EBIO
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Adresse postale
15 rue George Clémenceau 91000 Orsay
Structure(s) :
CNRS
Unité :
I2BC, UMR9198
Website
EBIOResponsable(s) scientifique
Responsable(s) opérationnel
Certificat(s)
- Label IBiSA
Type d'infrastructure
Propriétaire
Capacité de stockage
87.00 To
Ferme de calcul
220 cores
Collection de données
7
Heure de CPU
260 400 H / an
Outils bioinformatiques
9
Nombre d'utilisateurs
50
Description des serveurs
- Technologie ZFS, NFS.
- Samba 2 hôtes de virtualisation KVM.
- DB : PosgreSQL, MySQL, ZODB Galaxy.
- Autres : LDAP, Salt, subvesion, trac, dhcp, FAI, tftp, ftp, zenoss, varnish.
Condition d'accès
Faire une demande de soutien sur le site web de la plate-forme
Nécessité d'appartenir à une unité mixte avec l’université Paris-Sud
Visites annuelles : 64 441 an
Visites uniques : 30 019 an
Citations : 485
Dernière mise à jour : 04-11-2016
CRISPRdbDescriptionResources for clustered regularly interspaced short palindromic repeats (CRISPRs) found in prokaryote genomes. FR Conditions d'accèsWeb server |
Visites annuelles : Non renseignées
Visites uniques : Non renseignées
Citations : 404
Dernière mise à jour : 23-01-2015
tandemRepeatDescriptionDatabase of tandem repeats from publicly available baterial genomes. Conditions d'accèsWeb server |
Visites annuelles : Non renseignées
Visites uniques : Non renseignées
Citations : 210
Dernière mise à jour : 24-06-2016
PodosporaDescriptionPodospora anserina Genome Project. Conditions d'accèsWeb server |
Visites annuelles : Non renseignées
Visites uniques : Non renseignées
Citations : 97
Dernière mise à jour : 23-01-2015
Bacterial GenotypingDescriptionResources for bacterial micro-evolution studies using MLVA or CRISPR typing. Conditions d'accèsWeb server |
Visites annuelles : 415 an
Visites uniques : 288 an
Citations : 8
Dernière mise à jour : Non renseignée
NappDescriptionPrediction of functional non-coding RNA in Bacteria and Archaea Conditions d'accèsWeb server |
Visites annuelles : Non renseignées
Visites uniques : Non renseignées
Citations : 30
Dernière mise à jour : 16-04-2014
ORENZADescriptionList of Enzyme Activities for which no sequences are available in the main sequence protein databases Conditions d'accèsWeb server |
Visites annuelles : Non renseignées
Visites uniques : Non renseignées
Citations : 10
Dernière mise à jour : 30-09-2015
ppRNome BrowserDescriptionGenome Browser to display experimental data of a whole-genome mapping of 5' RNA ends in Enterococcus faecalis Conditions d'accèsWeb server |
Visites annuelles : 940 an
Visites uniques : 373 an
Citations : 24
Téléchargements : Non renseigné
AbsynteDescriptionWeb service designed to display local syntenies in completely sequenced prokaryotic chromosomes. FR Conditions d'accèsweb server + web service, http://archaea.u-psud.fr/absynte Gratuit pour u-psud. |
Visites annuelles : 8 011 an
Visites uniques : 5 792 an
Citations : 64
Téléchargements : Non renseigné
ARNoldDescriptionEasy identification of Rho–independent transcription terminators. Conditions d'accèsweb server, http://rna.igmors.u-psud.fr/toolbox/arnold/ Gratuit pour u-psud. |
Visites annuelles : 415 an
Visites uniques : 350 an
Citations : 216
Téléchargements : Non renseigné
ERPINDescriptionEasy RNA Profile IdentificatioN tool, an RNA motif search program. Conditions d'accèshttp://rna.igmors.u-psud.fr/Software/erpin.php Gratuit pour u-psud |
Visites annuelles : 2 273 an
Visites uniques : 480 an
Citations : 648
Téléchargements : Non renseigné
CRISPRFinderDescriptionEasy detection of CRISPRs (Clustered Regulary Interspacing Short Palindromic Repeats) in user-submitted sequence data (allows sequences up to 67,000,000 bp) Conditions d'accèsweb sever, http://crispr.u-psud.fr/Server/CRISPRfinder.php/ Gratuit pour u-psud |
Visites annuelles : 364 an
Visites uniques : 299 an
Citations : 22
Téléchargements : Non renseigné
FITBARDescriptionWeb server linking synteny to prokaryotic taxonomy. Conditions d'accèsWeb server + web service, http://archaea.u-psud.fr/synttax Gratuit pour u-psud. |
Visites annuelles : Non renseignées
Visites uniques : Non renseignées
Citations : 65
