Durée
L'école se tiendra du 17 au 22 juin 2018 à la Station Biologique de Roscoff
Objectifs
Cette école porte sur l’étude des populations de cellules hétérogènes du point de vue génomique, transcriptomique et épigénomique. Les technologies capables de caractériser des cellules uniques évoluent rapidement et aboutissent à la génération de nouveaux types de données associés à de nouveaux enjeux méthodologiques. Afin de suivre ces évolutions technologiques, des méthodes bioinformatiques et biostatistiques dédiées sont développées permettant de prendre en compte la spécificité de ces données et proposer des méthodes d’analyse adaptées.
L’école vise à expliquer et diffuser ces méthodes au sein de la communauté des ingenieurs et chercheurs, bio-informaticiens et statisticiens directement impliqués dans des projets de génomique fonctionnelle en cellule unique. Ce cours offre une formation complète incluant le choix de la technologie la mieux adaptée à la question biologique posée, la conception de l’expérience, le contrôle qualité et, notament les analyses bioinformatiques et statistiques associées. L’école sera basée sur une alternance de sessions théoriques et d’ateliers pratiques.
Participants
Cette formation est destinée à une trentaine d'ingénieurs et cadres de recherche impliqués dans l’analyse régulière de données single-cell dans les plateformes, ainsi que les doctorants et post-doctorants en biologie computationnelle et bioinformatique intéréssés dans le developpment et l'application des méthodologies d'analyse "single-cell" à haute dimension.
Environnement de travail
L’ensemble de la formation reposera sur l’utilisation de commandes en ligne (terminal Linux) pour les analyses bioinformatiques, et du langage R pour les analyses statistiques.
Prérequis
Connaissance des outils et pipelines pour analyser les données de séquençage à haut-débit (RNA-seq ou Hi-C ou ATAC-seq bulk). Les participants doivent déjà pratiquer l’analyse de données de séquençage haut débit avec le langage R, l’environnement Rstudio et la ligne de commande Unix.
Modalités d’inscription
Date limite de pré-inscription : 28 février 2018 (sélection des participants : mars 2018). Le nombre de places étant limité (30 participants), le comité d’organisation sélectionnera les participants d’après les renseignements portés lors de cette pré-inscription.
Frais d’inscription pour les personnels académiques
500€HT=600€TTC (coût déjà couvert pour les personnels rémunérés par le CNRS) ; pour les industriels : 1.750€HT=2.100€TTC. L’hébergement et la restauration sont inclus.
Coordination scientifique : Marc Deloger (Institut Curie, INSERM U900, Mines ParisTech), Marie-Agnès Dillies, C3BI (USR 3756 IP CNRS), Agnès Paquet, UCAGenomiX (IPMC CNRS), Antonio Rausell (Institut Imagine, INSERM UMR-1163), Nicolas Servant (Institut Curie, INSERM U900, Mines ParisTech), Morgane Thomas-Chollier, IBENS (CNRS UMR8197, ENS, INSERM U1024).
Coordination technique : Erwan Corre (ABIMS FR2424 CNRS-UPMC, Station Biologique de Roscoff)
Gestion administrative : C3BI (Institut Pasteur)
