Initiation au traitement des données de génomique obtenues par séquençage à haut débit
Objectifs
Les domaines des sciences du vivant liés à l’analyse du génome ont vu au cours des dernières années une accumulation explosive des données provenant des techniques de séquençage à haut débit. Les progrès accomplis ont considérablement augmenté les possibilités expérimentales dans des domaines tels que la génomique (séquençage de nouveaux génomes, variants génétiques), la transcriptomique (expression génétique, ARNs non codants) et les interactions ADN-protéine (immunoprécipitation de chromatine) et modifications de la chromatine. AVIESAN organise une quatrième école de bioinformatique, dont les objectifs sont d’apporter aux biologistes des notions et une pratique leur permettant d’appréhender le traitement et l’analyse des données de séquençage à haut débit.
Durée
La formation se tiendra du 20 novembre, 17h00 au 25 novembre, 17h00.
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Langue
Les cours seront prodigués uniquement en français.
Participants
Cette formation est destinée aux biologistes (ingénieurs, doctorants, chercheurs, enseignants chercheurs, …) confrontés à l’analyse de données NGS, et qui ne disposent pas des compétences bioinformatiques suffisantes.
Contenu
La formation est une initiation à l’utilisation des outils bioinformatiques permettant d’aborder la diversité des applications du NGS. Cette école, qui se veut généraliste, sera organisée en deux groupes thématiques principaux: (1) régulation, transcriptome et épigénome et (2) variations génomiques. Elle couvrira une série de techniques dérivées du séquençage à haut débit: RNA-seq, ChIP-seq, identification et annotation de SNP, RAD-seq, assemblage de novo de RNA-seq. Le but de l’école est de couvrir plusieurs technologies largement utilisées, plutôt que de se concentrer sur une seule.
L’école sera basée sur des ateliers pratiques sous l’environnement convivial Galaxy.
Les participants sélectionnés pourront bénéficier d’un tutorat personnalisé pour discuter de leur plan d’analyse, et effectuer les premières étapes de traitement de leurs propres données ou de celles de leur plateforme (sans avoir la volonté de mener à bien l’analyse complète des données).
Modalités d'inscription
Date limite de demande d'inscription : 15 mai 2016 (Sélection des participants : mi-juin 2016 )
Remplir en ligne la fiche de demande d'inscription. Le nombre de places étant limité à 40, le comité d’organisation sélectionnera les participants d’après les renseignements portés sur cette fiche. Le degré de maturité du projet scientifique impliquant l’analyse de données de séquençage sera un des critères d’évaluation.
Renseignements : AVIESAN ITMO Génétique, Génomique et Bioinformatique, ecole-bioinfo@aviesan.fr
Site Web (matériel de cours, informations complémentaires): http://www.france-bioinformatique.fr/eba2016
Frais d’inscription pour les personnels académiques : 500 € HT soit 600 € TTC (coût déjà couvert pour les personnels rémunérés par l’Inserm) ; pour les industriels : 1750 € HT soit 2100 € TTC. L’hébergement et la restauration sont inclus.
Coordination scientifique
Christophe Caron (INRA, Rennes), Jacques van Helden (AMU, Marseille), Matthias Zytnicki (INRA, Toulouse).
Enseignants/Encadrants
30 formateurs provenant des organismes et universités suivants: CNRS, IFB, INRA, Inserm, AgroParisTech, Institut Curie, Gustave Roussy, ENS, Aix-Marseille Université, UPMC, IRISA Rennes.
Plateformes
IFB core (Gif-sur-Yvette), ABiMS (CNRS/UPMC, Roscoff), eBIO (Univ. Paris Sud), Genouest (CNRS/IRISA, Rennes), Genotoul (Toulouse), I2BC (Gif-sur-Yvette), Institut Curie - U900 (Paris), Institut Gustave Roussy (Villejuif), Institut Pasteur - C3BI & pôle Biomics (Paris), MIAT (INRA Toulouse), Sigenae (Toulouse), TAGC (Marseille), URGI (INRA Versailles).
Gestion
Christine Lemaitre (AVIESAN, ITMO GGB, Paris), Katy Main (AVIESAN, Paris).