Téléchargements : Non renseigné
GenRGenSDescriptionSoftware tool dedicated to randomly generating genomic sequences and structures Conditions d'accèsJar + tar.gz download, http://www.lri.fr/~genrgens/ Gratuit pour u-psud |
Visites annuelles : 3 829 an
Visites uniques : 1 707 an
Citations : 37
Téléchargements : Non renseigné
SyntTaxDescriptionWeb server linking synteny to prokaryotic taxonomy. Conditions d'accèsWeb server + web service, http://archaea.u-psud.fr/synttax Gratuit pour u-psud. |
Visites annuelles : 684 an
Visites uniques : 396 an
Citations : 10
Téléchargements : Non renseigné
SynteViewDescriptionsynteny of 600 completely sequenced genomes and compared between them. Conditions d'accèsJava web start, http://www.synteview.u-psud.fr/ Gratuit pour u-psud. |
Visites annuelles : 1 422 an
Visites uniques : 9 219 an
Citations : 432
Téléchargements : 1 392
VARNADescriptionDessin interactif Conditions d'accèsFichier .jar a télécharger sur Java applet, http://varna.lri.fr/ Gratuit pour u-psud |
Domaines d'activité
- Biologie
- Biomédical
- Agro-alimentaire
- Environnement
Description des expertises
La plateforme Bioinformatique eBio (http://ebio.u-psud.fr/), créée en décembre 2009, est au centre du dispositif de bioinformatique de l’Université Paris-Sud. Elle est associée aux services de bioinformatiques de l’INRA Moulon, de l’hôpital Paul Brousse et de Gustave Roussy. eBio est labellisée par IBISA/Reseau National des Plateformes Bioinformatiques (RENABI) et membre de l’Alliance des Plateformes Bioinformatiques d’Ile de France (APLIBIO). Le site principal de eBio est localisé au bat 400 de l'Université Paris–Sud et intégré à l'I2BC (UMR9198, Gif sur Yvette).
Les missions d’eBio comprennent : (1) le soutien bioinformatique aux projets de recherche, (2) la mise à disposition de moyens de calcul et stockage, (3) le développement et la maintenance de serveurs web de bioinformatique et bases de données de génomique. La plateforme a accompagné ou hébergé plus de 50 projets de recherche depuis début 2010.
Les principaux domaines d’expertise de la plateforme sont les suivants :
- L’analyse de données RNA-seq, notamment la detection de transcrits non codants, transcrits alternatifs, l’analyse d’expression différentielle, le ribosome profiling
- L’analyse des structures d’ARN (alignement, structure secondaire)
- L’intégration de logiciels et de workflows d’analyse sous Galaxy
- L’assemblage des génomes de bactéries/champignons, la détection de variants
- La phylogénie moléculaire et l’analyse fonctionnelle par profil phylogénétique
- L’annotation des génomes de bactéries, archées et champignons (séquences CRISPR, terminateurs de transcription, ARN régulateurs, minisatellites)
- Le calcul distribué et sur cloud (déploiement de services d’analyse sur cluster et cloud académique)
Mots clés:
- Méthodologie
- Assemblage de génomes et transcriptomes
- Annotation structurale et fonctionnelle des génomes
- Transcriptomique (RNA-seq)
- Analyse différentielle de l’expression des gènes
- Analyses de transcrits et transcrits variants
- Petits et longs ARN non-codants
- Métagénomique, métatranscriptomique
- Annotation de séquences
- Recherche de motifs
- Intégration d'outils
- Développement de workflows
- Bases de données et systèmes d’informations
- Cluster
- Cloud
Formation universitaire
Personnes formées : 10 personnes / an
Temps de formation : 4 jour(s) / an
Pas de nouvelle session prévue
Ateliers NGS, Master BIBS U-PsudDescriptionAucune Conditions d'accèsInscription Université Paris-Sud |
Formation professionnelle
Personnes formées : 30 personnes / an
Temps de formation : 5 jour(s) / an
Pas de nouvelle session prévue
Participation à l'atelier de Bioinformatique de RoscoffDescriptionSession RNAseq de la formation Tutorat de 3 participants Conditions d'accèsNon renseigné |
Publications internes
Publications externes
Audoux J, Philippe N, Chikhi R, Salson M, Gallopin M, Gabriel M, Le Coz J, Drouineau E, Commes T, Gautheret D. DE-kupl: exhaustive capture of biological variation in RNA-seq data through k-mer decomposition. Genome Biol. 2017 Dec 28;18(1):243. doi: 10.1186/s13059-017-1372-2.
