Les principes FAIR appliqués à la bioinformatique
Introduction à la reproductibilité et à la science ouverte
Du 31-08-2020 au 02-09-2020 à Paris
Date limite d'inscription: 21-06-2020

L'Institut Français de Bioinformatique (IFB) organise en partenariat avec l'Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC) une formation à destination des bioinformaticiens et biostatisticiens souhaitant mettre en oeuvre les principes "FAIR" (Facile à trouver, Accessible, Interopérable, Réutilisable) dans leurs projets d'analyse et de développement. Les concepts FAIR, initialement définis dans le contexte d'ouverture des données de la recherche, seront ici adaptés pour cadrer avec un projet type de développement et/ou analyse bioinformatique/biostatistique. Ainsi, la formation n'abordera pas les aspects "FAIR" spécifiques aux données mais introduira plusieurs outils permettant d'améliorer la reproductibilité des analyses.

Objectifs pédagogiques : à la fin de cette formation, les participants pourront mettre en oeuvre les principes de la science reproductible : encapsuler un environnement de travail, concevoir et exécuter des workflows, gérer des versions de code, passer à l’échelle sur un cluster de calcul,  gérer des environnements logiciels et assurer la traçabilité de leur analyse à l’aide de Notebooks.

La formation s’organise en deux temps :

  • Premier et deuxième jours : formation théorique et pratique aux outils de la science reproductible dans un projet bioinformatique
  • Troisième jour : atelier optionnel de travail sur le matériel pédagogique de la formation à destination de futurs formateurs  

Prérequis :  Linux, programmation shell, notions de R et Python

Tarifs :

  • Académique : 120 € pour 2 jours et 180 € pour 3 jours
  • Non-académique : 600 € pour 2 jours ou 900 € pour 3 jours

Important : 

  • le nombre de participants est limité à 15 personnes maximum 
  • il est possible d'assister uniquement aux deux premiers jours de la formation, merci de nous indiquer cette information dans le formulaire d’inscription.  
  • vous devrez vous munir de votre ordinateur portable avec installation préalable de docker (voir https://docs.docker.com/get-docker) pour pouvoir participer à la formation

Organisateurs : 

  • IFB : Hélène Chiapello, Gildas Le Corguillé, Yoursra Mahmah, Julien Seiler, Jacques van Helden
  • I2BC : Thomas Denecker, Céline Hernandez, Claire Toffano-Nioche

Jour 1 : formation

9:30-10:00 : Accueil café

10:00-10:30 : Tour de table, présentation de la formation 

10:30-11:30 : Introduction à la reproductibilité 

11:30-12:00 : Encapsulation (Docker)

12:00-13:00 : TP Docker

13:00-14:00 : Repas

14:00-14:30 : Workflow (Snakemake)

14:30-15:30 : TP Snakemake

15:30-16:00 : Pause

16:00-16:30 : Présentation de l’infrastructure IFB

16:30-17:00 : TP Singularity 

17:00-17:30 : TP Snakemake
 

Jour 2 : formation

09:00-09:30 : Gestion de l’historique (git, github/gitlab)

09:30-10:30 : TP git

10:30-11:00 pause

11:00-11:30 : TP gitlab

11:30-12:00 : Gestion des environnements logiciels (Conda)

12:00-12:30 : TP Conda

12:30-14:00 Repas

14:00-14:30 : Traçabilité avec les Notebooks

14:30-15:00 : TP Markdown 

15:30-16:00 Pause

16:00-17:00 : Partage et diffusion (wiki, Gitlab pages)

17:00-17:30 : Conclusion
 

Jour 3 : Atelier de travail sur les supports de cours à destination des futurs formateurs

09:00-10:00 : Partage des évaluations des participants et des supports de formation, discussion sur les points d'amélioration de la formation

10:00-12:00 : Travail en sous-groupes sur le matériel pédagogique (diapos, exercices) 

12:00-13:00 : Pause déjeuner

13:00-15:00 : Travail en sous-groupes sur le matériel pédagogique (diapos, exercices)

15:00-16:00  : Mise en commun du matériel pédagogique et discussion/conclusion

 


 

La formation aura lieu du lundi 31 août 2020 - 10:00 (accueil café à 9:30) au mercredi 2 septembre 2020 - 16:00 à l'Institut des Systèmes Complexes, 113 rue Nationale
75013 Paris (voir https://iscpif.fr)

Métros : Olympiades (L14) ou Nationale (L6)

Station Vélib : place Nationale.

Les déjeuners et pauses des 3 jours sont pris en charge par l'IFB. Les frais de déplacement et logement sont à la charge des participants.

Suggestion d'hôtels :

  • Hotel ibis (Paris Place d'Italie) :  25 avenue Stephen Pichon, Paris 13ÈME
  • AMHotel : 96 Avenue de Choisy, Paris 13ÈME
  • Green Hotel: 27-90 Rue DE Patay, Paris 13ÈME
  • Timhotel (Paris Place d’Italie) : 178 Boulevard Vincent Auriol, Paris 13ÈME
  • Hotel Neptune Paris : 15 rue Godefroy, Paris 13ÈME
  • Ibis Styles (Paris Tolbiac Bibliothèque) : 21 rue de Tolbiac, Paris 13ÈME
 
 

Formulaire d'inscription

 
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précisez votre activité, le type de données/d’analyses manipulées et vos attentes pour cette formation
et si oui, indiquez le(s)quel(s) : shell, R, python, docker, snakemake, conda, git, github/gitlab, notebooks, cluster

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