Biol.

Conditions d'accès

S’inscrire (via le site web) et payer 165 euros la journée pour un académique et 550 euros la journée pour un privé.

Personnes formées :
10 personnes / an
Temps de formation :
1 jour(s) / an
Pas de nouvelle session prévue

Methods for phylogenetics trees construction

Description

Au cours de cette formation, nous présentons les différents modèles d’évolution de séquences et comment choisir celui qui convient le mieux. Nous présentons aussi les différentes méthodes d’inférence phylogénétique ainsi que les tests de robustesse de l’arbre. Organisée par le CATI Bios4Biol.

Conditions d'accès

S’inscrire (via le site web) et payer 165 euros la journée pour un académique et 550 euros la journée pour un privé.

Personnes formées :
10 personnes / an
Temps de formation :
1 jour(s) / an
Pas de nouvelle session prévue

Phylogenomy and selection pressure

Description
il s’agit de deux demi-­journées  séparées.  Une  demie-‐journée   sur  les  aspects phylogénomiques   et  une  demi-­journée   sur  la   détection   de pression  de sélection.  Sur les aspects  phylogénomiques  nous traiterons des problèmes liés à  l’échantillonnage  des gènes et des espèces et nous mettrons  en oeuvre différentes méthodes d’inférence  phylogénomiques  basées  sur les séquences.  Nous discuterons des méthodes basées sur d’autres caractéristiques génomiques. Organisée par le CATI Bios4Biol.

La  partie  consacrée  à  la  détection  de  sélection dans un alignement de séquences se fera avec le logiciel PAML4.

Conditions d'accès

S’inscrire (via le site web) et payer 165 euros la journée pour un académique et 550 euros la journée pour un privé.

Personnes formées :
20 personnes / an
Temps de formation :
2 jour(s) / an
Pas de nouvelle session prévue

Galaxy : first step

Description

Le programme de cette introduction à Galaxy est le suivant : présentation de Galaxy, se connecter à l’instance toulousaine, commencer à utiliser certains outils bioinformatiques standards, la gestion des fichiers dans galaxy. Découvrir les bonnes pratiques dans Galaxy. Cette formation est issue d'une collaboration entre les plateformes Bioinfo Genotoul et Sigenae.

Conditions d'accès

S’inscrire (via le site web) et payer 165 euros la journée pour un académique et 550 euros la journée pour un privé.

Personnes formées :
20 personnes / an
Temps de formation :
2 jour(s) / an
Prochaine session :
08-10-2018

Galaxy : Reads alignment and SNP calling

Description

idem formation ligne de commande mais avec galaxy. Cette formation est issue d'une collaboration entre les plateformes Bioinfo Genotoul et Sigenae.

Conditions d'accès

S’inscrire (via le site web) et payer 165 euros la journée pour un académique et 550 euros la journée pour un privé.

Personnes formées :
20 personnes / an
Temps de formation :
2 jour(s) / an
Pas de nouvelle session prévue

Galaxy : RNASeq alignment and transcripts assemblies

Description

idem formation ligne de commande mais avec galaxy. Cette formation est issue d'une collaboration entre les plateformes Bioinfo Genotoul et Sigenae.

Conditions d'accès

S’inscrire (via le site web) et payer 165 euros la journée pour un académique et 550 euros la journée pour un privé.

Personnes formées :
10 personnes / an
Temps de formation :
1 jour(s) / an
Pas de nouvelle session prévue

Galaxy : sRNAseq

Description

idem formation ligne de commandes mais avec Galaxy. Cette formation est issue d'une collaboration entre les plateformes Bioinfo Genotoul et Sigenae.

Conditions d'accès

S’inscrire (via le site web) et payer 165 euros la journée pour un académique et 550 euros la journée pour un privé.

Personnes formées :
20 personnes / an
Temps de formation :
8 jour(s) / an
Prochaine session :
01-07-2019

FROGS formation : tools for bioinformatics and statistics analyses with amplicon metagenomics data

Description

The Toulouse Genopole bioinformatics platform, Sigenae and NED (GenPhySE) organize a series of training courses to familiarize yourself with the various resources it provides. These resources are currently: the hardware infrastructure, biological data banks and widely used bioinformatics softwares. This training session, organized by Bioinfo Genotoul, Sigenae and NED (GenPhySE), is designed to help you to deal with NGS data of 16S, 18S … DNA produced with MiSeq from Illumina and Roche 454 technologies in the Galaxy workbench. You will discover how to use our Galaxy instance, clean reads, clusterize them, do the taxonomic affiliation and perform statistics to interpret your results with the FROGS pipeline (http://frogs.toulouse.inra.fr/).

 

Conditions d'accès

S’inscrire (via le site web) et payer 165 euros la journée pour un académique et 550 euros la journée pour un privé.

