ATGC
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- Infrastructure
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- Gerer mes utilisateurs
Adress
CC 477
161 Rue Ada 34090 Montpellier
Structure(s)
CNRS
Unit:
LIRMM UMR 5506
Website
ATGC Bioinformatics PlatformScientific leader(s)
Technical leader(s)
Certificat(s)
- Label IBiSA
Infrastructure
Propriétaire
Effective storage
30.00 To
Cluster: cores number
744 cores
CPU/hours a year
300 000 H / an
Bioinformatic tools number
24
Users number (last year)
12 000
Servers description
- 2 redundant web servers behind a proxy.
- 16 compute nodes.
- 1 storage server with NFS.
- 1 databases server with MySQL and PostGRESQL.
Access conditions
Free from ATGC web site.
PhyMLDescriptionInférence d'arbres phylogénétiques en maximum de vraisemblance. Access conditionsGratuit via le site web de la plateforme. |
Annual visits: 40 000 an
Unique visits: Not documented
Quotes: 1 500
Downloads: Not documented
phylogeny.frDescriptionPipeline d'analyse phylogénétique. Access conditionsGratuit via le site web de la plateforme. |
FastMEDescriptionMéthode de distance pour l'inférence d'arbres phylogénétiques. Access conditionsGratuit via le site web de la plateforme. |
Annual visits: Not documented
Unique visits: Not documented
Quotes: 900
Downloads: Not documented
BioNJDescriptionMéthode de distance pour l'inférence d'arbres phylogénétiques. Access conditionsGratuit via le site web de la plateforme. |
Annual visits: Not documented
Unique visits: 150 an
Quotes: 20
Downloads: Not documented
PhySIC_ISTDescriptionMéthode de super-arbre Access conditionsGratuit via le site web de la plateforme. |
Annual visits: Not documented
Unique visits: Not documented
Quotes: 1
Downloads: Not documented
CompPhyDescriptionServeur collaboratif de comparaison de phylogénies. Access conditionsGratuit via le site web de la plateforme. |
Annual visits: Not documented
Unique visits: Not documented
Quotes: 20
Downloads: Not documented
LoRDECDescriptionLogiciel de correction des longs reads. Access conditionsGratuit depuis le site web de la plateforme. |
MPscanDescriptionMéthode de mapping de reads sur un génome sans index. Access conditionsGratuit via le site web de la plateforme. |
Annual visits: Not documented
Unique visits: Not documented
Quotes: 18
Downloads: 100
CRACDescriptionMéthode d'analyse de données RNA-seq. Access conditionsGratuit via le site de la plateforme. |
Annual visits: Not documented
Unique visits: Not documented
Quotes: 1
Downloads: 2 000
QODDescriptionComparaison multiple de génomes. Access conditionsGratuit via le site de la plateforme. |
Annual visits: Not documented
Unique visits: Not documented
Quotes: 3
Downloads: Not documented
LSDDescriptionLEAST-SQUARES METHODS TO ESTIMATE RATES AND DATES FROM SERIAL PHYLOGENIES Access conditionsGratuit via le site web de la plateforme. |
Domains of activity
- Biotechnology
- Biomedical
- Biology
- Agri-food
- Environment
Description of expertise domains
Text and trees algorithmics, combinatorial optimization, statistical and probabilistic modeling, classification, phylogeny, high throughput sequencing, genomes, transcriptomes, proteomes, cancer, malaria, HIV.
