Training type: 
Formation professionnelle
Description: 
Objectifs

Connaitre les concepts et méthodes bioinformatiques utilisées pour l’analyse de données RNA-Seq eucaryote et procaryote.

 

Programme

Théorie

  • Bases biologiques des études d’expression
  • Séquençage NGS et RNA-Seq, présentation des différents types de séquenceurs
  • Méthodes d’alignements spécifiques au RNA-Seq
  • Reconstruction de transcrits
  • Assemblage de novo de transcriptomes
  • Quantification

 

Pratique

  • TP sur des données de type euraryote
  • Contrôle qualité
  • Nettoyage des données
  • Alignement sur un génome de référence et épissage
  • Visualisation de l’alignement
  • Découverte de nouveaux transcrits
  • Obtention d’un tableau de comptage

 

Lien avec d'autres modules

L'analyse statistique des résultats du type d’analyses bioinformatiques effectuées dans ce module est traitée dans le module 16 [Stats & RNA-seq.

Requirements: 

Ce cycle est ouvert à l'ensemble des agents de l'INRA et aux extérieurs.

recurrency: 
Oui
Date de la session: 
Wednesday, May 3, 2017 (All day)
Lieu de la formation: 
jouy en josas
Cours résumé: 
Traitement bioinformatique des données RNA-Seq
Thème (formations professionnelles uniquement): 
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