Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit
Objectifs
La formation s’adresse à des chercheurs et ingénieurs directement impliqués dans des projets “Next Generation Sequencing” (NGS). Cette édition de l’école s’adresse aux nouveaux enjeux technologiques: elle inclura notamment une ouverture aux technologies lectures longues, qui transforment les approches en matière d’assemblage de génomes et l’identification de transcrits pleine longueur, ainsi que trois ateliers optionnels (lectures courtes : RNA-seq, ChIP-seq, variants), et une introduction à l’intégration des données.
L’école vise à introduire les concepts et à manipuler les outils informatiques qui permettront aux participants d’analyser ensuite leurs propres données de séquençage. Elle sera basée sur une alternance de courtes sessions théoriques et d’ateliers pratiques. Les participants bénéficieront d’un tutorat personnalisé pour discuter de leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur plateforme. Attention : cette formation n'a pas pour vocation de réaliser l’analyse complète des données des participants.
Durée
La formation se tiendra du 12 novembre, 18h00 au 17 novembre, 14h00.
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Langue
Les cours seront prodigués uniquement en français.
Participants
Cette formation est destinée aux biologistes (ingénieurs, doctorants, chercheurs, enseignants-chercheurs,…) confrontés à l’analyse de données NGS, et qui ne disposent pas des compétences bioinformatiques suffisantes.
Environnement de travail
Nouveau : L’ensemble de la formation reposera sur l’utilisation de commandes en ligne (terminal Linux) pour les analyses bioinformatiques, et du langage R pour les analyses statistiques.
Prérequis
Aucune connaissance préalable de l’environnement Linux ou R n’est requise: la formation débutera par une introduction aux commandes en ligne qui sera progressivement approfondie au fil des sessions thématiques.
Contenu
La formation est une initiation à l’utilisation des outils bioinformatiques permettant d’aborder la diversité des applications du NGS. Cette école, qui se veut généraliste, sera organisée en trois groupes thématiques principaux: RNA-Seq, ChIP-Seq, et variations génomiques. Le but de l’école est de couvrir plusieurs technologies largement utilisées, plutôt que de se concentrer sur une seule. Une journée sera de plus consacrée à l'étude des lectures longues.
L’école sera basée sur des ateliers pratiques sous l’environnement Linux en ligne de commande.
Les participants sélectionnés pourront bénéficier d’un tutorat personnalisé pour discuter de leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur plateforme (sans avoir la volonté de mener à bien l’analyse complète des données).
Modalités d'inscription
Date limite de demande d'inscription : 19 mai 2017 (Sélection des participants : mi-juin 2017).
Pour demander l'inscription, vueillez remplir le formulaire en ligne. Le nombre de places étant limité à 40, le comité d’organisation sélectionnera les participants d’après les renseignements portés sur cette fiche. Le degré de maturité du projet scientifique impliquant l’analyse de données de séquençage sera un des critères d’évaluation.
Renseignements : AVIESAN ITMO Génétique, Génomique et Bioinformatique, ecole-bioinfo@aviesan.fr
Site Web (matériel de cours, informations complémentaires): http://www.france-bioinformatique.fr/eba2017
Frais d’inscription pour les personnels académiques : 500 € HT soit 600 € TTC (coût déjà couvert pour les personnels rémunérés par l’Inserm) ; pour les industriels : 1750 € HT soit 2100 € TTC. L’hébergement et la restauration sont inclus.
Coordination scientifique
Christophe Caron (INRA, Rennes), Jacques van Helden (AMU, Marseille), Matthias Zytnicki (INRA, Toulouse).
Enseignants/Encadrants
30 formateurs provenant des organismes et universités suivants: CNRS, IFB, INRA, Inserm, AgroParisTech, Institut Curie, Gustave Roussy, ENS, Aix-Marseille Université, UPMC, IRISA Rennes.
Plateformes
ABiMS (CNRS/UPMC, Roscoff), BIOGER (INRA Grignon), C3BI (Institut Pasteur, Paris), eBIO (Univ. Paris Sud), IFB core (Gif-sur-Yvette), IGBMC (Strasbourg), Institut Curie-U900 (Paris), Institut Gustave Roussy (Villejuif), I2BC (Gif-sur-Yvette), Genotoul (Toulouse), Genouest (CNRS/IRISA, Rennes), MIAT (INRA Toulouse), Sigenae (INRA Toulouse), TAGC (Marseille).
Gestion
Christine Lemaitre (AVIESAN, ITMO GGB, Paris).
