Workshop CNRS Single-Cell 2020
Ecole thématique CNRS Single-Cell // Transcriptomique et épigénomique en cellule unique: théorie et pratique (sincellTE)
Du 27-09-2020 au 02-10-2020 à Station Biologique Roscoff
Date limite d'inscription: 15-01-2020

Durée

Cette troisième édition de l'école se tiendra du 27 septembre au 02 octobre 2020 à la Station Biologique de Roscoff.

Objectifs

Cette école porte sur l’étude des populations de cellules hétérogènes du point de vue génomique, transcriptomique et épigénomique. Les technologies capables de caractériser des cellules uniques évoluent rapidement et aboutissent à la génération de nouveaux types de données associés à de nouveaux enjeux méthodologiques. Afin de suivre ces évolutions technologiques, des méthodes bioinformatiques et biostatistiques dédiées sont développées permettant de prendre en compte la spécificité de ces données et proposer des méthodes d’analyse adaptées.

L’école vise à expliquer et diffuser ces méthodes au sein de la communauté des ingenieurs et chercheurs, bio-informaticiens et statisticiens directement impliqués dans des projets de génomique fonctionnelle en cellule unique. Ce cours offre une formation complète incluant le choix de la technologie la mieux adaptée à la question biologique posée, la conception de l’expérience, le contrôle qualité et, notament les analyses bioinformatiques et statistiques associées. L’école sera basée sur une alternance de sessions théoriques et d’ateliers pratiques.

Participants

Cette formation est destinée à une trentaine d'ingénieurs et cadres de recherche impliqués dans l’analyse régulière de données single-cell, ainsi que les doctorants et post-doctorants en biologie computationnelle et bioinformatique intéréssés dans le developpment et l'application des méthodologies d'analyse "single-cell" à haute dimension.

Environnement de travail

L’ensemble de la formation reposera sur l’utilisation de commandes en ligne (terminal Linux) pour les analyses bioinformatiques, et du langage R pour les analyses statistiques.

Prérequis

Connaissance des outils et pipelines pour analyser les données de séquençage à haut-débit (RNA-seq ou Hi-C ou ATAC-seq bulk). Les participants doivent déjà pratiquer l’analyse de données de séquençage haut débit, avec une utilisation quotidienne du langage R, de l’environnement Rstudio et une bonne connaissance de la ligne de commande Unix. Il n’est pas nécessaire d’avoir un projet propre d’analyse de données de single cell.

Modalités d’inscription

Date limite de pré-inscription :  15 Janvier 2020 (sélection des participants : 1er février 2020) . Le nombre de places étant limité (30 participants), le comité d’organisation sélectionnera les participants d’après les renseignements portés lors de cette pré-inscription.

Frais d’inscription pour les personnels académiques

600€HT=720€TTC (coût déjà couvert pour les personnels rémunérés par le CNRS) ; pour les industriels : 1.750€HT=2.100€TTC. L’hébergement et la restauration sont inclus.

Coordination scientifique :​ ​ Marie-Agnès Dillies, C3BI (USR 3756 IP CNRS), Morgane Thomas-Chollier, IBENS (CNRS UMR8197, ENS, INSERM U1024), Agnès Paquet, SYNEOS Health (Sophia-Antipolis),  Antonio Rausell (Institut Imagine, INSERM UMR-1163), Nicolas Servant (Institut Curie, INSERM U900, Mines ParisTech), Marc Deloger (Gustave Roussy)

Coordination technique :​ ​ Erwan Corre (ABIMS FR2424 CNRS-UPMC, Station Biologique de Roscoff)

Gestion administrative​ :​ ​ Département de Biologie Computationnelle 


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EN


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The slides are deposited on this page during the course : https://cloud.biologie.ens.fr/index.php/s/RXkNGwtR1MLf5mo

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L’hébergement et la restauration sont inclus dans les frais d'inscription. Nous nous occupons de la réservation de l’hôtel.

L’organisation de votre voyage et le paiement de vos frais de transport sont à votre charge.

    En train : TGV entre Paris Montparnasse et Morlaix (durée 3h) puis autocar de Morlaix à Roscoff (durée 32 mn)
    En avion : vols au départ de Roissy et d’Orly à destination de Brest, puis taxi de Brest à Roscoff.

Si vous pouvez partager le taxi à plusieurs, le tarif est intéressant. Nous pouvons vous fournir sur demande les coordonnées de compagnies de taxi avec lesquelles travaille le centre de Roscoff. Un document partagé sera mis en place pour permettre aux participants le désirant, d’entrer en contact avec les personnes voyageant dans le même train / avion.


We are preparing the school and we are doing our best together with the Station Biologique to make sure that the school will be held in the best conditions.

- breakfast will be organized in two successive “sessions” to allow physical distancing

- in the hotel, a flow direction will be set up to avoid people to cross each other

- lunches and dinners will take place in a large room with space between tables and people (max 4 persons per table)

- we will provide masks for participants. Wearing a mask will be mandatory during classes and in the station.

