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BililleScientific leader(s)
Technical leader(s)
Technical leader
Not documentedCertificat(s)
- France-Génomique
![]() Annual visits: 36 000 an
Unique visits: 3 600 an
Quotes: 247
Latest update: 03-12-2018
NorineDescriptionNorine is a public computational resource with a web interface and REST access to a knowledge-base of Access conditionsFreely access to Norine. |
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Unique visits: Not documented
Quotes: 57
Downloads: 100
CRACDescriptionCRAC proposes a novel way of analyzing reads that integrates genomic locations and local coverage, and delivers all above mentioned predictions in a single step. CRAC uses a double k-mer profiling approach to detect candidate mutations, indels, splice or fusion junctions in each single read. Access conditionsCRAC is released under a CECiLL licence (a GPL-compliant licence). You can download it and install it on your server. |
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Unique visits: Not documented
Quotes: 25
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VidjilDescriptionVidjil is an open-source platform for the analysis of high-throughput sequencing data from lymphocytes. V(D)J recombinations in lymphocytes are essential for immunological diversity. They are also useful markers of pathologies, and in leukemia, are used to quantify the minimal residual disease during patient follow-up. High-throughput sequencing (NGS/HTS) now enables the deep sequencing of a lymphoid population with dedicated Rep-Seq methods and software. Vidjil contains a high-throughput algorithm extracting V(D)J junctions and gather them into clones. This analysis is based on a seed heuristics and is fast and scalable, as, in the first phase, no alignment is performed with database germline sequences. Vidjil also contains a dynamic browser and a patient database for visualization and analysis of clones and their tracking along the time in a MRD setup or in a immunological study. Access conditionsVidjil is open-source, released under GNU GPLv3 license. You are welcome to redistribute it under certain conditions. This software is for research use only and comes with no warranty. The browser can be accessed at rbx.vidjil.org/browser. The development code of Vidjil is available on GitHub, and the command-line version of Vidjil can also be downloaded below. |
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Unique visits: Not documented
Quotes: 507
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SortMeRNADescriptionSortMeRNA is a biological sequence analysis tool for filtering, mapping and OTU-picking NGS reads. The core algorithm is based on approximate seeds and allows for fast and sensitive analyses of nucleotide sequences. The main application of SortMeRNA is filtering rRNA from metatranscriptomic data. Additional applications include OTU-picking and taxonomy assignation available through QIIME v1.9+ (http://qiime.org - v1.9.0-rc1). SortMeRNA takes as input a file of reads (fasta or fastq format) and one or multiple rRNA database file(s), and sorts apart rRNA and rejected reads into two files specified by the user. Optionally, it can provide high quality local alignments of rRNA reads against the rRNA database. SortMeRNA works with Illumina, 454, Ion Torrent and PacBio data, and can produce SAM and BLAST-like alignments. Access conditionsSortMeRNA is implemented in C++ and freely distributed under the GNU lesser general public license (LGPL). |
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Unique visits: Not documented
Quotes: 93
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CarnacDescriptionCarnac is a software tool for analysing the hypothetical secondary structure of a family of homologous RNA. It aims at predicting if the sequences actually share a common secondary structure. When this structure exists, Carnac is then able to correctly recover a large amount of the folded stems. The input is a set of single-stranded RNA sequences that need not to be aligned. The folding strategy relies on a thermodynamic model with energy minimization. It combines information coming from locally conserved elements of the primary structure and mutual information between sequences with covariations too. Access conditionsYou can use Carnac via the web interface. It is also possible to download and install it locally (carnac.tar.gz and read_me). You need a C compiler. |
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Unique visits: Not documented
Quotes: 76
Downloads: Not documented
DiNAMODescriptionThe DiNAMO software implements an exhaustive algorithm to detect over-represented IUPAC motifs in a set of DNA sequences. It has two modes: scanning mode, where all windows are parsed, or fixed-position mode, where only motifs occurring at a specific position in the sequences are taken into account. DiNAMO can be used in a variety of applications, such as ChIP-seq peak analysis for transcription factor binding sites identification, or finding motifs that induce systematic sequencing errors. Access conditionsAucune |
Domains of activity
- Computer Science
- Biology
- Biomedical
- Environment
Keywords:
- NGS data analysis
- Methodology
- Genome and transcriptome assembly
- Read mapping
- Genomics (DNA-seq)
- Genome analysis
- Structural and functional genome annotation
- Transcriptomics (RNA-seq)
- Differential gene expression analysis
- Transcripts and transcript variants analysis
- Variant calling
- Panels (amplicons, captures)
- Exomes
- Analysis of gene expression regulation
- Chip-seq
- Small and long non-coding RNAs
- Metagenomics, metatranscriptomics
- Sequence analysis
- Sequence algorithmics
- (multiple) Sequence Alignment
- Sequence annotation
- Sequence motif discovery
- Structural bioinformatics
- Biostatistics
- Descriptive statistics
- Statistical tests
- Regression
- Multivariate analysis
- Dimension reduction
- Information and communication technology developments
- Tools
- Tool integration
- Interoperability
- Interfaces, web portals
- Workflows developments
- Data
- Data integration
- Data management and transfer
- Databases and information systems
- Evolution and phylogeny
- Molecular evolution
- Genes and genomes
- Comparative genomics
- Genome comparison
- Genomics: Chips
- DNA chips
- CGH
- RNA chips
- Expression
- Immunogenetics
- Immune repository analysis
- Immunoinformatics
- Proteomics
- Statistical Differential Analysis
Formation professionnelle
![]() Trainees: 12 trainees / year
Training time: 2 day(s) / year
Upcoming session : 07-03-2019
Cycle « Analyse de données de séquençage à haut-débit » - Module 1/5 : Analyses ADNDescriptionbilille propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit. Ce cycle est composé de 5 modules, à la carte : - Module 1: Analyses ADN - Module 2: Analyses de variants - Module 3: Analyses RNA-seq, bioinformatique - Module 4: Analyses RNA-seq, biostatistique - Module 5: Métagénomique Les fiches descriptives sont accessibles sur le site de bilille. Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy. Les objectifs du module 1 sont : - Apprendre à manipuler des données de séquençage d’ADN Contacts: Guillaume Brysbaert, Ségolène Caboche, Sylvain Legrand (mails) Access conditionsEtre familier avec la plate-forme web Galaxy (idéalement avoir suivi la formation bilille « Initiation à Galaxy ») |
![]() Trainees: 12 trainees / year
Training time: 3 day(s) / year
Upcoming session : 01-04-2019
Cycle « Analyse de données de séquençage à haut-débit » - Module 2/5 : Analyses de variantsDescriptionbilille propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit. Ce cycle est composé de 5 modules, à la carte : - Module 1: Analyses ADN - Module 2: Analyses de variants - Module 3: Analyses RNA-seq, bioinformatique - Module 4: Analyses RNA-seq, biostatistique - Module 5: Métagénomique Les fiches descriptives sont accessibles sur le site de bilille. Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy. Les objectifs du module 2 sont : - Comprendre les grands principes de la détection de variants Contacts: Guillaume Brysbaert, Ségolène Caboche, Sylvain Legrand (mails) Access conditions- Etre familier avec la plate-forme web Galaxy (idéalement avoir suivi la formation bilille « Initiation à Galaxy ») |
![]() Trainees: 12 trainees / year
Training time: 2 day(s) / year
Upcoming session : 13-06-2019
Cycle « Analyse de données de séquençage à haut-débit » - Module 3/5 : Analyses RNA-seq - partie 1 (bioinformatique)Descriptionbilille propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit. Ce cycle est composé de 5 modules, à la carte : - Module 1: Analyses ADN - Module 2: Analyses de variants - Module 3: Analyses RNA-seq, bioinformatique - Module 4: Analyses RNA-seq, biostatistique - Module 5: Métagénomique Les fiches descriptives sont accessibles sur le site de bilille. Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy. Les objectifs du module 3 sont : - Savoir réaliser une analyse transcriptomique par RNA-seq avec ou sans (de novo) génome de référence à l’aide du portail Galaxy Contacts: Guillaume Brysbaert, Ségolène Caboche, Sylvain Legrand (mails) Access conditionsEtre familier avec la plate-forme web Galaxy (idéalement avoir suivi la formation bilille « Initiation à Galaxy ») Avoir suivi le module 1/5 « Analyses ADN » de ce cycle ou toute autre formation permettant de justifier de connaissances sur les données de séquençage haut débit et leur alignement. |
![]() Trainees: 12 trainees / year
Training time: 2 day(s) / year
Upcoming session : 16-09-2019
Cycle « Analyse de données de séquençage à haut-débit » - Module 4/5 : Analyses RNA-seq - partie 2 (biostatistique)Descriptionbilille propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit. Ce cycle est composé de 5 modules, à la carte : - Module 1: Analyses ADN - Module 2: Analyses de variants - Module 3: Analyses RNA-seq, bioinformatique - Module 4: Analyses RNA-seq, biostatistique - Module 5: Métagénomique Les fiches descriptives sont accessibles sur le site de bilille. Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy. Les objectifs du module 4 sont : - Savoir réaliser une analyse différentielle de données RNA-seq à partir d’une table de comptage (quantifiant les lectures alignées) à l’aide du portail Galaxy - Avoir un regard critique sur les résultats d’une analyse différentielle - Comprendre différentes méthodes de normalisation et les contextes d’utilisation correspondants Contacts: Guillaume Brysbaert, Ségolène Caboche, Sylvain Legrand (mails) Access conditions- Etre familier avec la plate-forme web Galaxy (idéalement avoir suivi la formation bilille « Initiation à Galaxy ») |
![]() Trainees: 12 trainees / year
Training time: 3 day(s) / year
Upcoming session : 20-11-2019
Cycle « Analyse de données de séquençage à haut-débit » - Module 5/5 : MétagénomiqueDescriptionbilille propose chaque année un cycle de formation d'introduction à l'analyse des données de séquençage à haut débit. Ce cycle est composé de 5 modules, à la carte : - Module 1: Analyses ADN - Module 2: Analyses de variants - Module 3: Analyses RNA-seq, bioinformatique - Module 4: Analyses RNA-seq, biostatistique - Module 5: Métagénomique Les fiches descriptives sont accessibles sur le site de bilille. Chaque module comprend des présentations générales et des séances pratiques sur ordinateur, avec Galaxy. Les objectifs du module 5 sont : - Connaître les différentes méthodes de séquençage à haut débit pour la métagénomique, avec leurs avantages et leurs limites : métagénomique ciblée, métagénomique génomes entiers, métatranscriptomique Contacts: Guillaume Brysbaert, Ségolène Caboche, Sylvain Legrand (mails) Access conditions- Etre familier avec la plate-forme web Galaxy (idéalement avoir suivi la formation bilille « Initiation à Galaxy ») |
![]() Trainees: 12 trainees / year
Training time: 2 day(s) / year
No upcoming session scheduled
Cycle « Initiation à la bioinformatique » - Module 1/4 : Banques de données et BlastDescriptionbilille propose un cycle de découverte de la bioinformatique à destination des chercheurs, enseignants-chercheurs, ingénieurs, techniciens et doctorants en biologie. Aucun pré-requis en informatique n'est attendu. Le cycle est constitué de quatre modules de deux jours: - Banques de données et BLAST Ces modules peuvent être suivis indépendamment, mais ont une cohérence. Suivre chaque module peut aider à une meilleure compréhension des modules suivants. Les fiches descriptives des différents modules sont accessibles sur le site web de bilille. Les objectifs du module 1 sont : - Découvrir différentes banques de données de séquences généralistes Contacts: Guillaume Brysbaert, Ségolène Caboche, Sylvain Legrand (mails) Access conditionsSavoir utiliser un ordinateur (Windows...) : naviguer sur internet (Internet Explorer ou Firefox), utiliser un traitement de texte (Word ou OpenOffice). |
![]() Trainees: 12 trainees / year
Training time: 2 day(s) / year
No upcoming session scheduled
Cycle « Initiation à la bioinformatique » - Module 2/4 : Alignement de séquencesDescriptionbilille propose un cycle de découverte de la bioinformatique à destination des chercheurs, enseignants-chercheurs, ingénieurs, techniciens et doctorants en biologie. Aucun pré-requis en informatique n'est attendu. Le cycle est constitué de quatre modules de deux jours: - Banques de données et BLAST Ces modules peuvent être suivis indépendamment, mais ont une cohérence. Suivre chaque module peut aider à une meilleure compréhension des modules suivants. Les fiches descriptives des différents modules sont accessibles sur le site web de bilille. Les objectifs du module 2 sont : - Découvrir les différents types d'alignement pour les séquences protéiques et nucléiques Contacts: Guillaume Brysbaert, Ségolène Caboche, Sylvain Legrand (mails) Access conditions- Savoir utiliser un ordinateur (Windows…) : naviguer sur internet (Internet Explorer ou Firefox), utiliser un traitement de texte (Word ou OpenOffice). |
![]() Trainees: 12 trainees / year
Training time: 2 day(s) / year
No upcoming session scheduled
Cycle « Initiation à la bioinformatique » - Module 3/4 : Prédiction de gènes et annotation de protéinesDescriptionbilille propose un cycle de découverte de la bioinformatique à destination des chercheurs, enseignants-chercheurs, ingénieurs, techniciens et doctorants en biologie. Aucun pré-requis en informatique n'est attendu. Le cycle est constitué de quatre modules de deux jours: - Banques de données et BLAST Ces modules peuvent être suivis indépendamment, mais ont une cohérence. Suivre chaque module peut aider à une meilleure compréhension des modules suivants. Les fiches descriptives des différents modules sont accessibles sur le site web de bilille. Les objectifs du module 3 sont : - découvrir les logiciels liés à la prédiction de gènes et à l'annotation de protéines Contacts: Guillaume Brysbaert, Ségolène Caboche, Sylvain Legrand (mails) Access conditions- Savoir utiliser un ordinateur (Windows...) : naviguer sur internet (Internet Explorer ou Firefox), utiliser un traitement de texte (Word ou OpenOffice). |
![]() Trainees: 12 trainees / year
Training time: 2 day(s) / year
No upcoming session scheduled
Cycle « Initiation à la bioinformatique » - Module 4/4 : Initiation à la reconstruction phylogénétique en biologie moléculaireDescriptionbilille propose un cycle de découverte de la bioinformatique à destination des chercheurs, enseignants-chercheurs, ingénieurs, techniciens et doctorants en biologie. Aucun pré-requis en informatique n'est attendu. Le cycle est constitué de quatre modules de deux jours: - Banques de données et BLAST Ces modules peuvent être suivis indépendamment, mais ont une cohérence. Suivre chaque module peut aider à une meilleure compréhension des modules suivants. Les fiches descriptives des différents modules sont accessibles sur le site web de bilille. Les objectifs du module 4 sont : - Comprendre les grands principes de l’évolution moléculaire et de la reconstruction phylogénétique Contacts: Guillaume Brysbaert, Ségolène Caboche, Sylvain Legrand (mails) Access conditions- Il est conseillé mais non nécessaire d’avoir suivi le module 1/4 « Banques de données et Blast » et le module 2/4 « Alignements de séquences » du cycle d'initiation à la bioinformatique. |
![]() Trainees: 12 trainees / year
Training time: 1 day(s) / year
No upcoming session scheduled
Initiation à GalaxyDescriptionbilille organise une formation d'initiation à Galaxy, destinée aux biologistes ou médecins désirant découvrir le traitement bioinformatique de données via une interface conviviale. Galaxy est très répandu pour l’analyse de données omiques, telles que données de séquençage ou données de puces à ADN. Cette initiation à Galaxy est une formation interne à bilille. Access conditionsNot documented |