Formation proteore
Contexte
Avec la production accrue de données de protéomique, l’un des enjeux majeurs réside dans notre capacité à annoter et explorer ces longues listes de protéines en vue de leur interprétation biologique. ProteoRE (Proteomics Research Environment) est une infrastructure centralisée disponible en ligne (http://www.proteore.org) qui permet aux utilisateurs biologistes/cliniciens sans expérience de programmation, de manipuler et interpréter leurs données de protéomique de façon interactive, reproductible et collaborative. Bénéficiant des fonctionnalités de l’environnement Galaxy, ProteoRE permet d’exécuter des outils d’annotation, d'analyse fonctionnelle et de visualisation graphique, de construire et de partager des chaînes complètes d’analyse via des interfaces utilisateurs documentées. Dans sa version actuelle, ProteoRE permet d’analyser des données de protéomique d’échantillons humains, de souris et de rat.
Objectifs
les participants apprendront à utiliser les fonctionnalités de ProteoRE pour interpréter et manipuler des données de protéomique sur la base de deux études de cas réels: i. annotation du protéome d’un échantillon biologique humain ou murin; ii. mise en œuvre d’une stratégie de sélection de candidats biomarqueurs. Cette formation inclut également des présentations sur les sources de données publiques et les stratégies d’analyse fonctionnelle. A l’issue de cette formation, les participants seront capables de :
- manipuler leur données (filtrage, comparaison croisée, conversion d’identifiants),
- annoter les listes de protéines,
- réaliser des analyses fonctionnelles (tests d’enrichissement, exploration réseaux biologiques),
- construire une chaîne de traitement ("workflow") à des fins de réexécution et d'automatisation
- gérer, partager leurs résultats sous Galaxy dans un contexte collaboratif et à des fins de publication (textes, graphiques, workflow et historique).
