L'Institut Français de Bioinformatique (IFB) organise en partenariat avec l'Institut de Biologie Intégrative de la Cellule (I2BC) une formation à destination des bioinformaticiens et biostatisticiens souhaitant mettre en oeuvre les principes "FAIR" (Facile à trouver, Accessible, Interopérable, Réutilisable) dans leurs projets d'analyse et de développement. Les concepts FAIR, initialement définis dans le contexte d'ouverture des données de la recherche, seront ici adaptés pour cadrer avec un projet type de développement et/ou analyse bioinformatique/biostatistique. Ainsi, la formation n'abordera pas les aspects "FAIR" spécifiques aux données mais introduira plusieurs outils permettant d'améliorer la reproductibilité des analyses.
Objectifs pédagogiques : à la fin de cette formation, les participants pourront mettre en oeuvre les principes de la science reproductible : encapsuler un environnement de travail, concevoir et exécuter des workflows, gérer des versions de code, passer à l’échelle sur un cluster de calcul, gérer des environnements logiciels et assurer la traçabilité de leur analyse à l’aide de Notebooks.
La formation s’organise en deux temps :
- Premier et deuxième jours : formation théorique et pratique aux outils de la science reproductible dans un projet bioinformatique
- Troisième jour : atelier optionnel de travail sur le matériel pédagogique de la formation à destination de futurs formateurs
Prérequis : Linux, programmation shell, notions de R et Python
Tarifs :
- Académique : 120 € pour 2 jours et 180 € pour 3 jours
- Non-académique : 600 € pour 2 jours ou 900 € pour 3 jours
Important :
- le nombre de participants est limité à 15 personnes maximum
- il est possible d'assister uniquement aux deux premiers jours de la formation, merci de nous indiquer cette information dans le formulaire d’inscription.
- vous devrez vous munir de votre ordinateur portable avec installation préalable de docker (voir https://docs.docker.com/get-docker) pour pouvoir participer à la formation
Organisateurs :
- IFB : Hélène Chiapello, Gildas Le Corguillé, Yoursra Mahmah, Julien Seiler, Jacques van Helden
- I2BC : Thomas Denecker, Céline Hernandez, Claire Toffano-Nioche