Keywords:
- NGS data analysis
- Methodology
- Genome and transcriptome assembly
- Read mapping
- Transcriptomics (RNA-seq)
- Differential gene expression analysis
- Transcripts and transcript variants analysis
- Metagenomics, metatranscriptomics
- Sequence analysis
- Sequence algorithmics
- Sequence motif discovery
- Machine learning
- Knowledge extraction
- Information and communication technology developments
- Tools
- Tool integration
- Interoperability
- Interfaces, web portals
- Computing environments
- Cluster
- Evolution and phylogeny
- Molecular evolution
- Genes and genomes
- Speciation dating
- Phylogenomics
- Tree of life
- Supertrees et reconciliations
Formation professionnelle
Trainees: 12 trainees / year
Training time: 5 day(s) / year
Upcoming session : 07-10-2019
Phylogénie moléculaireDescription
Les objectifs sont :
1. Acquérir des connaissances théoriques et pratiques en phylogénie moléculaire. 2. Être autonome dans la conduite d'une analyse phylogénétique. 3. Maîtriser le choix, le paramétrage et l'exploitation des résultats des programmes de phylogénie. Access conditionsS'acquitter des frais d'inscription, être familiarisé avec les banques de données de séquences, avoir déjà utilisé les logiciels de base en bioinformatique, connaître les notions de base en statistiques (tests, lois probabilistes usuelles, méthodes simples d'estimation de paramètres), avoir des notions de programmation. |
Trainees: 12 trainees / year
Training time: 4 day(s) / year
Upcoming session : 25-03-2019
Bioinformatique pour le traitement de données de séquençage (NGS)Description
Les objectifs sont :
- Savoir choisir les outils d'analyse Access conditionsS'acquitter des frais d'inscription, notions de base en informatique : fichiers, répertoire..., notions du système linux et des lignes de commandes, niveau master |
Trainees: 12 trainees / year
Training time: 2 day(s) / year
Upcoming session : 05-11-2019
Linux et script pour la bioinformatiqueDescriptionPour la plupart des tâches communes, le système Linux (libre et gratuit) peut avantageusement remplacer les systèmes d'exploitation propriétaires tels que Windows ou MacOS. Les énormes avantages de Linux sont sa gratuité, son évolution constante et l'inexistence des virus. Ce stage est une initiation à l'utilisation du système d'exploitation Linux et des lignes de commande pour les non informaticiens, ainsi qu'une initiation à l'écriture et l'emploi de scripts (petits programmes) pour faciliter l'analyse de données. Il s'agit pour des débutants ou quasi débutants Linux d'utiliser le système et d'acquérir l'autonomie nécessaire pour résoudre les besoins communs simples d'analyse par la combinaison des méthodes à travers des scripts.
Access conditionsS'acquitter des frais d'inscription, notions de base en informatique : fichiers, répertoires, etc. |
Trainees: Not documented
Training time: Not documented
Upcoming session : 18-12-2018
WAVES TrainingDescriptionWorkshop to train users to WAVES : a Web Application for Versatile Enhanced Bioinformatic Services Access conditionsLa formation s'adresse à toute personne souhaitant installer/administer un serveur WAVES |
Formation universitaire
No website documentedTrainees: 13 trainees / year
Training time: Not documented
No upcoming session scheduled
Master Sciences & Numérique pour la SantéDescriptionLa spécialité BCD a pour objectif de former les étudiants issus des Sciences du vivant (agronomie, biologie moléculaire, cellulaire, physiologie animale et végétale, biochimie), des sciences médicales, de l'informatique ou des mathématiques aux besoins spécifiques de la bioinformatique, des systèmes d'informations, de l'extraction de connaissances et de la modélisation du vivant tout en renforçant les compétences de leur profil initial. Access conditionsM1 : licence math, info, physique, EEA, biologie, STAPS + équiv. L3 de la formation pharma/médecine (ou tout équiv. 180 ECTS acquis) - M2 : master 1 ou équiv. (formation continue, VAE, ...) |
No website documentedTrainees: 10 trainees / year
Training time: Not documented
No upcoming session scheduled
Master BiostatistiquesDescriptionDeux objectifs sont visés par la formation. Le premier est de former des chercheurs ou enseignants-chercheurs dans le domaine de la statistique théorique ou appliquée. Le deuxième objectif est de former des statisticiens de haut niveau pour des organismes de recherche ou des entreprises. Access conditionsNot documented |
Internal publications
To T.-H., Jung M., Lycett S. and Gascuel O.
Fast dating using least-squares criteria and algorithms
Syst Biol. 2016 Jan;65(1):82-97.
Lefort V., Desper R., Gascuel O.
FastME 2.0: a comprehensive, accurate and fast distance-based phylogeny inference program.
Molecular Biology and Evolution 32(10), 2798-800, 2015.
Chang JM, Di Tommaso P, Lefort V, Gascuel O, Notredame C.
TCS: a web server for multiple sequence alignment evaluation and phylogenetic reconstruction.
Nucleic Acids Res. 2015 Apr 8.
L. Salmela and E. Rivals.
LoRDEC: accurate and efficient long read error correction
Bioinformatics 30(24):3506-3514, 2014.
