Ateliers "IFB Cloud"

Utilisation du Cloud

Théorie

Création d'une machine virtuelle
de Sandrine Perrin
Cette vidéo présente l'utilisation d'un cloud, en comprenant comme exemple le cloud de l'IFB. Ce cloud propose de créer des machines virtuelles préconfigurées avec des outils bioinformatiques prêts à l'emploi, par exemple Galaxy (https://docs.galaxyproject.org/en/master/), RStudio ( https://www.rstudio.com/) ou en ligne de commande. Vous apprendrez à créer des machines virtuelles et à y accèder, en passant par une configuration SSH de votre compte. Vous découvrirez comment gérer les données avec des disques virtuels associés aux machines.

Pratique

Lancement d'une machine virtuelle dans le cloud IFB
de Sandrine Perrin
Cette vidéo présente une demonstration de l'utilisation du cloud en créant une machine virtuelle avec un disque virtuel monté pour stocker les données. Vous apprendrez comment lancer votre instance Galaxy personnelle en quelques clics. Vous pouvez consulter le catalogue RAINBio (http://rainbio.france-bioinformatique.fr/rainbio/) pour parcourir l'ensemble des outils disponibles sur le cloud.

Mode cluster du cloud IFB

Partage NFS et mode cluster
de Jonathan Lorenzo
Cette vidéo vous présente le partage de données entre VMs grâce à un serveur NFS ainsi que le mode cluster avec SGE permettant de combiner les CPUs et RAM de plusieurs VMs pour effectuer des calculs complexes.

Connexion avec un bureau virtuel

Théorie

Utilisation d'un bureau virtuel dans le cloud
de Sandrine Perrin
Cette vidéo présente l'utilisation du bureau virtuel pour des machines du cloud. Ce système permet d'accèder au bureau de la machine comme si vous étiez en local. Vous découvrirez comment disposer d'application graphique tel que:

IGV (http://www.broadinstitute.org/igv/),
ImageJ ( https://imagej.nih.gov/ij/),
Cytoscape (http://www.cytoscape.org/).

Pratique

Utilisation d'un bureau virtuel dans un cloud - pratique
de Sandrine Perrin
Cette vidéo propose une démonstration de l'utilisation du bureau virtuel avec l'utilitaire X2Go. Vous apprendrez en quelques clics à lancer une instance d'IGV prête à l'emploi avec une machine ayant les ressources adaptées au volume de données à traiter.