
MIGALE
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- Collaborations
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Unit:
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http://migale.jouy.inra.fr/Scientific leader(s)
Technical leader(s)
Certificat(s)
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- CNOC (INRA)
- France-Génomique
- ISO 9001
- Label IBiSA
- PF stratégique nationale INRA
- RIO
Infrastructure
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Cluster: cores number
Data collections number
CPU/hours a year
Bioinformatic tools number
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Gratuit sur demande de compte
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MOSAICDescriptionMOSAIC est une base de données relationnelle qui permet de comparer des génomes bactériens d'une même espèce au niveau nucléique et de définir le squelette et les boucles. Chiapello H, Gendrault A, Caron C, Blum J, Petit MA, Karoui El M: MOSAIC: an online database dedicated to the comparative genomics of bacterial strains at the intra-species level. BMC Bioinformatics 2008, 9:498. Access conditionsAccès gratuit à http://genome.jouy.inra.fr/mosaic |
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InsyghtDescriptionInsyght est un browser qui permet de naviguer entre des données d’homologie, de synténie et d’annotation des protéines de 407 génomes complets de bactéries. La ressource a été publiée en décembre 2014 : Lacroix T, Loux V, Gendrault A, Hoebeke M, Gibrat J-F: Insyght: navigating amongst abundant homologues, syntenies and gene functional annotations in bacteria, it's that symbol! Nucleic Acids Res 2014. Access conditionsAccès gratuit à http://genome.jouy.inra.fr/Insyght/ |
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AGMIALDescriptionAGMIAL, plate-forme d’annotation de génomes microbiens. Access conditionsLe logiciel peut être téléchargé gratuitement sur le site http://genome.jouy.inra.fr/agmial. Il est également possible de demander l’installation d’une instance d’AGMIAL sur les machines de la plate-forme MIGALE. |
![]() No website documentedAnnual visits: 250 an
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IGODescriptionIGO est un portail permettant de croiser des informations entre différents outils de l’unité (Insyght, Mosaic, Prose, Pareo, Subtilis Expression Browser) Access conditionsAccès gratuit à http://migale.jouy.inra.fr/IGO |
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Portail Galaxy de la plateforme MIGALEDescriptionMise en ligne d’outils et de workflows. Mise à jours en janvier 2015 Access conditionsAccès gratuit avec un compte à http://migale.jouy.inra.fr/galaxy/ |
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GOR IVDescriptionOR IV est un programme de prédiction de la structure secondaire des protéines. 3 états sont pris en considération : l'hélice alpha (H), les brins bêta (b) et les structures apériodiques (C). Ce programme est basé sur des considérations statistiques issues de la théorie de l'information. Il n'utilise pas d'alignement multiple. Il fournit un résultat Q3 de 65%. Access conditionsLe logiciel peut être téléchargé gratuitement sur le site http://migale.jouy.inra.fr/sites/all/downloads/Mig/Logiciels/GOR_IV.tar.gz |
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KAKSIDescriptionKAKSI est un programme d'assignation de la structure secondaire des protéines. L'assignation des structures secondaires : l'hélice alpha (H), les brins bêta (b), les tournants (T) et les structures apériodiques (C) est effectuée sur la base des distances entre les carbones alpha et des angles phi et psi de la chaîne principale. Le programme calcule aussi la courbure de la chaîne principale. Access conditionsLe logiciel peut-être téléchargé gratuitement sur http://migale.jouy.inra.fr/sites/all/downloads/Migale/Outils/kaksi.tarba... |
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DOMIREDescriptionDOMIRE est un serveur utilisant le programme VAST (comparaison des structures 3D des protéines) pour définir les limites des domaines structuraux dans les protéines à partir de leurs coordonnées atomiques. Il fournit aussi pour chaque structure requête une liste de voisins structuraux. Access conditionsAccès gratuit à http://genome.jouy.inra.fr/domire |
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GPCRAutomodelDescriptionGPCRAutomodel est un serveur permettant de modéliser des couple de récepteurs de protéines G, protéines largement représentées dans la membrane cellulaire et sont des éléments clés de plusieurs mécanismes de réponse cellulaire aux signaux environnementaux. Access conditionsAccès gratuit à http://genome.jouy.inra.fr/GPCRAutomodel |
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VASTDescriptionVAST est un programme de comparaison des structures 3D des protéines. Access conditionsLe logiciel peut-être téléchargé gratuitement sur http://migale.jouy.inra.fr/sites/all/downloads/Migale/Outils/vast.tarbal... |
