

BiRD
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Adresse postale
Structure(s) :
Unité :
Website
pf-bird.univ-nantes.frResponsable(s) scientifique
Responsable(s) opérationnel
Certificat(s)
- Label IBiSA
Type d'infrastructure
Capacité de stockage
Ferme de calcul
Collection de données
Heure de CPU
Outils bioinformatiques
Nombre d'utilisateurs
Description des serveurs
La BiRD met à la disposition de la communauté une infrastructure informatique équipée et sécurisée pour le calcul et l'hébergement des données scientifiques. L'environnement logiciel est en constante évolution avec l'ajout permanent de nouveaux outils en fonction des demandes.
- cluster de calcul ouvert à la communauté (hébergé dans le datacenter de l'université de Nantes) :
- 14 lames pour un total de 832 threads et 3.8 To de RAM
- Espace de stockage de 400Tb utiles (BeeGFS) associé et 250TB de stockage sécurisé.
- d'une plateforme de CLOUD sous OpenStack intégrée dans le projet Biosphère
- 160 coeurs
- 50 To de stockage
Condition d'accès
Pour toute demandes de comptes (cluster ou Galaxy) contacter pf-bird@univ-nantes.fr
La charte d'utilisation est disponible à cette adresse : http://www.pf-bird.univ-nantes.fr
![]() Visites annuelles : Non renseignées
Visites uniques : Non renseignées
Citations : Non renseigné
Téléchargements : Non renseigné
3SRP PipelineDescriptionAnalysis pipeline using Snakemake for transcriptome profiling by 3' RNA sequencing. Conditions d'accèsThis pipeline is public, the source code is available here : https://gitlab.univ-nantes.fr/bird_pipeline_registry/srp-pipeline
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![]() Visites annuelles : Non renseignées
Visites uniques : Non renseignées
Citations : Non renseigné
Téléchargements : Non renseigné
DEPIBDescriptionAnalysis pipeline using Snakemake for RNAseq analysis in order to find differentially expressed genes. Conditions d'accèsThis pipeline is public, the source code is available here : https://gitlab.univ-nantes.fr/bird_pipeline_registry/RNAseq_quantif_pipe...
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Visites uniques : Non renseignées
Citations : Non renseigné
Téléchargements : Non renseigné
microSysMicsDescriptionThis workflow provides an automated microbiome data analysis, starting with sequenced taxonomic markers (such as 16SrRNA) and using the standard QIIME2 toolbox to produce an abundance table and preliminary diversity, phylogeny and taxonomy analysis. Conditions d'accèsThis pipeline is public, the source code is available here : https://gitlab.univ-nantes.fr/bird_pipeline_registry/microSysMics |
Domaines d'activité
- Biomédical
- Biologie
- Informatique
Description des expertises
Pour toutes ces applications, BiRD possède une expertise dans l'analyse de données à grande échelle et a développé des pipelines d’analyse bioinformatiques dédiés permettant de standardiser l’analyse depuis les données brutes jusqu’à l’interprétation biologique.
Ces services sont supportés par une infrastructure de calcul et de stockage dédiée directement connectée aux séquenceurs, accessible à distance à travers plusieurs services et ouverte à la communauté scientifique quelque soit sa tutelle.
La plateforme assure :
- un accompagnement des projets d'analyse de données en génomique, depuis la définition du projet jusqu'à l'obtention de données filtrées et de bonne qualité.
- la mise à disposition de la communauté scientifique une infrastructure et des ressources bioinformatiques adaptées (cluster calcul, stockage et CLOUD OpenStack) pour le traitement et l'analyse de données 'omics'.
- des formations dans le domaine de la Bioinformatique, (Analyse de données de transcriptome, Initiation au langage R ou à la ligne de commande).
Implantée au sein de la SFR Santé François Bonamy, la plateforme s'appuie sur les équipes de recherche en génétique et génomique humaine de l'UMR U1087, à laquelle elle est adossée. L'un des objectifs scientifiques de ces équipes est d'élucider les mécanismes moléculaires de pathologies cardiovasculaires (mort subite, arythmies, valvulopathies, anévrismes cérébraux, etc.). Les stratégies d'analyse mises en oeuvre s'appuient sur les technologies de criblage génomique à haut-débit couplées au développement de nouveaux outils bioinformatiques dédiés, dans le but d'identifier de nouveaux marqueurs de risque dans ces pathologies.