Tran Vdu T, Souiai O, Romero-Barrios N, Crespi M, Gautheret D.: Detection of generic differential RNA processing events from RNA-seq data. RNA Biol. 2016 Jan 2;13(1):59-67
Wery M, Descrimes M, Vogt N, Dallongeville AS, Gautheret D, Morillon A.: Nonsense-Mediated Decay Restricts LncRNA Levels in Yeast Unless Blocked by Double-Stranded RNA Structure. Mol Cell. 2016 Feb 4;61(3):379-92.
Descrimes M, Ben Zouari Y, Wery M, Legendre R, Gautheret D, Morillon A.: VING: a software for visualization of deep sequencing signals. BMC Res Notes. 2015 Sep 7;8:419
Billerey C, Boussaha M, Esquerré D, Rebours E, Djari A, Meersseman C, Klopp C, Gautheret D, Rocha D. Identification of large intergenic non-coding RNAs in bovine muscle using next-generation transcriptomic sequencing. BMC Genomics. 2014 Jun 19;15(1):499
Grognet P, Bidard F, Kuchly C, Chan Ho Tong L, Coppin E, Ait Benkhali J, Couloux A, Wincker P, Debuchy R, Silar P. Maintaining Two Mating Types: Structure of the Mating Type Locus and Its Role in Heterokaryosis in Podospora anserina. Genetics. 2014 Feb 20
Rocha D, Billerey C, Samson F, Boichard D, Boussaha M. Identification of the putative ancestral allele of bovine single-nucleotide polymorphisms. J Anim Breed Genet. 2014
Toffano-Nioche C, Luo Y, Kuchly C, Wallon C, Steinbach D, Zytnicki M, Jacq A, Gautheret D. Detection of non-coding RNA in bacteria and archaea using the DETR'PROK Galaxy pipeline. Methods. 2013. 63:60-5.
Wery M, Descrimes M, Thermes C, Gautheret D, Morillon A. Zinc-mediated RNA fragmentation allows robust transcript reassembly upon whole transcriptome RNA-Seq. Methods. 2013 Sep 1;63(1):25-31
Bessoltane N, Toffano-Nioche C, Solignac M, Mougel F. Fine scale analysis of crossover and non-crossover and detection of recombination sequence motifs in the honeybee (Apis mellifera). PLoS One. 2012;7:e36229.
Thiollier C, Lopez CK, Gerby B, Ignacimouttou C, Poglio S, Duffourd Y, Guégan J, Rivera-Munoz P, Bluteau O, Mabialah V, Diop M, Wen Q, Petit A, Bauchet AL, Reinhardt D, Bornhauser B, Gautheret D, Lecluse Y, Landman-Parker J, Radford I, Vainchenker W, Dastugue N, de Botton S, Dessen P, Bourquin JP, Crispino JD, Ballerini P, Bernard OA, Pflumio F, Mercher T. Characterization of novel genomic alterations and therapeutic approaches using acute megakaryoblastic leukemia xenograft models. J Exp Med. 2012, 209:2017-31.
Allali J, Saule C, Chauve C, d'Aubenton-Carafa Y, Denise A, Drevet C, Ferraro P, Gautheret D, Herrbach C, Leclerc F, de Monte A, Ouangraoua A, Sagot MF, Termier M, Thermes C, Touzet H. BRASERO: A Resource for Benchmarking RNA Secondary Structure Comparison Algorithms. Adv Bioinformatics. 2012;2012:893048.
