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Training / évenements (co-)organisés par l'IFB / Cloud training
IFB Cloud training
Training courses on the IFB Cloud organised in 3 modules (IBI), one per day.
Du 19-04-2016 au 19-04-2016 à Gif sur Yvette
Date limite d'inscription: Aucune information
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Formation au Cloud de l'Intitut Français de Bioinformatique.

Bienvenue sur la page évènementielle du cloud et de la cellule infrastructure de l'Institut Français de Bioinformatique.

Nous proposons un cursus de formation sur le cloud IFB composé de 3 modules (IBI), chacun se déroulant sur une journée dans nos locaux à Gif-sur-Yvette (des sessions délocalisées sont également envisageables sur demande).

Vous pouvez consulter la présentation du cloud et la documentation mise à disposition dans la partie du site dédié au cloud.

 

Vous trouverez ci-joint la démonstration de la nouvelle interface du cloud BioSphère qui a eu lieu lors d'un atelier pendant l'assemblée générale de l'IFB.

BioSphère sera accessible prochainement. Pour tout renseignement, vous pouvez contacter le support du cloud de l'IFB.


IBI-1 - Utilisation de base du cloud IFB

Public: tout public
Durée: 1 jour

Niveau requis:  débutant sur le cloud, utilisateur de services bioinformatiques

Objectifs: Savoir utiliser le cloud IFB pour des analyses de données biologiques : exécuter ses propres machines virtuelles et transférer ses données entre son poste de travail et le cloud et récupérer les résultats.

Contenu:

  • Présentation du cloud IFB ;
  • Présentation du tableau de bord ;
  • Déploiement des machines virtuelles ;
  • Gestion des données avec des disques virtuels, leur gestion ;
  • Les différents types de connexion aux VMs (SSH, Web et bureau à distance).
  • Pratique : utilisation de l’appliance Galaxy et d’un bureau virtuel

Documents (version du 17/10/2016) :

Les versions mises à jour des documents seront mis en ligne au plus tard le jour de la formation.

Formulaire d'inscription à IBI-1

Pour toutes questions sur l'évènement, contacter l'IFB-core.


Inscription à la formation sur l'utilisation de base du cloud IFB

 

Une nouvelle session de formation IBI-1 est programmée pour le mardi 18 octobre 2016 à Gif-sur-Yvette.

Une session IBI-2 est programmée le lendemain, mercredi 19 octobre 2016, pour les personnes intéressées à découvrir les fonctionnalités avancées du Cloud (NB : la maitrise de la ligne de commande est requis pour suivre cette session). L'inscription est obligatoire : http://www.france-bioinformatique.fr/IBI2/register.

Vous pouvez nous contacter pour toutes questions sur les formations à formation-cloud@france-bioinformatique.fr.

 

IBI-2 - Utilisation avancée du cloud IFB

Public: utilisateur du cloud
Durée : 1 jour

Niveau requis: avoir suivi IBI-1 (ou équivalent) et maitriser la ligne de commande

Objectifs : Savoir déployer une application complexe pour l'analyse intensive de données biologiques de grande taille. Savoir adapter les machines virtuelles disponibles pour répondre à des besoins plus complexes.

Contenu:

  • Déploiement d'une application bioinformatique complexe comprenant plusieurs machines virtuelles
  • Installation de logiciels à partir d'archives (codes source ou binaires) ou à l'aide de scripts (approver)
  • Utilisation de conteneurs docker et de conda pour l'installation de logiciels bioinformatiques
  • Intégration des ressources de données (génome, annotation ...) grâce à l'appliance BiomaJ ou avec d'autres solutions
  • Gestion des données avec des disques virtuels en NFS

Documents (version du 17/10/2016) :

Les versions mises à jour des documents seront mis en ligne au plus tard le jour de la formation.

Formulaire d'inscription à IBI-2

Pour toutes questions sur l'évènement, contacter l'IFB-core.

 


Inscription à la formation sur l'utilisation avancée du cloud IFB

 

Une nouvelle session de formation IBI-2 est programmée pour le mercredi 19 octobre 2016 à Gif-sur-Yvette.

Vous pouvez nous contacter pour toutes questions sur les formations à formation-cloud@france-bioinformatique.fr.

 

 

 

IBI-3 - Développement de machines virtuelles modèles (appliances)

Public: développeur avec une pratique du cloud
Durée : 1 jour

Niveau requis: avoir suivi IBI-2 (ou équivalent) et connaitre le système d'exploitation Linux

Objectifs : Savoir intégrer un logiciel ou un pipeline bioinformatique dans une machine virtuelle pour une diffusion et mise à disposition sur le cloud IFB.

Contenu : 

  • Présentation des bonnes pratiques de création d’appliance.
  • Présentation des fonctionnalités avancées disponibles dans le cloud IFB : le montage automatique des collections de données publiques de référence, la contextualisation d’un portail web, la configuration des disques virtuels pour la conservation des paramètres d’un logiciel ou portail …
  • Présentation des différents modèles d'intégration: archives (codes source ou binaires), scripts d'installation automatique (approver, puppet), conteneurs (docker).
  • Création de conteneurs docker pour le déploiement de logiciels bioinformatiques
  • Choix et configuration de l'interface pour les utilisateurs (CLI, portail web, bureau virtuel à distance)
  • Rédaction d'une description pour le référencement dans le cloud IFB

Documents (version du 11/10/2016):

Les versions mises à jour des documents seront mis en ligne au plus tard le jour de la formation.

Formulaire d'inscription à IBI-3

Pour toutes questions sur l'évènement, contacter l'IFB-core.


Inscription à la formation sur le Développement de machines virtuelles modèles pour le cloud IFB

 

Les inscriptions sont closes pour la dernière session de formation de Développement de machines virtuelles modèles pour le cloud IFB.

De nouvelles dates seront planifiées à partir de septembre 2016.

Vous pouvez nous contacter pour toutes questions sur les formations à formation-cloud@france-bioinformatique.fr.

 

Ecole scientifique Cumulo NumBio 2015 - Le cloud computing pour les sciences du vivant

1-5 juin 2015, Aussois (France), http://cumulo-numbio.sciencesconf.org

Différents domaines des sciences du vivant produisent des données à haut débit qui nécessitent, pour être exploitées, une infrastructure de recherche bioinformatique à grande échelle qui soit adaptée. L‘école Cumulo NumBio était articulée autour des besoins de la communauté des sciences de la vie en matière de gestion et d’analyse de ces données et des réponses que peut apporter la bioinformatique dans le cadre d’une plateforme informatique de type cloud pour la biologie.

Tutoriels:

  • IBI-1 “Introduction au Cloud IFB”
  • IBI-2 “Utilisation avancée du Cloud IFB”
  • IBI-3 “Intégration d'outils bioinformatiques dans une appliance”

 

Journées work packages bioinformatique IFB

11-12 juin 2015, IFB-core, Gif-sur-Yvette

Tutoriels:

 

Ecole Bionformatique Aviesan-IFB

28 sept.-2 oct. 2015, SBR, Roscoff

IBI 1 & IBI 2

- 18 & 19 octobre 2016 - 

Rappel des objectifs : Offrir une vue d'ensemble des concepts et des outils du cloud computing

Identité (facultatif)
I. LE PROGRAMME
II. Les intervenants
III. L'ORGANISATION
IV. SUGGESTIONS, COMMENTAIRES

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