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OSS-HMMDescriptionOSS-HMM (Optimal Secondary Structure prediction Hidden Markov Model) est un programme de prédiction de la structure secondaire des protéines selon 3 états : hélice alpha (H), brin bêta (b), et structure apériodique (C) qui utilise le formalisme des modèles de Markov cachés. Quand il est utilisé avec une seule séquence il fournit un Q3 de 68.8%. Avec un alignement multiple il fournit un Q3 de 75.5%. Cet outil peut aussi être utilisé pour générer des séquences de protéines ayant une suite de structures secondaires particulières. Access conditionsLe logiciel peut-être téléchargé gratuitement sur http://migale.jouy.inra.fr/?q=oss-hmm |
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ESAPDescriptionESAP est un programme de prédiction de la conformation de boucles dans les protéines. Il est basé sur une technique de Monte-Carlo dans l'espace des angles dièdres. Access conditionsLe logiciel peut-être téléchargé gratuitement sur http://migale.jouy.inra.fr/sites/all/downloads/Mig/Logiciels/ESAP.versio... |
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FROSTDescriptionFROST (Fold Recognition Oriented Search Tool) est un outil de reconnaissance de repliements. Access conditionsAccès gratuit à http://genome.jouy.inra.fr/frost/ |
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AnovArrayDescriptionAnovArray est un ensemble de macros SAS pour l'analyse de données expressionnelles de type microarray et macroarray. Il permet la quantification des variations biologiques et technologiques et la détection de gènes différentiels entre plusieurs conditions. Les méthodes statistiques utilisées sont l'analyse de variance (ANOVA) et la méthode FDR (False Discovery Rate) pour le calcul de probabilités ajustées dans le cadre de test d'hypothèses multiples. Access conditionsLe logiciel peut-être téléchargé gratuitement sur http://migale.jouy.inra.fr/?q=anovarray |
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Class2gDescriptionClass2g fournit une ségrégation des gènes en deux groupes selon leur expression et donne la probabilité d'appartenir à chaque groupe. Les données peuvent être le ratio de l'expression des gènes dans les deux conditions dans des expériences de microarray, l'intensité du signal de l'expression des gènes dans des expériences de macroarray, ou l'intensité du signal de l'hybridation des gènes dans un contexte de génomique comparative. Access conditionsLe logiciel peut-être téléchargé gratuitement sur http://migale.jouy.inra.fr/?q=class2g |
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ISLANDDescriptionISLAND est un programme qui permet de simuler le progrès d'un projet de cartographie physique de génomes par la méthode d'ancrage. Il fournit en particulier le nombre moyen de contigs obtenus, leur longueur moyenne et la proportion moyenne de génome recouverte par les contigs, en fonction de la longueur du génome, des nombres de clones et ancres utilisés et des longueurs de clones. Access conditionsLe logiciel peut-être téléchargé gratuitement sur http://genome.jouy.inra.fr/ssb/software/island/ |
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MuGeNDescriptionMuGeN (Multi-Genome Navigator) est un outil interactif permettant une exploration dans plusieurs génomes annotés complétés par des résultats d'analyse in silico. Il dispose également d'un mode d'exécution en mode batch lui permettant de servir de générateur d'images à divers formats. Ce mode de fonctionnement le prédispose à être intégré à des sites Web pour l'affichage de cartes physiques annotées. Access conditionsLe logiciel peut-être téléchargé gratuitement sur http://genome.jouy.inra.fr/MuGeN |
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R'HOMDescriptionR'HOM (Recherche de régions HOMogènes dans les séquences d'ADN) est un logiciel dédié à l'utilisation de modèles de chaînes de Markov cachées pour la segmentation de séquences d'ADN en régions homogènes. R'HOM permet d'estimer un modèle de la composition des séquences d'ADN plus réaliste qu'un modèle de chaîne de Markov homogène et ensuite de segmenter les séquences sous ce modèle. Il a été utilisé notamment pour la recherche de transferts horizontaux chez B. subtilis et pour l'estimation de modèles destinés au calcul de la significativité de comptages de mots. R'HOM a été développé en coopération avec le Laboratoire Statistique et Génome d'Evry. Access conditionsLe logiciel peut-être téléchargé gratuitement sur http://genome.jouy.inra.fr/ssb/rhom |
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R'MESDescriptionR'MES (Recherche de Mots Exceptionnels dans les Séquences d'ADN) est un ensemble de programmes C++ dédié à la recherche de mots (ou familles de mots) ayant une fréquence exceptionnelle dans une séquence donnée (ADN, protéine ou autre). Une visualisation des résultats générés par R'MES peut être obtenue grâce à l'interface graphique RMESPlot disponible sur http://mulcyber.toulouse.inra.fr/projects/rmesplot. Access conditionsLe logiciel peut-être téléchargé librement sur http://migale.jouy.inra.fr/?q=rmes |