Publications avec le laboratoire d'hébergement
Couvin D, Bernheim A, Toffano-Nioche C, Touchon M, Michalik J, Néron B, Rocha EPC, Vergnaud G, Gautheret D, Pourcel C. CRISPRCasFinder, an update of CRISRFinder, includes a portable version, enhanced performance and integrates search for Cas proteins. Nucleic Acids Res. 2018 Jul 2;46(W1):W246-W251.
Esnault C., Leiber D., Toffano-Nioche C., Tanfin Z., Virolle MJ. : Another example of enzymatic promiscuity: the polyphosphate kinase of Streptomyces lividans is endowed with phospholipase D activity. Appl Microbiol Biotechnol. 2017 Jan;101(1):139-145.
Pruvost O, Magne M, Vital K, Leduc A, Tourterel C, Drevet C, Virginie Ravigné V, Gagnevin L, Guérin F, Chiroleu F, Koebnik R, Verdier V and Vernière C. A MLVA genotyping scheme for global surveillance of the citrus pathogen/Xanthomonas citri /pv. /citri/ suggests a worldwide geographical expansion of a single genetic lineage. PLoS One. 2014 Jun 4;9(6):e98129
Baudin-Baillieu A, Legendre R, Kuchly C, Hatin I, Demais S, Mestdagh C, Gautheret D, Namy O. Genome-wide translational changes induced by the prion [PSI+]. Cell Rep. 2014 Jul 24;8(2):439-48
Pourcel C and Drevet C. Occurrence, diversity of CRISPR-Cas systems and genotyping implications, chapter in CRISPR-Cas systems : RNA-mediated adaptive immunity in bacteria and archaea, Barrangou R. and Oost J. editors, Heidelberg, Springer, 2013
Toffano-Nioche C, Ott A, Crozat E, Nguyen AN, Zytnicki M, Leclerc F, Forterre P, Bouloc P, Gautheret D. RNA at 92°C: The non-coding transcriptome of the hyperthermophilic archaeon Pyrococcus abyssi. RNA Biol. 2013 Jul 2;10(7).
Toffano-Nioche C, Nguyen AN, Kuchly C, Ott A, Gautheret D, Bouloc P, Jacq A. Transcriptomic profiling of the oyster pathogen, Vibrio splendidus, opens a window on the evolutionary dynamics of the small RNA repertoire in the Vibrio genus. RNA. 2012 Dec;18(12):2201-19.
Drevet C, and Pourcel C. How to identify CRISPRs in sequencing data. Methods Mol Biol. 2012;905:15-27
Remerciements
- Legendre R, Baudin-Baillieu A, Hatin I, Namy O. RiboTools: a Galaxy toolbox for qualitative ribosome profiling analysis. Bioinformatics. 2015 Mar 25
- Innocenti N, Golumbeanu M, D'HérouëL AF, Lacoux C, Bonnin RA, Kennedy SP, Wessner F, Serror P, Bouloc P, Repoila F, Aurell E. Whole-genome mapping of 5' RNA ends in bacteria by tagged sequencing: a comprehensive view in Enterococcus faecalis. RNA. 2015 Mar 3
- Rey J, Deschavanne P, Tuffery P. BactPepDB: a database of predicted peptides from a exhaustive survey of complete prokaryote genomes. Database (Oxford). 2014 Nov 6;2014.
- Porrua O, Hobor F, Boulay J, Kubicek K, D'Aubenton-Carafa Y, Gudipati RK, Stefl R, Libri D. In vivo SELEX reveals novel sequence and structural determinants of Nrd1-Nab3-Sen1-dependent transcription termination. EMBO J. 2012 31:3935-48.
Développement
Logiciels et workflows déposés sur le toolshed Galaxy ( http://toolshed.g2.bx.psu.edu/):
- detrprok_wf, a workflow for ncRNA detection in prokaryote oriented RNAseq
- detrprok_scripts, scripts associated to the detrprok_wf
- ebio_deseq, A Galaxy wrapper for DESeq
Conteneurs dockers déposés sur le docker hub ( https://hub.docker.com/ ):
- DE-kupl
- Rockhopper
- Kallisto
- Jellyfish
- gsnap
Répartition des utilisateurs
Internationaux
0 %
Nationaux
0 %
Régionaux
0 %
Locaux
100%
Description de la répartition :
Nous développons des outils open source, services web et bases de données à destination de l'ensemble de la communauté. Notre activité de soutien aux projets de recherche est ouverte nationalement, sous forme de collaboration et sous condition d'obtention de financements spécifiques.
Projets propres de la plateforme
(6)
- Configuration d'un cluster de calcul (2012-2014)
- Mise en place d'une instance Galaxy liée au cluster de calcul (2012-2014)
- Site web CRISPR : maintien du site (2012-2014)
- Site web CRISPR-Cas++ (2016-2018) :
- refonte du site web
- mise à jour des données
- amélioration des critères de détection des loci CRISPR
- ajout de la classification des protéines CAS
- Développement et benchmarking d’outils pour l'analyse de données RNA-seq :
- outil RNAprof : identification of differential processing events between two RNA-seq experiments(2012)
- expression différentielle des ARN et la détection de transcrits non-codants (2012-)
- benchmark de méthodes de détection d'expression différentielle d'isoformes (2015-2016)
- outil DE-kupl : identification of differential processing events between two RNA-seq experiments (2017)
Collaborations
Projets d'ANR
(1)
Financement ANR:
- smallRhose, L. Bossi, D. Gautheret (2014-2017)
Financement Projet France Génomique :
- workpakage 2.5 : co-responsabilité du WP, benchmark de méthodes et développement d'un pipeline pour la détection d'expression différentielle d'isoformes (2013-2016)
- microbiologie : pérénisation du site CRISPR, collaboration avec la plate-forme Bilille (2014-2015)
Finacement IFB :
- refonte du site CRISPR pour évolution (CRISPR-cas++) en collaboration avec la plate-forme Bilille et E. Rocha de l'institut Pasteur, et C.Pourcel et G.Refregier de l'I2BC (2016-2018)
Financement Labex BIG :
- soutien aux analyses bioinofrmatiques des équipes de l'I2BC : serveur Galaxy, développement d'outils ou de pipelines dédiés (2014-2016)
Projets européens et internationaux
Aucun
Projets avec des industriels
Aucun
Projets de collaboration non financés par un organisme extérieur
(40)
Quelques projets en collaboration avec le laboratoire hôte (I2BC) :
- M. Crespi, CNRS-Gif : analyse de plusieurs jeux de données RNAseq (time series, différents mutants, différentes conditions de culture) concernant la plante modèle Arabidopsis thaliana et avec l'objectif de découverte de nouvelles régions exprimées et d'identification de variants structuraux d'expression (2012)
- D. Rocha, INRA-Jouy : détection de polymorphimes, de longs ARN non codant à partir de données RNAseq et DNA-seq réalisés à des fin de caractérisation du transcriptome musculaire bovin dans 13 espèces (2013) N. Figueroa-Bossi, CNRS-Gif : analyse DNA-seq à des fins d'identification de ré-arrangement structuraux entre deux souches de Salmonella enterica serovar Typhimurium LT2 (2014)
- S. Merlot, I2BC : Création d'un site web pour l'ANR Evometonicks, collaboration avec SICS (2015)
- JF. Eléouët, I2BC : RNA-seq pour la détermination de séquences ARN entourant des protéines recombinantes (2015-2016)
- E. Espagne, I2BC : assemblage d'une souche de Sordaria macrospora (données SoliD et Illumina), et guidé par les contigs d'une souche proche (2015)
- B.Ciapa, I2BC : Prédictions d'ARNcirculaire à partir de données RNAseq chez l'homme (2016)
Prestations de service non financés par un organisme extérieur
(1)
J-M. Elalouf, CEA-Saclay : identification de polymorphismes dans des DNAseq obtenus à partir d'ADN ancien (coprolithe de lupus canus issu de la grotte Chauvet) à des fins de comparaison avec les SNP identifiés entre les génomes du le loup actuel et du chien (2013)
Animations
Organisation :
• première journée des utilisateurs des Moyen de Recherche Mutualisés (MRM) "Genomique-Haut-Débit" de l’Université Paris-Sud, 18 nov. 2011, Orsay
Groupe de travail :
• RNAseq APLIBIO
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