Connaître les concepts et méthodes bioinformatiques utilisés pour l’analyse primaire de données issues de NGS. Application aux outils de mapping et d’assemblage.

Programme

Théorie

•Présentation des différents types de séquenceurs

•Les grandes familles d’algorithmes de mapping de lectures courtes d’assemblage et les outils associés

Pratique

Analyse des données de séquençage d’un génome bactérien

•Contrôle qualité

•Assemblage de-novo

oNettoyage des données

oAssemblage

oVisualisation et statistiques sur l’assemblage

•Comparaison à un génome de référence :

oMapping des lectures sur un génome proche

oVisualisation du mapping