Fiorini N, Lefort V, Chevenet F, Berry V, Arigon Chifolleau A-M.
CompPhy: a web-based collaborative platform for comparing phylogenies
BMC Evol Biol. 2014 Dec 14;14(1):253
Chevenet F, Jung M, Peeters M, de Oliveira T, Gascuel O.
Searching for Virus Phylotypes
Bioinformatics (2013) Volume 29, Issue 5Pp. 561-570.
Philippe N, Salson M, Commes T, Rivals E.
CRAC: an integrated approach to the analysis of RNA-seq reads
Genome Biol. 2013 Mar 28;14(3):R30.
Nguyen TH, Ranwez V, Pointet S, Chifolleau AM, Doyon JP, Berry V.
Reconciliation and local gene tree rearrangement can be of mutual profit
Algorithms Mol Biol. 2013 Apr 8;8(1):12.
Le SQ, Dang CC, Gascuel O.
Modeling protein evolution with several amino acid replacement matrices depending on site rates.
Mol Biol Evol. 2012 Oct;29(10):2921-36
Lajoie M, Gascuel O, Lefort V and Bréhélin L.
Computational discovery of regulatory elements in a continuous expression space
Genome Biology, 13(11):R109, 2012.
External publications
Sèverine Bérard, Annie Chateau, Nicolas Pompidor, Paul Guertin, Anne Bergeron, and Krister M. Swenson. Aligning the unalignable: bacteriophage whole genome alignments. BMC Bioinformatics, 17(1):1--13, 2016.
Mourad R., Chevennet F., Dunn D.T., Fearnhill E., Delpech V., Asboe D., Gascuel O., Hue S. A phylotype-based analysis highlights the role of drug-naive HIV-positive individuals in the transmission of antiretroviral resistance in the UK. AIDS 29 (15), 1917-1925, 2015.
Gascuel O., Steel M. A ‘stochastic safety radius’ for distance-based tree reconstruction. Algorithmica, 1-18, 2015.
R. Uricaru, C. Michotey, H. Chiapello, E. Rivals. YOC, a new strategy for pairwise alignment of collinear genomes. BMC Bioinformatics 16:111, 2015.
K.M. Swenson and M. Blanchette. Models and algorithms for genome rearrangement with positional constraints. In Proc. 15th Int'l Workshop Algs. in Bioinformatics (WABI'15), pages 243--256. Springer Verlag, Berlin, 2015.
Yoann Anselmetti, Vincent Berry, Cedric Chauve, Annie Chateau, Eric Tannier, and Sèverine Bérard. Ancestral gene synteny reconstruction improves extant species scaffolding. BMC genomics, 16(Suppl 10) :S11, 2015.
C. Keyser, C. Hollard, A. Gonzalez, L. Fausser, E. Rivals, A. Alexeev, A. Riberon, E. Crubézy, B. Ludes. The ancient Yakuts: a population genetic enigma. Philosophical Transactions of the Royal Society series B Jan 19;370(1660), 2015.
B. Cazaux, T. Lecroq, E. Rivals. Construction of a de Bruijn Graph for Assembly from a Truncated Suffix Tree. 9th International Conference on Language and Automata Theory and Applications (LATA), A.-H. Dediu et al. (Eds.), Springer Verlag, LNCS 8977, pp. 109-120, 2015.
B. Cazaux, T. Lecroq, E. Rivals. From Indexing Data Structures to de Bruijn Graphs. 25th Annual Symposium on Combinatorial Pattern Matching (CPM 2014), Moscow, LNCS 8486, pp. 89-99, Springer Verlag, 2014.
Dang C.C., Le V.S., Gascuel O., Hazes B., Le Q.S. FastMG: a simple, fast, and accurate maximum likelihood procedure to estimate amino acid replacement rate matrices from large data sets. BMC Bioinformatics, 15(1), 341, 2014.
Ghouila A, Florent I, Guerfali FZ, Terrapon N, Laouini D, Yahia SB, Gascuel O, Bréhélin L. Identification of Divergent Protein Domains by Combining HMM-HMM Comparisons and Co-Occurrence Detection. PLoS One 9(6):e95275, 2014
Schaper E, Gascuel O, Anisimova M. Deep conservation of human protein tandem repeats within the eukaryotes. Molecular Biology and Evolution 31(5):1132-48, 2014
Nicolas Briot, Annie Chateau, Rémi Coletta, Simon de Givry, Philippe Leleux, and Thomas Schiex. An Integer Linear Programming Approach for Genome Scaffolding. In Workshop in Constraints in Bioinformatics, WCP 2014 (satellite de CP2014), 2014.