Personnes formées :
10 personnes / an
Temps de formation :
1 jour(s) / an
Prochaine session :
17-10-2019

RNASeq alignment and transcripts assemblies

Description

This training session is designed to help you deal with sequences from the SGS (Second Generation Sequencing) particularly Illumina platforms (GAIIx, HiSeq). You will discover the new sequence file formats, learn about the usual biases of this data type and run different kind of analysis such as spliced alignment on a reference genome, novel gene and transcript discovery, expression quantification of the genes and transcripts. Organized jointly by the MIAT unit and bioinfo genotoul platforms.

Conditions d'accès

You need to register (via the website) and pay 165 euros a day for academic and 550 euros a day for a private.

Formation universitaire

Aucun site web renseigné
Personnes formées :
12 personnes / an
Temps de formation :
6 jour(s) / an
Pas de nouvelle session prévue

Master Bioinfo Toulouse

Description

Cette formation est issue d'une collaboration entre les plateformes Bioinfo Genotoul et Sigenae.

Conditions d'accès
Non renseigné
Publications internes
Nous  ne  mentionnons que  les  publications  en  lien  direct  avec  la  PF.  Voir  par exemple   aussi   les   publications   de   l’équipe   Sigenae,   qui   s’appuie   sur   les équipements  de  la  PF  pour  l’hébergement  de  son  SI  et  la  réalisation  de  ses traitements : Publications (sigenae.org)

Mariette J, Noirot C, Nabihoudine I, Bardou P, Hoede C, Djari A, Cabau C, Klopp C. (2014) RNAbrowse: RNA-Seq De Novo Assembly Results Browser. PLoS ONE 9(5): e96821. doi: 10.1371/journal.pone.0096821.

Philippe Bardou, Jérôme Mariette, Frédéric Escudié, Christophe Djemiel and Christophe Klopp. jvenn: an interactive Venn diagram viewer. BMC Bioinformatics 2014, 15:293 doi:10.1186/1471-2105-15-293.

Jérôme Mariette, Frédéric Escudié, Philippe Bardou, Ibouniyamine Nabihoudine, Céline Noirot, Marie-Stéphane Trotard, Christine Gaspin and Christophe Klopp. Jflow: a workflow management system for web applications. Bioinformatics. 2015. doi 10.1093/bioinformatics/btv589


Jérôme Mariette, Madalina Olteanu, Nathalie Villa-Vialaneix. 2016. Efficient interpretable variants of online SOM for large dissimilarity data. Neurocomputing. doi:10.1016/j.neucom.2016.11.014.


Escudié F, Auer L, Bernard M, Mariadassou M, Cauquil L, Vidal K, Maman S, Hernandez-Raquet G, Combes S, Pascal G. FROGS: Find, Rapidly, OTUs with Galaxy Solution. Bioinformatics. 2018 Apr 15;34(8):1287-1294. doi: 10.1093/bioinformatics/btx791. PubMed PMID: 29228191


Mariette J, Villa-Vialaneix N. Unsupervised multiple kernel learning for heterogeneous data integration. Bioinformatics. 2018 Mar 15;34(6):1009-1015. doi: 10.1093/bioinformatics/btx682. PubMed PMID: 29077792.


Mariette, J. and Villa-Vialaneix, N. Unsupervised multiple kernel learning for heterogeneous data integration. Bioinformatics. 2017. btx682. doi: 10.1093/bioinformatics/btx682


Mariette, J., Olteanu, M. and Villa-Vialaneix, N., Efficient interpretable variants of online SOM for large dissimilarity data. Neurocomputing, 225, pp.31-48., 2017; doi:10.1016/j.neucom.2016.11.014.

Publications externes

Belkorchia A, Pombert JF, Polonais V, Parisot N, Delbac F, Brugère JF, Peyret P, Gaspin C, Peyretaillade E. Comparative genomics of microsporidian genomes reveals a minimal non-coding RNA set and new insights for transcription in minimal eukaryotic genomes. DNA Res. 2017 Jun 1;24(3):251-260

 

Urriza MG, Gassie C, Bouchez O, Klopp C, Guyoneaud R. Draft Genome Sequence of Desulfovibrio BerOc1, a Mercury-Methylating Strain. Genome Announc. 2017;5: e01483-16. doi:10.1128/genomeA.01483-16

Panicz R, Klopp C, Igielski R, Hofsoe P, Sadowski J, Coller Jr JA. Tench (Tinca tinca) high-throughput transcriptomics reveal feed dependent gut profiles. Aquaculture. 2017;479: 200–207. doi:10.1016/j.aquaculture.2017.05.047

 

Nouwen N, Arrighi J-F, Cartieaux F, Chaintreuil C, Gully D, Klopp C, et al. The role of rhizobial (NifV) and plant (FEN1) homocitrate synthases in Aeschynomene /photosynthetic Bradyrhizobium symbiosis. Scientific Reports. 2017;7: 448. doi:10.1038/s41598-017-00559-0

 