- we will provide hydroalcoholic gel to participants : Hydroalcoholic gel will be available at the entrance of the classroom, during the coffee breaks, at the entrance of the hotel.

- coffee breaks will take place in the breakfast room of the Hotel de France to allow physical distancing during the breaks. If the weather allows it, the breaks will be taken outside.

- we will ask participants to keep the same spot in the classroom during the entire week. Cleaning lotion will be available to participants for their table.

- windows of the classroom will be open during the breaks and even during classes if possible (according to the weather).

- two lectures will be provided online. We ask you to bring your own headphones to attend these classes.

Of course we will ask everyone to respect barrier gestures and official recommendations in order to keep the school as safe as possible. Please feel free to contact us if you have questions or suggestions about this protocol.


Marie-Agnès Dillies (C3BI USR 3756 IP CNRS)

Dr Marie-Agnès Dillies is co-head of the Bioinformatics and Biostatistics Hub of the Institut Pasteur. She has expertise in statistical analysis of gene expression data (Dillies et al, Briefings in Bioinformatics 2013). She is co-animating the StatOmique group. Recently she joined the Pasteur Single Cell Initiative.

Morgane Thomas-Chollier (IBENS CNRS UMR8197, ENS, INSERM U1024)

Dr. Morgane Thomas-Chollier is Associate Professor in Bioinformatics at Ecole Normale Supérieure Paris, in the team Computational Systems Biology at IBENS. She has expertise in epigenomics (ChIP-seq, ChIP-exo) and motif analysis in genomic sequences, and single-cell transcriptomics. She was heading the French Society for Bioinformatics (SFBI) until recently.

Agnès Paquet (SYNEOS Health, Sophia Antipolis)

Agnes Paquet is an expert in statistical analysis and mining of large datasets from high-throughput assays (microarrays, NGS data such as RNAseq and single cell RNAseq). She is specialized in biomarkers discovery and in development of assays for diagnostic and resistance assessment in HIV, HCV, breast and lung cancers. She used to be the head of biostatistics for the Functional Genomics Plateforme of the Institut de Pharmacologie Moleculaire et Cellulaire (Sophia Antipolis, France), before joining SYNEOS Health.

Marc Deloger (Gustave Roussy)

Dr Marc Deloger is Head of Bioinformatics Core Facility of Gustave Roussy Hospital. He has expertise in analysis of many different type of NGS data but mainly in RNA-seq, WES and ChIP-seq. He is part of the BioInformatics French Society (SFBI) council.

Nicolas Servant (Institut Curie, INSERM U900, Mines ParisTech)

Dr Nicolas Servant is co-Director of Bioinformatics core facility at Institut Curie, Paris. He has a wide expertise in NGS, including epigenomics, in particular 3D conformation of the chromatin.

Antonio Rausell (Institut Imagine, INSERM UMR-1163)

Dr. Antonio Rausell is the Director of the Clinical Bioinformatics Lab of the Institut Imagine. He has an expertise in bioinformatics and high-dimensional single-cell data analysis.

Teachers

Luca Albergante (Sensyne Health, UK)

Akira Cortal (Institut Imagine, INSERM UMR-1163)

Kevin Lebrigand (UCAGenomiX IPMC CNRS)

Nathalie Lehmann (IBENS CNRS UMR8197, ENS, INSERM U1024)

Bastien Job (Gustave Roussy)

Christophe Becavin (Research Assistant Professor at Université Côte d'Azur)

Christophe Fleury (10X Genomics)

Laura Cantini (IBENS CNRS UMR8197, ENS, INSERM U1024)

Claire Lansonneur ((IBENS CNRS UMR8197, ENS, INSERM U1024)

 


Q. Le matériel (slides, etc) sera-t-il disponible en ligne après l'évènement pour celles et ceux qui ne peuvent pas participer ?

R. Généralement pour ce genre d'école nous demandons aux intervenants de faire une version publiable sur le site web (c'est à dire avec toutes les sources clairement indiquées, en retirant les résultats confidentiels ou non encore publiés etc...). Les documents sont déposés au fur et à mesure sur le site web, dans la section "course material".

Q. Comment savoir si je peux bénéficier du tarif "académique" ou pas ?

R. Tout dépend de votre "employeur" officiel et non du laboratoire/institut auquel vous êtes rattaché. Le tarif académique s'applique aux personnels financés par établissement public c'est à dire ayant une fiche de paye provenant d'un EPST (CNRS, IFSTTAR, INED, INRA, INRIA, INSERM, IRD, IRSTEA) ou d'une Université. De plus cette école étant une école CNRS, cela est gratuit pour les agents CNRS.

Q. Est-il possible d'effectuer plusieurs candidatures par laboratoire ?

R. Il faut "prioritiser" en interne vos candidatures car vue la demande attendue, le nombre de places restreint et la volonté de diffusion la plus large possible au niveau national, il y a quasiment aucune chance que 2 candidatures d'un même laboratoire soient sélectionnées.

Q. La formation est-elle en anglais ou en français ?

R. La formation sera dispensée en anglais


If you have a question or need addition information regarding the single-cell school 2020, please fill the form below. We will contact you as soon as possible.


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