Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit
Attention: À cause des contraintes sanitaires, la formation sera dispensée à distance.
Objectifs
La formation s’adresse à des biologistes directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). Cette édition de l’école aborde les nouveaux enjeux technologiques: elle s’articulera autour de trois ateliers thématiques en session parallèle (RNA-seq, ChIP-seq, variants DNA-seq), et abordera la visualisation et l’intégration des données.
L’école vise à approfondir les concepts, à manipuler des outils informatiques avancés et à en interpréter les résultats. Elle est basée sur une alternance de courtes sessions théoriques et d’ateliers pratiques. Les participants bénéficieront d’un tutorat personnalisé pour élaborer leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur équipe.
Attention : le tutorat n'a pas pour vocation de réaliser l’analyse complète des données des participants.
Public visé
Cette formation est destinée aux biologistes (ingénieurs, doctorants, chercheurs, enseignants-chercheurs, praticiens…) confrontés à l’analyse de données NGS, et qui cherchent à consolider leurs connaissances en bioinformatique afin d’analyser des plans expérimentaux relativement complexes.
Environnement de travail
L’ensemble de la formation reposera sur l’utilisation de commandes en ligne (terminal Linux) et du langage R.
Prérequis
Les candidats doivent avoir acquis les compétences enseignées durant l’école de niveau 1: un niveau de base en ligne de commande, R, et (au choix) RNA-seq, ChIP-seq ou variants DNA-seq.
Modalités d’inscription
Date limite de pré-inscription : 31 janvier 2021 (sélection des participants : février 2021). Chaque année la demande dépasse de loin notre capacité d’accueil (40 places), le comité d’organisation sélectionne les participants d’après les informations renseignées dans le formulaire d’inscription (voir le site Web pour la liste des critères). Le degré de maturité du projet scientifique impliquant l’analyse de données de séquençage sera un des critères d’évaluation.
- Renseignements : ecole-bioinfo@aviesan.fr
- Informations et inscriptions : https://ressources.france-bioinformatique.fr/fr/evenements/ebaii2021n2
- Compte twitter : https://twitter.com/EBAI_Roscoff
- Frais d’inscription : 800€ HT pour les académiques et EPIC; 2500€ HT pour les industriels. L’hébergement et la restauration sont inclus.
- Coordination scientifique : Erwan Corre (CNRS), Jacques van Helden (IFB), Matthias Zytnicki (INRA), Rachel Legendre (Institut Pasteur).
- Formateurs et tuteurs : Une trentaine de formateurs et tuteurs provenant des organismes et universités suivants: CNRS, INRA, Inserm, Institut Curie, Institut Pasteur, Institut Gustave Roussy, ENS, Aix-Marseille Université, Sorbonne Université. Avec le soutien de l’Institut Français de Bioinformatique (IFB) et d'AVIESAN (Alliance Nationale pour les Sciences de la Vie et de la Santé).
- Plateformes : IFB core (Evry), ABiMS (CNRS/Sorbonne Université, Roscoff), IGBMC (CNRS/Inserm/Université de Strasbourg), Migale (INRA Jouy en Josas).
- Coordination administrative : Aviesan ITMO GGB, Inserm, IFB.
Plaquette
Veuillez télécharger ici la plaquette
Numéro de déclaration de l’Inserm - organisme de formation : 11754553375