R. Dondi, N. El-Mabrouk, and K.M. Swenson. Gene tree correction for reconciliation and species tree inference: complexity and algorithms. J. Discrete Algorithms, 2014.
Gascuel O, Steel M. Predicting the ancestral character changes in a tree is typically easier than predicting the root state. Systematic Biology 63(3):421-35, 2014
J. Buard, E. Rivals, D. Dunoyer de Segonzac, C. Garres, P. Caminade, B. de Massy, P. Boursot. Diversity of Prdm9 Zinc finger array in wild mice unravels new facets of the evolutionary turnover of this coding minisatellite. PLoS One 2014.
Romain Blanc-Mathieu, Bram Verhelst, Evelyne Derelle, Stephane Rombauts, François-Yves Bouget, Isabelle Carré, Annie Chateau, Adam C Eyre-Walker, Nigel Grimsley, Herve Moreau, Benoit Piegu, Eric Rivals, Yves van de Peer, Wendy Schackwitz and Gwenael Piganeau. An improved genome of the model marine alga Ostreococcus tauri unfolds by assessing Illumina de novo assemblies. BMC Genomics, 15:1103 2014.
El Baidouri F., Brisse S., Berry V., Chevenet F., Diancourt L., Pratlong F., Marty P., Ravel C. Genetic structure and evolution of the Leishmania genus in Africa and Eurasia: what does MLSA tell us PLoS Neglected Tropical Diseases, pp. 001-030, 2013
Scornavacca C., Paprotny W., Berry V., Ranwez V. Representing a set of reconciliations in a compact way Journal of Bioinformatics and Computational Biology, Vol. 11(2), 1250025, 2013
Berry V., Bininda-Emonds O., Semple C. Amalgamating Source Trees with Different Taxonomic Levels Systematic Biology, Vol. 62(2), pp. 231-249, 2013
Guindon S. From Trajectories to Averages: An Improved Description of the Heterogeneity of Substitution Rates Along Lineages Systematic Biology, pp. 22-34, 2013
Guindon S., Cheng Y., Rodrigo A., Wee L. W., Masafumi I., Thompson A., Locarnini S., Lim S. Cumulative viral evolutionary changes in chronic hepatitis B virus infection precedes hepatitis B e antigen seroconversion Gut, Vol. 62(9), pp. 1347-1355, 2012
Mooers A., Gascuel O., Stadler T., Li H., Steel M. Branch Lengths on Birth-Death Trees and the Expected Loss of Phylogenetic Diversity Systematic Biology, Vol. 61(2), pp. 195-203, 2012
Boudière L., Botté C. Y., Saidani N., Lajoie M., Marion J., Brehelin L., Yamaryo-Botté Y., Satiat- Jeunemaître B., Breton C., Girard-Egrot A., Bastien O., Jouhet J., Falconet D., Block M. A., Maréchal E. Galvestine-1, a novel chemical probe for the study of the glycerolipid homeostasis system in plant cells. Molecular BioSystems, Vol. 8(8), pp. 2023-35, 2012
Cornillot E., Hadj-Kaddour K., Dassouli A., Noel B., Ranwez V., Vacherie B., Augagneur Y., Brès V., Duclos A., Randazzo S., Carcy B., Debierre-Grockiego F., Delbecq S., Moubri-Ménage K., Shams-Eldin H., Usmani- Brown S., Bringaud F., Wincker P., Vivarès C.P., Schwarz R. T., Schetters T. P., Krause P. J., Gorenflot A., Berry V., Barbe V., Ben Mamoun C. Sequencing of the smallest apicomplexan genome from the human pathogen Babesia Microti Nucleic Acids Research, Vol. 40(18), pp. 9102-9114, 2012
Julien S., Steel M., Lee M., Sarkissian C., Guindon S., Ho S., Cooper A. The Influence of Rate Heterogeneity among Sites on the Time Dependence of Molecular Rates Molecular Biology and Evolution, pp. 3345-3358, 2012
Rivals E., Philippe N., Salson M., Léonard M., Commes T., Lecroq T. A Scalable Indexing Solution to Mine Huge Genomic Sequence Collections ERCIM News, Vol. 2012(89), pp. 20-21, 2012
Jung M., Leye N., Vidal N., Fargette D., Diop H., Toure Kane C., Gascuel O., Peeters M. The Origin and Evolutionary History of HIV-1 Subtype C in Senegal PLoS ONE, Vol. 7(3), e33579, 2012
Guindon S., Lanfear R., Calcott B., Yw Ho S. PartitionFinder: Combined Selection of Partitioning Schemes and Substitution Models for Phylogenetic Analyses Molecular Biology and Evolution, 2012
Pardi F., Gascuel O. Combinatorics of Distance-Based Tree Inference. Proceedings of the National Academy of Sciences, Vol. 109, pp. 16443-16448, 2012
Publications with the hosting laboratory
Mathias Weller, Annie Chateau, and Rodolphe Giroudeau.