Murat F, Armero A, Pont C, Klopp C, Salse J. Reconstructing the genome of the most recent common ancestor of flowering plants. Nat Genet. 2017;49: 490–496. doi:10.1038/ng.3813

Mercière M, Boulord R, Carasco-Lacombe C, Klopp C, Lee Y-P, Tan JS, et al. About Ganoderma boninense in oil palm plantations of Sumatra and peninsular Malaysia: Ancient population expansion, extensive gene flow and large scale dispersion ability. Fungal Biology. 2017; doi:10.1016/j.funbio.2017.01.001

 

Jean-Yves Mazzitelli, Elsa Bonnafe, Christophe Klopp, Frédéric Escudier and Florence Geret. De novo transcriptome sequencing and analysis of freshwater snail (Radix balthica) to discover genes and pathways affected by exposure to oxazepam. Ecotoxicology. 2017;26: 127–140. doi:10.1007/s10646-016-1748-1

Cabau C, Escudié F, Djari A, Guiguen Y, Bobe J, Klopp C. Compacting and correcting Trinity and Oases RNA-Seq de novo assemblies. PeerJ. 2017;5: e2988. doi:10.7717/peerj.2988

 

Jadwiga Rzeznik-Orignac, Dimitri Kalenitchenko, Jérôme Mariette, Jean-Yves Bodiou, Nadine Le Bris, Evelyne Derelle. Comparison of meiofaunal diversity by combined morphological and molecular approaches in a shallow Mediterranean sediment. Marine Biology. 2017; 164:40. doi:10.1007/s00227-017-3074-4

 

Christophe Bécavin, Mikael Koutero, Nicolas Tchitchek, Franck Cerutti, Pierre Lechat, Nicolas Maillet, Claire Hoede, Hélène Chiapello, Christine Gaspin, Pascale Cossart. Listeriomics: an Interactive Web Platform for Systems Biology of Listeria. mSystems Mar 2017, 2 (2) e00186-16; DOI: 10.1128/mSystems.00186-16.


Laura Payton, Mickael Perrigault, Claire Hoede, Jean-Charles Massabuau, Mohamedou Sow, Arnaud Huvet, Floriane Boullot, Caroline Fabioux, Hélène Hegaret & Damien Tran; Remodeling of the cycling transcriptome of the oyster Crassostrea gigas by the harmful algae Alexandrium minutum; Scientific Reports | 7: 3480 | 2017; DOI:10.1038/s41598-017-03797;


Noé Cochetel, Frédéric Escudié, Sarah Jane Cookson, Zhanwu Dai, Philippe Vivin, Pierre-François Bert, Mindy Stephania Muñoz, Serge Delrot, Christophe Klopp, Nathalie Ollat, Virginie Lauvergeat; Root transcriptomic responses of grafted grapevines to heterogeneous nitrogen availability depend on rootstock genotype. J Exp Bot; 2017; doi: 10.1093/jxb/erx224


Gaulin E, Pel MJC, Camborde L, San-Clemente H, Courbier S, Dupouy MA, Lengellé J, Veyssiere M, Le Ru A, Grandjean F, Cordaux R, Moumen B, Gilbert C, Cano LM, Aury JM, Guy J, Wincker P, Bouchez O, Klopp C, Dumas B. Genomics analysis of Aphanomyces spp. identifies a new class of oomycete effector associated with host adaptation. BMC Biol. 2018 Apr 18;16(1):43. doi: 10.1186/s12915-018-0508-5. PubMed PMID: 29669603; PubMed Central PMCID: PMC5907361


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Publications avec le laboratoire d'hébergement

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Mariette, J., Olteanu, M. and Villa-Vialaneix, N., Efficient interpretable variants of online SOM for large dissimilarity data. Neurocomputing, 225, pp.31-48.; 2017; doi:10.1016/j.neucom.2016.11.014.


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Répartition des utilisateurs
Internationaux
1 %
Nationaux
24 %
Régionaux
53 %
Locaux
22%
Description de la répartition :
Non renseigné
Projets propres de la plateforme
(8)

3 actives and 5 in the maintenance

Collaborations
Projets d'ANR
(4)

Currently 3 ANR projects et 1 Labex project. 1 project Region occitanie / FEDER, 1 project PIA ANR (IFB).

Projets européens et internationaux
(1)

Salhostrop accepted in 2016

Projets avec des industriels
(1)

Some CPU and storage rentals and the SeqOccIN project co-sponsored with get-plage (Occitanie / FEDER project in partnership with industry)

Projets de collaboration non financés par un organisme extérieur
(20)
Non renseigné
Prestations de service non financés par un organisme extérieur
(0)
Non renseigné
Animations

- Regional Day bioinfo / biostat (1 / year since 2009 except in 2013 and in 2020)
⁃ JOBIM '13 (Participation of the whole team in the organization of this event)
⁃ Workshop "Bioinformatics of ncRNA"

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