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SHOWDescriptionSHOW (Structured HOmogeneities Watcher) est un "R'HOM" amélioré qui permet de définir souplement un modèle de chaîne de Markov cachée complexe puis d'utiliser ce modèle de diverses manières grâce à l'implémentation d'algorithmes de segmentation (forward-backward, Viterbi), d'estimation (EM) et de simulation. SHOW a essentiellement servi pour prédire les gènes bactériens mais il a aussi été utilisé avec d'autres objectifs comme la détection des sites d'épissage chez l'Homme. SHOW a été développé en collaboration avec le Laboratoire Statistique et Génome d'Evry. Access conditionsLe logiciel peut-être téléchargé gratuitement sur http://genome.jouy.inra.fr/ssb/SHOW |
Domains of activity
- Agri-food
- Environment
- Biology
Description of expertise domains
la structure des génomes :
- traitement et analyse des données NGS
- l’annotation structurale et fonctionnelle de génomes complets,
- la recherche de motifs dans les séquences ou les réseaux
la transcriptomique :
- l’annotation structurale des ANR messagers
- l’analyse des régulations
la structure et fonction des protéines :
classification et analyse des structures 3D des protéines
modélisation de la structure 3D des protéines
- analyse des relations structure 3D – fonction des protéines
la génomique évolutive
- comparaison de génomes microbiens
- étude des processus évolutifs
- Les autres équipes de l’unité ont des compétences :
- en biologie des systèmes
- biologie des systèmes pour les procaryotes (B. subtilis)
- modélisation et analyse de réseaux de régulation biologique
en extraction de connaissances à partir de textes scientifiques appliquée
- à la modélisation des réseaux de régulation génique et du métabolisme,
- à la relation génotype-phénotype,
- aux phénotypes multi-espèce et à l’adaptation à l’environnement.
Keywords:
- NGS data analysis
- Genome and transcriptome assembly
- Read mapping
- Genome analysis
- Structural and functional genome annotation
- Differential gene expression analysis
- Variant calling
- Whole genomes
- Metagenomics, metatranscriptomics
- Sequence analysis
- Sequence algorithmics
- (multiple) Sequence Alignment
- Sequence annotation
- Sequence motif discovery
- Homology/Orthology prediction
- Tools
- Tool integration
- Interfaces, web portals
- Workflows developments
- Data
- Data integration
- Data management and transfer
- Databases and information systems
- Cluster
- Microbial ecology
- Comparative genomics
- Proteomics
- Downstream analysis
Formation professionnelle
![]() Trainees: 6 trainees / year
Training time: 1 day(s) / year
No upcoming session scheduled
LinuxDescriptionFormation Linux Access conditionsNot documented |
![]() Trainees: 10 trainees / year
Training time: 1 day(s) / year
Upcoming session : 14-03-2017
Analyse primaire de données issues de séquenceurs nouvelle génération sous GalaxyDescription
Objectifs
Connaître les concepts et méthodes bioinformatiques utilisés pour l’analyse primaire de données issues de NGS. Application aux outils de mapping et d’assemblage. Programme Théorie •Présentation des différents types de séquenceurs •Les grandes familles d’algorithmes de mapping de lectures courtes d’assemblage et les outils associés Pratique Analyse des données de séquençage d’un génome bactérien •Contrôle qualité •Assemblage de-novo oNettoyage des données oAssemblage oVisualisation et statistiques sur l’assemblage •Comparaison à un génome de référence : oMapping des lectures sur un génome proche oVisualisation du mapping Access conditionsCe cycle est ouvert à l'ensemble des agents de l'INRA et aux extérieurs. |
![]() No website documentedTrainees: 20 trainees / year
Training time: 2 day(s) / year
No upcoming session scheduled
Traitement des données NGS sous GalaxyDescriptionhttp://migale.jouy.inra.fr/?q=fr/formations Access conditions |
![]() Trainees: 7 trainees / year
Training time: 3 day(s) / year
Upcoming session : 15-05-2017
Annotation de génomes microbiensDescriptionModules en prépartion.... Access conditionsCe cycle est ouvert à l'ensemble des agents de l'INRA et aux extérieurs. |
![]() No website documentedTrainees: Not documented
Training time: Not documented
No upcoming session scheduled
Comparaisons de séquences protéiquesDescriptionhttp://migale.jouy.inra.fr/?q=fr/formations Access conditions |
![]() No website documentedTrainees: Not documented
Training time: Not documented
No upcoming session scheduled
|
![]() No website documentedTrainees: 5 trainees / year
Training time: 2 day(s) / year
No upcoming session scheduled
Initiation à la phylogénieDescriptionhttp://migale.jouy.inra.fr/?q=fr/formations Access conditionsNot documented |
![]() Trainees: 7 trainees / year
Training time: 2 day(s) / year
Upcoming session : 23-03-2017
Modélisation 3D des protéinesDescription
Objectifs
Connaître les bases de la modélisation moléculaire : modélisation par homologie, arrimage (docking) de ligands, mutations in silico. Une demi-journée dédiée à la modélisation de vos protéines d'intérêts.
