Ateliers « 2 en 1 » Production et Analyses de données NGS
Objectif :
Le but de ces ateliers est de permettre d’appréhender les projets scientifiques ayant trait au séquençage de façon globale allant de la production de données à leur analyse. Ils concernent aussi bien les chercheurs, les personnels techniques que les étudiants présents dans les laboratoires.
Les ateliers vont vous permettre de :
- Connaître les spécificités des différentes technologies de séquençage et savoir laquelle est le mieux adapté à vos besoins
- Réfléchir au schéma expérimental (nombre d’échantillons, profondeur de lecture et qualité de séquençage)
- Connaître les principales méthodes de préparation de librairies, leurs avantages et leurs inconvénients
- Connaître les éléments permettant de planifier une expérience NGS
- Connaitre les limites d’analyse : que puis-je obtenir en fonction de mes données ? A quelle question biologique pourrais-je répondre en fonction des méthodes bioinformatiques et des caractéristiques des données obtenues ?
Atelier RNA-seq
Matin
Production des données: design expérimental, contraintes, possibilités techniques
Laurent Journot - MGX Montpellier GenomiX (Introduction par Kevin Lebrigand)
Analyse secondaire: Contrôle qualité, filtrage, alignement, comptage, RNAseq de novo
Kévin Lebrigand - IPMC - Sophia-Antipolis
Après-midi
Introduction au RNA-seq sur cellule unique / petite quantité
Kévin Lebrigand - IPMC - Sophia-Antipolis
Analyse statistique des données de RNA-seq
Laurent Journot - MGX Montpellier GenomiX
Atelier Génome Complet
Matin
Production des données (design expérimental, contraintes, possibilités techniques selon l'organisme à séquencer, … etc)
Cécile Donnadieu - GeT-PlaGe – Toulouse
Après-midi
Analyse bioinformatique des données : qualité, assemblage, contigs, scaffolds, finishing...etc
Christophe Klopp - GenoToul Bioinfo - Toulouse
Atelier Institut Curie
Formation NGS : Analyse de données ExomeSeq avec Galaxy
Cancéropôle Ile-de-France
Tutoriel Galaxy pour la réalisation de l'analyse d'un exome complet et la détection de variants.
Formateur : Elodie Girard et Romain Daveau, Institut Curie, INSERM U900, Mines ParisTech.
Vidéo réalisée dans le cadre de la formation en bio-informatique "NGS et cancer" du Cancéropôle Île-de-France.
Formation NGS : Analyse de génome: détection de variants structuraux
Cancéropôle Ile-de-France
Tutoriel Galaxy pour la réalisation de l'analyse d'un génome complet et la détection de variants structuraux sous Galaxy.
Formateur : Bruno Zeitouni, Institut Curie.
Vidéo réalisée dans le cadre de la formation en bio-informatique "NGS et cancer" du Cancéropôle Île-de-France.