La plateforme est également co-dirigée scientiquement par le LS2N (Laboratoire des Sciences Numériques Nantes). Les travaux de recherche et développements de la plateforme BiRD sont menés en collaboration avec l’équipe ComBi dont les thématiques de recherche principales se concentrent autour de la génomique comparative et de la biologie des systèmes. Ensemble, ces deux laboratoires définissent les orientations stratégiques et scientifiques de BiRD, et coordonnent les ressources humaines et matérielles.
Mots clés:
- Analyse de données de séquençage NGS
- Transcriptomique (RNA-seq)
- Analyse différentielle de l’expression des gènes
- Analyse de variants
- Panels (amplicons, captures)
- Exomes
- Génomes complets
- Métagénomique, métatranscriptomique
- Apprentissage automatique
- Extraction de connaissances
- Intégration de données hétérogènes
- Représentation des connaissances
- Ontologies
- Web sémantique
- Biologie des systèmes
- Fonctionnement des systèmes biologiques complexes
- Génie métabolique
- Analyse et modélisation multi-échelle
- Modélisation des réseaux métaboliques
- Modélisation des réseaux de régulation
- Modélisation des systèmes
- Systèmes dynamiques
- Développements technologiques de l‘Information et de la Communication
- Outils
- Intégration d'outils
- Interopérabilité
- Développement de workflows
- Données
- Intégration de données
- Gestion et transfert de données
- Environnements de calcul
- Cluster
- Cloud
- Ecologie
- Biodiversité
- Ecologie microbienne
- Modélisation en écologie
Formation professionnelle
![]() Personnes formées : 20 personnes / an
Temps de formation : 1 jour(s) / an
Pas de nouvelle session prévue
Initiation to R languageDescriptionOBJECTIFS : Conditions d'accèsCette formation est ouverte à tous (public et privé) sans restriction de tutelle et accessible par la formation continue de l'Université de Nantes. |
![]() Personnes formées : 10 personnes / an
Temps de formation : 3 jour(s) / an
Pas de nouvelle session prévue
RNASeq data analysisDescription
Objectifs :
Alternance entre parties théoriques et parties pratiques. Pre-requis : savoir utiliser la ligne de commande ou avoir suivi la formation "Initiation à la ligne de commande".
Conditions d'accèsCette formation est ouverte à tous (public et privé) sans restriction de tutelle et accessible par la formation continue de l'Université de Nantes. |
![]() Personnes formées : Non renseigné
Temps de formation : Non renseigné
Pas de nouvelle session prévue
Command line initiationDescriptionObjectifs :
Conditions d'accèsCette formation est ouverte à tous (public et privé) sans restriction de tutelle et accessible par la formation continue de l'Université de Nantes. |
Publications internes
Publications externes
Publications avec le laboratoire d'hébergement
Répartition des utilisateurs
Description de la répartition :
La plate-forme BiRD fait partie du réseau des plates-formes de Biogenouest (régions Bretagne et Pays de Loire). De ce fait, elle entretient un rapport privilégié avec les laboratoires membres de Biogenouest mais est ouverte plus largement à toute autre structure académique ou privée.
Projets propres de la plateforme
Développement de pipelines d'analyse :
- 3'seq RNA profiling
- SingleCell transcriptomics
- Microbiote analysis
Collaborations
Projets d'ANR
Projets européens et internationaux
ELIXIR Interoperabillity Platform
Projets avec des industriels
Projets de collaboration non financés par un organisme extérieur
INEX-MED
Mibiogate
Philippe works more specifically in the analysis and interpretation of transcriptomic data from host organs in the context of stress studies on barriers.
Erwan works on the implementation of tools for the analysis and integration of metagenomic, biological and clinical data for the study of chronic pathologies and more particularly on the development of a complete metagenomic analysis pipeline (from raw sequences to the construction of gene catalogues, the reconstruction of genomes and the generation of tables of abundance at the taxonomic and functional level).
Mibiogate is a project to study biological barriers and their microbiota in the development of chronic diseases, supported by the Pays de la Loire Region. The consortium created aims to structure a research network specialized in the study of the dysfunctions of the biological barriers of the different organs in chronic pathologies of interest.
CEPH Recherche
IFB Biosphere
Prestations de service non financés par un organisme extérieur
Animations
- P’tits dej de la bioinfo : rendez-vous qui réunissent des acteurs de la bioinformatique de la région nantaise pour discuter autour d’un thème d’actualité bioinformatique, dans un cadre informel et amical, autour d’un croissant et un café.
- Journée animation des plateformes de l’axe Bioinformatique Biogenouest.
- Tutos Bioinfo : cycle de tutoriels sur des outils utiles en Bioinformatique, sous forme de mini-TP (code fourni sur Gitlab avec des données test).