Programme
- Visualiser : Connaître les bases de la visualisation des protéines en 3D avec PYmol. - Comprendre : Analyse des structures 3D de protéines (RX ou RMN). Recherche d'homologues avec HHpred, I-Tasser, etc... Modélisation par homologie avec Modeller, Phyre2. Principes et applications. - Prédire : Docking de ligands avec Autodock. Prédiction des mutations in silico. Principes et applications.
Access conditionsCe cycle est ouvert à l'ensemble des agents de l'INRA et aux extérieurs. |
![]() Trainees: Not documented
Training time: Not documented
Upcoming session : 09-05-2017
Initiation à PerlDescription
Objectifs
Initiation à la programmation. Identifier les possibilités offertes par l’écriture de quelques lignes de code. Réalisation de tâches simples d’extraction et de reformatage d’informations issues de fichiers texte.
Programme - Présentation de PERL - Variables PERL - Structures de contrôle - Gestion de fichiers - Réalisation de programmes simples
Illustration avec des exercices de manipulation de fichiers de séquences et de fichiers de résultats d’outils bioinformatiques.
Access conditionsCe cycle est ouvert à l'ensemble des agents de l'INRA et aux extérieurs. |
![]() Trainees: Not documented
Training time: Not documented
Upcoming session : 11-05-2017
Perl avancéDescription
Objectifs
Aller plus loin avec Perl afin d’être autonome pour des manipulations complexes visant à extraire et reformater des données issues de fichiers texte.
Programme - Expressions régulières - Fonctions - Prise en main de Bioperl
Illustration avec des exercices de manipulation de fichiers de séquences et de fichiers de résultats d’outils bionformatiques.
Access conditionsCe cycle est ouvert à l'ensemble des agents de l'INRA et aux extérieurs. |
![]() Trainees: 6 trainees / year
Training time: 2 day(s) / year
Upcoming session : 07-03-2017
Initiation à RDescription
Objectifs
- Présenter le langage de programmation R et ses principes. - Utiliser les principales fonctionnalités de ce langage pour effectuer des calculs mathématiques, statistiques ou des représentations graphiques. - Attention : ce module n'est ni un module de statistique, ni un module d'analyse statistique des données.
Programme
- Structures et manipulation de données. - Principaux éléments du langage de programmation (boucle, fonctions…). - Différentes représentations graphiques de données/résultats (plot, histogramme, boxplot). Access conditionsCe cycle est ouvert à l'ensemble des agents de l'INRA et aux extérieurs. |
![]() Trainees: 8 trainees / year
Training time: 2 day(s) / year
Upcoming session : 08-03-2017
Initiation à PythonDescription
Objectifs
Initiation à la programmation. Réalisation de tâches simples d'extractions d'informations. Identifier les possibilités offertes par l'écriture de quelques lignes de codes.
Programme • Présentation de Python • Variables Python • Structures de contrôle • Réalisation de programmes simples • Gestion de fichiers • Fonctions Illustration avec des exercices de manipulation de fichiers de séquences Access conditionsCe cycle est ouvert à l'ensemble des agents de l'INRA et aux extérieurs. |
![]() Trainees: 8 trainees / year
Training time: 1 day(s) / year
Upcoming session : 10-03-2017
Python avancéDescription
Objectifs
Etre autonome pour des manipulations simples visant à extraire, reformater des données issues de fichiers texte.
