Type de formation:
Formation professionnelle
Description:
Objectifs
Connaitre les concepts et méthodes bioinformatiques utilisées pour l’analyse de données RNA-Seq eucaryote et procaryote.
Programme
Théorie
- Bases biologiques des études d’expression
- Séquençage NGS et RNA-Seq, présentation des différents types de séquenceurs
- Méthodes d’alignements spécifiques au RNA-Seq
- Reconstruction de transcrits
- Assemblage de novo de transcriptomes
- Quantification
Pratique
- TP sur des données de type euraryote
- Contrôle qualité
- Nettoyage des données
- Alignement sur un génome de référence et épissage
- Visualisation de l’alignement
- Découverte de nouveaux transcrits
- Obtention d’un tableau de comptage
Lien avec d'autres modules
L'analyse statistique des résultats du type d’analyses bioinformatiques effectuées dans ce module est traitée dans le module 16 [Stats & RNA-seq.
Conditions d'accès à la formation:
Ce cycle est ouvert à l'ensemble des agents de l'INRA et aux extérieurs.
Reccurance:
Oui
Lien vers la formation:
Date de la session:
Mercredi, mai 3, 2017 (All day)
Lieu de la formation:
jouy en josas
Cours résumé:
Traitement bioinformatique des données RNA-Seq
Thème (formations professionnelles uniquement):
Mots clés:
