Expertise of IFB platforms

Thanks to its federation of platforms across France, the IFB's mission is to connect experts and users of bioinformatics to facilitate sharing of knowledge. To consult our expertise, type a keyword in the text field below or use the activity area filter to refine your search.

 

Liste des plateformes

(
Roscoff
)

ABiMS works with research team within the framework of scientific collaboration formalised as project. ABiMS provide differents services : A scientific computing environment (Infrastructure As A Service - IAAS) Advice and expertise in 'omic data analysis Software engineering (information system, databases, ...) User support and training
Domaine(s) d'activité
  • Environment
  • Biology
  • Agri-food
(
Montpellier
)

Algorithmique du texte et des arbres, combinatoire, optimisation, modélisation probabiliste et statistique, classification, phylogénie, séquençage haut débit, génomes, transcriptomes, protéomes, cancer, paludisme, VIH.
Domaine(s) d'activité
  • Biotechnology
  • Biomedical
  • Biology
  • Agri-food
  • Environment
(
Montpellier
)

Algorithmique du texte et des arbres, combinatoire, optimisation, modélisation probabiliste et statistique, classification, phylogénie, séquençage haut débit, génomes, transcriptomes, protéomes, cancer, paludisme, VIH.
Domaine(s) d'activité
  • Biotechnology
  • Biomedical
  • Biology
  • Agri-food
  • Environment
(
Saint-Genes-Champanelle
)

La plateforme fait apparaître une forte expertise en génomique, épigénomique et métagénomique. Les modèles biologiques sont variés (micro-organismes, plantes, animaux) donnant un caractère généraliste à de nombreux outils. Cette plate-forme fait suite à une structuration des laboratoires de l'Université Clermont Auvergne faisant de la recherche dans ce domaine : CHELTER (http://193.49.117.47/weblabs/web/app_chelter.php/) CHU Estaing, Université Clermont Auvergne ; ICCF (https://...
Domaine(s) d'activité
  • Biology
  • Agri-food
  • Environment
  • Biotechnology
  • Biomedical
  • Computer Science
(
Illkirch
)

• Biologie Végétale Intégrative (silencing, épigénétique, intéractions hôtes pathogènes, cycle cellulaire, …) • Maladies génétiques rares (ciliopathies, rétinopathies, myopathies, …) • Génomique structurale, fonctionnelle, comparative • Protéomique haut-débit et Protéomique structurale • Développement de méthodes quantitatives basées sur la spectrométrie de masse et leur application à des systèmes biologiques • ARN non-codantes : architecture, mécanismes d'évolution, et rôles dans...
Domaine(s) d'activité
  • Biomedical
  • Agri-food
  • Environment
  • Biotechnology
  • Biology
(
Villejuif
)

● Bioanalyses Conception, définition de design expérimentaux en génomique (microarrays, NGS). Analyse de données génomiques (microarray et NGS) - Microarray : - Gene Expression (Agilent, Affymetrix) - CGH array - microRNA array - NGS (DNA-seq): - Détection de SNP (WES, WGS, TS) - Détection de variants structuraux (LOH, CNV) - ChipSeq - NGS (RNA-seq) : - Analyse différentielle - recherche de transcrit de fusion - recherche de splicing alternatif - detection de SNP par RNA-...
Domaine(s) d'activité
  • Biomedical
  • Biology
(
Lille
)

Aucune information n'est disponible pour cette plateforme. Pour plus d'informations, veuillez contacter le responsable de la plateforme
Domaine(s) d'activité
  • Computer Science
  • Biology
  • Biomedical
  • Environment
(
Lille
)

Aucune information n'est disponible pour cette plateforme. Pour plus d'informations, veuillez contacter le responsable de la plateforme
Domaine(s) d'activité
  • Computer Science
  • Biology
  • Biomedical
  • Environment
(
Nantes
)

La plateforme BiRD conseille, propose et développe des services en bioinformatique : analyse de données de séquençage pour la détection de variants, l'étude du transcriptome ou du microbiote. Pour cela elle travaille aux cotés de la plateforme Génomique qui prend en charge les projets de préparations de librairies et séquençage. Pour toutes ces applications, BiRD possède une expertise dans l'analyse de données à grande échelle et a développé des pipelines d’analyse bioinformatiques dédiés...
Domaine(s) d'activité
  • Biomedical
  • Biology
  • Computer Science
(
Nantes
)

La plateforme BiRD conseille, propose et développe des services en bioinformatique : analyse de données de séquençage pour la détection de variants, l'étude du transcriptome ou du microbiote. Pour cela elle travaille aux cotés de la plateforme Génomique qui prend en charge les projets de préparations de librairies et séquençage. Pour toutes ces applications, BiRD possède une expertise dans l'analyse de données à grande échelle et a développé des pipelines d’analyse bioinformatiques dédiés...
Domaine(s) d'activité
  • Biomedical
  • Biology
  • Computer Science
(
Bordeaux
)

L'objectif du Centre de Bioinformatique de Bordeaux (CBiB) est de concevoir, mettre en œuvre et fournir l’accès aux services d’analyse de données biologiques adaptés à une production à haut débit (ex., génomique, protéomique, métabolomique, etc.). Cette exigence d’analyser les données de grande volumétrie de façon rapide et fiable, amène le CBiB à développer les méthodes de type « Big Data ». Pour ce faire, le CBiB réunit les compétences nécessaires en bioinformatique et en informatique...
Domaine(s) d'activité
  • Biomedical
  • Agri-food
  • Environment
  • Biology
(
Orsay
)

La plateforme Bioinformatique eBio (http://ebio.u-psud.fr/), créée en décembre 2009, est au centre du dispositif de bioinformatique de l’Université Paris-Sud. Elle est associée aux services de bioinformatiques de l’INRA Moulon, de l’hôpital Paul Brousse et de Gustave Roussy. eBio est labellisée par IBISA/Reseau National des Plateformes Bioinformatiques (RENABI) et membre de l’Alliance des Plateformes Bioinformatiques d’Ile de France (APLIBIO).  Le site principal de eBio est localisé au bat...
Domaine(s) d'activité
  • Biology
  • Biomedical
  • Agri-food
  • Environment
(
Castanet Tolosan
)

The areas of expertise of GenoToul bioinfo platform are: - The processing of data from the high-throughput sequencing: assembly, annotation, analysis of expression (RNAseq, de novo RNAseq, sRNAseq), metagenomics analysis of variants, méthylSeq. - Bioinformatics analysis of ncRNA: annotation, prediction, search targets, in archaea, bacteria, plants and animals.
Domaine(s) d'activité
  • Biomedical
  • Agri-food
  • Environment
  • Biotechnology
  • Biology
(
Rennes
)

La plate-forme GenOuest plusieurs catégories de prestations : 1) une infrastructure bio-informatique : il s’agit de proposer un environnement bio-informatique complet au sein duquel les utilisateurs pourront évoluer en autonomie complète ou bien en recourant au support proposé par les personnels de la plate-forme. 2) le développement d’applications bioinformatiques : pour certains projets le nécessitant, des environnements spécifiques, des interfaces ou des bases de données sont développés par...
Domaine(s) d'activité
  • Biomedical
  • Agri-food
  • Environment
  • Biotechnology
  • Biology
(
Paris
)

L'Institut du Cerveau et de la Moelle épinière (ICM), situé sur le site de l’Hôpital de la Pitié-Salpêtrière, constitue un pôle majeur de recherche fondamentale et clinique sur le système nerveux, où 650 chercheurs, ingénieurs et médecins couvrent l’ensemble des disciplines de la neurologie dans le but d’accélérer les découvertes sur le fonctionnement du cerveau, et les développements de traitements pour des maladies comme Alzheimer, Parkinson, la sclérose en plaques, ou l'épilepsie...
Domaine(s) d'activité
  • Biomedical
  • Biotechnology
  • Biology
  • Computer Science
(
Lyon
)

Cette structure a été créée à l'initiative de l'INCa dans le cadre de sa participation à l'"International  Cancer Genome Consortium" (ICGC).   Elle a trois missions : 1 collecter ou préparer puis valider les acides nucléiques (ADN normal, ADN tumoral, ARN tumoral,...)  qui   seront   examinés   avec   les   techniques   de  la  génomique:   puce   de  génotypage, ...
Domaine(s) d'activité
  • Biomedical
  • Biology
(
Paris
)

The expertise of the platform is versatile on many aspects of high-throughput data management, processing, integration and statistical and functional analysis in biology and in clinics. Many data types are treated: Microarrays: expression, copy number, SNP, ChIP NanoString NGS: Exome-seq, targeted-seq, WGS, RNA-seq, smallRNA-seq, 5C, HiC, ChIP-seq … RPPA, Mass spectometry, classical and SILAC, SWATH low-throughput biological data. The expertise covers fundamental,...
Domaine(s) d'activité
  • Biomedical
  • Biology
  • Biotechnology
(
Villers-lès-Nancy
)

Plateforme expérimentale de recherche dépendant de Inria Nancy Grand-Est, la plateforme MBI s’est constituée autour de deux domaines principaux d’expertise. 1. La modélisation 3D des protéines et de leurs interactions, avec en particulier la simulation de dynamiques moléculaires (logiciel NAMD), et la mise à disposition de programmes ultra-rapides de docking rigide et de comparaison de formes, exécutés sur des clusters mixtes (CPU et GPU). 2. L’extraction de connaissances à partir...
Domaine(s) d'activité
  • Biomedical
  • Biology
(
Evry
)

Tools and databases for bacterial genome annotation and comparative genomics Metabolic network reconstruction Curation of metabolic data Discovery of new enzymatic activities Quantitative transcriptomics via RNA-seq Variant analysis Pangenomics and (meta)genomics analyses
Domaine(s) d'activité
  • Biomedical
  • Agri-food
  • Environment
  • Biotechnology
(
Evry
)

Tools and databases for bacterial genome annotation and comparative genomics Metabolic network reconstruction Curation of metabolic data Discovery of new enzymatic activities Quantitative transcriptomics via RNA-seq Variant analysis Pangenomics and (meta)genomics analyses
Domaine(s) d'activité
  • Biomedical
  • Agri-food
  • Environment
  • Biotechnology
(
Jouy-en-Josas
)

La plate-forme MIGALE a une interaction privilégiée avec l’équipe StatInfOmics de l ‘unité MaIAGE à qui elle fournit un support logistique important. Les compétences de cette équipe sont les statistiques appliquées à l’analyse des données « omiques », et la bioinformatique au sens large, concernant en particulier :   la structure des génomes : traitement et analyse des données NGS l’annotation structurale et fonctionnelle de génomes complets, la recherche...
Domaine(s) d'activité
  • Agri-food
  • Environment
  • Biology
(
Marseille
)

Expertise dans le domaine des maladies rares de la recherche au traitement : Design et analyse des expériences de séquençage (WES, WGS, RNAseq, CHIPseq) Recherche de nouveaux gènes par analyses familiales Analyse des données Création et hébergement de bases de données de patients et de mutations Expertise dans le domaine des biotechnologies Toutes les technologies principales de biologie moléculaire Développement d'outils spécifiques : validation d'hypothèses...
Domaine(s) d'activité
  • Biotechnology
  • Biomedical
  • Biology
(
Paris
)

Orphanet has particular expertise in the field of rare diseases, in particular the clinical and medical aspects of these diseases (natural history, diagnosis and care), their epidemiology (prevalence, incidence, prevalence at birth, geographical distribution, and age of onset and death), their genetic basis (genetic determinants of causalité/susceptibility), their phenotypic aspect (frequence of the occurance of different phenotypic traits), their nosology (via a multi-dimensional...
Domaine(s) d'activité
  • Biomedical
(
Marseille
)

Génomique procaryote et virale. Transcriptomique. Métagénomique. Protéomique. Biologie Structurale (EM and X-ray crystallography)
Domaine(s) d'activité
  • Biomedical
  • Biotechnology
  • Environment
(
Paris
)

Aucune information n'est disponible pour cette plateforme. Pour plus d'informations, veuillez contacter le responsable de la plateforme
Domaine(s) d'activité
  • Biomedical
  • Biology
(
Versailles
)

L’activité de recherche de l’URGI (intégration de données, annotation des répétitions, structure et dynamique des génomes) est étroitement liée aux 2 composantes de la plateforme (Système d’Information et analyse des génomes). D’une part, la plateforme bénéficie de l’expertise acquise coté recherche (analyse et développement d’outils), d’autre part elle offre un support solide à notre activité de recherche grâce aux ressources et aux compétences de son personnel (principalement des Ingénieurs...
Domaine(s) d'activité
  • Environment
  • Biology
  • Agri-food
  • Computer Science
(
Villeurbanne
)

Les domaines de compétences du PRABI-AMSB comprennent la phylogénie moléculaire, les statistiques, l’écologie, la virologie et la microbiologie ainsi que l’analyse de données biomédicales. Par ailleurs les méthodologies utilisées sont celles de la génomique, la transcriptomique, la métagénomique/métatranscriptomique, ainsi que la biologie des systèmes.
Domaine(s) d'activité
  • Environment
  • Biology
(
Pierre Bénite
)

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Domaine(s) d'activité
  • Biology
  • Biomedical
  • Biotechnology
(
Lyon
)

Le PRABI-Gerland https://prabi.ibcp.fr localisé à l'IBCP développe les bases de données dans le domaine infectieux, les méthodes de prédiction et d'optimisation des structures 3D de protéines ainsi que les outils et services s'y rapportant. Dans le domaine des services la spécificité de la PF est la bioinformatique structurale (Modélisation moléculaire, prédiction de structure) introduite sur Lyon dès 1986 (il y a 25 ans avant même que le mot n'existe...). Dans ce...
Domaine(s) d'activité
  • Biomedical
  • Biotechnology
  • Biology
(
Villeurbanne
)

Les thématiques de recherche du PRABI-Doua s’organisent autour d’un point de vue méthodologique, qui affirme l’importance de la modélisation tant mathématique qu’informatique et d’une perspective évolutive qui organise les recherches indépendamment du niveau d’organisation biologique. C’est dans la synergie entre des problématiques biologiques propres et des développements méthodologiques que naît la plus grande part des résultats scientifiques de cette composante. Parmi les thématiques...
Domaine(s) d'activité
  • Biomedical
  • Agri-food
  • Environment
  • Biology
(
Paris
)

Bioinformatique Structurale : analyse et modélisation de la structure et de la fonction des protéines, des peptides. Complexes protéiques, peptide-protéine. Criblage in silico. Modélisation comparative de la structure des protéines Recherche de similitudes structurales Modélisation de la structure de complexes protéiques Modélisation de novo de la structure des peptides Criblage in silico (structure-based) Impact structural de mutations ponctuelles
Domaine(s) d'activité
  • Biology
  • Computer Science
  • Biomedical
(
Montpellier
)

South Green (SG) is a bioinformatics platform based on the Agropolis campus gathering Bioinformatics staff from CIRAD, IRD, INRAE and the Alliance Bioversity international-CIAT. Based on this strong local community in the field of agriculture, food, biodiversity and environment, this network of national and international scope, develops bioinformatics applications and resources dedicated to genetics and genomics of tropical and Mediterranean plants. South Green offers 3 types of services...
Domaine(s) d'activité
  • Biotechnology
  • Biology
  • Agri-food
  • Computer Science
(
Montpellier
)

South Green (SG) is a bioinformatics platform based on the Agropolis campus gathering Bioinformatics staff from CIRAD, IRD, INRAE and the Alliance Bioversity international-CIAT. Based on this strong local community in the field of agriculture, food, biodiversity and environment, this network of national and international scope, develops bioinformatics applications and resources dedicated to genetics and genomics of tropical and Mediterranean plants. South Green offers 3 types of services...
Domaine(s) d'activité
  • Biotechnology
  • Biology
  • Agri-food
  • Computer Science
(
Montpellier
)

South Green (SG) is a bioinformatics platform based on the Agropolis campus gathering Bioinformatics staff from CIRAD, IRD, INRAE and the Alliance Bioversity international-CIAT. Based on this strong local community in the field of agriculture, food, biodiversity and environment, this network of national and international scope, develops bioinformatics applications and resources dedicated to genetics and genomics of tropical and Mediterranean plants. South Green offers 3 types of services...
Domaine(s) d'activité
  • Biotechnology
  • Biology
  • Agri-food
  • Computer Science
(
Marseille
)

The expertise of the TAGC-BCF s'articulent autour de la génomique et la bioinformatique appliquées à l'étude des pathologies. Notre approche est multidisciplinaire et s'appuie sur la biologie des systèmes. Nos domaines d'expertise sont notamment: l'analyse de données de séquencage haut débit: recherche et analyse de régions régulatrices recherche de variants génétiques et régulateurs analyse du transcriptome épigénétique analyse et modélisation de réseaux d'...
Domaine(s) d'activité
  • Biomedical
  • Biology
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