Programme - Expressions régulières - Gestion des erreurs - Biopython - Réalisation de programmes simples Access conditionsCe cycle est ouvert à l'ensemble des agents de l'INRA et aux extérieurs. |
![]() No website documentedTrainees: Not documented
Training time: Not documented
No upcoming session scheduled
|
![]() Trainees: Not documented
Training time: Not documented
Upcoming session : 03-05-2017
Traitements bioinfo RNA-seqDescription
Objectifs
Connaitre les concepts et méthodes bioinformatiques utilisées pour l’analyse de données RNA-Seq eucaryote et procaryote. Programme Théorie
Pratique
Lien avec d'autres modules L'analyse statistique des résultats du type d’analyses bioinformatiques effectuées dans ce module est traitée dans le module 16 [Stats & RNA-seq. Access conditionsCe cycle est ouvert à l'ensemble des agents de l'INRA et aux extérieurs. |
![]() Trainees: 9 trainees / year
Training time: 2 day(s) / year
Upcoming session : 16-03-2017
Analyse statistique RNA-seq sous GalaxyDescription
Objectifs
Se sensibiliser aux concepts et méthodes statistiques pour l'analyse de données transcriptomiques de type RNA-Seq. Comprendre le matériel et méthodes (normalisation et tests statistiques) d'un article du domaine. Comprendre les particularités liées à la nature des données.
Programme Planification expérimentale des expériences RNA-Seq (identification des biais, répétitions, biais contrôlables). Normalisation et analyse différentielle : recherche de "régions d'intérêt" différentiellement exprimées (modèle linéaire généralisé). Prise en compte de la multiplicité des tests. Le cours sera illustré par différents exemples et un jeu de données sera traité à l'aide du package R SARTools (basé sur les packages R DESeq2 et edgeR) dans les environnements Galaxy et RStudio. Access conditionsCe cycle est ouvert à l'ensemble des agents de l'INRA et aux extérieurs. |
![]() Trainees: 22 trainees / year
Training time: 3 day(s) / year
Upcoming session : 27-03-2017
Analyse de données métagénomiques 16SDescription
Objectifs
Cette formation est dédiée à l'analyse de données de type "métagénomique amplicon" issues des technolo-gies de séquençage 454 et Illumina. La formation couvre les grandes étapes d'un pipeline d'analyse bioinformatique sous Galaxy (FROGS) pour transformer les séquences en tables d'abondances puis présente des outils statistiques sous R (phyloseq) qui permettent de décrire et comparer les échantillons à partir de ces tables. Programme Jours 1 et 2 : Analyses Bioinformatiques sous Galaxy
Jour 3 et 4 : Analyses Statistiques sous Rstudio
▫ Introduction générale
Jour 3 : Analyses Statistiques sous Rstudio
Access conditionsCe cycle est ouvert à l'ensemble des agents de l'INRA et aux extérieurs. |
Internal publications
External publications
Publications with the hosting laboratory
Users distribution
Explanation about this distribution:
Platform's own projects
MOBYLENET (2009-2011), Réseau de portails Web
Collaborations
National projets
EXECO (2010-2013), Etude méta-transcriptomique et biochimique de l’écosystème fromager: pour un contrôle accru de l’EXpression d’un ECOsystème alimentaire complexe.
GEMO (2010-2013), Génomique Evolutive de Magnaporthe Oryzae
BIOWIC (2009-2012), Bioinformatics Workflows for Intensive Computation
CBME (2009-2012), Computational Biology for Metagenomics Experiments
MEETAC (2009-2013), Valorisation des données transcriptomiques bovines à l'interface mère-embryon pour une compréhension intégrée de l'implantation
SURFING (2010-2013), Starter surface against inflammation of the gut
ECOSTAB (2012-2014), stability and functional redundancy of a microbial ecosystem
METASOIL (2009-2012), Description et exploitation de la communauté microbienne du sol par une approche métagénomique
International and European projects
BOND, FP7, Bioelectronic Olfactory Neuron Device, (2009-2012)
Projects with industry
Projet PIA (BPI) Biodatacloud (2013-2016) développement d’un outil de visualisation multigénotype pour des génomes de plante Coordinateur Biogemma.
Collaboration projects not founded through an external organism
Provision of services not founded through an external organism
Animations (Workshops, Work-groups, seminars, conferences ... )
- Réseau Partage d’Expérience et de Pratiques en Informatique INRA Ingénierie Bio Informatique et Statistique pour les données haut-débit (IBIS) https://www6.inra.fr/pepi/Ingenierie-Bio-Informatique-et-Statistique-pour-les-donnees-haut-debit-IBIS
- Réseau Partage d’Expérience et de Pratiques en Informatique INRA Gestion de données https://www6.inra.fr/pepi/Gestion-des-donnees
- Coordination des workpackages bioinformatiques du projet France-Génomique
- Réseau des bioinformaticeiens de l’INRA de Jouy en Josas
- Groupe de travail Galaxy de l’institut Français de Bioinformatique