Exact approaches for scaffolding.
BMC bioinformatics, 16(Suppl 14) :S2, 2015.
Annie Chateau and Rodolphe Giroudeau.
A complexity and approximation framework for themaximization scaffolding problem.
Theoretical Computer Science, 595 :92–106, 2015.
Guillemot S., Havet F., Paul C., Perez A.
On the (non-)existence of polynomial kernels for Pl-free edge modification problems
Algorithmica, Vol. 65(4), pp. 900-926, 2013
Gambette P., Berry V., Paul C.
Quartets and Unrooted Phylogenetic Networks
Journal of Bioinformatics and Computational Biology, Vol. 10(4), 1250004, 2012
Annie Chateau and Rodolphe Giroudeau.
Complexity and Polynomial-Time Approximation Algorithms around the Scaffolding Problem.
In First International Conference on Algorithms for Computational Biology (AlCoB 2014), pages 48–60, 2014.
Development
Un brevet en 2010 : Purification process of nascent DNA. • Deux dépôt APP en cours.
Users distribution
International
94 %
National
4 %
Regional
1 %
Local
1%
Explanation about this distribution:
Tous nos outils sont en accès libre sur le site web de la plate-forme. Ils sont mondialement utilisés. Les utilisateurs locaux représentent une très faible part des utilisateurs de la plate-forme.
Platform's own projects
Not Documented
Collaborations
National projets
(9)
Participation depuis 2010 à 6 projets ANR, 1 projet MASTODONS et 2 PIA (Institut de Biologie Computationelle, Ancestrome).
International and European projects
(2)
- Participation en tant que MC member au European COST Action 2011-2015 Next Generation Sequencing Data Analysis Network or SeqAhead.
- Participation au projet européen VIROGENESIS.
Projects with industry
Participation à des projets avec des industriels : des contrats-collaboration avec SkuldTech, Microsoft Research, Bioversity.
Collaboration projects not founded through an external organism
Provision of services not founded through an external organism
Not documented
Animations (Workshops, Work-groups, seminars, conferences ... )
Nous organisons une vingtaine de séminaires de bioinformatique par an avec un invité et une vingtaine de participants à chaque édition. Ces séminaires sont complétés par le séminaire mensuel de l'IBC, avec un invité prestigieux et environ 50 participants à chaque édition.
Depuis 2012, nous organisons MCEB (Mathematical and Computational Evolutionary Biology) chaque année, avec 10 invités de renommée internationale et 70 participants sur 4-5 jours :
- http://www.lirmm.fr/mceb2012/
- http://www.lirmm.fr/mceb2013/
- http://www.lirmm.fr/mceb2014/
- http://www.lirmm.fr/mceb2015/
- http://www.lirmm.fr/mceb2016/
Depuis 2013, nous organisons SeqBio : workshop sur les méthodes d'analyse de texte pour la bioinformatique des séquences
- http://www.gdr-bim.cnrs.fr/seqbio2013/
- http://gdr-bim.cnrs.fr/seqbio2014/
- http://www.gdr-bim.cnrs.fr/seqbio2015/
Depuis 2014, nous animons le réseau des ingénieurs en bioinformatique de Montpellier (http://ifb-gs.cnrs.fr/mbi) qui se réunit une fois par mois autour d'une thématique prédéfinie (par exemple Galaxy, CHADO,...).
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