Docker workshop

Docker et Bioinformatique - Introduction
de Sandrine Perrin
Cette vidéo présente les principes de bases de la technologie des conteneurs avec Docker (https://docs.docker.com/). Docker s'impose de plus en plus comme une bonne solution en bioinformatique pour faciliter l'installation d'outils (en supprimant les problèmes de dépendances) et la diffusion des outils grâce à des dépôts publiques. Il aide également à la tracabilité et la reproductibilité des analyses. Vous découvrirez comment l'utiliser dans une machine virtuelle du cloud.

Docker en bioinformatique - commandes et BioShadock
de Sandrine Perrin
Cette vidéo propose une démonstration de Docker dans une machine virtuelle. Vous découvrirez les principales commandes de Docker. Vous apprendrez à lancer des outils bioinformatiques avec Docker en une seule ligne de commande. BioShadock (http://docker-ui.genouest.org/app/#/all/containers) est un dépôt d'outils dockerisées dédié à la bioinformatique, il est géré par la plateforme GenOuest (http://genouest.org/) et l'IFB.